BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64270.1
Length=4146
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496629 jgi|Araly1|496629|fgenesh2_kg.8__2445__AT5G64270.1 6418 0.0
> Ahg496629 jgi|Araly1|496629|fgenesh2_kg.8__2445__AT5G64270.1
Length=4026
Score = 6418 bits (3475), Expect = 0.0
Identities = 3871/4059 (95%), Gaps = 39/4059 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 94 ttttttGCTGGAGAAAGCTTCGTTGAGTATCTGATAATGGCGGATCTAGATCCAGAGATC 153
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTTTTGTTGGAGAAAGCTTCGTTGAGTATC-GATAATGGCGGATCTAGATCCAGAGATC 59
Query 154 GCTAAAACTCAGGAGGAAAGACGGAAGATGGAAGCAGACCTTGCTTCTCTCACTTCTCTG 213
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 60 GCTAAAACTCAAGAGGAAAGACGGAAGATGGAAGCAGACCTTGCTTCTCTCACTTCTATC 119
Query 214 ACTTTCGATCGCGATCTATACGGAGGTAACGACCGTGCTTCCTAC-TCGACTTCTATTGC 272
| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||
Sbjct 120 AATATGGATCGCGATCTATACGGAGGTAACGACCGTGATTCCTACGT-GACTTCTATTGC 178
Query 273 ACCTAACGAGGAGGATGATGCGAATCTGGACACCACTGGTTCTCTTGTGGCTCAGCGCCT 332
|||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 179 TCCTAACGATGAGGAGGATACGAATCTGGACACCACTGGTTCTCTTGTTGCTCAGCGGCT 238
Query 333 CGCGTCTTATACTGCTCCTAGGTCAATTCTTAACGACGTGGCTCGTCCTCACAACGAAGA 392
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CGCGTCTTACACTGCTCCTAGGTCGCTTCTTAACGACGTGGCTCGTCCTCACAACGAAGA 298
Query 393 TGACGATGTGGGATTTAAACCTAGGCAGAGTATTGCCGAACGTGAGGGTGAATATAGGAA 452
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 299 TGACGATGTGGGATTTAAACCTAGGCAGACTATTGCGGAACGGGAGGGTGAGTATAGGAA 358
Query 453 TAGGAGACTCAATCGGGTTCTTTCTCCGGATAGAGTTGATGCCTTTGCTATGGGCGACAA 512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TAGGAGACTCAATCGGGTTCTTTCTCCGGATAGAGTTGATGCCTTTGCTATGGGCGACAA 418
Query 513 AACGCCGGATGCGAGTGTTCGTACTTACACGGACCATATGAGGGAGACGGCTTTGCAGAG 572
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AACGCCGGATGCGAGTGTTCGGACTTACACGGACCATATGAGGGAGACGGCTTTGCAGAG 478
Query 573 GGAGAAAGAGGAAACTATGAGACTCATTGCCaagaagaagaaagaggaagaagaagCTGC 632
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 479 GGAGAAAGAGGAAACTATGAGGCTCATTGCTAAGAAGAAGAAAGAGGAAGAAGAA---GC 535
Query 633 TGCGAAGCATCAGAAAGAttctgctcctcctcctcctgcttcctcttcttcttcctcttc 692
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||| | |||||
Sbjct 536 TGCAAAGCATCAGAAAGATTCTGCTCCTCCTCCTCCTG--T--TC--CTTC-T--TCTTC 586
Query 693 cAAGAGGAGACACAGGTGGGATCTCCCTGAAGAAGACGGTGCTGCTGCAAAGAAGGCTAA 752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 587 CAAGAGGAGACACAGGTGGGATCTCCCTGAAGAAGACGGTGGTGCTGCAAAGAAAGCTAA 646
Query 753 AGCAGCAAGTTCAGATTGGGATTTACCTGATGCAGCTCCAGGGATTGGACGATGGGATGC 812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 647 AGCAGCAAGTTCAGATTGGGATTTACCTGATGCAGCTCCAGGGATTGGACGATGGGATGC 706
Query 813 TCCTACTCCAGGGAGAGTTTCTGATGCCACACCATCTGCTGGACGAAGGAACAGGTGGGA 872
||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 707 TCCAACTCCAGGGAGAGTTTCTGATGCCACCCCTTCTGCTGGACGAAGAAACAGGTGGGA 766
Query 873 CGAAACTCCTACACCTGGTCGTGTGACTGATTCTGATGCAACACCTGGTGGTGGTGTTAC 932
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 767 CGAAACTCCTACACCTGGTCGTGTGACTGATTCTGATGCAACACC---TGGTGGTGTTAC 823
Query 933 TCCCGGTGCTACTCCTTCAGGTGTTACTTGGGACGGGCTTGCCACGCCTACCCCAAAGCG 992
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 824 TCCCGGTGCAACTCCTTCAGGTGTTACTTGGGACGGGCTTGCCACCCCTACCCCAAAGCG 883
Query 993 TCAACGTTCAAGGTGGGACGAAACACCAGCCACTATGGGGAGTGCTACACCTATGGGTGG 1052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 TCAACGTTCAAGGTGGGACGAAACACCAGCCACTATGGGGAGTGCTACACCTATGGGTGG 943
Query 1053 AGTCACTCCTGGTGCAGCTTACACTCCTGGTGTTACCCCAATTGGTGGGATTGATATGGC 1112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 944 AGTCACTCCTGGTGCAGCTTACACTCCTGGTGTTACCCCTATTGGTGGGATTGATATGGC 1003
Query 1113 TACTCCGACTCCGGGTCAGCTTATTTTCCGTGGTCCTATGACCCCCGAGCAGCTCAATAT 1172
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 TACTCCGACTCCGGGTCAGCTTATTTTCCGTGGTGCTATGACCCCCGAGCAGCTCAATAT 1063
Query 1173 GCAAAGGTGGGAGAAGGATATCGAGGAAAGAAACAGACCATTGAGTGATGAAGAGCTTGA 1232
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 GCAAAGGTGGGAGAAGGATATCGAGGAGAGAAACAGACCATTGAGTGATGAAGAGCTTGA 1123
Query 1233 TGCCATGTTTCCTAAAGATGGATACAAGGTTTTGGATCCGCCTGCTACGTATGTTCCCAT 1292
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1124 TGCCATGTTTCCTAAAGATGGATACAAGGTTTTGGATCCGCCTGCTTCATATGTTCCCAT 1183
Query 1293 CAGAACCCCTGCGAGGAAACTTCAACAAACCCCGACACCCATGGCAACTCCTGGCTATGT 1352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 CAGAACCCCTGCGAGGAAACTTCAACAAACCCCGACACCCATGGCAACTCCTGGCTATGT 1243
Query 1353 TATTCCTGAGGAAAACCGTGGGCAACAGTATGATGTGCCCCCAGAAGTTCCTGGTGGTTT 1412
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TATTCCCGAGGAAAACCGTGGGCAACAGTATGATGTGCCCCCAGAAGTTCCTGGTGGTTT 1303
Query 1413 GCCGTTTATGAAACCAGAGGATTATCAGTATTTTGGTTCTCTGTTAAATGAAGAGAACGA 1472
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1304 GCCGTTTATGAAACCAGAGGATTATCAGTATTTTGGAGCTCTGTTGAATGAAGAGAACGA 1363
Query 1473 AGAAGAGCTGTCTCCTGAAGAGCAGAAAGAACGCAAGATAATGAAACTGTTGTTAAAGGT 1532
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1364 AGAAGAGCTGTCTCCTGACGAGCAGAAAGAACGCAAGATCATGAAACTATTGTTAAAGGT 1423
Query 1533 TAAAAATGGAACTCCTCCCCAGAGGAAAACAGCGCTGAGGCAGCTTACTGATAAGGCTCG 1592
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 TAAAAATGGAACTCCTGCCCAGAGGAAAACAGCCCTGAGGCAGCTTACTGATAAGGCTCG 1483
Query 1593 TGAACTTGGTGCTGGTCCTTTGTTCAATAAAATTTTGCCATTGCTCATGCAACCCACTTT 1652
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 TGAGCTTGGTGCTGGTCCTTTGTTCAATAAAATTTTGCCATTGCTCATGCAACCCACTTT 1543
Query 1653 GGAAGATCAAGAGAGGCATCTTTTGGTCAAAGTGATTGATAGAATTCTGTACAAACTTGA 1712
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1544 GGAAGATCAAGAGAGGCATCTTTTGGTCAAAGTGATTGATAGGATTCTGTACAAACTTGA 1603
Query 1713 TGAGATGGTAAGGCCTTACGTCCACAAAATCCTTGTTGTTATTGAGCCTTTGCTGATTGA 1772
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1604 TGAGCTGGTAAGGCCTTACGTCCACAAAATCCTTGTTGTTATTGAGCCTTTGTTGATTGA 1663
Query 1773 TGAAGATTATTATGCTCGTGTAGAAGGGAGAGAGATTATTTCTAACCTTAGCAAAGCAGC 1832
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 TGAGGATTATTATGCTCGTGTAGAAGGGAGAGAAATTATTTCTAACCTTAGCAAAGCAGC 1723
Query 1833 TGGTTTGGCCTCTATGATTGCAGCTATGCGTCCTGATATTGACAACATCGATGAATATGT 1892
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1724 TGGTTTGGCCACTATGATTGCAGCTATGCGTCCTGATATTGACAACATTGATGAATATGT 1783
Query 1893 GAGGAACACAACAGCGAGAGCTTTCAGTGTGGTGGCTTCAGCTCTTGGAATCCCTGCACT 1952
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 GAGGAACACAACAGCGAGAGCTTTCAGTGTGGTGGCTTCAGCTCTTGGAATCCCTGCACT 1843
Query 1953 CTTGCCTTTCCTGAAAGCTGTGTGCCAGAGTAAAAGGTCATGGCAGGCACGGCATACTGG 2012
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1844 CTTGCCTTTCCTAAAAGCTGTGTGCCAGAGTAAAAAGTCATGGCAGGCACGGCACACTGG 1903
Query 2013 AATCAAGATTGTTCAGCAGATTGCGATACTAATTGGTTGTGCTGTCCTGCCTCACTTAAG 2072
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1904 AATTAAGATTGTTCAGCAGATTGCGATACTAATTGGTTGTGCCGTCCTGCCTCACTTAAG 1963
Query 2073 GTCTTTGGTAGAGATTATCGAACATGGTCTTAGTGATGAAAACCAGAAGGTTAGGACTAT 2132
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 GTCTTTAGTAGAGATTATCGAACATGGTCTCAGTGATGAAAACCAGAAGGTTAGGACTAT 2023
Query 2133 TACCGCATTGTCACTGGCTGCTCTTGCTGAAGCTGCTGCTCCATATGGTATTGAGAGCTT 2192
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 TACCGCTTTGTCACTGGCTGCTCTTGCTGAAGCTGCTGCTCCATATGGTATTGAGAGCTT 2083
Query 2193 TGATTCTGTTCTGAAGCCTTTGTGGAAAGGTATTAGGTCGCACCGTGGTAAAGTTTTAGC 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 TGATTCTGTTCTGAAGCCTTTGTGGAAAGGTATTAGGTCGCACCGTGGTAAAGTTTTAGC 2143
Query 2253 TGCTTTCTTGAAGGCGATCGGTTTTATCATTCCCTTGATGGATGCTATATATGCGAGCTA 2312
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 TGCTTTCTTGAAGGCGATCGGTTTTATCATCCCCTTGATGGATGCTATATATGCGAGCTA 2203
Query 2313 CTATACAAAAGAAGTCATGGTTATCTTGATTCGTGAGTTCCAGTCGCCTGATGAAGAGAT 2372
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 CTATACAAAAGAAGTCATGGTTATCTTGATTCGTGAGTTCCAGTCGCCTGATGAAGAGAT 2263
Query 2373 GAAGAAGATCGTCCTCAAGGTGGTGAAACAGTGTGTAAGTACAGAGGGTGTTGAACCGGA 2432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 GAAGAAGATCGTCCTCAAGGTGGTGAAACAGTGTGTAAGTACAGAGGGTGTTGAACCGGA 2323
Query 2433 ATACATTCGTAGTGATATTCTGCCCGAGTTTTTCAGGAATTTCTGGACAAGGAAAATGGC 2492
|||||| || |||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||||||
Sbjct 2324 ATACATACGCAGTGATATTCTGCCTGAGTTTTTCAAGCATTTCTGGGTTAGGAAAATGGC 2383
Query 2493 TCTGGAGAGGAGAAACTATAAGCAGCTTGTTGAAACTACTGTGGAGGTTGCGAACAAGGT 2552
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2384 TCTGGAGAGGAGAAACTATAAGCAGCTTGTTGAAACTACTGTGGAGATTGCGAACAAGGT 2443
Query 2553 TGGTGTTGCAGATATTGTGGGAAGAGTTGTTGAAGATCTCAAGGACGAGAGTGAACAGTA 2612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 2444 TGGTGTTGCAGATATTGTGGGAAGAGTTGTTGAAGATCTCAAGGATGAGAGTGAACCGTA 2503
Query 2613 TCGACGTATGGTTATGGAAACCATTGATAAGGTTGTCACAAACTTAGGAGCATCTGATAT 2672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2504 TCGACGTATGGTTATGGAAACCATTGATAAGGTTGTCACAAACTTGGGAGCATCTGATAT 2563
Query 2673 TGATGCGAGGTTGGAGGAACTGCTCATAGATGGCATTCTTTATGCTTTTCAAGAACAGAC 2732
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 TGATGCGAGATTGGAGGAACTGCTCATAGATGGCATTCTTTATGCTTTTCAAGAACAGAC 2623
Query 2733 TAGTGACGATGCTAATGTGATGCTTAATGGATTCGGTGCTGTAGTAAATGCTCTTGGTCA 2792
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2624 TAGTGACGATGCTAATGTAATGCTTAATGGATTCGGTGCTGTAGTGAATGCTCTTGGTCA 2683
Query 2793 GCGAGTAAAGCCTTATCTTCCCCAGATCTGTGGTACCATCAAGTGGCGATTGAACAACAA 2852
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2684 GAGAGTAAAGCCTTATCTTCCCCAGATCTGTGGTACCATCAAGTGGCGTTTGAACAACAA 2743
Query 2853 GAGTGCAAAGGTAAGACAGCAAGCTGCTGATCTGATTTCTCGAATTGCAGTTGTTATGAA 2912
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2744 GAGTGCTAAGGTAAGACAACAAGCTGCTGATCTGATTTCTAGAATTGCGGTTGTTATGAA 2803
Query 2913 GCAATGCGGAGAGGAACAGTTGATGGGACATCTAGGTGTTGTTTTGTATGAATATCTTGG 2972
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 GCAATGCGGAGAGGAACAGTTGATGGGACATCTTGGTGTTGTTTTGTATGAATATCTTGG 2863
Query 2973 AGAAGAGTACCCAGAAGTCTTGGGATCGATTCTTGGGGCTTTAAAAGCTATAGTCAATGT 3032
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864 AGAAGAGTACCCAGAAGTCTTGGGATCAATTCTTGGAGCTTTAAAAGCTATAGTCAATGT 2923
Query 3033 GATTGGTATGACGAAGATGACTCCTCCTATTAAGGATCTTCTACCAAGGCTGACCCCGAT 3092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2924 GATTGGTATGACGAAGATGACTCCTCCTATTAAGGATCTGCTTCCAAGGCTGACCCCGAT 2983
Query 3093 TTTGAAGAATAGGCATGAGAAAGTGCAAGAGAATTGTATCGATCTTGTTGGTAGGATTGC 3152
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||
Sbjct 2984 TTTGAAGAACAGGCACGAGAAAGTGCAAGAGAATTGCATTGATCTTGTCGGTAGGATTGC 3043
Query 3153 TGATCGTGGTGCCGAGTTTGTTCCAGCAAGAGAATGGATGAGAATCTGTTTCGAGCTTCT 3212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3044 TGATCGTGGTGCCGAGTTTGTTCCAGCAAGAGAATGGATGAGAATCTGTTTTGAGCTTCT 3103
Query 3213 TGAAATGCTTAAAGCTCATAAGAAAGGTATTCGTCGTGCTACTGTCAACACTTTTGGGTA 3272
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 3104 TGAAATGCTTAAGGCTCATAAGAAAGGTATTCGTCGTGCTACAGTCAATACTTTCGGGTA 3163
Query 3273 CATTGCCAAAGCCATTGGGCCACAAGACGTTCTAGCCACGTTGCTTAACAATCTCAAAGT 3332
||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3164 CATCGCCAAAGCCATTGGACCACAGGATGTTCTTGCCACGTTGCTGAACAATCTCAAAGT 3223
Query 3333 CCAAGAACGTCAGAACCGTGTTTGCACCACAGTTGCAATCGCCATAGTCGCTGAAACATG 3392
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3224 CCAAGAACGTCAGAACCGTGTTTGCACCACAGTCGCAATCGCTATTGTCGCTGAAACATG 3283
Query 3393 CTCTCCCTTCACCGTCTTACCTGCTTTGATGAATGAGTACCGTGTTCCAGAGCTAAACGT 3452
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3284 CTCTCCCTTCACCGTATTACCTGCTTTGATGAATGAGTACCGTGTTCCAGAGCTAAACGT 3343
Query 3453 CCAAAATGGTGTTCTGAAATCTCTCTCCTTCCTCTTCGAGTACATTGGAGAGATGGGCAA 3512
|||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 3344 CCAAAACGGTGTTTTGAAATCTCTTTCCTTCCTCTTTGAGTATATTGGAGAAATGGGCAA 3403
Query 3513 AGATTACATATACGCAGTTACACCGTTGCTTGAAGACGCTCTCATGGACAGGGATTTGGT 3572
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 3404 AGATTACATATACGCAGTCACACCGTTGCTTGAAGACGCGCTCATGGACAGAGATTTGGT 3463
Query 3573 TCATAGACAAACGGCTGCTTCAGCTGTGAAACATATGGCTCTAGGTGTAGCTGGGTTGGG 3632
||| |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 TCACAGACAAACCGCAGCTTCAGCCGTGAAACATATGGCTCTAGGTGTAGCTGGGTTGGG 3523
Query 3633 ATGCGAAGACGCCTTGGTTCACTTGCTTAACTTCATTTGGCCCAACATTTTTGAGACATC 3692
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3524 ATGCGAAGACGCTTTGGTTCACTTGCTTAACTTCATTTGGCCCAACATTTTCGAGACATC 3583
Query 3693 TCCTCACGTCATTAACGCAGTGATGGAAGCCATTGAAGGAATGCGAGTCGCATTAGGAGC 3752
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3584 TCCTCACGTCATTAACGCGGTGATGGAAGCCATTGAAGGAATGCGAGTCGCATTAGGTGC 3643
Query 3753 AGCTGTAATTCTGAACTATTGCTTGCAGGGTTTGTTTCATCCGGCGCGCAAGGTCCGCGA 3812
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 AGCTGTAATTCTGAACTATTGTTTGCAGGGTTTGTTTCATCCGGCGCGCAAGGTCCGCGA 3703
Query 3813 AGTGTACTGGAAGATATACAATTCTTTATACATTGGTGCTCAGGACACCCTTGTTGCTGC 3872
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3704 AGTGTACTGGAAGATATACAATTCTCTATACATTGGTGCTCAGGACACGCTTGTTGCTGC 3763
Query 3873 TTACCCGGTTCTTGAAGACGAGCAGAACAATGTGTATAGCCGACCGGAGTTGACGATGTT 3932
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3764 TTACCCGGTTCTTGAAGATGAGCAGAACAATGTGTATAGCCGACCAGAGTTGACGATGTT 3823
Query 3933 TGTGTGAAAGAAAGATTCTGGATTCGATGTGATTCTATTACTCTCTAGTCACCTGTAGTT 3992
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3824 TGTGTGAAAGAAAGATT--GGATTCGATGTGACTCTATTACTCTCTAGTCTCCTGTAGTT 3881
Query 3993 GTTGGTATTTTGGCTTTATTGCAAAGGTTTGCTTTGTATAAAACACA-GAA-AC-GTTTC 4049
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| || | |
Sbjct 3882 TTTGGTATT--GGCTTTATTGCAAAGGTTTGCTTTGTATAAAACTCTCGAACACAGAAGC 3939
Query 4050 TTTTCTTTTTCTGATAACTAGAAAACCTATGTTCACTTTT-GGTTATTTCTTATTGACTT 4108
||||||| || | || | | || ||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 3940 GGTTCTTTT-CTTTTT-CT-G------TGTG--CACTTTTTGGT-ATTTCTTATTGACTT 3987
Query 4109 AAGTTTCATGTTATTTGT-ATGCATTACAGTTGCAGGTT 4146
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 3988 TAGTTTCATGTTATTTGCCATGCATTACAGCTGCAGGTT 4026
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 156759143187
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5