BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64240.2
Length=1472
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496625 jgi|Araly1|496625|fgenesh2_kg.8__2441__AT5G64240.2 2198 0.0
Ahg918215 jgi|Araly1|918215|Al_scaffold_0008_2966 649 0.0
> Ahg496625 jgi|Araly1|496625|fgenesh2_kg.8__2441__AT5G64240.2
Length=1416
Score = 2198 bits (1190), Expect = 0.0
Identities = 1351/1424 (95%), Gaps = 29/1424 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 45 CCGAATTGATTCACATAACAACATGCATGGAAGCTTAATAACGTGGACAAAT-C-AACAT 102
||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| | |||
Sbjct 1 CCGAATTGATTCACATAACAA-A---ATGGAAGCTTAATTACGTGGACAAATCCTCACA- 55
Query 103 TCCACATTTTATTCTTTTCGTAGATAAGAACG---AATAATATCATTCTCTTTATAAACT 159
| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 56 T--ACATTTTATTCTTTTCATAGATAACAACGAATAATAATATCATTCTCTTTATAAACT 113
Query 160 CATCACTCAAATGCATTTGTTGCAATTGCAAAAAG-AAAACCAAAACAAAGCTCAATCAT 218
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 CATCACTCAAATGCATTTGTTGCAATTGTAAAAAGAAAAACCAAAACAAAGCTCAATCAT 173
Query 219 GGCTAGTCGGAGAGAAGTACGGTGCCGGTGCGGCAGACGGATGTGGGTTCAACCAGACGC 278
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 GGCTACTCGGAGAGAAGTACGGTGCCGGTGCGGCAGACGGATGTGGGTTCAACCAGACGT 233
Query 279 CCGTACCGTCCAATGCTCAACCTGCCACACCGTCACGCAGCTCTACTCGCT-AGTGGACA 337
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 234 CCGTACTGTCCAATGCTCAACCTGCCACACCGTCACGCAGCTCTACTCGCTCA-TGGACA 292
Query 338 TAGCTCGCGGTGCAAACCGCATAATTCATGGGTTTCAACAGCTACTTAGacaacaccaac 397
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 293 TAGCGCGCGGTGCAAACCGCATAATTCATGGGTTTCAACAGCTACTTAGACAACATCAAC 352
Query 398 cgcaacatc---atgaacaacaacaacaacaaATGATGGCTCAACCGCCACCACGGCTGC 454
||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 353 CGCAACATCAATATCATGAACAACAACAACAAATGATGGCTCAACCGCCACCGCGGCTGC 412
Query 455 TTGAGCCTCTTCCCTCGCCGTTTGGGAAGAAGAGAGCAGTTTTATGCGGCGTGAACTATA 514
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 413 TTGAGCCCCTTCCCTCGCCGTTTGGGAAGAAGAGAGCAGTTTTATGCGGCTTGAACTATA 472
Query 515 AGGGAAAAAGTTATAGCTTGAAAGGTTGCATCAGTGATGCTAAGTCCATGAGATCTTTAT 574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 473 AGGGAAAAAGTTATAGCTTGAAAGGTTGCATCAGTGATGCTAAATCCATGAGATCTTTCT 532
Query 575 TGGTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGACTCTATTCTCATGCTCACAGAAGATGAAGCCA 634
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 533 TGGTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGACTCTATTCTCATGCTCACAGAAGATGAAGCAA 592
Query 635 GCCCGCAGAGAATACCGACGAAGAGAAACATTAGGAAGGCGATGAGATGGTTAGTTGAAG 694
||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 GCCCGCAGAGAATCCCCACGAAGAGAAACATTAGGAAAGCGATGAGATGGTTAGTTGAAG 652
Query 695 GGAACAGAGCAAGGGACTCACTAGTGTTCCATTTCTCTGGTCATGGATCTCAGCAGAATG 754
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 653 GGAACAGAGCAATGGACTCACTAGTGTCCCATTTCTCTGGTCATGGATCTCAGCAGAAAG 712
Query 755 ACTACAACGGAGACGAGATCGATGGTCAAGATGAAGCCTTGTGCCCTTTAGACCATGAAA 814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 ACTACAACGGAGACGAGATCGATGGTCAAGATGAAGCCTTGTGCCCTTTAGACCATGAAA 772
Query 815 CAGAAGGAAAAATCATTGATGACGAGATTAACCGGATACTCGTGAGGCCTCTCGTCCATG 874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 773 CAGAAGGAAAAATCATTGATGACGAGATTAACCGGATACTCGTGAGGCCTCTCGTCCATG 832
Query 875 GAGCTAAGCTTCACGCTGTCATCGACGCCTGTAACAGCGGGACTGTCCTTGATTTACCCT 934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 GAGCTAAGCTTCACGCTGTCATCGACGCCTGTAACAGCGGGACTGTCCTTGATTTACCCT 892
Query 935 TCATTTGCAGGATGGAGAGGAATGGTTCTTATGAATGGGAAGACCATAGATCAGTCAGAG 994
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 893 TCGTTTGCAGGATGGAGAGGAATGGTTCTTATGAATGGGAAGATCATAGATCAGTCAGAG 952
Query 995 CTTACAAAGGAACAGATGGTGGAGCAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGACGATGATGAAT 1054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 CTTACAAAGGAACAGATGGTGGAGCAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGACGATGATGAAA 1012
Query 1055 CCAGTGGTTACACTCCTGTGTTCACGGGGAAGAACACAGGAGCCATGACTTATAGCTTCA 1114
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1013 CCAGTGGTTACACTCCTGTATTCACGGGGAAGAACACAGGAGCCATGACTTATAGCTTTA 1072
Query 1115 TAAAGGCGGTGAAGACAGCTGGACCAGCACCCACGTATGGCCACCTGCTTAACCTTATGT 1174
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 TAAAGGCGGTGAAGACCGCTGGACCAGCCCCCACATATGGCCACCTGCTTAACCTTATGT 1132
Query 1175 GTTCTGCAATACGAGAGGCCCAGTCTCGCCTCGCCTTTAACGGGGACTACACAAGCTCTG 1234
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GTTCTGCAATACGAGAGGCCCAGTCTCGTCTCGCCTTTAACGGGGACTACACAAGCTCTG 1192
Query 1235 ATGCATCCGCGGAGCCACTGCTAACATCATCTGAGGAATTTGACGTGTACGCGACAAAGT 1294
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1193 ATGCATCCGCGGAGCCACTGCTAACATCATCTGATGAATTCGACTTGTACGCGACAAAGT 1252
Query 1295 TTGTACTCTGAA-TGCTGTACATATG-AT---GCT------GCAAATAGCTCGGAAACGT 1343
|||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1253 TTGTACTCTGAAATGCTGTACATATGTATATCGCTTATTCTGCAAATTGCTCGGAAACGT 1312
Query 1344 TTCTATGTGTATGTATCATGTAATGATTATGTTGCATAGCCTCTCTCTTCTTACGAGCAA 1403
||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 TTCTACCTGTATGTATCATGTAATGATGATGCTGCATAGCCTCTCTCTTCTTACGAGCAA 1372
Query 1404 TAAAGCTATGAAATAATTGATTCGCTAAGAAATTTAAAATGAAA 1447
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1373 TAAAGCTATGAAATGATTGATTCGCTAAGAAATTTAATATGAAA 1416
> Ahg918215 jgi|Araly1|918215|Al_scaffold_0008_2966
Length=738
Score = 649 bits (351), Expect = 0.0
Identities = 393/412 (95%), Gaps = 7/412 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 217 ATGGCTAGTCGGAGAGAAGTACGGTGCCGGTGCGGCAGACGGATGTGGGTTCAACCAGAC 276
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTACTCGGAGAGAAGTACGGTGCCAGTGCGGCAGACGGATGTGGGTTCAACCAGAC 60
Query 277 GCCCGTACCGTCCAATGCTCAACCTGCCACACCGTCACGCAGCTCTACTCGCT-AGTGGA 335
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 61 GTCCGTACTGTCCAATGCTCAACCTGCCACACCGTCACGCAGCTCTACTCGCTCA-TGGA 119
Query 336 CATAGCTCGCGGTGCAAACCGCATAATTCATGGGTTTCAACAGCTACTTAGacaacacca 395
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 120 CATAGCGCGCGGTGCAAACCGCATAATTCATGGGTTTCAACAGCTACTTAGACAACATCA 179
Query 396 accgcaacatca-tgaaca--a-caacaacaacaaATGATGGCTCAACCGCCACCACGGC 451
|||||||||||| | | || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 180 ACCGCAACATCAAT-ATCATGAACAACAACAACAAATGATGGCTCAACCGCCACCGCGGC 238
Query 452 TGCTTGAGCCTCTTCCCTCGCCGTTTGGGAAGAAGAGAGCAGTTTTATGCGGCGTGAACT 511
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 239 TGCTTGAGCCCCTTCCCTCGCCGTTTGGGAAGAAGAGAGCAGTTTTATGCGGCTTGAACT 298
Query 512 ATAAGGGAAAAAGTTATAGCTTGAAAGGTTGCATCAGTGATGCTAAGTCCATGAGATCTT 571
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 299 ATAAGGGAAAAAGTTATAGCTTGAAAGGTTGCATCAGTGATGCTAAATCCATGAGATCTT 358
Query 572 TATTGGTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGACTCTATTCTCATGCTCACAGA 623
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCTTGGTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGACTCTATTCTCATGCTCACAGA 410
Score = 545 bits (295), Expect = 3e-154
Identities = 319/331 (96%), Gaps = 0/331 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 975 AGACCATAGATCAGTCAGAGCTTACAAAGGAACAGATGGTGGAGCAGCTTTCTGTTTCAG 1034
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 AGATCATAGATCAGTCAGAGCTTACAAAGGAACAGATGGTGGAGCAGCTTTCTGTTTCAG 467
Query 1035 TGCTTGTGACGATGATGAATCCAGTGGTTACACTCCTGTGTTCACGGGGAAGAACACAGG 1094
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TGCTTGTGACGATGATGAAACCAGTGGTTACACTCCTGTATTCACGGGGAAGAACACAGG 527
Query 1095 AGCCATGACTTATAGCTTCATAAAGGCGGTGAAGACAGCTGGACCAGCACCCACGTATGG 1154
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 528 AGCCATGACTTATAGCTTTATAAAGGCGGTGAAGACCGCTGGACCAGCCCCCACATATGG 587
Query 1155 CCACCTGCTTAACCTTATGTGTTCTGCAATACGAGAGGCCCAGTCTCGCCTCGCCTTTAA 1214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 588 CCACCTGCTTAACCTTATGTGTTCTGCAATACGAGAGGCCCAGTCTCGTCTCGCCTTTAA 647
Query 1215 CGGGGACTACACAAGCTCTGATGCATCCGCGGAGCCACTGCTAACATCATCTGAGGAATT 1274
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 648 CGGGGACTACGCAAGCTCTGATGCATCCGCGGAGCCACTGCTAACATCATCTGATGAATT 707
Query 1275 TGACGTGTACGCGACAAAGTTTGTACTCTGA 1305
||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 CGACTTGTACGCGACAAAGTTTGTACTCTGA 738
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 55078494270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5