BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65110.1
Length=2297
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951350 jgi|Araly1|951350|scaffold_803237.1 3411 0.0
> Ahg951350 jgi|Araly1|951350|scaffold_803237.1
Length=2110
Score = 3411 bits (1847), Expect = 0.0
Identities = 2027/2114 (96%), Gaps = 12/2114 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 20 TCAACTCATTGAAATGGAATCGCGGCGAGAGAAGAATCCGATGACGGAGGAGGAATCTGA 79
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 8 TCAACTCGTTGAAATGGAATCGCGGCGAGAGAAGAATCTGATGGCGGAGGAGGAATCTGA 67
Query 80 TGGGCTAATTGCGGCGAGGCGGATCCAACGATTGTCTTTACACCTATCTCCCTCCTTGAC 139
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||
Sbjct 68 TGGCCTAATTGCGGCGAGGCGGATCCAACGATTGTCCTTACACATTTCTCCCTCCTTGAC 127
Query 140 GCCGTCGCCGTCGTTACCGTTGGTGCAGACGGAGACGTGTTCGGCGAGGTCGAAGAAGCT 199
| | || | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 G-C--CG-C--C---ACCGTTGCTGCAGACGGAGACGTGTTCGGCGAGGTCGAAGAAGCT 178
Query 200 GGATGTCAACGGCGAAGCTTTGTCGCTGTATATGAGAGGAAAACATATAGATATACAAGA 259
||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||
Sbjct 179 GGATGTCGACGGCCAAGCTTTGGCGCTGTACATGAGGGGAAAACACATGGATATACAAGA 238
Query 260 GAAAATTTTCGACTTTTTCAATTCCCGACCCGATTTGCAGACGCCGATCGAGATCTCCAA 319
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 239 GAAAATTTTCGACTTCTTCAATTCCCGCCCCGATTTGCAGACGCCGATCGAGATCTCGAA 298
Query 320 GGATGATCATCGGGAATTGTGTATGAATCAGCTTATAGGGCTTGTTAGAGAAGCTGGGG- 378
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 299 GGACGATCATCGGGAATTGTGTATGAATCAGCTTTTAGGGCTTGTGAGAGAAGC-GGGGA 357
Query 379 TAAGGCCGTTTAGGTATGTTGCTGATGATCCTGAGAAGTATTTCGCAATCATGGAAGCTG 438
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TAAGGCCCTTTAGGTATGTTGCTGATGATCCGGAGAAATATTTCGCAATCATGGAAGCTG 417
Query 439 TTGGAAGTGTTGATATGTCCCTTGGGATTAAGATGGGCGTTCAATACAGTCTCTGGGGAG 498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TTGGAAGTGTTGATATGTCCCTTGGGATTAAGATGGGCGTTCAATACAGTCTCTGGGGAG 477
Query 499 GCTCTGTGATCAATTTAGGGACTAAGAAGCATAGAGACAAGTATTTTGATGGCATTGACA 558
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GCTCTGTGATCAATTTAGGAACCAAGAAGCATAGAGACAAGTATTTTGATGGCATTGACA 537
Query 559 ATCTTGATTACACCGGTTGCTTTGCCATGACTGAATTACACCATGGGTCAAATGTGCAAG 618
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 538 ATCTTGATTACACCGGTTGCTTTGCCATGACTGAATTACACCATGGTTCAAATGTGCAAG 597
Query 619 GTCTTCAGACCACGGCGACATTCGATCCACTTAAAGACGAATTTGTGATCGATACACCTA 678
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 598 GTCTTCAGACCACGGCAACATTCGATCCACTTAAAGACGAATTTGTTATCGACACACCTC 657
Query 679 ATGATGGAGCTATCAAATGGTGGATTGGAAATGCTGCAGTTCATGGGAAGTTTGCCACTG 738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 ATGATGGAGCTATCAAATGGTGGATTGGAAATGCTGCTGTTCATGGGAAGTTTGCCACTG 717
Query 739 TTTTTGCCAGGCTTATACTTCCAACTCATGATTCCAAAGGAGTCTCGGATATGGGTGTTC 798
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TTTTTGCCAGGCTTATCCTTCCAACTCATGATTCCAAAGGAGTCTCGGATATGGGTGTTC 777
Query 799 ACGCCTTCATTGTTCCGATAAGGGATATGAAAACACACCAGACACTCCCTGGTGTTGAAA 858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 778 ACGCCTTCATTGTTCCGATAAGGGATATGAAAACACACCAGACGCTCCCTGGTGTTGAAA 837
Query 859 TCCAAGATTGTGGACATAAAGTGGGACTTAATGGAGTGGATAATGGTGCGTTGAGATTCC 918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 838 TCCAAGATTGTGGACATAAAGTGGGACTTAATGGAGTGGATAATGGTGCATTGAGATTCC 897
Query 919 GTTCTGTGAGAATACCCCGTGATAATCTTCTCAATCGTTTTGGAGATGTGTCCCGAGATG 978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 898 GTTCTGTGAGAATACCCCGTGATAATCTTCTCAATCGTTTTGGAGATGTTTCCCGAGATG 957
Query 979 GGACGTATACAAGTAGTTTGCCAACAATCAATAAAAGATTTGGTGCAACACTCGGTGAGC 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 958 GGACGTATACAAGTAGTTTGCCAACAATCAATAAAAGATTTGGGGCAACACTCGGTGAGC 1017
Query 1039 TTGTAGGTGGTCGAGTTGGCCTTGCCTATGCATCTGTTGGCGTCCTTAAAATCTCTGCAA 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTGTAGGTGGTCGAGTTGGCCTTGCCTATGCATCTGTTGGCGTCCTTAAAATCTCTGCAA 1077
Query 1099 CGATTGCCATTCGTTATTCTCTTCTAAGACAACAATTCGGGCCTCCAAAGCAACCTGAGG 1158
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CGATTGCCATTCGTTATTCGCTTCTAAGACAACAATTCGGTCCTCCAAAGCAACCTGAGG 1137
Query 1159 TCAGTATTCTCGATTACCAGTCTCAACAACACAAGCTCATGCCGATGTTAGCCTCCACCT 1218
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1138 TCAGTATTCTCGATTACCAGTCTCAACAGCACAAGCTCATGCCGATGTTAGCCTCGACCT 1197
Query 1219 ATGCATACCATTTTGCAACTGTATACCTTGTGGAGAAATATTCAGAGATGAAGAAGACTC 1278
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ATGCATACCATTTTGCAACTGTATACCTCGTGGAGAAATATTCAGAGATGAAGAAGACTC 1257
Query 1279 ACGATGAGCAATTGGTTGCTGATGTCCATGCACTCTCTGCTGGGCTCAAATCTTATGTGA 1338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1258 ACGATGAGCAATTGGTTGCTGATGTCCATGCACTCTCTGCTGGGCTCAAATCTTATGTAA 1317
Query 1339 CGTCTTACACCGCCAAGGCGCTCTCGGTCTGCAGAGAAGCCTGTGGAGGTCATGGTTACG 1398
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1318 CGTCTTACACCGCCAAGGCACTCTCGGTCTGCAGAGAAGCCTGTGGAGGGCATGGTTACG 1377
Query 1399 CAGCTGTTAACCGATTTGGAAGCTTGAGAAATGATCATGACATTTTCCAAACATTTGAAG 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CAGCTGTTAACCGATTTGGAAGCTTGAGAAATGATCATGACATTTTCCAAACATTTGAAG 1437
Query 1459 GAGACAACACTGTACTTCTGCAACAGGTGGCTGCTGATTTATTGAAGCGTTATAAAGAAA 1518
||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GAGACAACACTGTGCTTCTGCAACAGGTAGCTGCCGATTTATTGAAGCGTTATAAAGAAA 1497
Query 1519 AGTTCCAAGGCGGGACATTGACAGTTACATGGAGCTACTTGAGAGAATCAATGAACACTT 1578
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 AGTTCCAAGGCGGGACGTTGACAGTTACATGGAGCTACTTGAGAGAATCAATGAACACTT 1557
Query 1579 ATTTGTCTCAGCCAAATCCCGTTACAGCGCGTTGGGAAGGTGAAGATCATCTAAGAGATC 1638
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 ATTTGTCTCAGCCAAATCCTGTTACAACGCGTTGGGAAGGTGAAGATCATCTAAGAGATC 1617
Query 1639 CTAAATTCCAACTAGATGCTTTCCGGTATCGAACATCGCGATTGCTACAAAATGTGGCAG 1698
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1618 CTAAATTCCAGTTAGATGCTTTCCGGTATCGAACATCGCGATTGCTACAAAATGTGGCTG 1677
Query 1699 CGAGATTGCAGAAGCATTCAAAGACTCTTGGTGGTTTCGGGGCATGGAACAGATGCTTGA 1758
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1678 CGAGATTGCAGAAGCACTCAAAGACTCTAGGTGGCTTCGGTGCGTGGAACAGATGCTTGA 1737
Query 1759 ATCATCTTTTAACGCTTGCAGAATCTCACATTGAAACAGTCATTCTTGCCAAGTTCATCG 1818
||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATCATCTCTTGACACTTGCAGAATCTCACATTGAAACAGTCATTCTTGCCAAGTTCATCG 1797
Query 1819 AAGCTGTTAAAAACTGCCCGGACCCAAGTGCAAAAGCTGCTCTGAAACTAGCATGTGATC 1878
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAGCTGTTAAAAACTGTCCGGACCCAAGTGCAAGAGCTGCTCTGAAACTAGCATGTGATC 1857
Query 1879 TTTACGCATTGGACCGAATCTGGAAAGATATAGGAACGTACCGTAACGTGGATTATGTGG 1938
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1858 TTTATGCATTGGATCGAATCTGGAAAGATATAGGAACGTACCGCAACGTGGATTATGTGG 1917
Query 1939 CGCCTAACAAAGCTAAGGCGATTCATAAACTGACAGAGTATTTGAGTTTTCAAGTAAGGA 1998
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1918 CGCCTAACAAAGCTAAGGCGATTCATAAGCTGACAGAGTATCTGAGTTTCCAAGTAAGGA 1977
Query 1999 ATGTGGCCAAGGAACTAGTGGATGCGTTCGAGCTCCCTGATCATGTTACTCGAGCACCAA 2058
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ATGTGGCCAAGGAACTAGTGGATGCGTTCGAGCTACCTGATCATGTTACTCGAGCACCAA 2037
Query 2059 TTGCTATGCAGTCCGATGCTTATTCCCAGTATACTCAAGTTGTTGGATTCTAAAAACACA 2118
|||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2038 TTGCTATGCAATCCGATGCTTATTCACAGTACACTCAAGTTGTTGGATTCTAAAAACTCA 2097
Query 2119 AGAACAAAACATAT 2132
|||||||| |||||
Sbjct 2098 AGAACAAA-CATAT 2110
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 86502946395
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5