BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63420.1
Length=3026
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg358545 jgi|Araly1|358545|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002332 3589 0.0
> Ahg358545 jgi|Araly1|358545|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002332
Length=2784
Score = 3589 bits (1943), Expect = 0.0
Identities = 2096/2170 (97%), Gaps = 9/2170 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 130 ATGATGAAACCTGCTTCTTTGCAAGGTTTCTCCTCACATGCGTCCTCCTCTATCTACTCC 189
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | | | |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATGAAACCTGCTTCTTTGCAAGGTTTCTCCCCACA-G-G-CTTCCTCTATCTACTCC 57
Query 190 GATGTTCGCAGGCCAGCTACTACTCCTTCGAAAATGGCAGCTTTTAGTGCCCTCTCGCTT 249
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 58 GATGTTCTCAGGCCAGCTACTACTCCTTCGAAAATGGCAGCTTTTAGCGCTCTTTCGCTT 117
Query 250 TGTCCCTATACTTTCACCTTCCGCCAAAGCTCTCGAATTAAGTCTACCGTTTCCTGTTCC 309
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 TGTCCCTACACTTTTACCTTCCGCCAAAGCTCTCGTATTAAGTCTACCGTTTCCTGTTCC 177
Query 310 GTCACTTCTGCTCCTGCTTCTGGTACATCTTCATCCTCTAAGACGCCACGTAGAAGATCA 369
|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 178 GTCACTTCTGCTCCTGCTTCTGGTACCTCTCCATCCTCTAAGACACCGCGTAGAAGATCA 237
Query 370 GGTCGACTAGAAGGAGTTGGAAAAAGCATGGAGGATTCGGTGAAACGTAAAATGGAACAG 429
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 238 GGTCGACCAGAAGGAGTTGGAAAAAGCATGGAGGACTCTGTAAAACGTAAAATGGAACAG 297
Query 430 TTTTATGAAGGAACCGATGGACCACCTCTCCGTATTCTTCCCATAGGAGGCCTTGGTGAA 489
||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 298 TTTTATGAAGGAACCGATGGACCGCCTCTCCGTGTTCTTCCCATAGGTGGCCTTGGTGAA 357
Query 490 ATTGGAATGAACTGTATGCTTGTTGGAAACTATGATCGTTACATTCTAATCGACGCTGGT 549
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 358 ATTGGAATGAACTGTATGCTTGTTGGAAACTATGATCGTTACATTTTAATCGACGCTGGT 417
Query 550 ATAATGTTCCCTGATTATGATGAGCCTGGGA-TCCAGAAAATAATGCCAGACACAGGATT 608
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 ATAATGTTCCCTGATTATGATGAGCCT-GGAGTCCAGAAAATAATGCCAGACACAGGATT 476
Query 609 TATCAGACGATGGAAACACAAAATTGAAGCTGTTGTTATAACGCATGGTCATGAAGATCA 668
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 TATCAGACGCTGGAAACACAAAATTGAAGCTGTTGTTATAACGCATGGTCATGAAGATCA 536
Query 669 CATTGGTGCGTTGCCTTGGGTTATCCCAGCATTGGACCCTAATACACCAATATTCGCATC 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 CATTGGTGCGTTGCCTTGGGTTATCCCAGCATTGGACCCTAATACACCAATATTCGCATC 596
Query 729 ATCCTTCACCATGGAGCTTATAAAGAAGCGCTTGAAGGAGCATGGAATCTTCGTTCAATC 788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 597 ATCCTTCACCATGGAGCTTATAAAGAAGCGCTTGAAGGAACATGGAATCTTCGTTCAATC 656
Query 789 TAGACTTAAGACATTCAGCACTCGAAGGAGATTTATGGCTGGACCATTTGAGATAGAGCC 848
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 TAGACTTAAGACATTTAGCACTCGAAGGAGATTTATGGCTGGACCATTTGAGATAGAGCC 716
Query 849 CATTACAGTTACCCATTCTATTCCTGATTGTAGTGGTTTATTCCTCCGTTGCGCTGATGG 908
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 717 CATTACAGTTACCCACTCTATTCCTGATTGTAGTGGTTTGTTCCTCCGTTGCGCTGATGG 776
Query 909 TAATATTCTTCACACTGGTGATTGGAAGATTGATGAAGCACCATTGGATGGAAAAGTCTT 968
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 777 TAATATTCTTCACACTGGAGATTGGAAGATTGATGAGGCACCATTGGATGGAAAAGTCTT 836
Query 969 TGATCGTGAAGCTTTAGAAGAACTCTCAAAGGAAGGAGTCACATTGATGATGAGTGACTC 1028
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 837 TGATCGTGAAGCTTTAGAGGAACTCTCAAAGGAAGGAGTCACGTTGATGATGAGTGACTC 896
Query 1029 AACAAATGTGTTGTCACCTGGAAGGACAATTAGTGAAAAGGTGGTAGCAGATGCTCTGGT 1088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AACAAATGTGTTGTCACCTGGAAGGACAATTAGTGAAAAGGTGGTAGCAGATGCTCTGGT 956
Query 1089 AAGGAATGTAATGGCGGCCAAGGGAAGAGTAATCACAACTCAGTTTGCCTCTAATATACA 1148
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 957 AAGGAATGTAATGGCGGCCAAGGGAAGAGTAATCACAACTCAGTTTGCTTCTAATATACA 1016
Query 1149 CCGTTTGGGAAGTATAAAAGCTGCTGCTGATATAACTGGTCGAAAGTTGGTCTTTGTTGG 1208
||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 CCGTTTGGGGAGTATAAAAGCTGCTGCTGATTTAACTGGTCGAAAGTTGGTCTTTGTTGG 1076
Query 1209 CATGTCGTTGCGGACATACCTAGAGGCAGCTTGGAGGGATGGAAAGGCTCCAATTGACCC 1268
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 CATGTCGTTGAGGACATACCTAGAGGCAGCTTGGAGGGATGGAAAGGCTCCAATTGACCC 1136
Query 1269 GTCAAGTCTGATAAAAGTCGAAGACATTGAAGCATATGCTCCTAAGGACTTACTGATTGT 1328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1137 GTCAAGTCTGATAAAAGTCGAAGACATTGAAGCATATGCTCCTAAGGACTTGCTGATTGT 1196
Query 1329 CACAACTGGATCACAAGCAGAACCACGCGCTGCCCTGAATCTTGCATCATATGGGAGTAG 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 CACAACTGGATCACAAGCAGAACCACGCGCTGCCCTGAATCTTGCATCATATGGGAGTAG 1256
Query 1389 TCACGCATTCAAACTTACGAAGGAAGACATAATTCTTTACTCTGCCAAGGTAATCCCAGG 1448
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TCACGCATTCAAACTTACCAAGGAAGACATAATTCTTTACTCTGCCAAGGTAATCCCAGG 1316
Query 1449 CAATGAATCACGAGTAATGAAAATGATGAATCGGATAGCAGATATCGGGCCAAATATTAT 1508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CAATGAATCACGAGTAATGAAAATGATGAATCGGATAGCAGATATCGGGCCAAATATTAT 1376
Query 1509 CATGGGTAAGAATGAAATGCTCCACACATCTGGTCATGCCTACCGTGGAGAATTGGAAGA 1568
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CATGGGTAAGAATGAAATGCTGCACACATCTGGTCATGCCTACCGTGGAGAATTGGAAGA 1436
Query 1569 GGTCCTTAAAATAGTGAAGCCGCAACATTTTCTTCCCATACATGGAGAACTTTTGTTTCT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GGTCCTTAAAATAGTGAAGCCGCAACATTTTCTTCCCATACATGGAGAACTTTTGTTTCT 1496
Query 1629 TAAGGAGCATGAGTTGCTCGGGAAGTCTACTGGGATTAGACACACTACTGTTATAAAGAA 1688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TAAGGAGCATGAGTTGCTCGGGAAGTCTACTGGGATTAGACACACTACTGTTATAAAGAA 1556
Query 1689 CGGAGAAATGCTAGGAGTTTCTCACCTGAGAAATAGAAGGGTTTTGTCTAATGGATTTAG 1748
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1557 TGGAGAAATGCTTGGAGTTTCTCACCTGAGAAATAGAAGGGTTCTGTCCAATGGATTTAG 1616
Query 1749 CTCTCTTGGCAGGGAGAATTTGCAGTTAATGTATAGTGATGGTGATAAAGCATTTGGCAC 1808
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1617 CTCTCTTGGGAGGGAGAATTTGCAGTTAATGTATAGTGATGGCGATAAAGCATTTGGCAC 1676
Query 1809 ATCAAGCGAACTATGCATTGACGAACGACTTAGAATTTCTTCTGATGGCATTATAGTTCT 1868
|||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1677 ATCAAGTGAACTATGCATCGATGAACGACTCCGAATTTCTTCTGATGGCATTATAGTTTT 1736
Query 1869 GAGCATGGAGATCATGCGTCCAGGG-GTCTCAGAAAACACTTTGAAAGGAAAAATAAGAA 1927
||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 GAGCATGGAAATCATGCGCCC-GGGAGTCTCAGAAAACACTTTGAAAGGAAAAATAAGAA 1795
Query 1928 TCACAACGCGGTGCATGTGGCTTGACAAAGGAAGACTTTTAGATGCACTTCACAAAGCAG 1987
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 TCACAACACGGTGCATGTGGCTTGACAAAGGAAGACTATTAGATGCACTTCACAAAGCAG 1855
Query 1988 CTCATGCTGCTCTATCAAGTTGTCCTGTGACAT-GTCCCTTGTCTCACATGGAAAGAACA 2046
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1856 CTCATGCTGCTCTATCAAGTTGTCCTGTGA-ATTGTCCCTTGTCTCATATGGAAAGAACA 1914
Query 2047 GTCTCCGAAGTCCTGAGGAAGATTGTAAGGAAGTACAGTGGTAAAAGGCCTGAAGTCATC 2106
||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 GTCTCTGAAGTGCTGAGGAAGATTGTGAGGAAGTACAGTGGTAAAAGGCCTGAAGTCATT 1974
Query 2107 GCTATAGCCACTGAGAATCCAATGGCTGTCCGAGCTGATGAGGTCAGTGCGAGACTGTCT 2166
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GCTATAGCCACTGAGAATCCAATGGCAGTCCGTGCTGATGAGGTCAGTGCGAGACTGTCT 2034
Query 2167 GGTGATCCAAGTGTTGGTTCTGGAGTTGCAGCTTTAAGGAAAGTTGTTGAAGGAAATGAC 2226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2035 GGTGATCCAAGTGTTGGTTCTGGAGTTGCAGCTTTAAGGAAAGTTGTTGAAGGAAATAAC 2094
Query 2227 AAAAGAAGTCGGGCGAAGAAAGCACCTTCACAAGAAGCTTCCCCCAAAGAAGTAGATCGC 2286
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 2095 AAAAGAAGTCGACCGAAGAAAGCACCTTCACAAGAAGATTCCCCAAAAGAAGTAGATCGC 2154
Query 2287 ACTTTGGAAG 2296
||||||||||
Sbjct 2155 ACTTTGGAAG 2164
Score = 878 bits (475), Expect = 0.0
Identities = 545/578 (94%), Gaps = 8/578 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2297 ATGATATCATTGATA--G-TGCAAGACTACTGGCTGAAGAAGAAACTGCGGCATCAACAT 2353
||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2210 ATGATATTATTGATAGTGATGCAAGACTACTGGCTGAAGAAGAAACTGCAGCATCAACAT 2269
Query 2354 ACACGGAAGAAGTTGATACGCCCGTTGGGAGTTCTTCAGAAGAGTCAGACGATTTTTGGA 2413
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2270 ACACAGAAGAAGTTGATATGCCCGTTGGGAGTTCTTCAGAAGATTCAGACGATTTTTGGA 2329
Query 2414 AATCATTCATCAATCCATCATCGTCACCTTCACCGAGTGAAACAGAAAATATGAATAAGG 2473
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2330 AATCATTCATCAATCCATCATCATCACCTTCACCGAGTGAAACTGAAAATGTGAATAAGG 2389
Query 2474 TAGCTGATACGGAGCCTAAAGCAGAGGGTAAGGAAAACAGCAGAGACGACGATGAAT-TA 2532
|| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||| || | || |
Sbjct 2390 TAACTGATACGGAGCCTAAAACAGAGGATAAAGAAAGCAGCAGAGACGATGACG-ATCCA 2448
Query 2533 GCTGATGCTTCAGATTCTGAAACCAAGTCATCACCAAAACGTGTGAGGAAGAACAAATGG 2592
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 TCTGATGCTTCAGATTCTGAAACCAAGTCATCACCAAAACGTGTGAGGAAGAACAAATGG 2508
Query 2593 AAACCGGAGGAGATAAAGAAGGTAATCAGAATGCGAGGAGAGCTGCACAGTAGATTTCAA 2652
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 AAACCGGAGGAGATAAAGAAGCTAATCAGAATGCGAGGAGAGCTGCACAGTAGATTTCAA 2568
Query 2653 GTGGTGAAAGGTAGAATGGCATTGTGGGAAGAGATCTCTTCAAATCTATCAGCTGAAGGA 2712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2569 GTGGTGAAAGGTAGAATGGCATTGTGGGAAGAGATCTCTTCAAATCTATCAGCTGACGGA 2628
Query 2713 ATCAATCGAAGCCCGGGACAATGCAAATCTCTCTGGGCATCACTTATTCAGAAATACGAG 2772
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 ATCAATCGAAGTCCGGGACAATGCAAATCTCTGTGGGCATCACTTATTCAGAAATACGAG 2688
Query 2773 GAGAGCAAGGCTGATGAGAGAAGCAAGACGAGTTGGCCACATTTTGAGGATATGAACAAC 2832
||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 GAGTGCAAGGCTGATGAAAGAAGCAAGACGAGTTGGCCACATTTTGAGGATATGAACAAC 2748
Query 2833 ATTTTGTCAGAGCTAGG-CACACCTGCGTCTTAAGTAA 2869
|||||||||||| | || |||| |||||||| ||||||
Sbjct 2749 ATTTTGTCAGAGTT-GGACACATCTGCGTCT-AAGTAA 2784
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114270735000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5