BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63930.1
Length=3416
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496585 jgi|Araly1|496585|fgenesh2_kg.8__2401__AT5G63930.1 5546 0.0
> Ahg496585 jgi|Araly1|496585|fgenesh2_kg.8__2401__AT5G63930.1
Length=3373
Score = 5546 bits (3003), Expect = 0.0
Identities = 3267/3393 (96%), Gaps = 23/3393 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTAAAGGAAATGATGAAGCTTGCTGtttttttCATATCTCTTCTTCTTATCCTTCTG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGTAAAGGAAATGATGAAGCTTGCTGTTTTTTTCATATCTCTTCTTCTTATCCTTTTG 60
Query 61 ATCTCTGAGACAACAGGGTTGAACTTAGAAGGTCAATATCTTCTTGAAATCAAGAGCAAG 120
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 ATCTCTGAGACAACAGGCTTGAACTTAGAAGGTCAATATCTTCTTGACATCAAGAGCAAG 120
Query 121 TTTGTGGATGCTAAGCAGAATTTGAGAAACTGGAATTCAAATGATTCTGTACCTTGTGGA 180
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TTTGTGGATGATATGCAGAATTTGAGAAACTGGAATTCAAATGATTCTGTACCTTGTGGA 180
Query 181 TGGACTGGCGTGATGTGCAGCAACTATTCGAGTGATCCAGAGGTTTTGTCCTTGAATCTG 240
||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGGACCGGCGTCATGTGCAGCAATTATTCGAGTGATCCAGAGGTTTTGTCCTTGAATCTC 240
Query 241 TCTTCGATGGTTCTCTCGGGTAAGCTATCACCAAGCATAGGTGGATTGGTTCATCTGAAG 300
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 TCGTCGATGGTTCTCTCAGGTAAGCTATCACCAAGCATAGGTGGATTGGTTCATCTCAAG 300
Query 301 CAGCTGGATCTGTCATATAATGGGTTGTCAGGGAAAATTCCTAAGGAAATTGGCAACTGT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 301 CAGCTGGATCTGTCATATAATGGGTTGTCAGGGAGTATTCCTAAGGAAATTGGGAACTGT 360
Query 361 TCAAGCTTGGAGATTCTGAAACTAAACAATAACCAGTTTGATGGTGAGATACCTGTGGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TCAAGCTTGGAGATTCTGAAACTAAACAATAACCAGTTTGATGGTGAGATACCTGTGGAA 420
Query 421 ATAGGTAAGCTTGTGTCTTTGGAGAATCTGATCATATACAACAACAGAATCTCAGGGTCT 480
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATAGGAAAGCTTGTGTCTTTGGAGAATCTGATCATTTACAACAACAGAATCTCAGGGTCT 480
Query 481 CTCCCTGTGGAGATTGGGAACCTTTTGTCTCTCTCTCAACTGGTGACTTACAGTAACAAC 540
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CTCCCTGTGGAGATTGGGAACATTTTGTCTCTCTCTCAACTGGTGACTTACAGTAACAAC 540
Query 541 ATCAGTGGACAATTGCCCCGTTCCATCGGCAACCTCAAGAGACTGACAAGCTTCCGAGCC 600
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATCAGTGGACAATTGCCGCGTTCCATTGGCAACCTCAAGAGACTGACAAGCTTCCGAGCC 600
Query 601 GGTCAGAACATGATCTCTGGAAGTTTGCCTTCTGAGATTGGTGGATGTGAGAGCTTGGTC 660
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGTCAGAACATGATTTCTGGAAGTTTGCCTTCTGAGATTGGTGGATGTGAGAGCTTGGTC 660
Query 661 ATGCTTGGTCTTGCACAGAACCAGTTGAGTGGTGAATTACCAAAAGAGATTGGAATGCTC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATGCTTGGTCTTGCACAGAACCAGTTGAGTGGTGAATTACCAAAAGAGATTGGAATGCTC 720
Query 721 AAGAAACTTTCACAGGTGATTCTTTGGGAAAATGAGTTCTCAGGGTTTATCCCCAGGGAG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAGAAACTTTCACAGGTGATTCTTTGGGAAAATGAGTTCTCAGGGTTTATCCCCAGGGAG 780
Query 781 ATTAGCAACTGCACAAGTTTAGAAACCCTTGCTCTCTACAAGAACCAGCTTGTCGGGCCA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 ATTAGCAACTGCACAAGTTTAGAAACCCTTGCTCTCTACAAGAACCAGCTTGTCGGGCCA 840
Query 841 ATCCCGAAAGAGCTCGGGGACCTTCAGTCGCTGGAGTTTCTCTACCTTTACAGAAACGGG 900
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 841 ATCCCGAAAGAGCTTGGGGACCTTCAGTCGCTGGAGTATCTCTACCTTTACAGAAATGGG 900
Query 901 TTGAATGGAACGATTCCAAGAGAGATTGGGAATCTCTCATATGCAATTGAGATAGATTTC 960
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTGAATGGAACGATTCCGAGAGAGATTGGGAACCTCTCAAATGCAATTGAGATAGATTTC 960
Query 961 TCGGAAAACGCTTTGACCGGAGAGATACCTTTGGAGTTAGGGAACATAGAGGGGCTTGAG 1020
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCGGAGAACGCTTTGACCGGAGAGATACCTTTGGAGTTAGGGAACATAGAGGGGCTTGAG 1020
Query 1021 CTTCTTTATCTTTTTGAGAACCAACTCACAGGTACCATCCCTGTGGAGCTTTCTACTTTG 1080
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1021 CTTCTTTATCTTTTTGAGAACCAACTCACAGGTACCATCCCTGTAGAGCTTTCTACTTTG 1080
Query 1081 AAGAATCTATCAAAGCTTGATCTCTCCATCAATGCTTTAACGGGTCCTATTCCCCTGGGA 1140
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AAGAATCTGTCAAAGCTTGATCTCTCCATCAATGCTTTAACGGGTCCTATTCCCCTGGGA 1140
Query 1141 TTTCAGTATCTAAGAGGACTCTTCATGCTGCAGCTGTTTCAGAACTCCCTTAGCGGGACC 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1141 TTTCAGTATCTAAGAGGACTCTTCATGCTGCAGCTGTTTCAGAACTCCCTTAGCGGAACC 1200
Query 1201 ATACCTCCAAAACTTGGCTGGTATAGCGATCTCTGGGTTCTTGATATGTCCGATAACCAT 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||
Sbjct 1201 ATACCTCCAAAACTTGGCTGGTATAGCGATCTCTGGGTGCTTGATCTGTCTGATAACCAT 1260
Query 1261 CTCAGTGGAAGAATTCCAAGCTACCTCTGCCTTCACTCCAATATGATCATCTTGAACTTG 1320
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTCAGAGGAAGAATTCCAAGCTACCTCTGCCTTCACTCCAATATGATCATCTTGAACTTG 1320
Query 1321 GGTACAAACAACCTCTCTGGCAACATTCCTACTGGAATCACCACTTGCAAAACTCTGGTC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GGTACAAACAACCTCTCTGGCAACATTCCTACTGGAGTCACCACTTGCAAAACTCTGGTC 1380
Query 1381 CAACTTCGTCTAGCCAGAAACAACCTCGTTGGTCGGTTCCCATCCAACCTGTGTAAACAG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1381 CAACTTCGTCTAGCCAGAAACAACCTCGTTGGTCGGTTCCCATCCAACCTTTGTAAACTG 1440
Query 1441 GTTAATGTCACAGCCATCGAGTTGGGACAGAACAGATTCCGTGGTTCCATCCCTAGGGAG 1500
|||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GTTAATCTCACAGCCATTGAGCTGGGACAAAACAGATTCCGTGGTTCCATCCCTAGGGAG 1500
Query 1501 GTCGGGAACTGCAGTGCCCTACAAAGGCTGCAGCTAGCAGACAATGGCTTCACGGGGGAG 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1501 GTCGGGAACTGCAGTGCCCTACAAAGGCTGCAGCTAGCAGACAATGACTTCACGGGGGAG 1560
Query 1561 CTACCTAGAGAGATTGGCATGCTTTCACAGCTTGGGACCTTGAATATCTCATCCAATAAG 1620
|| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1561 CTTCCAAGAGAGATTGGCACACTTTCACAGCTTGGGACCTTGAATATCTCATCCAATA-G 1619
Query 1621 -CTTACTGGAGAGGTCCCTTCTGAAATCTTCAACTGCAAGATGCTTCAGCGACTAGACAT 1679
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1620 TCTTACTGGAGAGGTCCCTTTTGAAATCTTCAACTGCAAGATGCTTCAACGACTAGACAT 1679
Query 1680 GTGTTGCAACAATTTCTCTGGAACCTTACCAAGTGAGGTAGGTTCCCTCTACCAGCTTGA 1739
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GTGCTGCAACAATTTCTCTGGAACCTTACCAAGTGAGGTAGGTTCCCTCTACCAGCTTGA 1739
Query 1740 GCTTCTGAAGCTCTCAAACAATAATCTTTCGGGTACAATACCTGTGGCTCTAGGGAACTT 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1740 GCTTCTGAAGCTCTCAAACAATAATCTTTCGGGTACAATACCTGTAGCTCTAGGAAACTT 1799
Query 1800 ATCTCGCTTGACCGAACTACAAATGGGTGGAAACTTGTTCAACGGTAGCATTCCACGGGA 1859
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1800 ATCTCGCTTGACCGAGCTACAAATGGGCGGAAACTTGTTCAACGGTAGCATTCCACGTGA 1859
Query 1860 GTTGGGCAGTCTGACGGGTTTGCAAATAGCATTGAACCTCAGTTATAACAAGCTTACCGG 1919
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1860 GTTGGGCAGTCTGACCGGTTTGCAAATAGCATTGAACCTCAGTTACAACAAGCTTACCGG 1919
Query 1920 AGAAATACCACCTGAGCTCAGTAATCTTGTTATGCTTGAGTTCCTGCTCCTCAACAACAA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1920 AGAAATACCACCTGAGCTCAGTAATCTTGTTATGCTTGAGTTCCTCCTCCTCAACAATAA 1979
Query 1980 CAATTTGTCTGGGGAAATACCAAGCTCTTTTGCTAATCTCTCCAGCTTGCTTGGTTACAA 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 CAATTTGTCTGGGGAAATACCAAGCTCTTTTGCTAACCTCTCCAGCTTGCTTGGTTACAA 2039
Query 2040 CTTCTCATACAACAGCTTAACTGGTCCTATTCCACTTCTCCGTAACATATCCATGTCTAG 2099
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2040 CTTCTCATACAACAGCTTGACTGGTCCTATTCCACTTCTCCGTAACATATCCATTTCTAG 2099
Query 2100 CTTCATCGGTAATGAAGGGCTTTGCGGCCCGCCGCTCAACCAGTGTATCCAAACACAGCC 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 CTTCATCGGTAATGAAGGGCTTTGCGGCCCGCCGCTCAACCAGTGTATCCAAACACAGCC 2159
Query 2160 TT-TCGCGCCTTCTCAGTCAACCGGGAAGCCCGGAGGAATGCGTTCGAGTAAAATCATAG 2218
|| | || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2160 TTCT-GCACCTTCTCAGTCAACCGTGAAGCCCGGAGGAATGCGTTCCAGTAAAATCATAG 2218
Query 2219 CCATTACTGCAGCTGTGATTGGCGGGGTCTCTCTCATGCTGATTGCTCTCATTGTCTACC 2278
|||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2219 CCATCACTGCAGCTGCGATTGGCGGGGTCTCTCTCATGCTGATTGCTCTGATTGTCTACC 2278
Query 2279 TCATGAGACGCCCAGTGAGAACAGTCGCTTCTTCTGCTCAAGATGGCCAACCA-TCGGAA 2337
||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 2279 TCATGAGACGCCCGGTGAGGACAGTATCTTCTTCCGCTCAAGATGGCCAAC-AGTCGGAA 2337
Query 2338 ATGTCTTTGGACATATACTTCCCTCCAAAGGAAGGATTCACGTTCCAAGATTTAGTTGCA 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 ATGTCTTTGGACATATACTTCCCTCCAAAGGAAGGATTCACGTTCCAAGATTTAGTTGCA 2397
Query 2398 GCCACTGATAATTTCGACGAGAGCTTTGTAGTTGGGAGAGGAGCTTGTGGAACCGTCTAC 2457
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GCCACTGATAATTTCGACGAGAGCTTTGTAGTTGGGAGAGGAGCTTGTGGAACCGTCTAC 2457
Query 2458 AAAGCGGTTCTTCCAGCCGGGTACACTCTAGCTGTCAAGAAGCTGGCATCAAACCATGAA 2517
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2458 AAGGCGGTTCTTCCAGCCGGGTACACTCTAGCTGTCAAGAAGCTGGCATCAAACCACGAA 2517
Query 2518 GGCGGCAACAACAACAATGTGGATAATAGCTTTAGAGCAGAGATTCTAACTCTTGGGAAT 2577
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GGCGGCTACAACAACAATGTGGATAATAGCTTTAGAGCAGAGATTCTAACTCTTGGGAAT 2577
Query 2578 ATCAGGCACCGTAACATCGTCAAGCTACATGGATTCTGCAATCACCAAGGATCAAATCTG 2637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 ATCAGGCACCGTAACATCGTCAAGCTACATGGATTCTGCAATCACCAAGGATCAAATCTA 2637
Query 2638 CTTCTGTATGAGTACATGCCCAAGGGAAGCCTTGGAGAAATACTTCATGATCCTTCATGC 2697
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2638 CTTCTGTACGAGTACATGCCCAAGGGAAGCCTAGGAGAAATACTTCATGATCCTTCAGGC 2697
Query 2698 AACTTGGATTGGTCTAAGAGATTTAAAATCGCTTTAGGTGCGGCTCAGGGTCTCGCCTAT 2757
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 AACTTGGATTGGTCTAAGAGATTTAAAATCGCTCTGGGTGCGGCTCAGGGTCTCGCCTAT 2757
Query 2758 TTGCACCATGATTGCAAGCCGAGAATCTTCCACCGGGACATAAAATCAAACAATATACTG 2817
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2758 TTGCACCATGATTGCAAGCCGAGAATCTTCCACCGGGATATAAAATCAAACAATATCCTA 2817
Query 2818 CTTGACGACAAGTTTGAAGCTCATGTGGGAGATTTTGGACTAGCAAAAGTGATTGACATG 2877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CTTGACGACAAGTTTGAAGCTCATGTGGGAGATTTTGGATTAGCAAAAGTGATTGACATG 2877
Query 2878 CCACATTCTAAATCCATGTCTGCTATTGCTGGCTCCTATGGCTACATTGCCCCAGAATAT 2937
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2878 CCACATTCTAAATCCATGTCTGCCATTGCTGGCTCCTATGGCTACATTGCGCCAGAATAT 2937
Query 2938 GCATACACCATGAAAGTGACAGAGAAGTCTGACATCTATAGCTACGGGGTGGTTCTACTG 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 GCATACACCATGAAAGTGACAGAGAAGTCTGACATCTATAGCTACGGGGTGGTTCTACTG 2997
Query 2998 GAGCTGCTAACCGGAAAAGCCCCGGTTCAGCCAATAGATCAAGGAGGAGATGTGGTGAAT 3057
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 GAGCTGCTAACCGGAAAAGCCCCGGTTCAGCCAATAGATCAAGGAGGAGATGTGGTGAAC 3057
Query 3058 TGGGTGAGGAGTTACATAAGAAGAGATGCATTGTCCTCAGGAGTTCTTGATGCTCGGTTA 3117
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 3058 TGGGTGAGGAGTTACATAAGAAGAGATGCATTGTCCTCTGGAGTTCTTGATCCTCGGTTA 3117
Query 3118 ACGCTAGAAGACGAGAGAATTGTCTCTCATATGCTCACTGTGTTAAAGATTGCACTTCTT 3177
||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||
Sbjct 3118 ACGTTAGAAGACGAGAGCATCGTCTCTCATATGCTCACTGTATTAAAGATTGCTCTGCTT 3177
Query 3178 TGCACAAGTGTGTCTCCAGTCGCGAGGCCATCGATGCGACAAGTTGTTCTCATGCTTATT 3237
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3178 TGCACAAGTGTGTCTCCTGTCGCGAGGCCATCGATGCGACAAGTTGTTCTCATGCTTATT 3237
Query 3238 GAGTCTGAGAGATCGGAAGGAGAACAAGAACATTTGGATACAGAAGAATTGACACAAACA 3297
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3238 GAGTCTGAGAGATCGGAAGGAGAACAAGAACACTTGGATACAGAAGAACTGACACAAACA 3297
Query 3298 ACTACCCCATGACACAATACACATTCTTGTTGTATCTTCTTCTTTTTTCACACGAGATTA 3357
||||||||||||| | |||||| ||||| || | | | ||||||||| |
Sbjct 3298 ACTACCCCATGACTCGATACAC-TTCTT-TT-T-T-T------------ACACGAGATCA 3340
Query 3358 TTCTTCTATGTAACCATGGCGAATAATTATTGT 3390
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 TTCTTCTATGTAACCATGGCGAATAATTATTGT 3373
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128977114897
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5