BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63840.1
Length=3043
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951196 jgi|Araly1|951196|scaffold_803083.1 4671 0.0
Ahg894287 jgi|Araly1|894287|Al_scaffold_0006_2283 490 3e-137
> Ahg951196 jgi|Araly1|951196|scaffold_803083.1
Length=2808
Score = 4671 bits (2529), Expect = 0.0
Identities = 2692/2773 (97%), Gaps = 2/2773 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGATCTCTTCTCTTTGTACTATCACTCATTTGCTTTTGCTCTCAAACAGCACTTTCA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 23 ATGAGATCTCTTCTCTTTGTACTATCACTCATTTGCTTCTGCTCACAAACAGCACTTTCA 82
Query 61 TGGAAGAAGGAAGAGTTTCGCAGCTGTGACCAAACTCCATTTTGTAAACGCGCTCGATCT 120
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 83 TGGAAGAAGGAAGAGTTTCGCAGCTGTGAACAAACTCCATTTTGTAAACGCGCTCGATCT 142
Query 121 CGTACTCCCGGCGCGTGTTCTCTAATTGTCGGCGATGTTTCCATCACTGATGGAGATCTC 180
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 CGTACTCCCGGCGCGTGTTCTCTGATTGTCGGCGATGTTTCCATCACTGATGGAGATCTC 202
Query 181 GTAGCGAAGCTTCTACCGAAAGCGCCTAATCAAGGCGATGGGGATCAGATCAAGCCGTTG 240
||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 203 GTAGCGAAGCTTCTACCGAAAACGCCTAATCATGGCGACGGGGATCAGATCAAGCCGTTG 262
Query 241 ATTCTTTCTCTCTCAGTTTACAAGGATGGGATCGTGCGGCTTAAAATCGATGAGGACCAT 300
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 263 ATTCTATCTCTCTCGGTTTACAAGGATGGGATCGTGCGGCTCAAAATCGATGAGGACCAT 322
Query 301 TCGTTGAACCCGCCGAAGAAGAGGTTCCAAGTTCCTGATGTGGTAGTGTCTGAGTTTGAG 360
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 323 TCGTTGAACCCGCCGAAGAAGAGGTTTCAAGTTCCTGATGTGGTAGTGTCTGAGTTCGAG 382
Query 361 GAGAAGAAGATCTGGCTGCAGAAAGTAGCGACGGAGACGATCTCTGGAGACACTAGTCCG 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 GAGAAGAAGATCTGGCTGCAGAAAGTAGCGACGGAGACGATCTCTGGAGACACTAGTCCG 442
Query 421 TCTTCAGTAGTTTATGTATCCGATGGTTACGAGGCGGTGGTGCGACACGATCCGTTTGAG 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 443 TCTTCAGTAGTTTATGTATCCGATGGCTACGAGGCAGTGGTGCGGCACGATCCGTTTGAA 502
Query 481 GTGTATGTGCGTGAGAAATCAGGTGATCGCCGTCGCGTTGTGTCATTGAATTCTCATGGA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 GTGTATGTGCGTGAGAAATCAGGTGATCGCCGTCGCGTTGTGTCATTGAATTCTCATGGA 562
Query 541 TTATTTGATTTTGAGCAGTTGGGGAGGAAAACTGAAGGAGATAACTGGGAAGAGAAATTT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 CTATTTGATTTTGAGCAGTTGGGGAGGAAAACTGAAGGAGATAACTGGGAAGAGAAATTT 622
Query 601 AGGACTCATACAGATTCTAGACCATCTGGTCCTCAATCTATTAGTTTCGATGTTTCGTTT 660
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 623 AGGACTCATACGGATTCTAGACCATCTGGTCCTCAATCCATTAGCTTCGATGTTTCATTT 682
Query 661 TATGATTCCAGTTTCGTTTATGGAATTCCTGAACACGCCACTAGCTTCGCGTTGAAGCCT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 683 TATGATTCCAGTTTCGTTTATGGAATTCCTGAACACGCCACTAGCTTCGCGTTGAAGCCT 742
Query 721 ACCAAGGGTCCTGGAGTTGAGGAATCTGAACCCTACAGGCTTTTTAATCTAGATGTGTTT 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 743 ACCAAGGGTCCTGGAGTTGAGGAATCTGAACCCTACAGGCTGTTTAATCTAGATGTTTTT 802
Query 781 GAATACGATCATGAATCACCGTTTGGGCTTTACGGGTCGATTCCGTTCATGGTTTCGCAT 840
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 803 GAATACGATCATGAATCACCATTTGGGCTTTACGGGTCGATTCCATTCATGGTTTCACAT 862
Query 841 GGGAAGTCTGGTAAAACTTCAGGATTTTTCTGGTTGAATGCTGCGGAAATGCAGATTGAT 900
||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 863 GGGAAATCTGCTAAAACTTCAGGTTTTTTCTGGTTGAATGCTGCGGAAATGCAGATTGAT 922
Query 901 GTGTTGGCTAATGGTTGGGATGCAGAGAGTGGTATTTCTTTGCCTTCTAGTCACAGTAGG 960
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 923 GTGTTGGCTAATGGATGGGATGCAGAGAGTGGTATTTCTTTGCCTTCTAGTCAGAGTAGG 982
Query 961 ATCGACACATTCTGGATGAGCGAGGCAGGGATTGTGGATACATTCTTTTTCGTTGGGCCT 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 983 ATCGACACATTCTGGATGAGCGAGGCAGGGATCGTGGATACATTCTTTTTCGTCGGGCCA 1042
Query 1021 GAGCCAAAGGATGTTGT-AAAGCAGTATGCAAGTGTGACAGGTACTTCAGCCATGCCTCA 1079
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1043 GAGCCAAAGGATGTTGTGAAA-CAGTATGCAAGTGTGACAGGTACTTCGGCCATGCCTCA 1101
Query 1080 GTTGTTTGCCACTGGTTATCATCAATGTAGGTGGAACTACAAAGATGAGGAGGATGTGGC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 GTTGTTTGCCACTGGTTATCATCAATGTAGGTGGAACTACAAAGATGAGGAGGATGTGGC 1161
Query 1140 ACAGGTGGACTCGAAATTCGATGAACACGATATTCCTTATGATGTTCTCTGGCTTGACAT 1199
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 ACAGGTGGACTCGAAATTCGATGAGCACGATATTCCTTATGATGTTCTCTGGCTTGACAT 1221
Query 1200 TGAGCATACAGATGGGAAGAGATACTTTACATGGGATAGTGTGTTGTTTCCTCATCCAGA 1259
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 CGAACATACAGATGGGAAGAGATACTTTACATGGGATAGTGTGTTGTTTCCTCATCCAGA 1281
Query 1260 GGAGATGCAAAAGAAATTGGCTGCAAAGGGTAGGAAGATGGTGACCATTGTGGATCCTCA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 GGAGATGCAAAAGAAATTGGCTGCAAAGGGTAGGAAGATGGTGACCATTGTGGATCCTCA 1341
Query 1320 TATCAAGAGGGATGACTCATACTTCTTACACAAAGAGGCTACTCAGATGGGATACTATGT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 TATCAAGAGGGATGACTCATACTTCTTACACAAGGAGGCTACTCAGATGGGATACTATGT 1401
Query 1380 TAAGGATTCATCTGGAAAAGACTTTGATGGTTGGTGCTGGCCTGGTTCATCATCTTACAT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1402 TAAGGATTCATCTGGAAAAGACTTTGATGGTTGGTGCTGGCCTGGTTCATCATCATACAT 1461
Query 1440 TGATATGTTGAGCCCAGAGATTAGAAAATGGTGGGGTGGGAGGTTCTCGTATAAGAACTA 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1462 TGATATGTTGAGCCCAGAGATTAGAAAATGGTGGGGTGGGAGGTTCTCATATAAGAACTA 1521
Query 1500 TGTTGGTTCAACTCCATCATTGTACACCTGGAATGACATGAATGAGCCTTCTGTATTCAA 1559
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1522 TGTTGGTTCAACTCCATCATTATACACCTGGAATGATATGAATGAGCCTTCCGTATTCAA 1581
Query 1560 TGGTCCCGAGGTTACTATGCCAAGAGATGCATTACATGTTGGGGGTGTTGAACACAGAGA 1619
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1582 TGGTCCTGAGGTTACTATGCCAAGAGATGCATTACATGTTGGGGGTGTTGAACACAGAGA 1641
Query 1620 AGTTCATAACGCATATGGATATTACTTCCACATGGCGACTTCCGATGGACTTGTTATGCG 1679
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1642 AGTTCATAACGCATATGGATATTACTTTCACATGGCGACTTCCGATGGGCTTGTTATGCG 1701
Query 1680 TGAAGAAGGAAAGGATAGGCCTTTTGTATTGTCAAGAGCAATCTTTCCCGGCACTCAAAG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 TGAAGAAGGAAAGGATAGGCCTTTTGTATTGTCAAGAGCAATCTTTCCCGGCACTCAAAG 1761
Query 1740 ATACGGAGCAATTTGGACTGGAGATAACACAGCCGAATGGGAACACCTTAGAGTCTCCAT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 ATACGGAGCAATTTGGACTGGAGATAACACAGCCGAATGGGAACACCTTAGAGTCTCCAT 1821
Query 1800 TCCAATGATATTGACACTTGGTCTTACTGGAATTACATTCTCTGGAGCTGATATTGGTGG 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1822 TCCAATGATATTGACACTTGGTCTTACTGGAATTACATTCTCGGGAGCTGATATTGGTGG 1881
Query 1860 GTTTTTTGGAAATCCTGAACCAGAACTTCTAGTTAGGTGGTACCAAGTGGGTGCTTACTA 1919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1882 GTTTTTTGGAAATCCTGAACCAGAACTTCTAGTTAGGTGGTATCAAGTGGGTGCTTACTA 1941
Query 1920 TCCATTTTTCAGGGGTCATGCTCATCACGATACCAAAAGACGAGAGCCTTGGTTGTTTGG 1979
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1942 TCCATTTTTCAGGGGTCATGCTCATCATGATACCAAAAGACGAGAGCCTTGGTTGTTCGG 2001
Query 1980 TGAACGGAACACAGAACTCATGAGAGATGCCATACACACTCGTTACACACTGCTCCCATA 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 TGAACGGAACACAGAACTCATGAGAGATGCCATTCACACTCGTTACACACTGCTCCCATA 2061
Query 2040 CTTCTACACGTTGTTCAGAGAAGCAAACGTTACGGGTGTTCCTGTTGTACGCCCATTATG 2099
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 CTTCTACACGTTGTTCAGAGAAGCAAACGTCACGGGTGTTCCTGTTGTACGCCCATTATG 2121
Query 2100 GATGGAATTCCCGCAAGATGAAGCTACTTTTAGCAACGATGAAGCCTTCATGGTCGGTAG 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 GATGGAATTCCCGCAAGATGAAGCTACTTTTAGCAACGATGAAGCCTTCATGGTCGGTAA 2181
Query 2160 TGGTCTACTGGTTCAAGGAGTTTACACCAAGGGAACAACGCAAGCTTCCGTGTATTTGCC 2219
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2182 TGGTCTACTAGTTCAAGGAGTTTACACTAAGGGAACAACACAAGCTTCAGTGTATTTGCC 2241
Query 2220 TGGCAAAGAATCATGGTATGACTTGAGAAACGGTAAGACTTACGTTGGAGGCAAGACTCA 2279
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2242 TGGCAAAGAATCATGGTATGACCTGAGAAACGGTAAGACTTATGTTGGAGGCAAGACTCA 2301
Query 2280 CAAGATGGATGCTCCAGAGGAGAGTATTCCTGCGTTTCAAAAGGCAGGAACCATCATCCC 2339
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 CAAGATGGACGCTCCAGAGGAGAGTATTCCTGCATTTCAGAAGGCAGGAACCATCATCCC 2361
Query 2340 AAGGAAGGACCGGTTTAGGCGAAGTTCCTCTCAAATGGACAATGATCCTTATACTTTGGT 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 AAGGAAGGACCGGTTTAGGCGAAGTTCCTCTCAAATGGACAATGATCCTTATACTTTGGT 2421
Query 2400 GGTAGCTTTGAACAGTTCTCAAGAAGCAGAAGGTGAACTCTACATCGATGACGGCAAAAG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2422 GGTAGCTTTGAACAGTTCTCAAGAAGCAGAAGGTGAACTTTACATCGACGACGGCAAAAG 2481
Query 2460 CTTTGAATTCAGACGAGGCTCTTACATCCATCGTCGCTTCGTCTTCTCAAAGGGTGTTCT 2519
|||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2482 CTTTGAATTCAGGCGAGGCTCTTACATCCATCGCCGCTTCGTCTTCTCGAATGGTGTTCT 2541
Query 2520 TACATCAACGAACTTAGCTCCTCCAGAAGCTCGTCTCTCTTCCCAATGCTTGATCGACAG 2579
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2542 TACATCAACGAACTTAGCTCCTCCACAAGCTCGTCTCTCTTCCCAATGCTTGATAGACAG 2601
Query 2580 AATTATCCTCTTGGGACACAGCTCAGGTCCAAAATCTGCGTTGGTGGAACCGTTGAATCA 2639
||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2602 AATAATCCTCTTGGGACACAGCTCAGGACCGAAATCTGCATTGGTCGAACCGTTGAATCA 2661
Query 2640 AAAGGCAGAGATTGAGATGGGACCTCTGCGAATGGGTGGGCTTGTAGCTTCCTCGGGTAC 2699
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2662 AAAGGCAGAGATCGAGATGGGACCGCTGCGAATGGGTGGGCTTGTAGCTTCTTCGGGTAC 2721
Query 2700 AAAGGTGTTGACTATCCGCAAACCGGGTGTTCGAGTGGACCAAGACTGGACCGTAAAGAT 2759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2722 AAAGGTGTTGACTATCCGCAAACCGGGTGTTCGAGTGGACCAAGACTGGACCGTAAAGAT 2781
Query 2760 TCTGTGATTGAAC 2772
|||||||||||||
Sbjct 2782 TCTGTGATTGAAC 2794
> Ahg894287 jgi|Araly1|894287|Al_scaffold_0006_2283
Length=456
Score = 490 bits (265), Expect = 3e-137
Identities = 299/315 (95%), Gaps = 4/315 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1259 AGGAGATGCAAAAGAAATTGGC-TGCAAAGGGTAGGAAGATGGTGACCATTGTGGATCCT 1317
|||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGGAGATGCAAAAGAATTTGGCAGGAAAAGGGTAGGAAGATGGTGACCATTGTGGATCCT 60
Query 1318 CATATCAAGAGGGATGACTCATACTTCTTACACAAAGAGGCTACTCAGATGGGATACTAT 1377
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 61 CATATCAAGAGGGATGACTCATACTTCTTACACAAGGAGGCTACTCGGATGGGATACTAT 120
Query 1378 GTTAAGGATTCATCTGGAAAAGACTTTGATGGTTGGTGCTGGCCTGGTTCATCATCTTAC 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 121 GTTAAGGATTCATCTGGAAAAGACTTTGATGGTTGGTGCTGGCCTGGTTCATCATCATAC 180
Query 1438 ATTGATATGTTGAGCCCAGAGATTAGAAAATGGTGGGGTGGGAGGTTCTCGTATAAGAAC 1497
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 181 ATTGATATGTTGAGCCCACAGATTAGAAAATGGTGGGGTGGTAGGTTCTCATATAAGAAC 240
Query 1498 TATGTTGGTTCAACTCCATCATTGTACACCTGGAATGACATGAATGAGCCTTCTGTATTC 1557
|||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 241 TATGTTGGGTCAACTCCAT--T-GTATACCTGGAATGACATGAATGAGCCTTCCGTATTC 297
Query 1558 AATGGTCCCGAGGTT 1572
|||||||||||||||
Sbjct 298 AATGGTCCCGAGGTT 312
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114918269165
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5