BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64410.1
Length=2344
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496649 jgi|Araly1|496649|fgenesh2_kg.8__2465__AT5G64410.1 3703 0.0
Ahg950621 jgi|Araly1|950621|scaffold_802508.1 821 0.0
> Ahg496649 jgi|Araly1|496649|fgenesh2_kg.8__2465__AT5G64410.1
Length=2312
Score = 3703 bits (2005), Expect = 0.0
Identities = 2221/2325 (96%), Gaps = 16/2325 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CACATAAAGATTCCTAGTCTTATACTCTGtctctctctctctctctctTTTTCACACTCA 60
||||||||||||||| ||| | ||| | | ||| ||||||| | || |||| ||||||
Sbjct 1 CACATAAAGATTCCTCGTC-T-TACAC--TATCTGTCTCTCT-T-TC--TTTCTCACTCA 52
Query 61 CACACA-AACTAAACCGGAATGGCCACCGCCGACGAATTCTCCGACGAAGATACATCACC 119
|||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
Sbjct 53 CACACATAAC-AAACCATAATGGCCACCGCCGACGAATTCTCCGATGAAGACACATCGCC 111
Query 120 GATTGAAGAAGTCCGTTTAACGGTAACAAACACCGACGATCCAACACTACCGGTTTGGAC 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 112 GATTGAAGAAGTCCGTTTAACGGTAACAAACACCGACGATCCGACACTACCGGTTTGGAC 171
Query 180 ATTCAGGATGTGGTTCTTGGGTCTAATCTCATGTTCTCTCCTCTCTTTCCTTAACCAATT 239
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 172 ATTCAGGATGTGGTTCTTGGGTCTAATCTCATGCTCTCTCCTCTCCTTCCTTAACCAATT 231
Query 240 CTTCTCGTACCGAACCGAACCGCTCGTAATCACTCAAATCACGGTTCAGGTGGCTACACT 299
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 232 CTTCTCGTACCGAACCGAACCGCTTGTAATCACTCAAATCACGGTTCAGGTAGCTACACT 291
Query 300 ACCTATCGGTCATTTCTTGGCCAAGGTGCTTCCCAAAACCCGGTTTGGGTTACCCGGTTG 359
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 292 CCCAATCGGTCATTTCTTGGCCAAGGTGCTTCCCAAAACCCGGTTTGGAATACCCGGCTG 351
Query 360 TGGATCGGCCCGGTTCTCGCTGAACCCGGGTCCGTTTAACATGAAAGAGCATGTTTTGAT 419
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 TGGATCGGCCCGGTTCTCGTTGAACCCGGGTCCGTTTAACATGAAAGAGCATGTTTTGAT 411
Query 420 ATCGATATTTGCGAATGCGGGTAGTGCTTTCGGATCCGGGTCGGCTTATGCGGTTGGTAT 479
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 412 ATCCATATTTGCAAATGCGGGTAGTGCTTTCGGATCCGGGTCAGCTTATGCGGTTGGTAT 471
Query 480 CATCACAATTATTAAAGCTTTTTATGGCCGGAGTATCTCTTTTATTGCCGGCTGGCTCCT 539
||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 472 CATCACAATAATAAAAGCTTTTTATGGCCGGAATATCTCTTTTATTGCCGGTTGGCTCCT 531
Query 540 CATCATCACTACACAGGTATTGGGATATGGCTGGGCCGGTTTACTGAGGAAATATGTGGT 599
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 532 CATCATCACTACCCAGGTATTGGGATATGGATGGGCCGGTTTACTGAGAAAATATGTGGT 591
Query 600 CGAACCGGCTCATATGTGGTGGCCTAGCACTCTGGTTCAAGTGTCACTGTTTAGGGCATT 659
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 592 CGAACCGGCTCACATGTGGTGGCCTAGCACTCTGGTTCAAGTGTCACTGTTTCGGGCATT 651
Query 660 GCATGAGAAGGACGACCAAAGGATGACGAGAGCAAAATTCTTTGTGATAGCATTAGTCTG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 652 GCATGAGAAGGACGACCAAAGGATGACGAGAGCAAAATTCTTTGTGATAGCATTAATCTG 711
Query 720 TAGTTTTGGATGGTACATAGTCCCTGGCTATCTCTTCACAACACTCACAAGCATCTCATG 779
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 TAGTTTCGGATGGTACATAGTCCCTGGCTATCTCTTCACAACACTCACAAGCATCTCATG 771
Query 780 GGTTTGTTGGGCATTTCCAAGATCAGTCACTGCTCAACAGATTGGTTCTGGAATGAGAGG 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 772 GGTTTGTTGGGCATTTCCAAGATCAGTCACTGCTCAACAGATCGGTTCGGGAATGAGAGG 831
Query 840 TCTTGGTCTTGGAGCCTTTACACTAGACTGGACCGCGGTTGCCTCTTTCTTGTTTAGTCC 899
||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 832 TCTCGGTCTTGGAGCCTTCACACTCGACTGGACCGCGGTTGCCTCTTTCTTGTTCAGTCC 891
Query 900 ACTTATCAGCCCCTTCTTCGCCATCGCTAATGTTTTCATCGGTTATGTTCTTTTGATCTA 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 ACTTATCAGCCCCTTCTTCGCCATCGCTAATGTTTTCGTCGGTTATGTTCTTTTGATCTA 951
Query 960 CTTCGTCTTGCCTTTAGCCTATTGGGGATTTGATTCTTATAACGCTACGAGGTTTCCTAT 1019
| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 CCTGGTGTTGCCTTTAGCCTATTGGGGATTTGATTCTTATAACGCTACGAGGTTTCCTAT 1011
Query 1020 ATTTTCGTCGCATCTTTTCACATCGGTT-GGTAATACATATGATATTCCTGCGATCGTGA 1078
||||||||| |||||||||||||| ||| ||||| || || |||||||||||||||||||
Sbjct 1012 ATTTTCGTCCCATCTTTTCACATC-GTTCGGTAAAACTTACGATATTCCTGCGATCGTGA 1070
Query 1079 ATGATAACTTTGAGCTCGATTTAGCTAAGTATGAGCAACAAGGAAGGATTAACTTGAGCA 1138
||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 ATGATAACTTTGAGCTCGATTTAGCGAAGTATGAACAACAAGGAAGGATTAACTTGAGCA 1130
Query 1139 TGTTCTTTGCTCTTACCTATGGGCTTGGTTTCGCCACCATTGCTTCTACGCTCACTCATG 1198
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1131 TGTTCTTTGCTCTTTCCTATGGGCTTGGTTTCGCCACCATTGCTTCTACACTCACTCATG 1190
Query 1199 TAGCTCTCTTCTATGGCAAGGAAATTTCTGAGAGGTTTCGAGTTTCATACAAAGGCAAGG 1258
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1191 TAGCTCTCTTCTATGGCAGGGAAATTTCCGAGAGGTTTCGTGTTTCATACAAAGGCAAAG 1250
Query 1259 AAGATATACACACTAGGTTAATGAAGAGATATAAAGACATACCTTCATGGTGGTTTTACT 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 AAGATATACACACTAGGTTAATGAAGAGATATAAAGACATACCTTCATGGTGGTTTTACT 1310
Query 1319 CAATGTTGGCTGCGACACTACTTATCTCTCTTGCATTATGTGTTTTCTTGAACGATGAGG 1378
| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1311 CCATGTTGGCTGCTACACTACTTATCTCTCTTGCGTTATGTATTTTCTTGAACGATGAGG 1370
Query 1379 TTCAAATGCCTTGGTGGGGACTTGTGTTCGCAAGCGCGATGGCTTTCGTCTTCACACTCC 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1371 TTCAAATGCCTTGGTGGGGACTTGTGTTCGCAAGTGTGATGGCTTTCGTCTTCACCCTCC 1430
Query 1439 CGATAAGCATCATAACCGCAACAACTAACCAAACACCGGGATTGAATATAATAACAGAGT 1498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1431 CGATAAGCATCATAACCGCAACAACTAACCAAACACCGGGGTTGAATATAATAACAGAGT 1490
Query 1499 ACGCAATGGGACTCATTTACCCGGGACGACCTATCGCAAACGTATGCTTCAAAGTCTATG 1558
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 ACGCAATGGGACTCATTTACCCGGGAAGACCTATCGCAAACGTATGCTTCAAAGTCTATG 1550
Query 1559 GATACATGAGTATGGCACAAGCAGTCTCTTTCTTAAATGACTTCAAACTTGGTCATTACA 1618
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 GATATATGAGTATGGCACAAGCTGTCTCTTTCTTAAATGACTTCAAACTTGGTCATTACA 1610
Query 1619 TGAAGATCCCACCTAGATCCATGTTCTTGGTTCAATTCATCGGTACAATTCTTGCCGGAA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 TGAAGATCCCACCTAGATCCATGTTCTTGGTTCAATTCATCGGTACAATTCTTGCCGGAA 1670
Query 1679 CAATCAACATAACGGTCGCATGGTGGCAGTTAAACTCTATCAAAAACATATGTCAAGAGG 1738
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 CAATCAACATAACGGTGGCATGGTGGCAATTAAACTCTATCAAAAACATATGTCAAGAGG 1730
Query 1739 AACTTCTACCTCCCAACAGTCCATGGACATGTCCGGGTGACCGTGTTTTCTTCGATGCAT 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 AACTTCTACCTCCCAACAGTCCATGGACATGTCCTGGTGACCGTGTTTTCTTCGATGCAT 1790
Query 1799 CGGTCATTTGGGGATTGGTCGGACCAAAACGGATTTTTGGTTCTCAGGGAAACTATGCGG 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1791 CGGTCATTTGGGGATTGGTCGGACCAAAACGGATATTTGGTTCTCAGGGAAACTATGCAG 1850
Query 1859 CCATGAACTGGTTTTTCCTCGGAGGTGCATTAGGACCAGTCATAGTGTGGTCATTGCACA 1918
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CCATGAACTGGTTTTTCCTCGGAGGTGCGTTAGGACCAGTCATAGTGTGGTCATTGCACA 1910
Query 1919 AAGCGTTCCCAAAACGTTCTTGGATTCCACTTGTAAATCTCCCTGTTCTTCTAGGAGCAA 1978
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 AAGCGTTCCCAAAACGTTCTTGGATTCCACTTGTGAATCTCCCTGTTCTTCTAGGAGCAA 1970
Query 1979 CCGCAATGATGCCACCTGCGACCGCGGTGAACTACAACTCGTGGATATTGGTGGGGACGA 2038
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1971 CCGCAATGATGCCACCTGCAACCGCAGTGAACTACAATTCGTGGATATTGGTCGGGACGA 2030
Query 2039 TATTCAACTTGTTTGTGTTCCGGTACAGGAAAAGTTGGTGGCAGAGGTATAACTACGTTC 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 TATTCAACTTGTTTGTGTTCCGGTACAGGAAAAGTTGGTGGCAGAGGTATAACTACGTTC 2090
Query 2099 TCTCAGCCGCTATGGATGCCGGTGTAGCTTTCATGGCGGTTTTGTTGTACTTCTCGGTGG 2158
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 TCTCAGCCGCTATGGACGCCGGTGTAGCTTTCATGGCGGTTTTGTTGTACTTCTCGGTGG 2150
Query 2159 GGATGGAGGAAAAGAGTTTGGACTGGTGGGGAACAAGAGGTGAACATTGTGATCTAGCTA 2218
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2151 GGATGGAGGAGAAGAGTTTGGACTGGTGGGGAACAAGAGGTGAGCATTGTGATCTAGC-A 2209
Query 2219 AA-TGTCCAACCGCTAGAGGAGTAATTGTTGATGGTTGTCCGGTTAAATAATCTTAAAGG 2277
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2210 AAGTGTCCAACCGCTAGAGGAGTAATTGTTGATGGTTGTCCGGTTAAGTAATCTTA--GG 2267
Query 2278 ATCCATTGGTGTGTTTCAACAATGTATGATACACAAAGTAACTAA 2322
| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2268 CTTTATTGGTGTGTTACAACAATGTATGATACATAAAGTAACTAA 2312
> Ahg950621 jgi|Araly1|950621|scaffold_802508.1
Length=664
Score = 821 bits (444), Expect = 0.0
Identities = 500/527 (95%), Gaps = 4/527 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1259 AAGATATACACACTAGGTTAATGAAGAGATATAAAGACATACCTTCATGGTGGTTTTACT 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGATATACACACTAGGTTAATGAAGAGATATAAAGACATACCTTCATGGTGGTTTTACT 60
Query 1319 CAATGTTGGCTGCGACACTACTTATCTCTCTTGCATTATGTGTTTTCTTGAACGATGAGG 1378
||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 TGATGTTGGCTACTACACTACTTATCTCTCTTGCTTTATGTGTCTTCTTGAACGATGAGG 120
Query 1379 TTCAAATGCCTTGGTGGGGACTTGTGTTCGCAAGCGCGATGGCTTTCGTCTTCACACTCC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |
Sbjct 121 TTCAAATGCCTTGGTGGGGACTTGTGTTCGCAAGCGCAATGGCTTTCACCTTCACACTTC 180
Query 1439 CGATAAGCATCATAACCGCAACAACTAACCAAACACC-GGGATTGAATATAATAACAGAG 1497
| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||
Sbjct 181 CAATCAGCATTATAACGGCAACAACTAACCAAACACCAGGG-TTGAATATAATCACGGAG 239
Query 1498 TACGCAATGGGACTCATTTACCCGGGACGACCTATCGCAAACGTATGCTTCAAAGTCTAT 1557
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TACGCAATGGGAATCATTTACCCGGGACGACCTATCGCAAACGTATGCTTCAAAGTCTAT 299
Query 1558 GGATACATGAGTATGGCACAAGCAGTCTCTTTCTTAAATGACTTCAAACTTGGTCA-TTA 1616
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 300 GGATACATGAGTATGGCACAAGCTGTCTCTTTCTTAAATGACTTCAAACTTGGTCACTT- 358
Query 1617 CATGAAGATCCCACCTAGATCCATGTTCTTGGTTCAATTCATCGGTACAATTCTTGCCGG 1676
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CATGAAGATCCCACCAAGATCCATGTTCTTGGTTCAATTCATCGGTACAATTCTTGCCGG 418
Query 1677 AACAATCAACATAACGGTCGCATGGTGGCAGTTAAACTCTATCAAAAACATATGTCAAGA 1736
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AACAATCAACATAACGGTTGCATGGTGGCAATTAACCTCTATCAAAAACATATGTCAAGA 478
Query 1737 GGAACTTCTACCTCCCAACAGTCCATGGACATGTCCGGGTGACCGTG 1783
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 479 GGAACTTCTACCTCCCAACAGTCCATGGACATGTCCTGGTGACCGTG 525
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88293187910
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5