BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G64440.1 Length=2227 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg951276 jgi|Araly1|951276|scaffold_803163.1 3057 0.0 > Ahg951276 jgi|Araly1|951276|scaffold_803163.1 Length=1865 Score = 3057 bits (1655), Expect = 0.0 Identities = 1781/1844 (97%), Gaps = 0/1844 (0%) Strand=Plus/Plus Query 162 AGATGGGTAAGTATCAGGTCATGAAACGTGCAAGTGAGGTTGATCTTTCTACTGTCAAAT 221 |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 20 AGATGGGTAAGTATGAGGTCATGAAACGGGCAAGTGAGGTTGATCTTTCTACTGTCAAAT 79 Query 222 ATAAAGCTGAAACCATGAAAGCTCCTCATTTGACTGGCCTTTCCTTCAAGTTGTTCGTTA 281 |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| Sbjct 80 ATAAAGCTGAAAACATCAAAGCTCCTCATTTGACTGGCTTTTCGTTCAAGTTGTTCGTTA 139 Query 282 ATTTGCTTGAAGCACCACTTATAGGCTCTTTGATTGTTGATTATTTGAAGAAAGACAATG 341 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| Sbjct 140 ATTTGCTTGAAGCACCACTTATTGGCTCTTTGATTGTTAATTCTTTGAAGAAAGACAATG 199 Query 342 GCATGACAAAGATTTTTCGCAACACAGTTATACCAGAAGAGCCCATGTTTAGACCGGAGT 401 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 200 GCATGACAAAGATTTTTCGCAACACAGTTATACCAGAAGAGCCCATGTTTAGACCGGAGT 259 Query 402 TCCCATCTCAAGAACCGGAGCATGATGTTGTCATTGTTGGCGAAGATGAAAGTCCTATAG 461 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 260 TCCCATCTCAAGAACCGGAGCATGATGTTGTTGTTGTTGGCGAAGATGAAAGTCCTATAG 319 Query 462 ACAGATTGGAAACAGCCTTGAAATGTCTTCCTCAGTATGATCCTTCTCGTAGCTTGCATG 521 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 320 ATAGATTGGAAACAGCCTTGAAATGTCTTCCTCAGTATGATCCTTCTCGTAGCTTGCACA 379 Query 522 CAGATCCAGTGTCATCTTTCCGGTACTGGAAGATTCGTGATTATGCATATGCCTATAGAT 581 |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 380 CAGAACCAATGTCATCTTTCCGGTACTGGAAGATTCGTGATTATGCATATGCCTATAGAT 439 Query 582 CTAAGCTGACAACTCCATTGCAGGTAGCAAAAAGAATAATCTCAATCATAGAGGAGTTTG 641 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 CTAAGCTGACAACTCCATTGCAGGTAGCGAAAAGAATAATCTCAATCATAGAGGAGTTTG 499 Query 642 GCTATGACAAGCCTCCAACACCATTTTTGATTAGATTTGATGCCAATGAAGTCATAAAGC 701 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 500 GCTATGACAAGCCTCCAACACCATTTTTGATTAGCTTTGATGCCAATGAAGTCATAAAGC 559 Query 702 AAGCTGAAGCTTCTACACGGAGGTTTGAACAAGGAAATCCAATATCTGTTTTGGATGGAA 761 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 560 AAGCTGAAGCTTCTACACAGAGGTTTGAACAAGGAAATCCAATATCTGTTTTGGATGGAA 619 Query 762 TATTTGTGACAATCAAGGACGATATTGATTGTTTACCCCATCCGACAAATGGTGGAACAA 821 | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 620 TTTTTGTGACAATCAAGGATGATATTGATTGTTTACCCCATCCGACAAACGGTGGAACAA 679 Query 822 CATGGCTGCATGAGGATCGTTCTGTGGAGAAGGATTCAGCTGTTGTTTCAAAACTGCGTT 881 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 680 CATGGCTGCATGAGGATCGTTCTGTGGAGAAGGATTCAGCTGTTGTTTCAAAACTGCGCT 739 Query 882 CTTGTGGTGCAATCTTACTTGGCAAGGCAAATATGCATGAGTTAGGCATGGGGACCACCG 941 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 CTTGTGGTGCAATCTTACTTGGCAAGGCAAATATGCATGAGTTAGGCATGGGGACCACCG 799 Query 942 GGAACAATTCAAATTACGGAACCACAAGAAACCCGCATGATCCTAAAAGGTACACGGGCG 1001 |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 800 GGAACAATTCGAATTATGGAACCACAAGAAACCCACATGATCCTAAAAGGTACACAGGCG 859 Query 1002 GATCTTCCTCAGGTTCAGCAGCTATTGTAGCCGCTGGACTATGTTCAGCTGCTCTAGGAA 1061 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 860 GATCTTCCTCAGGTTCAGCAGCTATTGTAGCCGCTGGACTATGTTCAGCTGCTCTAGGAA 919 Query 1062 CAGATGGTGGAGGTTCCGTTCGCATTCCTTCAGCACTTTGTGGTATAACGGGACTGAAGA 1121 ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 920 CAGATGGTGGAGGCTCTGTTCGCATCCCTTCAGCACTTTGTGGTATAACGGGACTGAAAA 979 Query 1122 CAACATATGGTCGGACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAAATAA 1181 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 980 CAACATATGGTCGGACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAGATAA 1039 Query 1182 TTGGTCCACTTGCTTCATCTCTGGAAGATGCCTTCTTGGTGTATGCTGCAATCTTGGGTT 1241 |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1040 TTGGTCCACTTGCTTCATCTATGGAAGATGCATTTTTGGTGTATGCTGCAATCTTGGGTT 1099 Query 1242 CTTCATCTGCTGATAGATATAATTTGAAACCGAGCCCACCGTGTTTTCCAAAGTTATTGT 1301 |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1100 CTTCATCTGCTGATAGATTTAATCTGAAACCGAGCCCACCCTGTTTTCCAAAGTTATTGT 1159 Query 1302 CTCACAACGGAAGCAATGCAATAGGATCTCTACGACTAGGGAAATATACAAAGTGGTTTA 1361 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1160 CTCACAACGGAAGCAATGCTATAGGATCTCTACGACTAGGAAAATATACAAAGTGGTTTA 1219 Query 1362 ATGATGTCAGTTCAAGTGACATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCCTATCAA 1421 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1220 ATGATGTCAATTCAAGTGACATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCTTGTCAA 1279 Query 1422 ACAATCACGGTTGCAAAGTGGTGGAGATAGTGGTTCCTGAACTGGAAGAGATGCGTGCAG 1481 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1280 ACAATCACGGTTGCAAAGTGGTGGAGATTGTGGTTCCTGAACTGGAAGAGATGCGTGCAG 1339 Query 1482 CCCATGTTATTTCGATTGGGTCTCCAACACTGTCTTCTCTTACTCCCTACTGTGAAGCTG 1541 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1340 CCCATGTTATTTCGATTGGGTCTGCAACACTGTCTTCTCTTACTCCTTACTGTGAAGCTG 1399 Query 1542 GGAAAAATTCAAAACTAAGTTATGACACTCGTACCAGCTTTGCAATTTTCCGTTCATTCT 1601 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1400 GGAAAAACTCAAAACTAAGTTATGACACTCGTACCAGCTTTGCAATTTTCCGTTCATTCT 1459 Query 1602 CTGCTTCAGACTATATCGCTGCTCAATGTCTTAGGCGAAGATTGATGGAGTATCACTTGA 1661 ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1460 CTGCTTCAGACTATATCACTGCTCAATGTCTAAGGAGAAGATTGATGGAGTATCACTTGA 1519 Query 1662 ATATCTTCAAAGACGTTGATGTCATTGTGACCCCTACAACTGGAATGACAGCTCCAGTGA 1721 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1520 ATATCTTCAAAGACGTTGATGTCATTGTGACCCCTACAACTGGTATGACAGCTCCAGTGA 1579 Query 1722 TACCTCCTGATGCTCTCAAAAATGGAGAAACCAATATTCAAGTGACAACTGATTTAATGC 1781 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1580 TACCTCCTGATGCTCTCAAAAATGGAGAAACCAATTTTCAAGTGACAACTGATTTAATGC 1639 Query 1782 GCTTCGTTCTAGCTGCAAATCTCCTCGGCTTCCCTGCCATATCAGTCCCGGTTGGTTATG 1841 |||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 1640 GCTTCGTTTTAGCCGCAAATCTCCTCGGCTTCCCGGCCATATCTGTCCCGGTCGGTTATG 1699 Query 1842 ATAAAGAGGGGCTTCCTATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCCGAAGCTACCG 1901 |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1700 ATAAGGAAGGGCTTCCGATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCCGAAGCTACCG 1759 Query 1902 TCCTTGGTTTAGCTGCCGCAGTCGAGGAACTGGCTCCAGTTACCAAGAAACCTGCAATCT 1961 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1760 TCCTTAGTTTAGCTGCCGCAGTCGAGGAACTGGCTCCAGTTACCAAGAAACCTGCTATCT 1819 Query 1962 TTTATGATATTCTCAATACAAACTGAATTCATAAGGATCTTCCA 2005 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1820 TTTATGATATTCTCAATACAAACTGAATTCTTAAGGATCTTCCA 1863 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 83836629245 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5