BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65290.1
Length=2671
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951374 jgi|Araly1|951374|scaffold_803261.1 3794 0.0
> Ahg951374 jgi|Araly1|951374|scaffold_803261.1
Length=2242
Score = 3794 bits (2054), Expect = 0.0
Identities = 2182/2245 (97%), Gaps = 4/2245 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 235 TTCTCTGCATCGAGATAGAGGGAGATGTGGGTTTTCTATCTGATCTCGTTGCCTCTAACC 294
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCTCTGCATCGAG--AGA--GAGATGTGGGTTTTCTATCTGATCTCGTTGCCTCTAACC 56
Query 295 CTAGGATTAGTTGTTTTCACGCTCCGATACTTCGCCGGACCGGAGATTCCTCGGTACGTT 354
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 57 CTAGGATTAGTTGTTTTCACGCTCCGTTACTTCGCCGGACCGGAGATTCCTCGGTACGTT 116
Query 355 CTTATCACCGTTGGATACACCTGGTTCTGCTCTGTCTCCGTTATCATCCTCGCTCCTGCC 414
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 117 CTTATCACCGTTGGATACACCTGGTTCTGCTCTGTCTCCGTTATCATCCTCGCTCCTGCC 176
Query 415 GACATTTGGACGACACTATCTCTGCAACCTGATCATCCTGAGAATGGCGCCATTTCCTTC 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 177 GACATTTGGACGACACTATCTCTGCAACCTGATCATCCTGAGAATGGTGCCATTTCCTTC 236
Query 475 TTATGGAGTTGGTCATACTGGAGTACGTTTCTACTCACCTGGGCTGTGGTGCCCCTTATT 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 TTATGGAGTTGGTCATACTGGAGTACGTTTCTACTCACCTGGGCTGTGGTGCCCCTTATT 296
Query 535 CAGGGTTTCGAAGATGCTGGAGACTTTACCGTGTCTGAGCGATTGAAGACTAGCGTGCAT 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 297 CAGGGTTTCGAAGATGCTGGAGACTTTACCGTGTCAGAGCGATTGAAGACTAGCGTCCAT 356
Query 595 GTCAACTTAGTTTTCTATCTAGTACTGGGATTCATTGGTCTTCTCGGTCTTATCCTTCTC 654
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 GTCAACTTAGTTTTCTATCTAGTACTGGGATTTATTGGTCTTCTCGGTCTTATCCTTCTC 416
Query 655 ATCATGATGCACAGAAACTGGACAGGAAGCATTTTGGGTTATGCTATGGCATGCTCAAAT 714
||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 417 GTCATGATGCACAGGAACTGGAAAGGTAGCATTTTGGGTTATGCTATGGCATGTTCAAAT 476
Query 715 ACTTTTGGGCTGGTCACTGGTGCATTTCTCCTTGGCTTTGGCTTGAGCGAAATACCTAAG 774
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 ACTTTTGGGCTGGTCACTGGTGCATTTCTTCTAGGCTTTGGCTTGAGCGAAATACCTAAG 536
Query 775 ACCCTCTGGAAGAATGCAGACTGGACCACACGCCAAAAAGTTCTCTCGCACAAAATTGCT 834
||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 ACCCTTTGGAAGAATGCAGATTGGACCACCCGCCAAAAAGTTCTCTCGCACAAAATTGCC 596
Query 835 AAAATTGCTGTGAAACTTGATAATGCCCATCAAGAACTTTCAAATGCGATTGTAGTTGCT 894
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 597 AAAATTGCTGTGAAACTTGACAATGCCCATCAAGAACTTTCAAATGCGATTGTAGTTGCT 656
Query 895 CAAGCGACTTCAACTCAAATGTCCAAGCGTGATCCTATGAGACCATACATGAATGTTATA 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 657 CAAGCGACTTCAACTCAAATGTCCAAGCGTGATCCTATGAGACCATACATGAATGTTATA 716
Query 955 GATGCTATGCTGGCTAAAATGTTCAGGGAAGACCCATCATTTAAGCCACAAGGTGGTCAA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GATGCTATGCTGGCTAAAATGTTCAGGGAAGACCCATCATTTAAGCCACAAGGTGGTCAA 776
Query 1015 TTGGGCGAAAATGATATGGACTATGACACAGATGAGAAATCTATGGCGACGTTAAGGCGG 1074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 777 TTGGGCGAAAATGATATGGACTATGACACAGATGAGAAATCAATGGCAACGTTAAGGCGG 836
Query 1075 CACCTTCGAAATGCTAAGGATGAATATTATAGATATAAAAGTGAATATCTAACTTATGTT 1134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 837 CACCTTCGAAATGCTAAGGATGAATATTATAGATATAAAAGTGAGTATCTAACTTATGTC 896
Query 1135 ACGGAGGCCCTTGTTCTTGAAGATACAATGAAGAATTATGAACGTCGTGATGCAACTGGA 1194
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 897 ACGGAGGCCCTTGTTCTTGAAGACACAATGAAGAATTATGAACGCCGTGATGCAACTGGA 956
Query 1195 TGGAAATACATTTCGAGCTTCAGAGCCACTCGAACTGGGAAAATGGGGAATCTTCTCGAT 1254
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 957 TGGAAATACATTTCAAGCTTCAGAGCCACTCGAACTGGGAAAATGGGAAATCTTCTCGAT 1016
Query 1255 TCATTAGAATTTATGTGGAGGTGTATATTGAAGAAACAAATTCAGATGGTGTTGGCAGTA 1314
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 ACATTGGAATTTATGTGGAGGTGTATATTGAAGAAACAAATTCAGATGGTGTTGGCAGTA 1076
Query 1315 GTTATGGGGATTATGTCTGCTGCAATTCTTTTAGCAGAGGCAACTCTCCTTCTTAGTAAA 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GTTATGGGGATTATGTCTGCTGCAATTCTTTTAGCAGAGGCAACTCTCCTTCTTAGTAAA 1136
Query 1375 CTGGACTTGTCCCTCTTCTCAATACTTATAAGCTCTGTGAAATCCGATGAACTGCTAGTG 1434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 CTGGACTTGTCCCTCTTCTCAATACTTATAAGCTCTGTCAAATCCGATGAACTGCTAGTG 1196
Query 1435 CAGGCATTTGCTTTTGTACCTTTGGTGTATATGTGTGTCTGTACATATTATTCACTTTTC 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1197 CAGGCATTTGCTTTTGTACCTTTGGTGTATATGTGCGTCTGCACATATTATTCACTTTTC 1256
Query 1495 AAAATTGGGATGCTGATGATTTATTCCTTGACTCCTCGACAAACAAGTTCTGTGAATCTG 1554
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AAAATTGGGATGCTGATGATTTATTCCTTGACTCCTCGACAAACAAGTTCTGTGAATCTA 1316
Query 1555 CTAATGATTTGCTCGATGATTGCTCGATATGCGCCACCAATATCTTACAATTTTATTAAT 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 CTAATGATTTGCTCGATGATTGCTCGATATGCGCCACCAATATCTTACAATTTTATTAAT 1376
Query 1615 CTCATTCAACTTCATTCTGAGACTATATTTGAGAAGAAAATGGGTAGAATCGATGATGCT 1674
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1377 CTCATTCAACTTCATTCCGAGACTATATTTGAGAAGAAAATGGGTAGAATTGATGATGCT 1436
Query 1675 GTCCCGGTCTTTGGACAACGGTTCAATGAGATCTATCCTCTCATAATGGTTATCTACACA 1734
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 GTCCCGGTATTTGGACAACGGTTCAATGAAATCTATCCTCTCATAATGGTTATCTACACA 1496
Query 1735 TTGCTAGTTGCAAGCAATTTCTTCGATCGCATATTTAATTACTTTGGTAGCTGGAAAAGA 1794
|||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1497 TTGCTAGTTGCAAGCAATTTTTTTGATCGCATATTTAATTACTTCGGTAGCTGGAAAAGA 1556
Query 1795 TTTAGATTTCAAACAGAGACCGAAGATACGGACGGATTTGATCCTTCGGGGTTAATGATT 1854
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 TTTAGATTTCAAACAGAGACCGAGGATACGGATGGATTTGATCCTTCGGGGTTAATGATT 1616
Query 1855 CTTAAAAAAGAACGAACCTGGCTCGAAGAAGGACAAAAAGTCGGCGAGCATGTTCTTCCA 1914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 CTTAAAAAAGAACGAACCTGGCTCGAAGAAGGACAAAAAGTCGGCGAGCATGTTCTTCCA 1676
Query 1915 TTAGCGAGGAACTTCAACGATGTTGACATTGAACCAGGAAGCAATTTCTCTGAAAATTCT 1974
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1677 CTAGCGAGGAACTTCAACGATGTTGACATTGAACCAGGAAGCAATTTTTCTGAAAATTCT 1736
Query 1975 TCTGTTGAAATGAAGATGTCGTCGAGCTATGACATAGACACACTAAAAGGAAGTTCATCA 2034
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1737 TCTGTTGAAATGAAGATGTCGTCAAGCTATGACATAGACACAGTAAAAGGAAGTTCATCA 1796
Query 2035 AAAGACGATATGTCCCGTAAATACGGATCAGCTAGAGAAGCAATCACTAACAAATATGCA 2094
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1797 AAAGACCATATGTCCCGTAAATACGGATCAGCTAGAGAAGCAATCACTAACAAATACGCA 1856
Query 2095 GCCATTAGAGAACAACAGAACAAACACTCGCCATCTTCTATGACAAAGCCAGAGAACATG 2154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GCCATTAGAGAACAACAGAACAAACACTCGCCATCTTCTATGACAAAGCCAGAGAACATG 1916
Query 2155 GCTTCAGCTAAAGTGTCCTTACTCGAAACAGACAATTCAGGTCCAAGTAACGGTCAAGGA 2214
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1917 GCTTCAGCTAAAGTGTCCTTACTGGAAACAGACAATTCGGGTCCAAGTAATGGTCAAGGA 1976
Query 2215 TCTGGAGAGCCATCTTCTCGTCTGGCTTCCACATGGCGAAACATGAAACTAGGAATCCAG 2274
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TCAGGAGAGCCATCTTCTCGTCTGGCTTCCACATGGAGAAACATGAAACTAGGAATCCAG 2036
Query 2275 AGTTTTAAAGAGAATGTAGCTACCAAGAAGTTTCTTCCATTAAGACAAAGCCCAGAAACA 2334
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2037 AGTTTTAAAGAGAATGTAGCTACCAAGAAGTTTCTTCCATTAAGACAAAGCCCAGAGACA 2096
Query 2335 ACAGCACTAACAAGCACAAGAGTAGTGACTTCATCAGTGCCACAGTCGCTAGATGAGATA 2394
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 ACAACACTAACAAGCACAAGAGTAGTGACTTCATCAGTGCCACAGTCGCTAGATGAGATA 2156
Query 2395 TTCCAGAGACTTAAAAACCGGTCTGTAGAACACAGCCCCTACCTCGATGATGATGATGAA 2454
||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TTCCAGAGACTGAAAAACCGGTCTGTAGAACACGGGCACTACCTCGATGATGATGATGAA 2216
Query 2455 GTTTGATTATGAAGATGGTGTTCAT 2479
|||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 2217 GTTTGACTATGAAGATGATGTTCAT 2241
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100748698025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5