BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63200.1
Length=2122
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496505 jgi|Araly1|496505|fgenesh2_kg.8__2321__AT5G63200.1 3267 0.0
> Ahg496505 jgi|Araly1|496505|fgenesh2_kg.8__2321__AT5G63200.1
Length=2033
Score = 3267 bits (1769), Expect = 0.0
Identities = 1937/2018 (96%), Gaps = 11/2018 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 ACCATCAATGGACCGCCCGGAGACGATCGCCGTCAAATGCGAACCCATGACCGTTGACTC 85
|||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1 ACCATCGATGGACCGGCCGGAGCCGATCGCCGTCAAATACGAACCCATGACCGCAGACTC 60
Query 86 TCCT-----T-CTCGACCT-CTAAAGCTTGTAGTTTTAGCTGACCTTAATTTCAATCCTC 138
|||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 61 TCCTACCACTGCTCGACCTCCT-AAGCTTGTAGTTTTAGCTGACCTCAACTTCAATCCTC 119
Query 139 CTGAGACTGATGATCTTGACTCATCCATTCCAATCCCTACTCCTCCTCCCATCACTAGGT 198
|||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| || | || |||||||||||||
Sbjct 120 CTGAGAATGACGATCTTGACTCATCCATTCAAATCCCTGCT-C-CC-CCCATCACTAGGT 176
Query 199 TGAGTAACGAGGAAAGTCATCAAGAGGGAGGTATATTAACATGCAAGGAGGTGGAACCAG 258
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 TGACTAACGAGGAAAGTCATCAAGAGGGAGGTACATTAACATGCAAGGAGGTGGAACCAG 236
Query 259 GAGAAGTAGAAGCCAAAAAGATCAGCAAGGTGGGAAAATGCCGCTCCAGAAGTAAGATTG 318
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 237 GAGAAGTAGAAGCCAAAAAGATCAGCAAAGTGGGAAAATGCCGCTCGAGAAGTAAGATTG 296
Query 319 AGTCTTCCTCTGATTGTGGAGTTGATGCAGATGGTGATCTGGCTAATCAAGGGGTCCCTG 378
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 297 AGGCTTCCTCTGATTGTGGACTTGATGCAGATGGTGATCAGGGTAATCAAGGGGTCCCTG 356
Query 379 CATCCCGGGAAGAAAAAATCAGTAACCTCAAAATGGGTTTGATTCATGTTGCAAGGAAGA 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 CATCCCGGGAAGAAAAAATCAGTAACCTCAAAATGGGTTTGATTCATGTTGCAAGGAAGA 416
Query 439 TGCCCAAAAATGCTCATGCCCATTTTATACTTGGTCTTATGTTTCAACGATTGGGCCAAT 498
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 417 TGCCTAAAAATGCTCATGCCCATTTTATTCTTGGTCTAATGTTCCAACGATTGGGCCAAC 476
Query 499 CTCAAAAGGCGATACCAGAATATGAGAAAGCTGAAGAGATCTTACTGGGTTGTGAGCCAG 558
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 CTCAAAAGGCGATACCAGAATATGAGAAGGCTGAAGAGATCTTACTGGGTTGTGAGCCAG 536
Query 559 AAATTGCTCGGCCAGAACTTCTCTTATTAGTTCAAATTCACCATGGACAGTGTCTTCTTT 618
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 AAATTGCTCGGCCAGAACTTCTCTTGTTAGTTCAAATTCACCATGGACAGTGTCTTCTTT 596
Query 619 TGGATGGTTTTGGGGATACTGACTCTGTTAAAGAGCTTGAGGGAGAAGAGCTTGAAGAAA 678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 TGGATGGTTTTGGGGATACTGACTCTGTTAAAGAGCTTGAGGGAGAAGAGCTTGAAGAAA 656
Query 679 TTCTTTCAAAATTAAAGGATTCTATAAAGTTAGATGTTAGACAGGCAGCCGTGTGGAATA 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TTCTTTCAAAATTAAAGGATTCTATAAAGTTAGATGTTAGACAGGCAGCCGTGTGGAATA 716
Query 739 CCCTTGGTTTAATGCTTCTCAAAGCTGGTTGTTTGATGAGTGCCATATCAGTTTTGTCAT 798
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 717 CCCTTGGCTTAATGCTTCTCAAAGCTGGTTGTTTAATGAGTGCCGTATCAGTTTTGTCAT 776
Query 799 CCTTGTTGGCTCTTGTTCCTGACAATTATGATTGCCTTGCAAACCTTGGAGTTGCTTATC 858
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 CTTTGTTGGCTCTTGTTCCTGACAATTATGATTGCCTTGCAAACCTTGGAGTTGCTTATC 836
Query 859 TTCAAAGTGGCGATATGGAGCTTTCAGCAAAATGTTTTCAAGATTTGGTACTGAAAGACC 918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 TTCAAAGTGGCGATATGGAGCTTTCAGCAAAATGTTTTCAAGATTTGGTACTGAAAGACC 896
Query 919 ATAACCATCCTGCCGCTTTGATAAATTATGCTGCCGAGCTTCTCTGCAAACACAGTTCAA 978
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 ATAACCATCCTGCCGCTTTAATAAATTATGCTGCCGAGCTTCTCTGCAAACACAGTTCAA 956
Query 979 CTGTTGCTGGTGCCGGGGCTAATGGTGGTGCTGATGCTTCTGAAGATCAGAAGGCACCTA 1038
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CTGTCGCTGGTGCCGGGGCTAATGGTGGTGCTGATGCTTCTGAAGATCAGAAGGCACCTA 1016
Query 1039 TGAATGTCGCAAAGGAATGTCTCTTGGCTGCTCTAAGATCAGATCCAAAGTCTGCCCATG 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGAATGTCGCAAAGGAATGTCTCTTGGCTGCTCTAAGATCAGATCCAAAGTCTGCCCATG 1076
Query 1099 CGTGGGTGAATCTTGCTAATTCATACTATATGATGGGTGATCACAGAAGCTCGAGCAAAT 1158
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1077 CGTGGGTGAATCTTGCTAACTCATATTATATGATGGGTGATCACAGAAGCTCTAGCAAAT 1136
Query 1159 GTTTGGAGAAGGCAGCCAAGCTTGATCCCAACTGTATGGCTACTAGATTTGCTGTTGCTG 1218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1137 GTTTGGAGAAGGCAGCCAAGCTTGATCCCAACTGTATGGCTACTAGATTCGCTGTTGCTG 1196
Query 1219 TCCAACGAATCAAAGATGCAGAAAGGTCTCAGGATGCAAGCGACCAGCTTTCATGGGCTG 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 TCCAACGAATCAAAGATGCAGAAAGGTCTCAGGATGCAAGCGACCAGCTTTCATGGGCTG 1256
Query 1279 GCAACGAGATGGCTTCAGTGATAAGAGAAGGAGAATCTGTTCCAATTGACCCTCCCATTG 1338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1257 GCAACGAGATGGCTTCAGTGATAAGAGAAGGAGAATCTGTTCCAGTTGACCCTCCCATTG 1316
Query 1339 CTTGGGCAGGGCTTGCCATGGCTCACAAGGCTCAGCATGAAATTGCAGCTGCTTTTGTTG 1398
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1317 CTTGGGCAGGGCTTGCCATGGCTCACAAGGCACAGCATGAAATTGCAGCTGCTTTTGTAG 1376
Query 1399 CTGACCGAAATGAATTGACAGAGATGGAAGAGCGGGCTGTGTACAGCTTAAAGCAGGCAG 1458
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CCGACCAAAATGAATTGACAGAGATGGAAGAGCGGGCAGTGTACAGCTTAAAGCAGGCAG 1436
Query 1459 TAACAGAGGATCCTGAAGATGCTGTCCGGTGGCATCAGCTCGGTCTTCATAGTCTCTGCT 1518
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1437 TAGCAGAGGATCCTGAAGATGCTGTCCGGTGGCATCAGCTCGGTCTTCATAGTCTCTGTT 1496
Query 1519 CTCAACAATATAAACTCTCCCAAAAATACCTAAAGGCAGCAGTTGGTCGTTCTAGAGAGT 1578
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1497 CTCAACAATATAAACTCTCACAAAAATACCTCAAGGCAGCGGTTGGTCGTTCTAGAGAAT 1556
Query 1579 GTAGTTATGCATGGTCAAATCTCGGTATTTCGCTGCAGTTATCAGATGAACATTCAGAAG 1638
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 GTAGCTATGCATGGTCAAATCTCGGTATCTCGCTGCAGTTATCAGATGAACATTCAGAAG 1616
Query 1639 CTGAGGAAGTATACAAGCGAGCCTTGACCGTGTCAAAAGAGGATCAAGCTCACGCGATAT 1698
| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CCGAGGAAGTATACAAACGAGCCTTGGCCGTGTCAACAGAGGATCAAGCTCACGCGATAT 1676
Query 1699 TGTCTAACCTGGGGAACCTCTACAGACAGAAAAAGCAGTACGAAGTCTCAAAGGCAATGT 1758
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1677 TCTCTAACCTCGGGAACCTCTACAGACAGAAAAAGCAGTACGAAGTCTCCAAGGCAATGT 1736
Query 1759 TCTCAAAGGCGTTGGAACTCAAACCTGGTTATGCACCCGCATACAACAACCTTGGACTCG 1818
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1737 TCTCAAAGGCGTTGGAGCTCAAACCGGGTTATGCACCTGCATACAACAACCTTGGACTTG 1796
Query 1819 TGTTTGTGGCTGAACGCAGATGGGAAGAAGCGAAGTCTTGTTTCGAGAAATCCCTTGAAG 1878
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TGTTTGTGGCTGAACGCAGATGGGAAGAAGCTAAGTCCTGTTTCGAGAAATCCCTTGAAG 1856
Query 1879 CTGATTCATTGCTAGATGCAGCACAGTCTAACTTGCTTAAAGCCACAACCATGTCAAGGC 1938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 CTGATTCATTGCTAGATGCAGCACAGTCTAACTTGCTTAAAGCCACAACCATGTCAAGGC 1916
Query 1939 TCTGTACTTGCTTCTCTTCTTCAACTGTTGTCCGAGATTCTTGATGCTCTGTAATACTTC 1998
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TCTGTACTTGCTTCTCTTCTTCAAATGTTGTTCGAGATTCCTGATGCTCTGTAATACTTC 1976
Query 1999 TTGTTTCGTTTTGTGGTTTCACAACTCTCACATTATGT 2036
||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TTGTTTCGTTTCGTGGGTGCACAACTCTCACATTATGT 2014
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79837153520
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5