BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64320.1
Length=2209
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496634 jgi|Araly1|496634|fgenesh2_kg.8__2450__AT5G64320.1 3398 0.0
> Ahg496634 jgi|Araly1|496634|fgenesh2_kg.8__2450__AT5G64320.1
Length=2191
Score = 3398 bits (1840), Expect = 0.0
Identities = 2091/2211 (95%), Gaps = 22/2211 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATGTGGGGTTTATGGTTATGCTAGCGAGATCAAAGCTAGCTCTAGATGTGAGCAGAAGA 60
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AATGTGGCGTTTATGGTTATGCTAGCGAGATCAAAGCTTGCTCTAGATGTGAGCAGAAGA 60
Query 61 TCACAGTCTTTGCAAAGAATCTGCTACTACGCAAGTCTCTCCTCTAGATTTTCCGGCGGC 120
||||| |||||||| ||||||| ||| | ||| | | ||||||| |||||| |||| ||
Sbjct 61 TCACATTCTTTGCATAGAATCTCCTATTGCGCGATTAGCTCCTCTGGATTTTGCGGCAGC 120
Query 121 GGCGGAGATGATGGCGGCGGCAGCTCACCGGAAATCGGTGGTACCGATTCAGCAAACGAA 180
|||||||||||||||||| | ||||||||| | | | | | || | ||||||
Sbjct 121 GGCGGAGATGATGGCGGC-G--GCTCACCGG--A----T--T--C-A-TC--C-AACGAA 162
Query 181 TGGGAGAAGCTCCTTAAACCATTCGATCTGGATTCTCTAAGGAATTCATTTCACAAGATA 240
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 163 TGGGAGAAGCTTCTTAAACCATTCGATCTCGATTCTCTCAGGAATTCATTTCATAAGATA 222
Query 241 ACTCCCTTTCAGCTCTATAAGCTACTTGAGTTACCTCTCAATGTATCCACTTCAATGGAG 300
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 223 ACTCCTTTTCAGCTCTGTAAGCTACTTGAGTTACCTCTCGATGTTTCTACTTCAATGGAG 282
Query 301 TTGTTCTCATGGACCGGTTCTCAAAACGGTTATCGTCACTCCTTCGATGTGTATCAAGTT 360
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 283 TTGTTCTCATGGACCGGTTCTCAAAAGGGTTATCGTCACTCCTTCGATGTGTATCAAGTT 342
Query 361 CTTATAGGTAAGCTTGGTGCGAATGGTGAGTTTAAAACCATTGATAGATTGTTAATTCAG 420
||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 343 CTTATAGGTAAACTTGGTTCGAATGGTGAGTTTAAGACCATTGATAGATTGCTAATGCAG 402
Query 421 ATGAAAGATGAAGGAATCGTTTTTAAAGAATCTCTTTTCATTTCGATTATGAGAGATTAC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 403 ATGAAAGATGAAGGAATCGTTTTTAAAGAATCTCTTTTCATTTCGATAATGAGAGATTAC 462
Query 481 GACAAAGCTGGTTTTCCTGGACAGACAACGAGATTGATGTTGGAGATGAGGAATGTCTAT 540
||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 463 GACAAAGCTGGGTTTCCTGGACAAACTACGAGGTTGATGTTGGAGATGAGGAATGTGTAT 522
Query 541 TCCTGTGAACCCACTTTTAAATCTTACAATGTTGTCTTGGAGATTTTGGTTTCTGGTAAT 600
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 523 TCCTGTGAACCCACTTTCAAATCTTACAATGTTGTCTTGGAGATTTTGGTTTCTGGTAAT 582
Query 601 TGTCATAAAGTTGCAGCTAATGTGTTCTACGATATGCTTAGCCGAAAGATTCCTCCAACG 660
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 583 TGTCACAAAGTTGCAGCTAATGTGTTCTACGATATGCTTAGCCGAAAAATCCCTCCAACG 642
Query 661 CTTTTCACATTTGGTGTTGTGATGAAAGCTTTTTGTGCTGTTAATGAGATAGATTCGGCT 720
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 643 CTTTTCACATTTGGTGTTGTGATGAAAGCTCTTTGTGCGGTTAATGAGGTAGATTCGGCT 702
Query 721 CTGTCTCTGCTTAGGGACATGACGAAACATGGATGTGTCCCAAACTCTGTTATTTACCAG 780
|||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 703 CTGTCTGTGCTTAGGGACATGACGAAACATGGCTGTGTCCCAAACTCTGTCATTTACCAG 762
Query 781 ACTCTTATACATTCGTTATCGAAGTGTAATAGAGTGAACGAAGCGCTTCAGCTTTTAGAG 840
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 763 ACTCTTATACACTCGTTATCTAAGTGTAATAGAGTGAACGAAGCGCTTCAACTTTTAGAG 822
Query 841 GAGATGTTTCTGATGGGATGTGTTCCTGATGCTGAGACTTTCAACGATGTTATCCTTGGT 900
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 823 GAGATGTTTCTCATGGGATGTGTTCCTGATGCTGAGACGTTCAACGATGTTATCCTTGGT 882
Query 901 CTCTGTAAGTTTGATCGGATTAACGAAGCTGCTAAAATGGTGAACCGGATGCTGATTAGA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 883 CTCTGTAAGTTTGATCGGATTAACGAAGCTGCTAAAATGGTGAACCGGATGCTTATTAGA 942
Query 961 GGGTTTGCTCCTGATGATATAACTTATGGTTATTTGATGAATGGTCTATGTAAGATAGGC 1020
|| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 943 GGATTTACTCCTGATGATATTACTTATGGGTATTTGATGAATGGTCTGTGTAAGATTGGC 1002
Query 1021 CGGGTTGATGCTGCAAAAGATCTTTTTTACAGAATTCCGAAGCCGGA-AATTGTGATCTT 1079
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||
Sbjct 1003 CGGGTTGATGCTGCAAAGGATCTTTTTTACAGAATTCCGAAACC-GACAAGTGTGATCTT 1061
Query 1080 CAATACTCTTATTCACGGGTTTGTGACTCACGGAAGACTTGATGATGCTAAAGCTGTTTT 1139
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1062 CAACACTCTTATTCACGGGTTTGTGACTCATGGAAGACTTGATGATGCTAAAGCTGTCTT 1121
Query 1140 ATCAGATATGGTCACGTCTTATGGCATTGTTCCTGATGTCTGCACATATAACTCACTGAT 1199
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1122 ATCAGATATGGTCACGTCTTATGGCATCGTTCCTGATGTCTGCACATATAACTCACTGAT 1181
Query 1200 CTATGGATATTGGAAGGAGGGTCTTGTAGGTTTAGCTCTGGAAGTTCTTCATGACATGAG 1259
|||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||
Sbjct 1182 CTATGGATATTGGAAGAAGGGTCTTGTTGGTTTAGCTCTGGAAATTCTTCGCGACATGAG 1241
Query 1260 GAATAAGGGATGTAAGCCTAACGTCTACTCTTATACTATTTTAGTTGATGGTTTCTGTAA 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1242 GAATAAGGGATGTAAGCCTAACGTCTACTCTTATACTATTTTAGTTGATGGTTTCTGTAA 1301
Query 1320 ATTAGGAAAGATAGATGAAGCCTACAATGTTCTTAATGAAATGTCTGCCGATGGACTGAA 1379
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302 ATTAGGAAAGATAGATGAAGCCTACAATCTTCTGAATGAAATGTCTGCCGATGGACTGAA 1361
Query 1380 ACCCAACACTGTTGGTTTTAACTGTTTGATATCGGCTTTCTGCAAGGAACACAGAATCCC 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362 ACCCAACACTGTTGGTTTTAACTGTTTGATATCGGCTTTCTGCAAGGAACACAGAATCCC 1421
Query 1440 CGAGGCCGTAGAGATTTTCAGAGAGATGCCGAGAAAAGGCTGTAAACCCGATGTGTATAC 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1422 CGAGGCCGTAGAGATTTTCAGAGAGATGCCGAGAAAAGGCTGTAAACCCGATGTGTATAC 1481
Query 1500 ATTTAATTCGCTGATATCTGGACTATGTGAGGTCGACGAAATAAAGCATGCCTTGTGGTT 1559
|||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1482 ATTTAATTCGTTGATATCTGGGCTCTGTGAGGTCGACGAAATAAAGCATGCCTTATGGTT 1541
Query 1560 ACTTAGAGATATGATATCAGAAGGTGTTGTTGCTAATACTGTTACTTACAACACGCTGAT 1619
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 ACTTAGAGACATGATATCAGAAGGTGTTGTTGCCAATACTGTTACTTACAACACGCTGAT 1601
Query 1620 CAACGCGTTTCTTAGAAGAGGTGAAATCAAAGAAGCTCGTAAACTAGTAAACGAGATGGT 1679
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1602 CAATGCGTTTCTTAGAAGAGGTGAAATCAAAGAAGCTCGTAAACTAGTAAACGAGATGGT 1661
Query 1680 TTTCCAGGGATCCCCGCTTGATGAGATAACCTACAACAGTCTGATAAAAGGGCTGTGCAG 1739
|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662 TTTCCAGGGATCCCTGCTCGATGAGATAACCTACAATAGTCTGATAAAAGGGCTGTGCAG 1721
Query 1740 GGCCGGGGAGGTAGATAAGGCGAGAAGCTTGTTTGAAAAGATGTTAAGAGACGGGCATGC 1799
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1722 GGCTGGGGAGGTAGATAAAGCGAGAAGCTTGTTTGAAAAGATGTTAAGAGACGGGCTTGT 1781
Query 1800 ACCAAGCAACATCTCCTGCAACATACTTATAAACGGGCTCTGCAGAAGCGGGATGGTGGA 1859
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1782 ACCGAGCAGCATCTCCTGCAACATACTTATAAACGGGCTCTGCAGAAGCGGGATGGTGGA 1841
Query 1860 AGAAGCGGTTGAGTTTCAGAAAGAGATGGTTCTGAGAGGATCGACACCGGACATTGTGAC 1919
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1842 AGAAGCGGTTGAATTTCAGAAAGAGATGGTTCTGAGAGGATCGACACCAGACATTGTGAC 1901
Query 1920 ATTTAACAGTCTGATAAACGGTCTGTGTAGGGCCGGTAGGATCGAAGATGGTTTGACGAT 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1902 ATTTAACAGTCTGATAAACGGTCTGTGTAGGGCCGGTAGGATCGAAGATGGTTTGACAAT 1961
Query 1980 GTTTAGGAAGCTTCAGGCTGAAGGAATACCGCCTGATACGGTGACGTTTAACACTTTGAT 2039
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 1962 GTTTAGGAAGCTTCAGGCTGAAGGAATACCTCCTGATACGGTAACGTATAACACTCTGAT 2021
Query 2040 GAGTTGGTTGTGCAAAGGAGGTTTTGTTTATGATGCTTGCTTACTTCTGGATGAAGGTAT 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2022 GAGTTGGTTGTGCAAAGGAGGTTTTGTTTATGATGCTTGCTTACTTCTGGATGAAGGTAT 2081
Query 2100 TGAAGATGGTTTTGTTCCAAATCATAGAACTTGGTCAATTTTGTTACAGAGTATTATTCC 2159
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2082 TGAAGATGGTTTTGTTCCAAATGATAGAACTTGGTCAATTTTGTTACAGAGTCTTGTTCC 2141
Query 2160 CCAAGAAACACTTGATAGACGAAGGTTTTATAATGCAGCTTTT-TGAAACT 2209
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 2142 CCAAGAAACACTTGATAGACGAACGTTTTATAATGCAG-TTTTCTGAAACT 2191
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83151004835
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5