BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64170.2
Length=2590
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496615 jgi|Araly1|496615|fgenesh2_kg.8__2431__AT5G64170.2 3369 0.0
> Ahg496615 jgi|Araly1|496615|fgenesh2_kg.8__2431__AT5G64170.2
Length=2459
Score = 3369 bits (1824), Expect = 0.0
Identities = 2053/2163 (95%), Gaps = 17/2163 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 226 GTTTTGCAATAGAGATGACATATCGGGGTAATGTGCATGATTTTAGTGGTGATTAAAGAG 285
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 192 GTTTTGCAATAGAGATGACATGTCGGGGTAATGTGCATGATTTTAGTGGTGATTAAAGAG 251
Query 286 TC-TGAAGTTGGGAGG-AATGTCGGACTTGTACATTCATGAGCTAGGCGATTATCTTTCG 343
|| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 252 TCTTGAAGTTGGGAGGAAATGTCGGACTTTTACATTGATGAGCTAGGCGATTATATTTCA 311
Query 344 GATGAATTTCATGGGAACGATGATGGTATAGTGCCAGACTCAGCGTATGAGGATGGAGGT 403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 312 GATGAATTTCATGGGAACGATGATGGTATAGTGCCAGACTCAGCGTATGAGAATGGAGGA 371
Query 404 CAGTTTCCAATTCTAGTTAGTAACAGGAAGAAACGAAGAAATGATGATATGGGTAGTGGA 463
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 372 CAGTTTCCAATTCTAGTTAGTAGCAGGAAGAAACGAAGAAATGAAGATATGGGTAGTGGA 431
Query 464 ACAAACCATCTAAAGAGTAATACTTTTATCAAGA-GAGAGGCAAACATGTTAGGAAAAAA 522
|||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 ACAAACAATCTAAAGAGTAATACTTTTATCAAGACG-GAGGCAAACATGTTAGGAAAAAA 490
Query 523 TCCATGGCCTGA-GAAAGATAGTGGTGGCTCTTCGGTTTCTCGTGATACGGGAACAGGAA 581
||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 491 TCCATGGCCGGAGGAAA-ATAGTGGTGGCTCTTCGGTTTCTCGTGATACGGGATCAGGCA 549
Query 582 AAGATGTTCAGGATATGACATTGGAGGATACAAATACTTCAGATCATGGTTTCAATGGTG 641
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 AAGATGTTCAGGATATGACATTGGAGGATACAAATATTTCAGATCATGGTTTCAATGGTG 609
Query 642 GCCACGTAGATGTGGTTGAAAATTTCTCCACTGGGGATCCCATGTTGTGTGACACTTCCG 701
||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| ||||||||| | |||
Sbjct 610 GCCACGTTGATGTGGTTGAAAATTTATCCACCGTGGATCCCATGCTGTGTGACAGTGCCG 669
Query 702 CTGCAACGA-ATGATGGCGTATATAATTATTCCCTCAACAGCATTCCGGATGCTGAAAAT 760
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 670 CTGCAAC-ACATGATGGCGTATATAATTATTCCCTCAACAACATTCCGGATGCTGAAAAT 728
Query 761 GATCTTAGCTTTTTCGACAATGGAGATAAAGaaaaaaaTGATCTCTTCTATGGCTGGGGT 820
||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 729 AATCTTGGCTTTTTCGACAATGGAGATAAAGAAAGCAACGATCTCTTCTATGGCTGGGGT 788
Query 821 GACATAGGAAATTTTGAGGATGTGGACAACATGCTTAGGAGTTGTGATTCAACATTCGGC 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 789 GACATAGGAAATTTTGAGGATGTGGACAACATGCTTAGGAGTTGTGATTCAACTTTCGGC 848
Query 881 TTGGATAGTCTTAATAATGAAGGTGACTTAGGGTGGTTCTCTTCTGC-CCAGCCAAATGA 939
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 849 TTGGATAGTCTTAATAATGAAGATGACTTAGGCTGGTTCTCTTCTGCTCC-GCCAAATGA 907
Query 940 GGAGACAGCAGGCGCGATGACAGATGATCTCAAACCAGACAAAATGTTGGAAAATCAAAG 999
|||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 908 GGAGACAGAAGGCGCGATGACAGATGATATCAAACCAGACAAAGTGTTAGAAAATCAAAG 967
Query 1000 AACCGCTATGTTGCAGGTTGAAGACTTTTTGAACAACAGTGAGCCCAACCATGCTGTTGA 1059
|||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 968 AACCCCTATGTTACAGGTTGAAGATTTTTTGAACAACAGTGAGTCCAACCTTGCTGTTGA 1027
Query 1060 AGATGAGTATGGATATACTATTGAGGACGATTCAGCTCAAGGAAAATCATCACAAAATGT 1119
|||||||||||||||||| || | || |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1028 AGATGAGTATGGATATACCATCGGGGGTGATTCAGCTCAAGGAAAATCATCAGAAAATGT 1087
Query 1120 ATTCGATACAAGTTTGCAAAAGAAGGATATATTGATGCTGGATGTAGAGGCAAATCTTGA 1179
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1088 ATTCGATACGAGTTCGCAAAAGAAGGATATATTGATGCTGGATGTAGAGGCAAATCTTGA 1147
Query 1180 GAAGAAGCAGACTGATCATCTTCATCATCTGGATGGGAAAAGTGATGGGTTCTCGGAGAA 1239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1148 GAAGAAGCAGACTGATCATCTTCATCATCTGGATGGGAAAAGTGATGGGTTCTCTGAGAA 1207
Query 1240 CAGTTTTACTTTACAGCACAGTGGTATTTCAAGGGAAATAATGGATACCAACCAGTATTA 1299
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1208 CAGTTTTACTCTACAGCACAGTGGTATTTCAAGGGAAATAATGGACACAAACCAGTATTA 1267
Query 1300 CCCTCCCTCCGCATTCCAACAGCGAGATGTGCCATACTCGCATTTCAATTGTGAGCAGCC 1359
||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268 CCCTCCCTCCGCATTCCAACAACGAGGTGTGCCATACTCGCATTTCAATTGTGAGCAGCC 1327
Query 1360 TTCCGTTCAAGTATCAGCATGTGAAAGTAAATCTGGTATTAAATCTGAGAACAAACCCAG 1419
||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1328 TTCTGATCAAGTATCAGCTTGTGAAAGTAAATCTGGTATTAAATCTGAGAACAAACCCAA 1387
Query 1420 TCCTTCCTCTGCTTCAAATGAGTCATACACATCAAATCATGCACAATCAATCGAGAGCTT 1479
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1388 TCCTTCCTCTGCTTCAAATGAGTCATACACATCAAATCAGGCACAATCTGTCGAGAGCTT 1447
Query 1480 ACAAGGTCCAACTGTTGATGATCGGTTTAGGAAGGTCTTTGAAACGAGAGCCAACTTGCT 1539
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1448 ACAAGGTCCAACTGTTGATGATCGGTGTAGGAAGGGCTATGAAACGAGAGCCAACTTGCT 1507
Query 1540 GCCTGGGCAAGATAT-GCCTCCTTCTTTTGCTGCAAATACCAAGAAGAGTAGTAAGACAG 1598
||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1508 GCCTGGGCAAGATATAG-CTCCTTCTTTTGCTGCAAATACCAAGAAGAGTAGTAAGACAA 1566
Query 1599 ACTCCATGGTGTTTCCTGATGCTGCTCCTATCCAGAAGATTGGGCTTGAGAATGACCACA 1658
|| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1567 ACCCCATGGTGTTTCCTGATGCTGCTTCTATCCAGAAGATCGGGCTTGAGAATGACCACA 1626
Query 1659 GAAAAGCTGCAACTGAATTGGAAACATCAAATATGCAGGGAAGTTCTTGTGTTAGCTCTG 1718
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1627 GAAAAGCTGCAACTGAATTGGAAACATCAAACATGCAGGGAAGTTCTTGTGTTAGTTCTG 1686
Query 1719 TTGTGGATGACATTTCACTGGAAGCAACAAGTTTTCGCCAGCTTCAACAAGTTATAGAAC 1778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 TTGTGGATGACATTTCACTGGAAGCAACAAGTTTTCGCCAGCTTCAACAAGTTATAGAAC 1746
Query 1779 AGTTGGATGTTAGGACAAAGCTTTGCATAAGAGACAGCTTATACCGATTAGCAAAAAGTG 1838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1747 AGTTGGATGTTAGGACAAAGCTTTGCATAAGAGACAGCTTATACCGATTGGCAAAAAGCG 1806
Query 1839 CGGAACAGAGACATCATGGTGGAAACAGACCGGAGAAAGGCGCAGGCTCGCATCTCGTGA 1898
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1807 CGGAACAGAGACACCATGGTGGAAACAGACCGGAGAAAGTTGCAGGCTCGCATCTGGTGA 1866
Query 1899 CTGGTGAAGCAGACAAGTATGCTGGATTCATGGATATCGAAACTGATACAAACCCGATAG 1958
||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867 CTGATGAAACAGACAAGTACGCTGGATTCATGGATATCGAAACTGATACAAACCCGATAG 1926
Query 1959 ATCGATCGATAGCTCATTTGCTGTTTCACAGGCCCTCAGACTCATCTCTTTCATCCGATA 2018
| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1927 ACCGATCCATAGCTCATTTGCTGTTTCACAGGCCCTCAGACTCATCGCTTTCATCAGATA 1986
Query 2019 ACAATGTTCTGTCTTATAAATCTCATCCAATGATTCCTCAGCCCAATAGTAGTCCGAGCC 2078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1987 ACAATGTTCTGTCTTATAAATCTCATCCAATGATTCCTCAGCCCAATAGTAGCCCGAGTC 2046
Query 2079 TGAGGATAGAGAAACAAGAGGAAACTACAGAACTTAGACCCGAAGCAGAAGTTGTAACAA 2138
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2047 TGAGGATGGAGAAACAAGAGGAAACTCCAGAACTTAGACCCGAAGCAGAAGTTGTAATAA 2106
Query 2139 GTGACAACAATTAATGATGTCAA-ATAAAACTGGCTCTTTCATTGCTGAAGCATTCGAGA 2197
||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2107 GTGACAACAATTAATGATGTCAACA-AAAACTGACTCTTTCACTGCTGAAGCATTCGAGA 2165
Query 2198 TATTGTTGTTAACACTAATCTCGATTTTGGCTAAGCGAAATTGCTCAGGTTAGTTACTAA 2257
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2166 TATGGTTGTTAACACTAATCTCGATTTTGGCTAAGCGAAATTGCTCAGGTTAGTTACTAA 2225
Query 2258 AATCCTGACTGCTTCTT-CATTAGAATCATGGATTTTGTAACACAGTTGTATTTATGTGT 2316
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||
Sbjct 2226 AATCCTGACTGCTTCTTTCATTAGAATCATGGATTTTGTAACATAGTTGTATT-A-GTGT 2283
Query 2317 TGAGATAACTTTCTGGTCTAGATTTCGGTTCGAACCTGATTGTACACCTGGTTGCTCGAA 2376
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2284 TGAGATAACTTTCTGGTCTAGAATTCGGTTCGAACCTGATTGTACACCTGGTTGCTTGAA 2343
Query 2377 CCT 2379
|||
Sbjct 2344 CCT 2346
Score = 178 bits (96), Expect = 2e-43
Identities = 109/115 (95%), Gaps = 2/115 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2423 CTTTACCTTTGTAATCTGTTCAAGTTGTTAAGTAGAGGAAGAAGTAGAGACA--TAGCAA 2480
|||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2345 CTTTGCCTTTGTAATATGTTCAAGTTGTTAAGTAGAGGAAGAAGTAGAGACACATAGCAA 2404
Query 2481 TTCTGTAGATAAAGATGTTAGTTCGTTTTGTAATGCGATAAAATATTCTGCTGTG 2535
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2405 TTCTGTAGATAAAGATGCTAGTTCGTTTTGTAATGCCATAAAATATTCTGCTGTG 2459
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97663388180
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5