BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G62600.1
Length=3366
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496440 jgi|Araly1|496440|fgenesh2_kg.8__2256__AT5G62600.1 5304 0.0
> Ahg496440 jgi|Araly1|496440|fgenesh2_kg.8__2256__AT5G62600.1
Length=3225
Score = 5304 bits (2872), Expect = 0.0
Identities = 3118/3233 (96%), Gaps = 31/3233 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 GTCGTGATTTGGTGACCGTACGAGCGAATAACGCGTAAA-GATTCATAGCTATGGAGCAT 212
|||||||||||||| |||||||||| || ||||| |||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GTCGTGATTTGGTGGCCGTACGAGCAAAAAACGC-TAAAGGATT-ATAGCTATGGAGCAT 58
Query 213 CAGAACGCGGTCAAAGAAGCCCTAAACGCACTGTATCATCACCCGGATGATACAGTGCGT 272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 CAGAACGCGGTCAAAGAAGCCCTAAACGCACTGTATCATCACCCGGATGATACAGTGCGT 118
Query 273 GTGCACGCTGATCGCTGGCTTCAGAACTTCCAAGGAACTCTCGATGCTTGGCA---G--- 326
||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 119 GTGCAAGCTGATCGCTGGCTCCAGACCTTCCAAGGAACTCTCGATGCTTGGCAGGCGATA 178
Query 327 ---GTTGCGGATAATTTACTTCATGATTCTTCTAGCAATTTGGAAACTTTGATATTCTGT 383
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 179 CATGTTGCGGATAATTTACTTCATGATTCTTCTAGCAATTTGGAAACTTTAATATTCTGT 238
Query 384 TCTCAGACCCTTCGAAGCAAGGTTCAACGAGATTTTGAAGAACTACCACCTGGGGCTTTT 443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 TCTCAGACCCTTCGAAGCAAGGTTCAACGAGATTTTGAAGAACTACCACCTGGGGCTTTT 298
Query 444 CAGAAGCTACGGCAATCATTAACGACATTGTTAAAAAAGTTCCACAAGGGCCCTCCAAAA 503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 299 CAGAAGCTACGGCAATCATTAACGACATTGTTAAAAAAGTTCCACAAAGGCCCCCCAAAA 358
Query 504 GTTAGGACCCAGATTAGCATTGCTGTTGCTGCCTTGGCGGTGCATGTTCCTGCGGCAGAC 563
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 GTTAGGACCCAGATTAGTATTGCTGTTGCTGCCTTGGCGGTGCATGTTCCTGCGGCAGAT 418
Query 564 TGGGGAGATGGTGGTATAATTAGCTGGCTTAGGGATGAGATGCATATGCATCCTGAATAT 623
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 419 TGGGGAGATGGCGGTATAATTAGCTGGCTTAGGGATGAGATGAACATGCATCCTGAATAT 478
Query 624 GTGCCTGGTTTCTTGGAACTCTTGACAGTTTTGCCCGAGGAAACATTTAACTACAAAATA 683
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 479 GTGCCTGGTTTCTTGGAACTCTTGACAGTTTTGCCCGAGGAAACGTTTAACTACAAAATA 538
Query 684 GCTGCTCGTCCGGATCGACGACGTCAATTCGAAAAAGAGCTTACTTCTCAAATGGAAGCT 743
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 539 GCTGCTCGTCCGGATCGACGACGTCAATTCGAAAACGAGCTTACTTCTCAAATGGATGCT 598
Query 744 GCACTTAGTATCTTATCAGCATGTTTGAAAATATCCGAACTTAAGGAACAGGTTCTCGAG 803
||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 599 GCACTTAGTATCTTAACAGCATGTTTGAATATAACCGAACTTAAGGAACAGGTTCTTGAG 658
Query 804 GCATTTGCTTCTTGGCTCCGTCTTAGGCATGGGATTCCTGGAACAGTGCTTGCCTGTCAT 863
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 659 GCATTTGCTTCTTGGCTCCGTCTTAGGCATGGGATTCCTGGAGCAGTGCTTGCCGGTCAT 718
Query 864 CCATTGGTGCATGCAGCTCTCTCAAGTTTGAACTGTGATCCACTATCAGAGGCATCTGTT 923
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 719 CCATTGGTGCATGCAGCTCTCTCAAGTTTGAACTGTGATCCACTCTCAGAGGCATCTGTG 778
Query 924 AATGTTATCTCTGAATTGATACATCACACAGCATCACCAAGTTCTGGTGGTATTTCTGCA 983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AATGTTATCTCTGAATTGATACATCACACAGCATCACCAAGTTCTGGTGGTATTTCTGCA 838
Query 984 CAAACACCCTTGATTCAAGTTATTGTGCCTCAGATTTTAAGTCTTCAGGCCCATCTAAGA 1043
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 839 CAAACACCCTTGATTCAAGTTATTGTGCCTCGGATTTTAAGTCTTAAGGCCCATCTAAGA 898
Query 1044 GATTCTTCAAAGGATGAAGAAGATGTCAAAGCTATTGGTCGATTATTCGCTGACGTAGGC 1103
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GATTCTTCAAAGGATGAAGAAGATGTCAAAGCCATTGGTCGATTATTCGCTGACGTAGGC 958
Query 1104 GATTCATATGTTGAACTAATAGCTACTGGTTCAGATGAACCAATGGTTATTGTGCATGCC 1163
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 959 GATTCATATGTTGAACTGATAGCTACTGGTTCAGATGAATCAATGGTTATTGTGCATGCC 1018
Query 1164 CTGCTGGAAGTTACTGCACACCCAGAATTTGATATAGCCTCGATGACCTTCAACTTTTGG 1223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CTGCTGGAAGTTACTGCACACCCAGAATTTGATATAGCCTCGATGACCTTCAACTTTTGG 1078
Query 1224 CACAGTCTTCAACTTATGTTGACAAAGAGGGAATCTTATAGTTCATTGGGTAGTGAAGCA 1283
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1079 CACAGTCTTCAACTTATGTTGACAAAGAGGGATTCTTATAGTTCCTTGGGTAGTGAAGCA 1138
Query 1284 TCCATTGAAGTTGAGAGAAACCGAAGACTGCATATCTTTCAGCCAGCTTATCAGAGCCTT 1343
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1139 TCCATTGAAGCTGAGAGAAACCGAAGACTGCATATCTTTCAGCCAGCCTATCAGAGCCTT 1198
Query 1344 GTATCTTTGGTTGGCTTCAGAGTTCAGTATCCTGAAGATTATCAAGGCCTCTCATATGAG 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1199 GTATCTTTGGTTGGCTTCAGAGTTCAGTATCCTGAAGATTATCAAGGCCTCACATATGAG 1258
Query 1404 GACCTTAAGGAATTCAAGCAGACTAGATATGCTGTTGCAGATGTATTAATAGATGCAGCG 1463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GACCTTAAGGAATTCAAGCAGACTAGATATGCTGTTGCAGATGTATTAATAGATGCAGCG 1318
Query 1464 TTAATCCTGGGAGGGGATACTACTCTTAAGATTCTCTATATGAAGCTTCTTGAGGCCAAT 1523
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TTAATCCTGGGAGGGGATACTACTCTTAAGATTCTCTATATGAAGCTTCTTGAGGCCAAT 1378
Query 1524 GCCCAGACAGGAAACAATTTTCAAGATTGGCGTCCAGCAGAAGCTATTTTGTTCTGTATA 1583
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 GCTCAGACAGGAAATGATTTTCAAGATTGGCGTCCAGCAGAAGCTATTTTGTTCTGTATA 1438
Query 1584 TGGGCAATATCAAATTATGTTTCGGTTGTTGAAGCTGAAGTGATGCCCCAGGTGATGGCG 1643
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 TGGGCAATATCAAATTATGTTTCGGTTGTTGAAGCTGAAGTGATGCCCCAGGTGATGGCG 1498
Query 1644 TTGCTTCAAAATCTTCCTCAGCAAGCGCAACTACTTCAGACAGCATGCTTACTTGTTGGG 1703
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1499 TTGCTTCAAAATCTTCCGCAGCAAGCGCAACTGCTTCAGACAGCATGCTTACTTGTCGGG 1558
Query 1704 GCATATTCAAAATGGCTTAATGCTGCACCAGCCAGTGTTTCAATATTACCATCAATCATT 1763
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1559 GCATATTCAAAATGGCTTAACGCTGCACCAGCCAGTGTTTCAATATTGCCATCGATCATT 1618
Query 1764 AGAATTCTTATGAGTGGAATGGGCACATCTGAAGATTGCGCAGCAGCTGCAGCTTTGGCT 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 AGAATTCTTATGAGTGGAATGGGCACATCTGAAGATTGCGCAGCAGCTGCAGCTTTGGCT 1678
Query 1824 TTTAGACATACTTGTGACGATTGCCGAAAAAATCTTTGTGGGTATTTTGAAGATTTGTTT 1883
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TTTAGACATATTTGTGACGATTGCCGAAAAAATCTTTGTGGGTATTTTGAAGATTTGTTT 1738
Query 1884 AATATCTATTGTATGGCGATCAATGGCGGTGGTGGTTATAAAGTCTCTGCTGAGGATTCA 1943
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 AATATCTATTGTATGGCGATCAATGGCGGTGGTGGTTATAAAGTCTCTGCTGAGGATTCA 1798
Query 1944 CTAAATCTCGTTGAAGCTTTAGGTATGGTTGTTACCGAACTGCCTTTAGATCAGGCCAAG 2003
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 CTAAATCTCGTTGAAGCTTTAGGTATGGTTGTTACCGAACTGCCTTTAGATCAGGCCAAA 1858
Query 2004 GGCGCTCTTGAAAAATTATGCTTTTCAGCCGCCTCTCCTCTAGAGGAAGCGGCGAAAGAA 2063
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 GGCGCTCTTGAAAAATTATGCTTTTCAGCCGCCTCTCCTCTAGAGGAAGCGGCGAAAGAA 1918
Query 2064 GATTTGGAGAAGAAGCATGCACGTGAATTAACTGTTCATATTGACCGATTTGCCTTCCTC 2123
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1919 GATTTGGAAAAGAAGCATGCACGTGAATTAACTGTTCATATTGACCGGTTTGCCTTCCTC 1978
Query 2124 TTCAGGTATGTGAACCACCCTGAAGCGGTGGCTGCTGAGATTAATAAGCATTGGGCAATT 2183
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1979 TTCAGGTATGTGAACCACCCTGAAGCGGTGGCTGCTGAGATTAATAAGCATTGGGCTATT 2038
Query 2184 TTCCGAGTTATTTTTGATGCTCGTCCTTGGGACATGAGGACTATGGAATCTCTATGCAGG 2243
||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTCAGAGTTATATTTGATACTCGTCCTTGGGACATGAGGACTATGGAATCTCTATGCAGA 2098
Query 2244 GCATGCAAATATGCTGTACGTACTTCTGGAAGATACATAATTGATACAATTGGAGAAATG 2303
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2099 GCATGCAAATATGCTGTACGTACTTCTGGAAGATACATAATTAATACAATTGGAGAAATG 2158
Query 2304 CTGG-AAAAGATTCAATTCCATTATCAGCAGCATCATCAGCCATGCTTTCTATACTTATC 2362
|||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 CTGGCAAAA-ATTCAATTCCATTATCAGCAGCATCATCAGCCATGCTTTCTATACTTATC 2217
Query 2363 CAGTGAAGTTATAAAGATTTTTGGTTCTGATCCATCGTGTGCTGTCTACTTGAAGAACCT 2422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2218 CAGTGAAGTTATAAAGATTTTTGGTTCTGATCCATCGTGTGCGGACTACTTGAAGAACCT 2277
Query 2423 GATTGAAACCCTCTTTGCACATACAACATGTCTTATGACAAGTATCAAGGAAGTCACTGC 2482
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GATTGAAACCCTCTTTGCACATACAACATGTCTTATGACAAGTATCAAGGAAGTCACTGC 2337
Query 2483 GAGACCAGATATAGCCGATGACTGCTTTTTGTTGGCGTCTAGATGTCTTCGCTACTGTCC 2542
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 GAGACCAGATATAGCCGATGACTGCTTTTTGTTGGCGTCTAGATGTCTTCGCTACTGTCC 2397
Query 2543 ACATTTATTCATTCCGTCTCCTATATTTCCAGCTCTTGTAAACTGCGCAATGATTGGAAT 2602
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2398 ACATTTATTCATTCCGTCTCCTATATTTCCACCTCTTGTAGATTGCGCAATGATTGGAAT 2457
Query 2603 CACAGTGCAGCACAGAGAAGCCTGCCACTCGATATTGACCTTTCTAACCGACATTTTTGA 2662
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2458 TACAGTGCAGCACAGAGAAGCCTGCCACTCGATATTGACCTTTTTAACCGACATTTTTGA 2517
Query 2663 CCTCGAGAAGTCTGTGAATGAAGAACAGTTCGTACGGATCAGGGACAATATCATTATTCC 2722
|||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 CCTCGAGAAGTCTGTGAATGAAGAGCAGTTCGTACTAATCAGGGACAATATCATTATTCC 2577
Query 2723 TCGGGGAGCTACAATCACCAGAATATTGATAGCCTCATTAGCTGGGGCACTTCCCAGTTC 2782
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TCGGGGAGCTACAATCACAAGAATATTGATAGCCTCATTAGCTGGGGCACTTCCCAGTTC 2637
Query 2783 TCGGCTAGATACGGTAACATATTCGCTGCTAGCTCTGACAAGAACATACAGGTTACAAGC 2842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 TCGGCTAGATACGGTAACATATTCGCTGCTAGCTCTGACAAGAACATACAGGTTACAAGC 2697
Query 2843 AGTGAGTTGGGCTAAGGAAAGTGTAAGCCTGATACCTCGAACAGCCTTGACAGAGACCGA 2902
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 AGTGGGTTGGGCTAAGGAAAGTGTAAGCCTGATACCTCGAACAGCCTTGACAGAGACCGA 2757
Query 2903 ATCTACCAAGTTCTTACAAGCATTGTCCGATATTGCTTATGGAGCAGATGTGAATTCTCT 2962
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 ATCTACCAAGTTCTTACAAGCATTGTCCGATATTGCTTATGGAGCAGATGTGAATTCTCT 2817
Query 2963 GATAGGACAGGTTGAGGAGCTCTCAGATGTTTGTCGACGTAACCGTACTGTTCAAGAGCT 3022
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2818 AATAGGACACGTTGAGGAACTCTCAGATGTTTGTCGCCGTAACCGTACTGTCCAAGAGCT 2877
Query 3023 TGTTCAGGCAGCTTTGAAGCCTCTTGAGTTGAATCTGGTTACTGCTCCTGTATCATaaag 3082
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2878 TGTTCAGGCAGCTTTGAAGCCTCTTGAGTTGAATCTGGTTGCTGCTCCTGTATCATAAAG 2937
Query 3083 atgatgaaaaacaaagaaagaaagaaaaagaagaaaa-gaaga---g-----tgagaaga 3133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||
Sbjct 2938 ATGATGAAAAACAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAAAGAAGAGTGAGAAGA 2997
Query 3134 -c-atcaaagaagGTCAATTTTTGCATAGACCACTTTTTGATGGTTTGAGAAACTGAGAG 3191
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2998 GCCATCAAAGAAGGTCAATTTTTGCATAGACCACTTTTTGATGGTTTGAGAAAATGAGAG 3057
Query 3192 ATTTGATGCTTTTCTGCATAt-ttttttAACCGTTTTAGCTGTTGATAAAGAtttttttt 3250
||||||||||||| ||||| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 ATTTGATGCTTTTGTGCATTTATTTTTTA-CTGTTTTAGCTGTTGATAAAGATTTTTTTT 3116
Query 3251 tttAAATCTTTTCTTTATATCTTCTGGTGTGAACCGTTGTTCCATTGTTTGGCCGGTTTA 3310
|| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3117 ---AA-TCTCATCTTTATATCTTCTGGTGTGAGCCGTTGTTCCATTGTTTGGCCGGTTTA 3172
Query 3311 TTTCCAGCGGGATGAACCAAAATCTTCTATTTTAATTTAAACCGGGTGAGATA 3363
|||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3173 TTTCCAGCTTGAAGAACCAAACTCGTCTATTTTAATTTAAACCGGGTGAGATA 3225
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127074236247
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5