BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63920.1
Length=3042
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496584 jgi|Araly1|496584|fgenesh2_kg.8__2400__AT5G63920.1 4713 0.0
> Ahg496584 jgi|Araly1|496584|fgenesh2_kg.8__2400__AT5G63920.1
Length=2849
Score = 4713 bits (2552), Expect = 0.0
Identities = 2743/2836 (97%), Gaps = 10/2836 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 72 aaaaaaaCGTAATTACTAACCGTTAGGGTTTTCTTTACCGGCGATGTCGCGACGAGGCGG 131
|||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 AAAAAATCGAAATTACTAACCGTTAGGGTTTT-TTTACCGGCGATGTCGCGACGAGGGGG 59
Query 132 TGGCCCCGTGACAGTGTTGAACGTGGCGGAGAAGCCGTCCGTGGCGAAGTCAGTGGCGGG 191
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TGGCCCCGTGACGGTGCTGAACGTGGCGGAGAAGCCGTCCGTGGCGAAGTCAGTGGCGGG 119
Query 192 GATTCTATCCCGTGGAACTTTCCGGACTCGGGAGGGTAGGTCTCGGTACAACAAAATCTT 251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GATTCTATCCCGTGGAACTTTCCGGACTCGGGAGGGTAGGTCTCGGTACAACAAAATCTT 179
Query 252 CGAGTTCGATTACGCCATCAATGGGCAGCCGTGTCGTATGCTAATGACCTCCGTCATCGG 311
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 180 CGAGTTCGATTACGCCATCAATGGCCAGCCATGTCGTATGCTAATGACCTCCGTCATTGG 239
Query 312 CCACCTGATGGAGCTTGAGTTCGCCGATCGTTACCGCAAATGGCACTCCTGCGACCCGGC 371
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CCACCTGATGGAGCTTGAGTTCGCCGATCGTTACCGCAAATGGCACTCCTGCGACCCGGC 299
Query 372 AGATCTGTACCAAGCTCCGGTCATGAAACACGTTCCCGAGGACAAAAAGGATATTAAGAA 431
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGATCTATACCAAGCTCCGGTCATGAAACACGTTCCCGAGGACAAAAAGGATATTAAGAA 359
Query 432 GACATTGGAGGAGGAGGCAAGGAAAAGCGACTGGCTTGTGCTGTGGCTTGATTGTGATAG 491
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GACATTGGAGGAGGAAGCAAGGAAAAGCGACTGGCTTGTGCTGTGGCTTGATTGTGATAG 419
Query 492 GGAAGGTGAAAACATTGCATTTGAAGTTGTAGATGTTTGCAGAGCTGTCAAGCATAATCT 551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 GGAAGGTGAAAACATTGCATTTGAAGTTGTAGATGTTTGCAGAGCTGTCAAACATAATCT 479
Query 552 TTTTATACGCAGGGCTCATTTCTCTGCGTTAATTGACAGGGATATTCATGAAGCAGTTCA 611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TTTTATACGCAGGGCTCATTTCTCTGCGTTAATTGACAGGGATATTCATGAAGCAGTTCA 539
Query 612 GAATCTTAGAGATCCTAATCAATTGTTTGCTGAGGCTGTAGATGCTAGACAAGAAATAGA 671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GAATCTTAGAGATCCTAATCAATTGTTTGCTGAGGCTGTAGATGCTAGACAAGAAATAGA 599
Query 672 CCTACGCATTGGTGCTTCTTTCACTAGATTTCAGACTATGCTGCTGAGAGATAGGTTTGC 731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 CCTACGCATTGGTGCTTCTTTCACTAGATTTCAGACTATGCTGCTGAGAGATAGGTTTGC 659
Query 732 TATTGACTCTACGGGTGAGGAGAGGAGTCGTGTTATAAGTTATGGTCCGTGTCAGTTTCC 791
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 660 TATTGACTCCACGGGTGAGGAGAGGAGTCGTGTTATAAGTTATGGTCCTTGTCAGTTTCC 719
Query 792 TACACTTGGCTTTATTGTCGAGCGATACTGGGAGATCCAGGCACATGAACCAGAAGAGTT 851
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TACACTTGGCTTTATTGTAGAGCGATACTGGGAGATCCAGGCACATGAACCAGAAGAGTT 779
Query 852 TTGGACAATCAACTGTTCTCACCAATCAGAAGAAGGCCTTGCCACCTTTAATTGGATGCG 911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTGGACAATCAACTGTTCTCACCAATCAGAAGAAGGCCTTGCCACCTTTAATTGGATGCG 839
Query 912 TGGTCATCTCTTCGATTATGCTTCAGCTGTCATATTATATGAGATGTGCGTTGAGGAACC 971
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGGTCATCTCTTCGATTACGCTTCAGCTGTCATATTATATGAGATGTGCGTTGAGGAACC 899
Query 972 TACTGCCACTGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTCAAGTATCCTCCTTATCC 1031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 900 TACTGCCACTGTAATGAATGTCCCACATCCAAGGGAACGATTGAAATATCCTCCTTATCC 959
Query 1032 TTTGAACACGATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATATTTCCGTCTGAGTTCAGAGCA 1091
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 960 TTTGAACACCATTGAACTTGAAAAACGTGCTTCAAGATACTTCCGCCTGAGTTCAGAGCA 1019
Query 1092 CACCATGAAGGTGGCAGAAGAATTATATCAGGCTGGTTTCATCAGCTATCCTCGTACGGA 1151
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1020 CACCATGAAGGTGGCAGAAGAATTATACCAGGCTGGTTTCATCAGCTATCCTCGTACAGA 1079
Query 1152 GACCGATTCTTTTTCGAGCAGGACAGATTTACGTGCTATGGTGGAGGAACAAACAAGACA 1211
||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1080 GACTGATTCTTTTTCTAGCAGGACAGATTTATGTGCTATGGTGGAGGAACAAAGAAGACA 1139
Query 1212 TCCTGCATGGGGATCATATGCACAAAGATTATTAGAACCTGAGGGGGGCCTCTGGAGAAA 1271
|||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1140 TCCTGCCTGGGGTTCATATGCACAAAGACTATTAGAGCCTGAGGGCGGCCTCTGGAGAAA 1199
Query 1272 CCCTGCTAATGGTGGTCATGATGACAAGGCTCACCCACCCATTCACCCAACAAAGTTTTC 1331
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1200 CCCTGGTAATGGTGGTCATGATGACAAGGCTCACCCACCCATTCACCCGACAAAGTTTTC 1259
Query 1332 TAGCGGAGAGTCTAACTGGAGCAGAGATCACCTTAATGTATATGAGCTAGTTGTCCGCCA 1391
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TAGCGGAGAGTCTAACTGGAGCAGAGATCATCTTAATGTATATGAGCTAGTTGTCCGCCA 1319
Query 1392 TTACCTAGCATGTGTTTCCCAGCCAGCAGTTGCTGCTGAAACTACAGTCGAGATTGATAT 1451
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1320 TTACCTAGCATGTGTTTCCCAGCCAGCAAAAGCTGCTGAAACTACAGTCGAAATTGATAT 1379
Query 1452 CGCTGGTGAGCGCTTTTCTGCATCTGGGAGAGCAATATTAGCCAAAAATTACCTTGAGGT 1511
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1380 TGCTGGTGAACGCTTTTCTGCATCTGGGAGAGCAATATTAGCTAAAAATTACCTTGAGGT 1439
Query 1512 GTACCGCTTTGAATCATGGGGTGGTTCAGTGATTCCCGTGTATGAAAAAGGGCAGCAGTT 1571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTACCGCTTTGAATCATGGGGTGGTTCAGTGATTCCCGTGTATGAAAAAGGGCAGCAGTT 1499
Query 1572 TATCCCAACAACTTTGACTCTCGATGCAGCTGTAACAAGGCCACCACCACTATTGTGTGA 1631
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1500 TATCCCAACAACTTTGACTCTTGATTCAGCTGTAACGAGGCCACCACCGCTATTGTGTGA 1559
Query 1632 AGCTGACTTACTGAGTTGTATGGACAAGGCAGGCATTGGCACCGATGCGACAATGCACGA 1691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1560 AGCTGACTTACTGAGTTGTATGGACAAGGCAGGCATTGGCACCGATGCTACAATGCACGA 1619
Query 1692 CCACATAAAGAAACTCCTTGATCGGGGTTATGCAACAAAGGATGCTAATACACGGTTTTC 1751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1620 CCACATAAAGAAACTCCTTGATCGGGGTTATGCAACAAAGGATGCTAATACGCGGTTTTC 1679
Query 1752 TCCAACCAACCTGGGTGAGGCGCTTGTGATGGGATATGATGACATGGGGTATGAACTTTG 1811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TCCAACCAACCTGGGTGAGGCGCTTGTGATGGGATATGATGACATGGGGTATGAACTTTG 1739
Query 1812 GAAACCAAATCTCAGAGCCCTTATGGAACATGATATGAATGAAGTTAGCGTTGGCAGGAA 1871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1740 GAAACCAAATCTCAGAGCCCTTATGGAACATGATATGAATGAAGTTAGTGTTGGCAGGAA 1799
Query 1872 GACCAAAGCTGAAGTTCTTGAAACATGTTTGCAGCAAATGAAAGCTTGTTTCTTAGATGC 1931
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GACCAAAGCTGAGGTTCTTGAAACATGTTTGCAGCAAATGAAAGCTTGTTTCTTAGATGC 1859
Query 1932 AAGAGTaaaaaaaTCAAAGCTCCTAGAAGCAATGACAATTTTCTTTGAAAGATCTAATAA 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AAGAGTAAAAAAATCAAAGCTCCTAGAAGCAATGACAATTTTCTTTGAAAGATCTAATAA 1919
Query 1992 CACTGATGAGAGTGAAAGTCAGACAGCTGGTGAAGTTGTCCGACGATGCAATCTCTGCAA 2051
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1920 CACTGATGAAAGTGAAAGTCAGACAGCTGGTGAAGTTATCCGACGATGCAACCTCTGCAA 1979
Query 2052 TGAATCAGATATGGCACTCAGGAAGAACCGGGATGGCAATTTCATGGTTGGGTGCATGAA 2111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 TGAATCAGATATGGCACTCAGGAAGAACCGGGATGGCAATTTCATGGTTGGGTGCATGAA 2039
Query 2112 TTATCCTCAGTGTCGGAATGCAGTCTGGCTTCCTGGACCGACATTGGAAGCATCTGTCAC 2171
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TTATCCTCAGTGTCGAAATGCGGTCTGGCTTCCTGGACCAACATTGGAAGCATCTGTCAC 2099
Query 2172 TACTAATGTTTGTCAATCCTGTGGTCCAGGCCCGGTCTACAAGATACTTTTCAAGTTCCG 2231
|||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 TACTGATGTTTGTCAAACCTGTGGTCCAGGCCTAGTCTACAAGATACTTTTCAAGTTCCG 2159
Query 2232 TCAAATTGGAATTCCACCAGGCTTTGATGTTAATCACTTAGGTTGCGTGGGTGGCTGTGA 2291
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 2160 TCAAATTGGAATTCCACCAGGCTTTGATGTTAATCACTTAGGTTGCATCGGTGGCTGTGA 2219
Query 2292 TGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATCTGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAGCAAGGAG 2351
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 TGACATTCTTAAACAGTTGATAGACATATGTGGAACTGGATCCCGTTCTCAAGCAAGGAG 2279
Query 2352 AACTCCAGGTACTGCACCGTCAAACAATATCCAAGGAAGCAACACAAGACAGAGTAATGT 2411
| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2280 AGCTCCAGGTACTGTACCATCAAACAATATCCAAGGAAGCAACACAAGACAGAGTAATGT 2339
Query 2412 CTGCATACATTGTCAGCAACGAGGACATGCTTCCACGAATTGTCCCTCACGGGTTCCAGC 2471
|||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| | ||||
Sbjct 2340 CTGCATACATTGCCAGCAACGAGGACATGCGTCTGCTAATTGTCCCTCACGGGCTACAGC 2399
Query 2472 ATCTCGAAATTCTCGTCCTACTGCAACAAATCCGAGAAACGATGAAAGTACAGTATCATG 2531
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2400 ATTTCGAAATTCTCGTCTTACTGCAACAAATCCGAGAAACGATGAAAGTACAGTTTCATG 2459
Query 2532 TAACACTTGTGGATCACAATGTGTTCTTCGTACAGCCAACACAGAAGCTAACAGGGGAAG 2591
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 TAACACTTGTGGAACACAATGTGTTCTTCGTACAGCCAACACAGAAGCTAACAGGGGAAG 2519
Query 2592 ACAATTCTTCTCATGTCCAACACAAGGCTGCAGTTTCTTTGCATGGGAAGATAGCATAAA 2651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2520 ACAATTCTTCTCATGTCCAACACAAGGCTGCAGTTTCTTTGCATGGGAAGATAGCATTAA 2579
Query 2652 CAACAGTAGTGGGAATGCAACAACAGGGTCTAATAGCGGCGGGAGCGGTAGACGTGGCAG 2711
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2580 CAACAGTAGTGGGAATGCAACAACTGGGTCTAATAGCGGCGGAAGCGGTAGACGTGG--- 2636
Query 2712 CCGTGGTCGTGGCCGTGGAGGTAGAGGCGGCCAAAGCAGTGGAGGACGACGCGGCTCTGG 2771
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 ---T---CGTGGCCGTGGAGGTAGAGGCGGCCAAAGTGGTGGAGGACGACGCGGCTCTGG 2690
Query 2772 AACAAGCTTTGTCTCTGCAACTGGAGAGCCAGTGAGTGGTATAAGGTGCTTCTCATGTGG 2831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 AACAAGCTTTGTCTCTGCAACTGGAGAGCCAGTGAGTGGTATAAGGTGCTTCTCATGTGG 2750
Query 2832 CGATCCTTCACATTTTGCTAACGCTTGTCCTAATCGTAATAACTCTAACGGTAACTATTT 2891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 TGATCCTTCACATTTTGCTAACGCTTGTCCTAATCGTAATAACTCTAACGGTAACTATTA 2810
Query 2892 CTAAGTCTACTTACTA 2907
||||||||||||||||
Sbjct 2811 CTAAGTCTACTTACTA 2826
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 114880178920
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5