BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G63770.1 Length=3580 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg496564 jgi|Araly1|496564|fgenesh2_kg.8__2380__AT5G63770.1 4176 0.0 > Ahg496564 jgi|Araly1|496564|fgenesh2_kg.8__2380__AT5G63770.1 Length=3349 Score = 4176 bits (2261), Expect = 0.0 Identities = 2538/2669 (95%), Gaps = 30/2669 (1%) Strand=Plus/Plus Query 20 ctcGCTCGCTGGCTTCGAGGAGaaaaaagaaaaaTTGGAGAAATAATTTAACTGGTTCTC 79 ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 1 CTCTCTCGCTGGCTTCGAGGAG-AAAAAGCAAAATTGGAGACATAATTTTACTGGTTCTC 59 Query 80 GGAGAATCTA-GGG------TTCTTTTTAGCCA-CGCCTTGCTGATCTCCTTCGTGAATT 131 ||||| |||| ||| || |||||| || | |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 60 GGAGATTCTAGGGGTTTTTTTTTTTTTTA-TCATCACCTTGCTGATCTCCGTCGTGAATT 118 Query 132 CGAT-TCCGATTCTCACCTGGTCTTTTGTGGCCTAAAGCTCATAAGTTTATGCTAGTGCA 190 || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 119 CG-TCTCCGATTCTCACCTGGTATTTTGTGGCCTAAAGCTCATAAGTTTATGCTGGTGCA 177 Query 191 AGAAGTTATATAGGAATGACATATTAGATTTACAATGATGGAAGTGGGGTTCTCTCTTAT 250 | |||||| | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 ACAAGTTAAACAGGAATGACGTATTAGATTTGCAATGATGGAAGTGGGGTTCTCTCTTAT 237 Query 251 TCAGTGGTTGATCAGTTCTGGTGCTGACAGTCCGTTTATATTTGGATGGCTTGTAACTGG 310 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 238 TCAGTGGTTGATCAGTTCTGGTGCTGACAGTCCTTTTATATTTGGATGGCTTGTTACTGG 297 Query 311 ATCTGTTGGCCTTCTGGCTGTTATCTACACATTTCTTAAATGGCAGaaaaaaaCTTCTTT 370 ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 298 ATCTGTTGGGCTTCTCGCTGTTATCTACACATTTCTTAGATGGCAGAAAAAAACTTCTTT 357 Query 371 AAATTGGGTTAAAGCTGCTGCTAGAGAGAAGAAGAAGGTATGGAAAAGACTGAGAGTTCC 430 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 358 AAATTGGGTTAAAGCTGCTGCTAGAGAGAAGAAGAAGGTTTGGAAAAGACTGAGAGTTCC 417 Query 431 ACTTTCTCATCATCAATGGACTGATGATTATGGTTATGGGCAACAGCCATCCACTTGCTG 490 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 418 ACTTTCTCATCATCAATGGACCGATGATTATGGTTATGGCCCACAGCCATCCACTTGCTG 477 Query 491 TGTTTGTCTCTACTCCCTTGTTCCAGGTCAAAATGTTTCTAATAAAGCATCTCTGAGTAT 550 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| Sbjct 478 TGTTTGTCTCTACTCCCTTGTTCCAGGTCAAAATGTTTCTACTAAAGCAGCTCTGAGTAT 537 Query 551 TCCCGTCCACCGATGTGCTGTATGCGGTGTAGCAGCTCACTTTTATTGCTCAAGCTCTGC 610 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 538 TCCCGTCCACCGGTGTGCTGTATGCGGTGTAGCAGCTCACTTTTATTGCTCAGGCTCTGC 597 Query 611 AGCAAAAGACTGCAAATGTGTTGCACAGGCTGGGTCTGACCATGTCCGACATCACTGGTC 670 ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 598 TGCAAAAGACTGCAAATGTGTTGCGCAGGCTGGATCTGACCATGTCCGACATCACTGGTC 657 Query 671 TGAGCGATGGGTTAACATGGATGATAATGCTGACATGACTGCCTTTTGCTTCTACTGTGA 730 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 658 TGAGCGATGGGTTAACATGGATGATAGCGCTGACATGACTGCTTTTTGCTTCTACTGTGA 717 Query 731 TGAACCTTGTGGTATTCCTTTCATTGAAGCTTCTCCTATGTGGCACTGTCTTTGGTGCCA 790 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 TGAACCGTGTGGTATTCCTTTCATTGAAGCTTCTCCAATGTGGCACTGTCTTTGGTGCCA 777 Query 791 GCGCCTCATACATGTTAAGTGTCACATGATTATGTCCAAGGAATCTGGTGATGCTTGTGA 850 ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 778 GCGCCTCATACATGTAAAGTGCCACATGATTATGTCCAAGGAATCTGGTGACGCTTGTGA 837 Query 851 TCTTGGCTCTCTCAGAAGAGTAATCCTCTCTCCAGTACATGTAAAACTCAATGAAGCAAA 910 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 TCTTGGCTCTCTCAGAAGAGTAATCCTCTCTCCAGTACATGTAAAACTCAATGAAGCAAA 897 Query 911 TGGTGTCGATGGAGTACTGACTACTATTAAAAACGAGTTAGCATCTATACGAGGGCATGT 970 |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 TGGTGTGGATGGAGTACTGAGTACTATTAAAAACGAGTTAGCATCTATACGAGGGCATGT 957 Query 971 GAGAAGAAAGCGCCACAGGGGAAAAAATGGGAATGGCCAATCTTTAAATGGTAAGCTACT 1030 |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | Sbjct 958 GAGAAGAAAGCGTCATAGGGGAAAAAATGGGAATGGCCAGTCACTAAATGGTAAGCTGTT 1017 Query 1031 GGAGGATTCAGTCAGCGATCCAGTAAAAACCGTAGTTAATGGGCTTGTAGTGAAGAAA-C 1089 ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 1018 GGAGGATTCAGCCAGCAATCCAGTAAAAACCGTAGTAAATGGGCTTGTAGTGAA-AAAGA 1076 Query 1090 TACGCAGAGATAGGAGCATAGATTGCTTAAAGCAAGTCTCGGACATGCCTAATGCCAAA- 1148 ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1077 TACGCAGAGATAGGAGCATAGATTGCTTACAGAAAGTCTCGGACATGCCTAATG-CAAAC 1135 Query 1149 GGGTTGCAAAATGGTATAGGCGGGCACAAACGAAATAAAAGTGCCGCTTTAAATTTTATG 1208 || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1136 GGATTGCAAAATGGTATAAGCGGCCACAAACGAAATAAAAGTGCCGCTTTTAATTTTATG 1195 Query 1209 AAGAAGTTTTCCTTGGTTGATTTGCCCCCAGATGCAAGACCGCTTTTAGTCTTTATTAAC 1268 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1196 AAGAAGTTTTCCTTGGTTGATTTGCCCCCAGATGCAAGACCGCTTTTGGTCTTTATTAAT 1255 Query 1269 GCCAAAAGCGGAGGTCAACTCGGTCCTTTTCTTCACAGGAGACTTAATATGCTATTGAAT 1328 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 1256 GCCAAAAGCGGAGGGCAACTCGGTCCTTTTCTTCACAGGAGACTTAACATGCTGTTGAAT 1315 Query 1329 CCAGTACAGGTCTTTGAACTTGGCTCTTGTCAAGGGCCAGACGCTGGTTTAGACCTATGT 1388 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1316 CCAGTACAGGTCTTTGAACTTGGCTCTTGTCAAGGGCCAGACGCTGGTTTAGACCTATGT 1375 Query 1389 AGCAAAGTGAAGTATTTTAGAGTTTTGGTGTGTGGAGGAGATGGAACAGTTGCATGGGTG 1448 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1376 AGCAAAGTGAAGTATTTTAGAGTTTTGGTATGTGGGGGAGATGGAACAGTTGCATGGGTG 1435 Query 1449 CTTGATGCTATTGAGAAGCGCAATTTCGAATCCCCTCCACCTGTCGCTATTCTTCCTTTA 1508 |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1436 CTTGATGCCATTGAGAAGCGCAATTTTGAATCCCCTCCACCTGTCGCTATTCTTCCTTTA 1495 Query 1509 GGCACAGGAAATGATTTATCTAGAGTTTTGCAGTGGGGAAGAGGTATTTCAGTAGTTGAT 1568 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1496 GGCACAGGAAATGATTTATCTAGAGTTTTGCAGTGGGGAAGAGGTATTTCAGTAGTTGAT 1555 Query 1569 GGACAAGGAAGTCTAAGAACGTTTTTGCAAGACATTGATCATGCTGCAGTTACAATGTTG 1628 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1556 GGACAAGGAAGTCTAAGAACGTTTTTGCAAGACATTGATCATGCTGCAGTTACAATGTTG 1615 Query 1629 GATCGATGGAGTGTTAAAATTGTAGAAGAGAGTACAGAAAAATTTCCAGCAAGAGAAGGC 1688 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1616 GATCGATGGAGTGTTAAAATTGTAGAAGAGAGTACAGAAAAATTTCCAGCAAGAGAAGGC 1675 Query 1689 CATAAGTTTATGATGAATTACTTAGGTATTGGCTGCGATGCAAAAGTTGCATATGAATTT 1748 || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 1676 CACAAGTTTATGATGAATTACTTAGGTATTGGCTGTGACGCAAAAGTTGCATATGAATTT 1735 Query 1749 CATATGATGCGGCAAGAGAAA-CCTGAGAAGTTTTGTAGTCAGTTTGTAAATAAATTACG 1807 ||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1736 CATATGATGCGGCAAGA-AAATCCTCAAAAGTTTTGTAGTCAGTTTGTAAATAAATTACG 1794 Query 1808 ATATGCTAAAGAAGGTGCGAGGGATATAATGGATCGAGCATGTGCCGATTTACCATGGCA 1867 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1795 ATATGCTAAAGAAGGTGCGAGGGATATAATGGATCGAGCATGTGCCGATTTACCATGGCA 1854 Query 1868 AGTTTGGCTTGAAGTTGATGGAAAAGACATTGAAATTCCTAAGGATTCAGAGGGTCTAAT 1927 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1855 AGTTTGGCTTGAAGTTGATGGAAAAGACATTGAAATTCCCAAGGATTCAGAGGGTCTAAT 1914 Query 1928 AGTACTTAACATTGGAAGCTATATGGGTGGAGTAGATCTTTGGCAAAATGATTATGAACA 1987 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1915 AGTACTTAACATTGGAAGCTATATGGGTGGAGTAGATCTTTGGCAAAATGATTATGAACA 1974 Query 1988 CGATGATAATTTTAGCATTCAGTGTATGCACGACAAGACTCTAGAGGTGGTATGTGTCCG 2047 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1975 TGATGATAATTTTAGCATTCAGTGTATGCACGACAAGACACTAGAAGTGGTATGTGTCCG 2034 Query 2048 TGGAGCGTGGCACCTTGGCAAACTACAGGTCGGTCTTTCTCAGGCTAGGAGGTTAGCACA 2107 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2035 TGGAGCGTGGCACCTTGGCAAACTACAGGTCGGTCTTTCTCAGGCTAGGAGGCTAGCACA 2094 Query 2108 GGGAAAGGTAATAAGAATACATGTTTCTAGTCCTTTTCCTGTTCAAATAGATGGAGAACC 2167 ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2095 GGGGAAGGTCATAAGGATACATGTTTCTAGTCCTTTCCCTGTTCAAATAGATGGAGAACC 2154 Query 2168 GTTTATCCAGCAACCTGGCTGCTTGGAGATAACTCACCACGGGCAGGTGTTTATGCTAAG 2227 |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2155 GTTTATTCAGCAACCTGGCTGCTTGGAGATAACGCACCACGGGCAGGTGTTTATGCTAAG 2214 Query 2228 AAGAGCATCGGATGAACCACGAGGGCATGCCGCAGCCATAATGAATGAAGTGTTACTCGA 2287 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 2215 AAGAGCATCGGATGAACCACGAGGGCATGCCGCAGCCATAATGAATGAGGTGTTACTCGA 2274 Query 2288 TGCAGAATGCAAAGGAGTCATAAATGCATCTCAAAAGAAAGTACTACTACAGCAAATGGC 2347 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2275 TGCGGAATGCAAAGGAGTCATAAATGCATCTCAAAAGAAAGTACTTCTACAGCAAATGGC 2334 Query 2348 TCTCCATCTCTCGTAGTaaaaaaacaaaaaCAGATCATCCTCTCACCAAATTTTGGTAAC 2407 |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2335 TCTCCATCTCTCATAG-AAAAAA-CAAAAACAGATCATCCTCTCACCAAATTTTGCTAAC 2392 Query 2408 AAGAAGAGTTAACTTACAATCTTGTCTTACCCACTAGAAAGCCAGTCCCGGGTACGAGat 2467 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2393 AAGAAGAGTTAACTTACAATCTTGTCTTACCCACTAGAAAGCCAG-CCCGGGTACGAGAT 2451 Query 2468 ttttt--gtctatttaaccttaatttttgtttcaattttgttttgt-tttggtgtttgtG 2524 ||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||| Sbjct 2452 TTTTTTTGTCTATTTACCCTTATTTTTTGTTTTT-TTTT-TTTTCCCTTTGGTGTTTGTG 2509 Query 2525 AAGAGTGCCATATGTATAGATAGTGTGCC-CATACGAAAGCCACTGAGATTGGCGTCAAA 2583 ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2510 AAGAGTGTCATATGTATAGATAGTGTGCCGC-TACGAAAGCCGCTGAGATTGGCGTCAAA 2568 Query 2584 AAGTGTCAAGTAGAGAAAGTTTGATTATATACATCATACAGTGATCGGTTTTAGGGTAAT 2643 ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2569 AAGTGTCAACTAGAGAGAGTTTGATTATATACATCATACAGTGATCAGTTTTAGGGTAAT 2628 Query 2644 ACAAAGGC--TCTATTACCCATGAGTTTT 2670 |||||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 2629 ACAAAGGCCATTTATTACCCATGAGTTTT 2657 Score = 296 bits (160), Expect = 7e-79 Identities = 184/196 (94%), Gaps = 0/196 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2848 AAAATACCATGATGTTATATTTGTGGAATCATTTTATACCAAACACGGAATATTTTGTTC 2907 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2770 AAAATAACATGATGTTATATTTGTGGAATCATTTTATACCAAACACGGAATATTTTGTTC 2829 Query 2908 AAGGGAATCAATGATATTTTGGCTAATAAGTACTTACTAAAGTTTATCTATCATTTAATT 2967 |||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||| |||| ||||||||||||| Sbjct 2830 TAGGGAATCAATGATATTTTGGCAAATAACTAGTTGCTAAAATTTAACTATCATTTAATT 2889 Query 2968 ACCTTACTAGTTTTGTTATTTCCTTAAATATTGGGCTTATCCAGAGCAATTAGTCTTTTG 3027 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2890 ACCTTACTAATTTTGTTATTTCCTTAAATATTGGGATTATCCAGAGCAATTAGACTTTTG 2949 Query 3028 TATCATTAACAGAATT 3043 ||||||||||| |||| Sbjct 2950 TATCATTAACATAATT 2965 Score = 237 bits (128), Expect = 4e-61 Identities = 161/177 (91%), Gaps = 2/177 (1%) Strand=Plus/Plus Query 3392 TATTATTTGATTTGCTCAATAAAAATGTATGATGCTTGGATCTAGTTTAA-GAAAATTAA 3450 ||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||| Sbjct 3173 TATTATTTGATTTACACAATAAAAATGAATAATGCTTGGATCTAGTTTAATAAAAAATAA 3232 Query 3451 ATCTAATTTCTAATTCTGCTAGATTATATTGGACTATTTAGTCAACAAA-TGATAATTAT 3509 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||||||||| Sbjct 3233 ATCTAATTTCTAATTCTGCTAGATTATATTGGACTCTTTAGTTAATAAAATGATAATTAT 3292 Query 3510 ATTATCAAAAGATATAATTTTGAATACGACAATTAAATTACTTATTTCAACTATTTG 3566 | ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3293 AATATGAAAGGATATAAATTTGAATACGACAATTAAATTACTTATTTCAACAATTTG 3349 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 135218556869 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5