BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63890.2
Length=1672
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg918173 jgi|Araly1|918173|Al_scaffold_0008_2924 2333 0.0
> Ahg918173 jgi|Araly1|918173|Al_scaffold_0008_2924
Length=1410
Score = 2333 bits (1263), Expect = 0.0
Identities = 1361/1410 (97%), Gaps = 0/1410 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 103 ATGTCCCTCAATCTGTCTCGTCTTTCGCTTCTCTCGTCCCCACGTATCTCGATTTCAACT 162
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCCATCAATCTGTCTCGTCTTTCGCTTCTCTCGTCCCCACGTATCTCGATTTCAACT 60
Query 163 CACGCTCCTCGGAAAGGATACGTTTGTTGCTCTATGAAGTCTTATAGATTATCTGAACTT 222
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 CACGCTCCTCACAAAGGATACGTTTGTTGCTCGATGAAGTCTTACCGATTATCTGAACTT 120
Query 223 AGTTCTTCCCAAGTTGATAGTTTGAAGTCACGCCCTCGCATTGACTTCTCTTCTATTTTC 282
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACTTCTTCCCAAGTTGATAGTTTGAAGTCACGCCCTCGCATTGACTTCTCTTCTATTTTC 180
Query 283 GCCACTGTGAACCCGATTATCGATGCTGTTCGTAGCAATGGGGATAATGCTGTCAAAGAA 342
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 181 GCCACTGTGAACCCGATTATCGACGCTGTTCGTAGCAATGGGGATACTGCTATCAAAGAA 240
Query 343 TACACTGAAAGATTTGACAAAGTCCAGCTGAATAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTT 402
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TACACTGAAAGATTCGACAAAGTCCAACTGAACAAAGTTGTGGAAGATATGTCTGAGCTT 300
Query 403 TCTGTTCCTGAGCTCGATTCCAATGTCAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATA 462
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTGTTCCTGAGCTCGATTCCAATGTGAAAGAAGCGTTTGATGTTGCGTATGACAACATA 360
Query 463 TATGCGTTTCACTTAGCCCAAAAGTCAACTGAGAAAAGCGTTGAGAATATGAAAGGTGTC 522
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATGCATTTCACTTGGCCCAAAAGTCAACTGAGAAAAGCGTTGAGAATATGAAAGGTGTC 420
Query 523 AGATGTAAAAGGGTGTCAAGATCTATTGGCTCTGTAGGTCTTTATGTGCCTGGTGGAACA 582
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 AGATGTAAAAGGGTGTCTAGATCTATTGGCTCTGTAGGTCTTTATGTGCCTGGTGGAACA 480
Query 583 GCTGTTTTGCCATCAACGGCTTTGATGCTTGCTATTCCTGCTCAAATTGCTGGATGTAAA 642
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 GCTGTTTTGCCATCAACTGCTTTGATGCTTGCAATTCCTGCTCAAATTGCTGGATGTAAA 540
Query 643 ACAGTTGTTCTTGCAACTCCACCAAGTAAGGATGGAAGCATTTGTAAGGAGGTTCTGTAT 702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 541 ACAGTTGTTCTTGCAACTCCACCAAGTAAGGATGGAAGCATATGTAAGGAGGTTCTGTAT 600
Query 703 TGCGCCAAGAGGGCTGGTGTTACTCACATACTCAAAGCTGGTGGAGCGCAGGCTATAGCT 762
|| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGTGCCAAGAGAGCTGGTGTAACTCACATACTCAAAGCTGGTGGAGCGCAGGCTATAGCT 660
Query 763 GCCATGGCCTGGGGGACAGATTCTTGTCCAAAGGTTGAGAAGATTTTTGGTCCTGGGAAC 822
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GCCATGGCCTGGGGGACAGATTCTTGTCCAAAGGTTGAGAAGATTTTTGGTCCTGGGAAC 720
Query 823 CAGTATGTCACAGCTGCTAAGATGATTCTTCAAAACAGCGAGGCAATGGTCTCAATCGAT 882
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 721 CAGTATGTTACAGCTGCTAAGATGATTCTTCAAAACAGCGAGGCAATGGTCTCAATTGAT 780
Query 883 ATGCCTGCTGGTCCTTCAGAAGTCCTAGTTATTGCTGACGAACATGCTAGTCCAGTTTAC 942
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATGCCTGCTGGTCCTTCAGAAGTCCTAGTTATTGCTGATGAACATGCTAGTCCAGTTTAC 840
Query 943 ATTGCAGCAGACTTACTTTCTCAGGCGGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTA 1002
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATTGCAGCAGACTTACTTTCTCAGGCTGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTT 900
Query 1003 GTTGTGGGCGATAGTGTAGATCTCAACGCCATCGAAGAAGAAATTGCCAAGCAGTGCAAA 1062
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTTGTAGGCGATGGTGTAGATCTCAACGCCATCGAAGAAGAAATTGCCAAGCAGTGCAAA 960
Query 1063 AGCCTTCCTAGAGGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTAAGTCACAGTTTCACAGTGTTTGCT 1122
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGCCTTCCTAGAGGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTAAGTCACAGTTTCACAGTGTTTGCT 1020
Query 1123 CGAGATATGATTGAGGCAATATCTTTCTCAAATCTATATGCACCCGAACATTTGATCATC 1182
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 CGAGATATGATTGAGGCAATATCTTTCTCAAATCTGTATGCACCAGAACATTTGATCATC 1080
Query 1183 AATGTCAAAGACGCTGAGAAATGGGAGGGACTGATTGAGAACGCAGGCTCGGTTTTCATA 1242
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1081 AATGTCAAAGACGCTGAGAAATGGGAAGGACTGATTGAGAACGCGGGCTCGGTTTTCATA 1140
Query 1243 GGACCATGGACTCCAGAGAGTGTTGGGGATTATGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA 1302
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGGCCATGGACTCCAGAGAGTGTCGGGGATTATGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA 1200
Query 1303 ACATATGGATATGCAAGAATGTACAGTGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCCTAAAGTTCATG 1362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1201 ACATATGGATATGCAAGAATGTACAGTGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCCTGAAGTTCATG 1260
Query 1363 ACTGTACAATCTTTGACAGAGGAAGGTCTGAGAAACCTCGGCCCTTATGTAGCAACTATG 1422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||
Sbjct 1261 ACTGTACAATCTTTGACAGAGGAAGGTCTGAGAAACCTTGGTCCTTATGTGGCGACAATG 1320
Query 1423 GCTGAAATCGAAGGTTTAGATGCACACAAGAGAGCCGTTACTCTCAGACTCAAGGATATC 1482
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GCTGAAATCGAAGGTTTAGATGCACACAAGAGAGCTGTCACTCTCAGACTCAAGGATATC 1380
Query 1483 GAAGCCAAACAGCTTGCATAATCCAATTGA 1512
||||| ||||||||||| || | ||||||
Sbjct 1381 GAAGCTAAACAGCTTGCCCAAACAAATTGA 1410
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62696543270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5