BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63770.1
Length=3580
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496564 jgi|Araly1|496564|fgenesh2_kg.8__2380__AT5G63770.1 4176 0.0
> Ahg496564 jgi|Araly1|496564|fgenesh2_kg.8__2380__AT5G63770.1
Length=3349
Score = 4176 bits (2261), Expect = 0.0
Identities = 2538/2669 (95%), Gaps = 30/2669 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 ctcGCTCGCTGGCTTCGAGGAGaaaaaagaaaaaTTGGAGAAATAATTTAACTGGTTCTC 79
||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1 CTCTCTCGCTGGCTTCGAGGAG-AAAAAGCAAAATTGGAGACATAATTTTACTGGTTCTC 59
Query 80 GGAGAATCTA-GGG------TTCTTTTTAGCCA-CGCCTTGCTGATCTCCTTCGTGAATT 131
||||| |||| ||| || |||||| || | |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 60 GGAGATTCTAGGGGTTTTTTTTTTTTTTA-TCATCACCTTGCTGATCTCCGTCGTGAATT 118
Query 132 CGAT-TCCGATTCTCACCTGGTCTTTTGTGGCCTAAAGCTCATAAGTTTATGCTAGTGCA 190
|| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 119 CG-TCTCCGATTCTCACCTGGTATTTTGTGGCCTAAAGCTCATAAGTTTATGCTGGTGCA 177
Query 191 AGAAGTTATATAGGAATGACATATTAGATTTACAATGATGGAAGTGGGGTTCTCTCTTAT 250
| |||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 ACAAGTTAAACAGGAATGACGTATTAGATTTGCAATGATGGAAGTGGGGTTCTCTCTTAT 237
Query 251 TCAGTGGTTGATCAGTTCTGGTGCTGACAGTCCGTTTATATTTGGATGGCTTGTAACTGG 310
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 238 TCAGTGGTTGATCAGTTCTGGTGCTGACAGTCCTTTTATATTTGGATGGCTTGTTACTGG 297
Query 311 ATCTGTTGGCCTTCTGGCTGTTATCTACACATTTCTTAAATGGCAGaaaaaaaCTTCTTT 370
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 298 ATCTGTTGGGCTTCTCGCTGTTATCTACACATTTCTTAGATGGCAGAAAAAAACTTCTTT 357
Query 371 AAATTGGGTTAAAGCTGCTGCTAGAGAGAAGAAGAAGGTATGGAAAAGACTGAGAGTTCC 430
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AAATTGGGTTAAAGCTGCTGCTAGAGAGAAGAAGAAGGTTTGGAAAAGACTGAGAGTTCC 417
Query 431 ACTTTCTCATCATCAATGGACTGATGATTATGGTTATGGGCAACAGCCATCCACTTGCTG 490
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 418 ACTTTCTCATCATCAATGGACCGATGATTATGGTTATGGCCCACAGCCATCCACTTGCTG 477
Query 491 TGTTTGTCTCTACTCCCTTGTTCCAGGTCAAAATGTTTCTAATAAAGCATCTCTGAGTAT 550
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 478 TGTTTGTCTCTACTCCCTTGTTCCAGGTCAAAATGTTTCTACTAAAGCAGCTCTGAGTAT 537
Query 551 TCCCGTCCACCGATGTGCTGTATGCGGTGTAGCAGCTCACTTTTATTGCTCAAGCTCTGC 610
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 538 TCCCGTCCACCGGTGTGCTGTATGCGGTGTAGCAGCTCACTTTTATTGCTCAGGCTCTGC 597
Query 611 AGCAAAAGACTGCAAATGTGTTGCACAGGCTGGGTCTGACCATGTCCGACATCACTGGTC 670
||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 TGCAAAAGACTGCAAATGTGTTGCGCAGGCTGGATCTGACCATGTCCGACATCACTGGTC 657
Query 671 TGAGCGATGGGTTAACATGGATGATAATGCTGACATGACTGCCTTTTGCTTCTACTGTGA 730
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 658 TGAGCGATGGGTTAACATGGATGATAGCGCTGACATGACTGCTTTTTGCTTCTACTGTGA 717
Query 731 TGAACCTTGTGGTATTCCTTTCATTGAAGCTTCTCCTATGTGGCACTGTCTTTGGTGCCA 790
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TGAACCGTGTGGTATTCCTTTCATTGAAGCTTCTCCAATGTGGCACTGTCTTTGGTGCCA 777
Query 791 GCGCCTCATACATGTTAAGTGTCACATGATTATGTCCAAGGAATCTGGTGATGCTTGTGA 850
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 778 GCGCCTCATACATGTAAAGTGCCACATGATTATGTCCAAGGAATCTGGTGACGCTTGTGA 837
Query 851 TCTTGGCTCTCTCAGAAGAGTAATCCTCTCTCCAGTACATGTAAAACTCAATGAAGCAAA 910
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TCTTGGCTCTCTCAGAAGAGTAATCCTCTCTCCAGTACATGTAAAACTCAATGAAGCAAA 897
Query 911 TGGTGTCGATGGAGTACTGACTACTATTAAAAACGAGTTAGCATCTATACGAGGGCATGT 970
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TGGTGTGGATGGAGTACTGAGTACTATTAAAAACGAGTTAGCATCTATACGAGGGCATGT 957
Query 971 GAGAAGAAAGCGCCACAGGGGAAAAAATGGGAATGGCCAATCTTTAAATGGTAAGCTACT 1030
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |
Sbjct 958 GAGAAGAAAGCGTCATAGGGGAAAAAATGGGAATGGCCAGTCACTAAATGGTAAGCTGTT 1017
Query 1031 GGAGGATTCAGTCAGCGATCCAGTAAAAACCGTAGTTAATGGGCTTGTAGTGAAGAAA-C 1089
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1018 GGAGGATTCAGCCAGCAATCCAGTAAAAACCGTAGTAAATGGGCTTGTAGTGAA-AAAGA 1076
Query 1090 TACGCAGAGATAGGAGCATAGATTGCTTAAAGCAAGTCTCGGACATGCCTAATGCCAAA- 1148
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1077 TACGCAGAGATAGGAGCATAGATTGCTTACAGAAAGTCTCGGACATGCCTAATG-CAAAC 1135
Query 1149 GGGTTGCAAAATGGTATAGGCGGGCACAAACGAAATAAAAGTGCCGCTTTAAATTTTATG 1208
|| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1136 GGATTGCAAAATGGTATAAGCGGCCACAAACGAAATAAAAGTGCCGCTTTTAATTTTATG 1195
Query 1209 AAGAAGTTTTCCTTGGTTGATTTGCCCCCAGATGCAAGACCGCTTTTAGTCTTTATTAAC 1268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1196 AAGAAGTTTTCCTTGGTTGATTTGCCCCCAGATGCAAGACCGCTTTTGGTCTTTATTAAT 1255
Query 1269 GCCAAAAGCGGAGGTCAACTCGGTCCTTTTCTTCACAGGAGACTTAATATGCTATTGAAT 1328
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1256 GCCAAAAGCGGAGGGCAACTCGGTCCTTTTCTTCACAGGAGACTTAACATGCTGTTGAAT 1315
Query 1329 CCAGTACAGGTCTTTGAACTTGGCTCTTGTCAAGGGCCAGACGCTGGTTTAGACCTATGT 1388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 CCAGTACAGGTCTTTGAACTTGGCTCTTGTCAAGGGCCAGACGCTGGTTTAGACCTATGT 1375
Query 1389 AGCAAAGTGAAGTATTTTAGAGTTTTGGTGTGTGGAGGAGATGGAACAGTTGCATGGGTG 1448
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 AGCAAAGTGAAGTATTTTAGAGTTTTGGTATGTGGGGGAGATGGAACAGTTGCATGGGTG 1435
Query 1449 CTTGATGCTATTGAGAAGCGCAATTTCGAATCCCCTCCACCTGTCGCTATTCTTCCTTTA 1508
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436 CTTGATGCCATTGAGAAGCGCAATTTTGAATCCCCTCCACCTGTCGCTATTCTTCCTTTA 1495
Query 1509 GGCACAGGAAATGATTTATCTAGAGTTTTGCAGTGGGGAAGAGGTATTTCAGTAGTTGAT 1568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 GGCACAGGAAATGATTTATCTAGAGTTTTGCAGTGGGGAAGAGGTATTTCAGTAGTTGAT 1555
Query 1569 GGACAAGGAAGTCTAAGAACGTTTTTGCAAGACATTGATCATGCTGCAGTTACAATGTTG 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 GGACAAGGAAGTCTAAGAACGTTTTTGCAAGACATTGATCATGCTGCAGTTACAATGTTG 1615
Query 1629 GATCGATGGAGTGTTAAAATTGTAGAAGAGAGTACAGAAAAATTTCCAGCAAGAGAAGGC 1688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GATCGATGGAGTGTTAAAATTGTAGAAGAGAGTACAGAAAAATTTCCAGCAAGAGAAGGC 1675
Query 1689 CATAAGTTTATGATGAATTACTTAGGTATTGGCTGCGATGCAAAAGTTGCATATGAATTT 1748
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 CACAAGTTTATGATGAATTACTTAGGTATTGGCTGTGACGCAAAAGTTGCATATGAATTT 1735
Query 1749 CATATGATGCGGCAAGAGAAA-CCTGAGAAGTTTTGTAGTCAGTTTGTAAATAAATTACG 1807
||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736 CATATGATGCGGCAAGA-AAATCCTCAAAAGTTTTGTAGTCAGTTTGTAAATAAATTACG 1794
Query 1808 ATATGCTAAAGAAGGTGCGAGGGATATAATGGATCGAGCATGTGCCGATTTACCATGGCA 1867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 ATATGCTAAAGAAGGTGCGAGGGATATAATGGATCGAGCATGTGCCGATTTACCATGGCA 1854
Query 1868 AGTTTGGCTTGAAGTTGATGGAAAAGACATTGAAATTCCTAAGGATTCAGAGGGTCTAAT 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 AGTTTGGCTTGAAGTTGATGGAAAAGACATTGAAATTCCCAAGGATTCAGAGGGTCTAAT 1914
Query 1928 AGTACTTAACATTGGAAGCTATATGGGTGGAGTAGATCTTTGGCAAAATGATTATGAACA 1987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AGTACTTAACATTGGAAGCTATATGGGTGGAGTAGATCTTTGGCAAAATGATTATGAACA 1974
Query 1988 CGATGATAATTTTAGCATTCAGTGTATGCACGACAAGACTCTAGAGGTGGTATGTGTCCG 2047
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1975 TGATGATAATTTTAGCATTCAGTGTATGCACGACAAGACACTAGAAGTGGTATGTGTCCG 2034
Query 2048 TGGAGCGTGGCACCTTGGCAAACTACAGGTCGGTCTTTCTCAGGCTAGGAGGTTAGCACA 2107
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2035 TGGAGCGTGGCACCTTGGCAAACTACAGGTCGGTCTTTCTCAGGCTAGGAGGCTAGCACA 2094
Query 2108 GGGAAAGGTAATAAGAATACATGTTTCTAGTCCTTTTCCTGTTCAAATAGATGGAGAACC 2167
||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GGGGAAGGTCATAAGGATACATGTTTCTAGTCCTTTCCCTGTTCAAATAGATGGAGAACC 2154
Query 2168 GTTTATCCAGCAACCTGGCTGCTTGGAGATAACTCACCACGGGCAGGTGTTTATGCTAAG 2227
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 GTTTATTCAGCAACCTGGCTGCTTGGAGATAACGCACCACGGGCAGGTGTTTATGCTAAG 2214
Query 2228 AAGAGCATCGGATGAACCACGAGGGCATGCCGCAGCCATAATGAATGAAGTGTTACTCGA 2287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2215 AAGAGCATCGGATGAACCACGAGGGCATGCCGCAGCCATAATGAATGAGGTGTTACTCGA 2274
Query 2288 TGCAGAATGCAAAGGAGTCATAAATGCATCTCAAAAGAAAGTACTACTACAGCAAATGGC 2347
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2275 TGCGGAATGCAAAGGAGTCATAAATGCATCTCAAAAGAAAGTACTTCTACAGCAAATGGC 2334
Query 2348 TCTCCATCTCTCGTAGTaaaaaaacaaaaaCAGATCATCCTCTCACCAAATTTTGGTAAC 2407
|||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2335 TCTCCATCTCTCATAG-AAAAAA-CAAAAACAGATCATCCTCTCACCAAATTTTGCTAAC 2392
Query 2408 AAGAAGAGTTAACTTACAATCTTGTCTTACCCACTAGAAAGCCAGTCCCGGGTACGAGat 2467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2393 AAGAAGAGTTAACTTACAATCTTGTCTTACCCACTAGAAAGCCAG-CCCGGGTACGAGAT 2451
Query 2468 ttttt--gtctatttaaccttaatttttgtttcaattttgttttgt-tttggtgtttgtG 2524
||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2452 TTTTTTTGTCTATTTACCCTTATTTTTTGTTTTT-TTTT-TTTTCCCTTTGGTGTTTGTG 2509
Query 2525 AAGAGTGCCATATGTATAGATAGTGTGCC-CATACGAAAGCCACTGAGATTGGCGTCAAA 2583
||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2510 AAGAGTGTCATATGTATAGATAGTGTGCCGC-TACGAAAGCCGCTGAGATTGGCGTCAAA 2568
Query 2584 AAGTGTCAAGTAGAGAAAGTTTGATTATATACATCATACAGTGATCGGTTTTAGGGTAAT 2643
||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2569 AAGTGTCAACTAGAGAGAGTTTGATTATATACATCATACAGTGATCAGTTTTAGGGTAAT 2628
Query 2644 ACAAAGGC--TCTATTACCCATGAGTTTT 2670
|||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2629 ACAAAGGCCATTTATTACCCATGAGTTTT 2657
Score = 296 bits (160), Expect = 7e-79
Identities = 184/196 (94%), Gaps = 0/196 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2848 AAAATACCATGATGTTATATTTGTGGAATCATTTTATACCAAACACGGAATATTTTGTTC 2907
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2770 AAAATAACATGATGTTATATTTGTGGAATCATTTTATACCAAACACGGAATATTTTGTTC 2829
Query 2908 AAGGGAATCAATGATATTTTGGCTAATAAGTACTTACTAAAGTTTATCTATCATTTAATT 2967
|||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2830 TAGGGAATCAATGATATTTTGGCAAATAACTAGTTGCTAAAATTTAACTATCATTTAATT 2889
Query 2968 ACCTTACTAGTTTTGTTATTTCCTTAAATATTGGGCTTATCCAGAGCAATTAGTCTTTTG 3027
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2890 ACCTTACTAATTTTGTTATTTCCTTAAATATTGGGATTATCCAGAGCAATTAGACTTTTG 2949
Query 3028 TATCATTAACAGAATT 3043
||||||||||| ||||
Sbjct 2950 TATCATTAACATAATT 2965
Score = 237 bits (128), Expect = 4e-61
Identities = 161/177 (91%), Gaps = 2/177 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3392 TATTATTTGATTTGCTCAATAAAAATGTATGATGCTTGGATCTAGTTTAA-GAAAATTAA 3450
||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3173 TATTATTTGATTTACACAATAAAAATGAATAATGCTTGGATCTAGTTTAATAAAAAATAA 3232
Query 3451 ATCTAATTTCTAATTCTGCTAGATTATATTGGACTATTTAGTCAACAAA-TGATAATTAT 3509
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| ||||||||||
Sbjct 3233 ATCTAATTTCTAATTCTGCTAGATTATATTGGACTCTTTAGTTAATAAAATGATAATTAT 3292
Query 3510 ATTATCAAAAGATATAATTTTGAATACGACAATTAAATTACTTATTTCAACTATTTG 3566
| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3293 AATATGAAAGGATATAAATTTGAATACGACAATTAAATTACTTATTTCAACAATTTG 3349
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135218556869
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5