BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G64552.1
Length=2533
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg358659 jgi|Araly1|358659|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002446 3081 0.0
Ahg940431 jgi|Araly1|940431|scaffold_600975.1 852 0.0
Ahg951288 jgi|Araly1|951288|scaffold_803175.1 171 3e-41
> Ahg358659 jgi|Araly1|358659|fgenesh1_pg.C_scaffold_8002446
Length=3249
Score = 3081 bits (1668), Expect = 0.0
Identities = 1814/1884 (96%), Gaps = 12/1884 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 363 ATGGATTTGAACGAGAGTGTTGTTCACTTTTCTCGTGGCAATGGTATTGCAAAGCTTGAC 422
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTTGAACGAGAGTGTCGTTCACTTTTCTCGTGGCAATGGTATTGCAAAGCTTGAC 60
Query 423 AATTTCGGCGATACTGCTCTTAGCTTGAAATGTCTTGGAAGCAGTGCAGGGAGATTGATT 482
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 61 AATTTCGGCGATACGGCTCTTAGCTTGAAATGTCTTGGAAGCAGTGCAGGAAGATTGATT 120
Query 483 GGGAGCTCTCACCATAACCATAAGCTTTGTTCTGATGTTTCTAATTGTCCTGATGGTGGT 542
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAAGCTCTCACCATAACCATAAGCTTTGTTCTGATGTTTCTAATTGTCCTGATGGTGGC 180
Query 543 TGCCGGTTGGTTCTCGGTTTGGGTCCAACACCGCCTTCGTATTATTACAATGTCA-GGGT 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 181 TGCCGGTTGGTTCTCGGTTTGGGTCCAACACCGCCTTCGTATTATTACAATGTCACGGGT 240
Query 602 CAATGATAATAACAACAAAGGCTCTGCTTCTTCTGGGAGTGTTCAGGAACTCTCATCAGG 661
||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 -AATGATAATAACATCAAAGGCTCAGCTTCTTCTAGGAGTGTTCAGGAACTCTCATCAGG 299
Query 662 AGGTAACTCAATCCTGCAACTTGGTCCTCCTGCTGTGACCATGGATACTTTCAGCGGACT 721
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 AGGCAACTCAATCCTGCAACTTGGTCCTCCAGCTGTGACCATGGATACTTTCAGCGGACT 359
Query 722 TGAGGGTTC-TCTGTTGACATATGCGGATACTAATGTGTCCCAAGCTGCTGTTGATGAGG 780
||| |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 360 TGATTGTTCGT-TGTTGACATACACGGATACTAATGTGTCCCAAGCTGTTGTTGACGAGG 418
Query 781 GTTCTACCTCAGCAAGGCGATCAGGTGGCTATATGCCATCGCTTCTTTTCGCTCCAAGGA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 GTTCTACCTCAGCAAGGCGATCAGGTGGCTATATGCCATCGCTTCTTTTCGCTCCAAGGA 478
Query 841 CGGAGAATGTTAGAAAACCTTCAAGGATGCAAGAGTGTAGTACTAATTGTGGAACTGATG 900
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 479 CGGAAAATGTTAGAAAACCTTCAAGAATGCAAGAGTGTAGTACGAATTTTGGAACTGATG 538
Query 901 CTTATAATTCACAGCTGAGCCATGAGTCAGAGTTCTCTGTAAGCGCTTTCTCTGACAGGT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 539 CTTATAATTCACAGCTGAGCCATGAGTCAGAGTTCTCTGTTGGCGCTTTCTCTGACAGGT 598
Query 961 CGGCCTCTGCCACGTCTTCTCAGCAAAGGA-TGAGCAACCCGAAGAAGTGCAAGTTTATG 1019
|||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 CGGCATCTGCCACGTCTTCTCAGCAAA-GATTGAGCAACCCGAAGAAGTGCAAGTTTATG 657
Query 1020 GGATGTGTTAAAGGAGCTAGAGGAGCTTCGGGGCTCTGCATTGGCCATGGAGGTGGCCAG 1079
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GGATGTGTGAAAGGAGCTAGAGGAGCTTCGGGGCTCTGCATTGGCCATGGAGGTGGCCAG 717
Query 1080 AGATGCCAAAAGCTAGGTTGCAACAAAGGTGCTGAGAGCAAAACTACTTTCTGCAAAGCC 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 AGATGCCAAAAGCTAGGTTGCAACAAAGGTGCTGAGAGCAAAACTACTTTCTGCAAAGCC 777
Query 1140 CATGGCGGAGGAAAGAGATGCCAACACTTGGGATGCACAAAGAGTGCTGAAGGCAAAACC 1199
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 778 CATGGCGGAGGAAAGAGATGCCAACACTTAGGATGTACAAAGAGTGCGGAAGGAAAAACC 837
Query 1200 GATCTCTGCATATCACATGGTGGTGGAAGACGGTGTGGATTCCCTGAGGGATGTGCTAAG 1259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GATCTCTGCATATCACATGGTGGTGGAAGACGGTGTGGATTCCCTGAGGGATGTGCTAAG 897
Query 1260 GCTGCACGTGGCAAATCTGGGCTCTGCATCAAGCACGGTGGTGGTAAAAGGTGTAGGATT 1319
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 GCTGCACGTGGCAAATCCGGGCTCTGCATCAAGCATGGTGGTGGTAAAAGGTGTAGGATC 957
Query 1320 GAAAGCTGTACACGAAGTGCTGAGGGACAAGCTGGACTCTGTATTTCCCACGGTGGTGGA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 GAAAGCTGTACACGAAGTGCTGAGGGACAAGCTGGACTCTGTATTTCCCACGGTGGTGGA 1017
Query 1380 CGGCGTTGTCAGTCTTCAGGCTGTACAAAAGGTGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAA 1439
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 CGGCGTTGTCAGTCTTCAGGCTGTGCAAAAGGTGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAA 1077
Query 1440 GCTCATGGTGGTGGGAAACGCTGCATATTTGCGGGATGTACAAAAGGAGCGGAAGGTAGT 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GCTCATGGTGGTGGGAAACGCTGCATATTTGCGGGATGTACAAAAGGAGCGGAAGGTAGT 1137
Query 1500 ACTCCGCTTTGTAAAGCACATGGTGGAGGAAAACGCTGTATGTTTGATGGTGGTGGTATT 1559
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 ACTCCGCTGTGTAAAGCACATGGTGGAGGAAAACGCTGTATGTTTGATGGTGGTGGTATT 1197
Query 1560 TGTCCTAAGAGTGTGCATGGTGGGACGAGTTTCTGTGTAGCTCACGGTGGTGGGAAGAGA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1198 TGTCCTAAGAGTGTGCATGGTGGGACGAGTTTCTGTGTAGCTCACGGTGGTGGGAAGCGA 1257
Query 1620 TGTGTTGTGGCCGGGTGCACTAAGAGCGCTCGTGGGAGGACTGATTGTTGCGTGAAGCAC 1679
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1258 TGTGTTGTGGCCGGGTGCACAAAGAGCGCTCGTGGGAGGACTGATTGTTGTGTGAAGCAC 1317
Query 1680 GGTGGTGGGAAACGGTGTAAGTCTGATGGTTGTGAGAAGAGTGCGCAAGGTAGCACTGAT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 GGTGGTGGGAAACGGTGTAAGTCTGATGGTTGTGAAAAGAGTGCGCAAGGTAGCACTGAT 1377
Query 1740 TTCTGTAAGGCACATGGTGGTGGGAAACGTTGCTCATGGGGAGGAGACTGGAAATGCGAG 1799
|||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1378 TTCTGTAAGGCACACGGTGGTGGGAAGCGCTGCTCATGGGGAGGAGATTGGAAATGCGAG 1437
Query 1800 AAATTCGCTAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCGCATAACAGTATGTCACAAGATAAA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1438 AAATTCGCTAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCGCATAACAGTATGTCCCAGGATAAA 1497
Query 1860 GCTGGAAGCAAGGTTGGTTTGATTGGACCGGGACTTTTCCGTGGCCTTGTCTCTACTTCT 1919
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GCTGGAAGCAAAGTTGGTTTGATTGGACCGGGACTTTTCCGTGGCCTTGTCTCTACTTCT 1557
Query 1920 TTACAAACCACAACAACTGCAactactactactactacCACTGATCATTCTCAATCTGGA 1979
| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TCACAAACCACAACAACTGCAACTACTACTAC--C-AC---TGATCATTCTCAATCTGGA 1611
Query 1980 GTCAGTGCGGTCTCTGATTGCATGGACTCCATTGATCGCCCGCTGCCACCGTTGCATCAT 2039
||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1612 GTCAGCGCGGTCTCTGATTGCACGGACTCCATTGATCGCCCGCTGCCACCGCTGCTTCAT 1671
Query 2040 CAACCCGAGAAAAGACAGAAGCTGATGATACCAATGCAGGTTCTTGTGCCTCCATCAATG 2099
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 CAACCAGAGAAAAGACAGAAGCTGATGATACCAATGCAGGTTCTTGTGCCTCCATCAATG 1731
Query 2100 AAATCCTTAAGCTTCTCAAACACCGAGAGACCCGATATCGAAACAAACAACAATAGTAGT 2159
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1732 AAATCCTTAAGCTTCTCAAACACCGAGAGACCCGAAATCGAAACAAACAACAACAGTAGT 1791
Query 2160 GGCAGCAATGGGAGGAACATATTTGACTTTATGATTCCTGAGGAAAGAGTTCATGGTGGC 2219
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 1792 GGCAGCAATGGGAGGAACATCTTTGACTTTATGATTCCTGAGGAGAGAGTTCACGGCGGC 1851
Query 2220 GGGCTTATGTCTCTGCTTAATGGT 2243
||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1852 CGGCTTATGTCTTTGCTTAATGGT 1875
> Ahg940431 jgi|Araly1|940431|scaffold_600975.1
Length=1682
Score = 852 bits (461), Expect = 0.0
Identities = 793/950 (83%), Gaps = 36/950 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 981 CAGCAAAGGA-TGAGCAACCCGAAGAAGTGCAAGTTTATGGGATGTGTTAAAGGAGCTAG 1039
||||| |||| | ||||| |||| |||||| || |||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 460 CAGCAGAGGACT-AGCAATCCGAGGAAGTGTAAATTTATGGGATGTGTGAAAGGAGCCCG 518
Query 1040 AGGAGCTTCGGGGCTCTGCATTGGCCATGGAGGTGGCCAGAGATGCCAAAAGCTAGGTTG 1099
||| | || |||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | ||| ||
Sbjct 519 AGGCTCATCAGGGCTCTGCATTAGCCATGGTGGAGGCCAGAGATGCCAAAAACCAGGCTG 578
Query 1100 CAACAAAGGTGCTGAGAGCAAAACTACTTTCTGCAAAGCCCATGGCGGAGGAAAGAGATG 1159
|||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 579 CAACAAAGGTGCAGAGAGTAAAACCACTTTTTGCAAAACCCATGGTGGAGGGAAGAGATG 638
Query 1160 CCAACACTTGGGATGCACAAAGAGTGCTGAAGGCAAAACCGATCTCTGCATATCACATGG 1219
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||
Sbjct 639 TGAACACTTGGGATGCACGAAGAGTGCTGAAGGGAAAACAGATTTCTGCATATCTCATGG 698
Query 1220 TGGTGGAAGACGGTGTGGA-TTCCCT-GAGGGATGTG-CTAAGGCTGCACGTGGCAAATC 1276
|||||||||||| ||| || || ||| || ||||||| | || || || |||||||||||
Sbjct 699 TGGTGGAAGACGTTGT-GAGTT-CCTCGAAGGATGTGAC-AAAGCAGCCCGTGGCAAATC 755
Query 1277 TGGG-CTCTGCATCAAGCACGGTGGTGGTAAAAGGTGTAGGATTGAAAGCTGTACACGAA 1335
||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||| || ||||||||||| || |
Sbjct 756 -GGGCCTCTGCATTAAACACGGTGGTGGCAAAAGATGTAACATCGAAAGCTGTACGCGGA 814
Query 1336 GTGCTGAGGGACAAGCTGGACTCTGTATTTCCCACGGTGGTGGACGGCGTTGTCAG---T 1392
||||||| ||||||||||| || || || ||||| ||||||||| ||||||||| |
Sbjct 815 GTGCTGAAGGACAAGCTGGTCTTTGCATATCCCATGGTGGTGGAAAACGTTGTCAGTTTT 874
Query 1393 CTTCAGGCTGTACA-AAAGGTGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAAGCTCATGGTGGT 1451
|||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 875 TTTCAGGTTGT-GAGAAAGGAGCTCAAGGAAGTACAAACTACTGCAAAGCCCATGGAGGC 933
Query 1452 GGGAAACGCTGCATATTTGCGGGATGTA-CAAAAGGAGCGGAAGGTAGTACTCCGCTTTG 1510
|| ||||||||||||||| | ||||||| | |||||||| |||||||||||||| || ||
Sbjct 934 GGAAAACGCTGCATATTTTCAGGATGTAGC-AAAGGAGCAGAAGGTAGTACTCCTCTGTG 992
Query 1511 TAAAGCACATGGTGGAGGAAAACGCTGTATGTTTGATGGTGGTGGTATTTGTC-CTAAGA 1569
||||||||| ||||| || ||||||||| || |||||| || || ||||| | |||| |
Sbjct 993 TAAAGCACACGGTGGTGGGAAACGCTGTCTGGCTGATGGAGGCGGGATTTG-CTCTAAAA 1051
Query 1570 GTGTGCATGGTGGGACGAGTTTCTGTGTAGCTCACGGTGGTGGGAAGAGATGTGTTGTGG 1629
| || ||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1052 GCGTACATGGTGGGACTAACTTCTGTGTTGCTCATGGTGGTGGGAAAAGATGTGTTGTGG 1111
Query 1630 CCGGGTGCACTAAGAGCGCTCGTGGGAGGACTGATTGTTGCGTGAAGCACGGTGGTGGGA 1689
| ||||| || ||||| || ||||| | ||||| ||||| || || ||||||||||| |
Sbjct 1112 CGGGGTGTACAAAGAGTGCGCGTGGTCGCACTGACTGTTGTGTTAAACACGGTGGTGGAA 1171
Query 1690 AACGGTGTAAG-TCTGAT-GGTTGTGAGAAGAGTGCGCAAGGTAGCACTGATTTCTGTAA 1747
|||| || ||| | || | | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1172 AACGTTGCAAGAT-TG-TCGATTGTGAGAAGAGTGCTCAAGGTAGTACTGATTTCTGTAA 1229
Query 1748 GGCACATGGTGGTGGGAAACGTTGCTCATGGGGAGGAGACTGGAAATGCGAGAAATTCGC 1807
|| || ||||||||||| || || || |||||| || | ||||||| |||||||||||
Sbjct 1230 AGCTCACGGTGGTGGGAAGCGATGTTCTTGGGGA-GA-A-GGGAAATGTGAGAAATTCGC 1286
Query 1808 TAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCGCATAACAGTAT---GTCACAAGATAA--A-GC 1861
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| | ||| || | |
Sbjct 1287 TAGAGGAAAGAGCGGTTTATGCGCTGCACATAACACTATTATGTCTCGAGAGAACGAAGG 1346
Query 1862 TGGAAGCAAG-GTTGGTTTGATTGGACCGGGACT-TTTCCGTGGCCTTGT 1909
|||||||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1347 TGGAAGCAAGAGC-GGTTTGATTGGACCGGGACTCTTTA-GTGGCCTTGT 1394
> Ahg951288 jgi|Araly1|951288|scaffold_803175.1
Length=293
Score = 171 bits (92), Expect = 3e-41
Identities = 102/106 (96%), Gaps = 3/106 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 199 TCTTGAAGATGGACAGGGCAGATACATGGGGATTTGTCAGCGGTGGGAGATGTTTATATC 258
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 191 TCTTGAAGATGGACAGGGCAGATACATGGGGATTTGTCAGTGGTGGGAGATGTTTATATC 250
Query 259 TCAAGTTGCTTTTATGTTTATAGCTCTACAAGGTGGTGTTCTAAGT 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||
Sbjct 251 TCAAGTTGCTTTTATGTTTATAGCTCTACAAGGTG-T-T-CTAAGT 293
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95492244215
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5