BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G63950.1
Length=3577
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496587 jgi|Araly1|496587|fgenesh2_kg.8__2403__AT5G63950.1 5722 0.0
> Ahg496587 jgi|Araly1|496587|fgenesh2_kg.8__2403__AT5G63950.1
Length=3568
Score = 5722 bits (3098), Expect = 0.0
Identities = 3427/3581 (96%), Gaps = 41/3581 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ACAttctcttcatcatcttcttcttcttctcactcttctctcCATTTATCACAATCGATC 60
|||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1 ACATTCTC-T--TCATCTTCTTCTTC-TCTCAGTCTTCTCTCCATTTATTACAACCGATC 56
Query 61 ATCGGGAAACACAAACTCATCTCCAGAAAACGGTGTAGCAATGGCGGAAAATACGGCCAG 120
||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 57 CTCGCGAATCACAAACTCATCTCCAGAAAACAGTGTAACAATGGCGGAAAATACGGCAAG 116
Query 121 CCATAGAAGAAAACCTCGGAGCTTGAACGATCGTCACTACAGTATCCTCCAGGATCTTTC 180
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 CCATAGAAGAAAACCTCAGAGCTTGAACGATCGACACTACAGTATCCTCCAGGATCTTTC 176
Query 181 TGCGCCTCCTAGACAGCCTCCCTCTTCTTCTCATGGAGAAGATGAAGAGACGAAGAAGTC 240
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 177 TGCGCCTCCTAAACAGCCTCCCTCTTCTTCCCATGGAGAAGATGACGAGACGAAGAAGTC 236
Query 241 CATGATTAAGCTTGCTGGACGACGTCGTCTTTGCAAGGCCTTGCCAAAGGAAGACGAAGC 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 237 CATGATTAAGCTTGCTGGACGACGTCGTCTTTGCAAGGCCTTGCCAAAGGAAGACGTTGA 296
Query 301 TGATGGATATGACGATCCTGATTTGGTTGATTTCTATTCCCCAGTTAAAGGAGAGACATC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 297 AGATGGATATGACGATCCTGATTTGGTTGATTTCGATTCCCCAGTTAAAGGAGATACATC 356
Query 361 ACTAGACAGCGCTGGAATTGGGAACAAATTCACATCTTGGGATGAATCAAAGGAAGCTAA 420
| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 357 AGTAGAGAGCGCTGGAGCTGGGAACAAATTCACATCTTGGGATCAATCAAAGGAAGCTAA 416
Query 421 CACTGAGCTGGCTGGCGAGCCTAACTTTTCGATAATCACAGACTTTTGTTCGCCCTCACC 480
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 417 CACAGAGTTGGCTGGCGAGCCTAACTTTTCGATAATCACAGACTTTAGCTCGCCCTCACC 476
Query 481 TCAGTTGAAGCAAAAAGAGGAAATGCAAGGTGATGGAGGAAGGAACGAGATCATGGGTAT 540
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 477 TCAGTTGAAGCAAAACGAGGAAATGCAAGGTGATGGAGGAAGGAACGAGATCATGGATAT 536
Query 541 TTTGGATGATTTGACCTCTAAGCTTGGGACAATGTCGATTCAGAAGAAGAAGGATAGCCA 600
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 537 TTTGGATGATTTGACCTCCAAGCTTGGGACAATGTCGATTCAGAAGAAGAAAGATAACCA 596
Query 601 AAGCAATGATTTTGATGCAT-GTGGAGTGAAGAGCCAG-GTTGATAAATTTGATTTTGAG 658
||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AAGCAATGATTTTGATG-GTGGTGGAGTGAAGAGCC-GTGTTGATAAATTTGATTTTGAG 654
Query 659 GATGCCAAATCCTCATTTTCCTTGCTATCGGATCTATCTAAGTCCTCACCAGATGTGGTT 718
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 655 GATGCCAAATCCTCATTTTCCTTGATTTCGGATCTATCTGAGTCCTCACCAGATGTGGGA 714
Query 719 ACCACATATAATGCTGGCGTTAATAGTATCAAGGACAAGCAAGGCAAATCTGGTTTTGCC 778
||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 715 ACCACATGTAGTGCTGGCGTTAATAGTCTCAAGGACAAGCAAGGCAACGCTGGTTTTGCC 774
Query 779 ATCCGGGAAGAGCAAACTAGTAAGGA-ATTTTCAAGGGAATGGGAAGAAAGAATTTCGAA 837
|||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 775 ATCCGGGAAGAGAAAACTAGTAATGAGA-TTTCAAGGGAATGGGAAGAAAGAATTTCGGA 833
Query 838 TGTTGGAAAGCAAAACTCATATTCTGGTCGGCACTTTGACGATAACTCTGAAGATAATAG 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 834 TGTTGGAAAGCAAAACTCATATTCTGGTCGGCACTTTGATGATAACTCTGAAGATAATAG 893
Query 898 GCAGGGATACAATCTTGACCGTGGGAAGAGCCAATGCAAGG-A-AG-------TCGACCA 948
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || | | |||
Sbjct 894 GCAGGGATACAATCTTGACCGTGGGAAGAGCCAACGCAAGGAAGAGAAAACTATGGGCCA 953
Query 949 AAGTATGAAGACGACCAGGCACATAGAGGTAAGTGAGAAGATAAGAACAGTCGGAAGGTC 1008
|||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 954 AAGTCTGAAGACGACTAGACACATAGAGGTAAGTGAGAAGCTAAGAACAGTCGGAAGGTC 1013
Query 1009 TAATGCTGCCAAGCTAAGAGACTTAGACGAGgatgatgatgatgatgaCTGTCTCATTTT 1068
|||||| ||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1014 TAATGCCGCCAAGCTAAGAGACTTAGAC-A--AGGATGATGATGATGACTGTGTCATTTT 1070
Query 1069 GTCCGGGAAAAAGGCGGCTGAAATG-AAA---AT--T---AA---T---AAGCCAGCTCG 1113
||||||||||||||||||||||||| ||| || | || | |||||||||||
Sbjct 1071 GTCCGGGAAAAAGGCGGCTGAAATGAAAATTCATCATGAAAAGCCTAAAAAGCCAGCTCG 1130
Query 1114 GTCTTATAACGCCAAAAGACATGGTTATGATGAGAGATCGTTGGAAGATGAAGGGTCTAT 1173
|||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1131 GTCTTACAATACCGAAAGACATGGTTATGATGAGAGATCGTTGGAGGATGAAGGGTCTAT 1190
Query 1174 CACTTTAACTGGCCTCAATTTGTCTTACACATTGCCTGGAAAGATTGCAACAATGTTATA 1233
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 CACTTTAACTGGCCTCAAATTGTCTTACACATTACCTGGAAAGATTGCAACAATGTTATA 1250
Query 1234 TCCACATCAGAGGGAAGGGTTGAATTGGCTTTGGTCATTGCATACCCAAGGGAAAGGTGG 1293
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 TCCACATCAGAGGGATGGGTTGAAGTGGCTTTGGTCATTGCATACCCAAGGGAAAGGTGG 1310
Query 1294 AATACTTGGAGATGATATGGGTTTAGGTAAAACTATGCAGATTTGTAGTTTTCTTGCTGG 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 AATACTTGGAGATGATATGGGTTTAGGTAAAACTATGCAGATTTGTAGTTTTCTTGCTGG 1370
Query 1354 TTTATTCCACTCCAAATTGATCAAGCGTGCTCTGGTAGTGGCCCCAAAAACCTTGCTGCC 1413
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 TTTGTTCCACTCCAAATTGATCAAGCGTGCTCTGGTAGTGGCCCCAAAAACCTTGCTGCC 1430
Query 1414 TCACTGGATGAAAGAATTAGCTACCGTGGGACTTTCACAAATGACTAGGGAATACTACGG 1473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TCACTGGATGAAAGAATTAGCTACCGTGGGACTTTCAAAAATGACTAGGGAATACTACGG 1490
Query 1474 TACTTCTACGAAAGCCCGGGAATATGATCTCCACCACATTCTGCAGGGTAAAGGTATTCT 1533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1491 TACTTCTACGAAAGCCCGGGAATATGATCTCCACCACATTCTGCAGGGTAAAGGTGTCCT 1550
Query 1534 TCTAACAACCTATGATATTGTGCGGAACAATACAAAGGCTTTGCAAGGTGACGACCATTA 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 TCTAACAACCTATGATATTGTGCGGAACAATACAAAGGCTTTGCAAGGTGACGACCATTA 1610
Query 1594 TACTGATGAGGATGATGAAGATGGAAACAAATGGGACTACATGATTCTGGACGAGGGACA 1653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TACTGATGAGGATGATGAAGATGGAATCAAATGGGACTACATGATTCTGGACGAGGGACA 1670
Query 1654 TCTTATTAAGAACCCCAACACACAAAGGGCGAAGAGTTTGCTTGAGATCCCAAGTTCTCA 1713
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 TCTTATTAAGAACCCCAACACACAAAGGGCCAAGAGTTTGCTTGAGATCCCAAGTTCTCA 1730
Query 1714 CCGTATTATAATAAGTGGTACACCAATCCAGAACAATCTCAAGGAACTGTGGGCTCTCTT 1773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 CCGTATTATAATAAGTGGTACACCAATCCAGAACAATCTCAAGGAACTGTGGGCTCTCTT 1790
Query 1774 CAACTTCAGCTGCCCTGGGTTACTCGGTGACAAGAATTGGTTTAAGCAGAATTATGAGCA 1833
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 CAACTTCAGCTGCCCTGGGCTACTCGGTGACAAGAATTGGTTTAAGCAGAATTATGAGCA 1850
Query 1834 TTACATTCTTCGTGGAACTGACAAAAATGCTACTGATAGAGAACAGAGGATAGGCTCAAC 1893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 TTACATTCTTCGTGGAACTGACAAAAATGCTACTGATAGAGAACAGAGGATAGGCTCAAC 1910
Query 1894 AGTAGCAAAGAACTTGAGGGAGCATATTCAACCTTTCTTCTTGCGGCGCCTTAAGAGTGA 1953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 AGTAGCAAAGAACTTGAGGGAGCATATTCAACCTTTCTTCTTGCGGCGCCTTAAGAGTGA 1970
Query 1954 AGTCTTCGGTGATGATGGTGCAACCTCCAAACTTTCGAAGAAGGACGAAATTGTTGTATG 2013
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 AGTCTTCGGTGATGATGGTGCAACCTCCAAACTTTCAAAGAAGGACGAAATTGTTGTATG 2030
Query 2014 GTTACGGTTAACAGCTTGCCAGAGGCAATTATATGAAGCTTTCTTAAACAGTGAAATTGT 2073
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 GTTACGGTTAACAGCTTGCCAGAGGCAATTATATGAAGCTTTCTTAAACAGTGAAATTGT 2090
Query 2074 TCTGTCAGCTTTTGATGGTTCACCTCTAGCAGCTCTAACGATTCTGAAGAAAATATGTGA 2133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 TCTGTCAGCTTTTGATGGTTCACCTCTAGCAGCTCTAACGATTCTGAAGAAAATATGTGA 2150
Query 2134 CCACCCGCTTCTCTTAACTAAGAGGGCTGCTGAGGATGTCCTTGAAGGAATGGATTCAAC 2193
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2151 CCACCCGCTTCTCTTAACTAAGAGGGCTGCTGAGGATGTCCTCGAAGGAATGGATTCAAC 2210
Query 2194 ATTAACACAAGAAGAAGCAGGCGTGGCTGAGAGATTGGCTATGCATATAGCGGACAATGT 2253
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 ATTAACACCAGAAGAAGCAGGCGTGGCTGAGAGATTGGCTATGCATATAGCGGACAATGT 2270
Query 2254 GGATACAGATGATTTTCAGACCAAGAATGACAGTATCTCTTGCAAATTGTCATTTATCAT 2313
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 GGATACAGATGATTTTCAGACCAAGAATGACAGTATCTCTTGCAAATTGTCATTTATCAT 2330
Query 2314 GTCGCTACTGGAAAATTTAATTCCAGAGGGGCACCGTGTTCTAATCTTCTCCCAGACACG 2373
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 GTCGCTACTGGACAATTTAATTCCAGAGGGGCACCGTGTTCTAATCTTCTCCCAGACACG 2390
Query 2374 CAAGATGCTTAATCTCATTCAGGATTCTCTTACCTCCAACGGTTATAGTTTCTTGCGAAT 2433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 CAAGATGCTTAATCTCATTCAGGATTCTCTTACCTCCAACGGTTATAGTTTCTTGCGAAT 2450
Query 2434 TGATGGTACAACAAAAGCCCCTGACAGATTGAAGACTGTTGAAGAATTTCAAGAAGGTCA 2493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 TGATGGTACAACAAAAGCCCCTGACAGATTGAAGACTGTTGAAGAATTTCAAGAAGGTCA 2510
Query 2494 TGTGGCTCCTATATTTCTCTTGACTTCTCAAGTTGGTGGTCTCGGCCTTACTCTGACTAA 2553
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 TGTGGCTCCTATATTTCTCTTGACATCTCAAGTTGGTGGTCTCGGCCTTACTCTGACTAA 2570
Query 2554 GGCAGACCGTGTGATTGTGGTGGACCCTGCCTGGAATCCAAGCACGGACAACCAGAGTGT 2613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2571 GGCAGACCGTGTGATTGTGGTGGACCCTGCCTGGAATCCAAGCACGGACAACCAGAGTGT 2630
Query 2614 TGATCGAGCATATAGAATTGGGCAGACAAAGGATGTCATCGTATATAGGTTAATGACCTC 2673
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2631 TGATCGAGCATATAGAATTGGGCAGACGAAGGATGTCATTGTGTATAGGTTAATGACCTC 2690
Query 2674 AGCAACTGTTGAAGAAAAGATATACAGAAAGCAGGTATACAAGGGAGGATTGTTTAAAAC 2733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 AGCAACTGTTGAAGAAAAGATATACAGAAAGCAGGTATACAAGGGAGGATTGTTTAAAAC 2750
Query 2734 TGCAACTGAGCATAAAGAACAAATCCGCTACTTCAGCCAGCAGGACCTTCGAGAACTTTT 2793
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 TGCAACTGAGCATAAAGAACAAATCCGCTACTTCAGCCAGCAGGACCTTCGAGAACTTTT 2810
Query 2794 TAGTCTTCCCAAGGGAGGCTTTGATGTTTCACCTACACAACAGCAACTATACGAAGAGCA 2853
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2811 TAGTCTTCCCAAGGGAGGCTTCGATGTATCACCTACACAACAGCAACTATATGAAGAGCA 2870
Query 2854 CTATAACCAAATCAAACTAGATGAAAAACTGGAATCCCATGTAAAGTTTCTCGAAACCCT 2913
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2871 CTATAACCAGATCAAACTAGATGAAAAACTGGAATCCCATGTAAAGTTTCTTGAAACCCT 2930
Query 2914 TGGTATAGCTGGAGTTAGCCACCATAGCTTACTTTTCTCCAAGACAGCTCCTATTCAAGC 2973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2931 TGGTATAGCTGGAGTTAGCCACCATAGCTTACTTTTCTCCAAGACAGCTCCTATCCAAGC 2990
Query 2974 GATACAGAAAGATGAAGAAGAACAAATAAGGAGAGAAACAGCATTGCTCTTGGGACGCGC 3033
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |
Sbjct 2991 GATACAAAAAGATGAAGAAGAAGAAATAAGGAGAGAAACAGCATTGTTCTCGGGACGCCC 3050
Query 3034 ATCAGCAAGTATTTCACAAGACACCGTCATCAATGGGGCTGACTATGCTTTCAAGCCAAA 3093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3051 ATCAGCAAGTATTTCACAAGACACCGTCATCAATGGGGCTGACTATGCTTTCAAGCCAAA 3110
Query 3094 GGATGTGAATTTGGACAAGAGAATCAACATTTCCCCAGTCGATGACAAGGAATTGTCAGA 3153
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3111 GGATGTGAATTTGGACAAGAAAATCAACATTTCCCCAATCGATGACAAGGAATTGTCGGA 3170
Query 3154 AAGCGTAATTAAAGCAAGACTCAATCGTTTGACGATGCTATTACAAAACAAGGGTACGGT 3213
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3171 AAGCGAAATTAAAGCAAGACTCAATCGTTTGACGATGTTATTACAAAACAAGGATACGGT 3230
Query 3214 CTCAAGGCTACCTGATGGAGGGGCAAAAATCCAGAAGCAGATTGCTGAATTGACTCGAGA 3273
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3231 CTCAAGGCTACCTGATGGAGGAGCAAAAATCCAGAAGCAGATTGCTGAATTGACTCGAGA 3290
Query 3274 ACTGAAAGACATGAAAGCAGCAGAAAGGATCAACATGCCTCAAGTTATTGACTTGGAGGA 3333
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3291 ACTGAAAGACTTGAAAGCAGCAGAAAGGATCAATATGCCTCAAGTTATTGACTTGGAGGA 3350
Query 3334 GGATATAAGTCGGAAGATGCAAAAAGGATTGAATCTGTAGAGTAAGATACAAGTCAAGAT 3393
||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3351 GGATATAAGTCAGAAGATGCACAAAGGATTGAATCTGTAGAGTAAGATACAAGTCAAGGT 3410
Query 3394 GCAAGAAATGCAAACGACCATCATTGCAACACTTGTGGtttttttttGTTCCTTA-TCTA 3452
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 3411 GCAAGAAAAGCAAACGACCATCATTGCAACACTTGTGGTTTTTTT--GTTCCTTAATCTA 3468
Query 3453 ATTTGGTTTGGTTGAATTGGTAAGTCAATTACCATATGACTTGCTGCAAAGGAGTGTGCG 3512
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 3469 ATTTGGTTTTGTTGAATTGATAAGTCAATTACCATATGACTTGCTGCAAAGAAGTATGCC 3528
Query 3513 AAGCCAGATTTTATCTTTTCTCAAACCCAAACTTTAATCCG 3553
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3529 AAGCCAGATTTCATCTTTT-TCAAACCCAAACTTTAATCCG 3568
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135104384150
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5