BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64440.1
Length=2227
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951276 jgi|Araly1|951276|scaffold_803163.1 3057 0.0
> Ahg951276 jgi|Araly1|951276|scaffold_803163.1
Length=1865
Score = 3057 bits (1655), Expect = 0.0
Identities = 1781/1844 (97%), Gaps = 0/1844 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 162 AGATGGGTAAGTATCAGGTCATGAAACGTGCAAGTGAGGTTGATCTTTCTACTGTCAAAT 221
|||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 20 AGATGGGTAAGTATGAGGTCATGAAACGGGCAAGTGAGGTTGATCTTTCTACTGTCAAAT 79
Query 222 ATAAAGCTGAAACCATGAAAGCTCCTCATTTGACTGGCCTTTCCTTCAAGTTGTTCGTTA 281
|||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 80 ATAAAGCTGAAAACATCAAAGCTCCTCATTTGACTGGCTTTTCGTTCAAGTTGTTCGTTA 139
Query 282 ATTTGCTTGAAGCACCACTTATAGGCTCTTTGATTGTTGATTATTTGAAGAAAGACAATG 341
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 140 ATTTGCTTGAAGCACCACTTATTGGCTCTTTGATTGTTAATTCTTTGAAGAAAGACAATG 199
Query 342 GCATGACAAAGATTTTTCGCAACACAGTTATACCAGAAGAGCCCATGTTTAGACCGGAGT 401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 GCATGACAAAGATTTTTCGCAACACAGTTATACCAGAAGAGCCCATGTTTAGACCGGAGT 259
Query 402 TCCCATCTCAAGAACCGGAGCATGATGTTGTCATTGTTGGCGAAGATGAAAGTCCTATAG 461
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 260 TCCCATCTCAAGAACCGGAGCATGATGTTGTTGTTGTTGGCGAAGATGAAAGTCCTATAG 319
Query 462 ACAGATTGGAAACAGCCTTGAAATGTCTTCCTCAGTATGATCCTTCTCGTAGCTTGCATG 521
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 ATAGATTGGAAACAGCCTTGAAATGTCTTCCTCAGTATGATCCTTCTCGTAGCTTGCACA 379
Query 522 CAGATCCAGTGTCATCTTTCCGGTACTGGAAGATTCGTGATTATGCATATGCCTATAGAT 581
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 CAGAACCAATGTCATCTTTCCGGTACTGGAAGATTCGTGATTATGCATATGCCTATAGAT 439
Query 582 CTAAGCTGACAACTCCATTGCAGGTAGCAAAAAGAATAATCTCAATCATAGAGGAGTTTG 641
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 CTAAGCTGACAACTCCATTGCAGGTAGCGAAAAGAATAATCTCAATCATAGAGGAGTTTG 499
Query 642 GCTATGACAAGCCTCCAACACCATTTTTGATTAGATTTGATGCCAATGAAGTCATAAAGC 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 GCTATGACAAGCCTCCAACACCATTTTTGATTAGCTTTGATGCCAATGAAGTCATAAAGC 559
Query 702 AAGCTGAAGCTTCTACACGGAGGTTTGAACAAGGAAATCCAATATCTGTTTTGGATGGAA 761
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 560 AAGCTGAAGCTTCTACACAGAGGTTTGAACAAGGAAATCCAATATCTGTTTTGGATGGAA 619
Query 762 TATTTGTGACAATCAAGGACGATATTGATTGTTTACCCCATCCGACAAATGGTGGAACAA 821
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 620 TTTTTGTGACAATCAAGGATGATATTGATTGTTTACCCCATCCGACAAACGGTGGAACAA 679
Query 822 CATGGCTGCATGAGGATCGTTCTGTGGAGAAGGATTCAGCTGTTGTTTCAAAACTGCGTT 881
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 680 CATGGCTGCATGAGGATCGTTCTGTGGAGAAGGATTCAGCTGTTGTTTCAAAACTGCGCT 739
Query 882 CTTGTGGTGCAATCTTACTTGGCAAGGCAAATATGCATGAGTTAGGCATGGGGACCACCG 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 CTTGTGGTGCAATCTTACTTGGCAAGGCAAATATGCATGAGTTAGGCATGGGGACCACCG 799
Query 942 GGAACAATTCAAATTACGGAACCACAAGAAACCCGCATGATCCTAAAAGGTACACGGGCG 1001
|||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 800 GGAACAATTCGAATTATGGAACCACAAGAAACCCACATGATCCTAAAAGGTACACAGGCG 859
Query 1002 GATCTTCCTCAGGTTCAGCAGCTATTGTAGCCGCTGGACTATGTTCAGCTGCTCTAGGAA 1061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 860 GATCTTCCTCAGGTTCAGCAGCTATTGTAGCCGCTGGACTATGTTCAGCTGCTCTAGGAA 919
Query 1062 CAGATGGTGGAGGTTCCGTTCGCATTCCTTCAGCACTTTGTGGTATAACGGGACTGAAGA 1121
||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 920 CAGATGGTGGAGGCTCTGTTCGCATCCCTTCAGCACTTTGTGGTATAACGGGACTGAAAA 979
Query 1122 CAACATATGGTCGGACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAAATAA 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 980 CAACATATGGTCGGACAGATATGACAGGGTCATTATGTGAAGGTGGAACAGTGGAGATAA 1039
Query 1182 TTGGTCCACTTGCTTCATCTCTGGAAGATGCCTTCTTGGTGTATGCTGCAATCTTGGGTT 1241
|||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 TTGGTCCACTTGCTTCATCTATGGAAGATGCATTTTTGGTGTATGCTGCAATCTTGGGTT 1099
Query 1242 CTTCATCTGCTGATAGATATAATTTGAAACCGAGCCCACCGTGTTTTCCAAAGTTATTGT 1301
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1100 CTTCATCTGCTGATAGATTTAATCTGAAACCGAGCCCACCCTGTTTTCCAAAGTTATTGT 1159
Query 1302 CTCACAACGGAAGCAATGCAATAGGATCTCTACGACTAGGGAAATATACAAAGTGGTTTA 1361
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1160 CTCACAACGGAAGCAATGCTATAGGATCTCTACGACTAGGAAAATATACAAAGTGGTTTA 1219
Query 1362 ATGATGTCAGTTCAAGTGACATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCCTATCAA 1421
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 1220 ATGATGTCAATTCAAGTGACATCTCTGACAAATGCGAAGACATCCTTAAGCTCTTGTCAA 1279
Query 1422 ACAATCACGGTTGCAAAGTGGTGGAGATAGTGGTTCCTGAACTGGAAGAGATGCGTGCAG 1481
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 ACAATCACGGTTGCAAAGTGGTGGAGATTGTGGTTCCTGAACTGGAAGAGATGCGTGCAG 1339
Query 1482 CCCATGTTATTTCGATTGGGTCTCCAACACTGTCTTCTCTTACTCCCTACTGTGAAGCTG 1541
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1340 CCCATGTTATTTCGATTGGGTCTGCAACACTGTCTTCTCTTACTCCTTACTGTGAAGCTG 1399
Query 1542 GGAAAAATTCAAAACTAAGTTATGACACTCGTACCAGCTTTGCAATTTTCCGTTCATTCT 1601
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 GGAAAAACTCAAAACTAAGTTATGACACTCGTACCAGCTTTGCAATTTTCCGTTCATTCT 1459
Query 1602 CTGCTTCAGACTATATCGCTGCTCAATGTCTTAGGCGAAGATTGATGGAGTATCACTTGA 1661
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 CTGCTTCAGACTATATCACTGCTCAATGTCTAAGGAGAAGATTGATGGAGTATCACTTGA 1519
Query 1662 ATATCTTCAAAGACGTTGATGTCATTGTGACCCCTACAACTGGAATGACAGCTCCAGTGA 1721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1520 ATATCTTCAAAGACGTTGATGTCATTGTGACCCCTACAACTGGTATGACAGCTCCAGTGA 1579
Query 1722 TACCTCCTGATGCTCTCAAAAATGGAGAAACCAATATTCAAGTGACAACTGATTTAATGC 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1580 TACCTCCTGATGCTCTCAAAAATGGAGAAACCAATTTTCAAGTGACAACTGATTTAATGC 1639
Query 1782 GCTTCGTTCTAGCTGCAAATCTCCTCGGCTTCCCTGCCATATCAGTCCCGGTTGGTTATG 1841
|||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1640 GCTTCGTTTTAGCCGCAAATCTCCTCGGCTTCCCGGCCATATCTGTCCCGGTCGGTTATG 1699
Query 1842 ATAAAGAGGGGCTTCCTATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCCGAAGCTACCG 1901
|||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700 ATAAGGAAGGGCTTCCGATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCCGAAGCTACCG 1759
Query 1902 TCCTTGGTTTAGCTGCCGCAGTCGAGGAACTGGCTCCAGTTACCAAGAAACCTGCAATCT 1961
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1760 TCCTTAGTTTAGCTGCCGCAGTCGAGGAACTGGCTCCAGTTACCAAGAAACCTGCTATCT 1819
Query 1962 TTTATGATATTCTCAATACAAACTGAATTCATAAGGATCTTCCA 2005
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1820 TTTATGATATTCTCAATACAAACTGAATTCTTAAGGATCTTCCA 1863
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83836629245
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5