BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65540.1
Length=2049
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496788 jgi|Araly1|496788|fgenesh2_kg.8__2604__AT5G65540.1 3199 0.0
> Ahg496788 jgi|Araly1|496788|fgenesh2_kg.8__2604__AT5G65540.1
Length=2021
Score = 3199 bits (1732), Expect = 0.0
Identities = 1927/2023 (95%), Gaps = 6/2023 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AAATTAAGAGTGACAATGGCACTGCTCGGCGACGACGGTCGTGGCTTCGATCTAGCCAGA 66
|||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3 AAATCAACAGTGACAATGGCACTGCTCGGCGACGACGGTCGTGGCTTCGATCTAGCGAGA 62
Query 67 AAACTTGAAGTTTCCGGCGTGTGGCGGACATGGCTCGGCGATTCTATTTACTCTTCTTTC 126
| ||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 63 AGACTCGAACTGTCCGGCGTATGGCGGACATGGCTCGGCGATTCTATCTACTCTTCTTTC 122
Query 127 CACCATTATCTTTCTTCTCCTTCTACCTGGGAAGCTTTCATGCGCGTTGATGAGTCCAAG 186
||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 123 CACCACTACCTTTCTTCTCCTTCTAACTGGGAAGCTTTTATGCGCGTTGATGAATCCAAG 182
Query 187 TCTAGGGCTCAGATTCAGCTCCAGCTCCGCGTTCGTGCTCTCTTATTCGATAAAGCCACC 246
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 CCTAGGGCTCAGATTCAGCTCCAGCTCCGCGTTCGCGCTCTCTTATTCGATAAAGCCACC 242
Query 247 GTCTCTCTTTTCCTTCGATCCAATACAATCGCCGCTTCTTCATCATCCTCTGCTTCCATT 306
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GTCTCTCTCTTCCTCCGATCCAATACAATCGCCGCTTCATCATCATCCTCTGCTTCCATT 302
Query 307 TCTGATGTCTCTTCCGTCGCGGTGTCTAAGCTCAATCCTAATTATTTACAGCTACACGGA 366
|| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 303 TCCGATGTTTCTTCCGTCGCGGTGTCCAAGCTCAATCCTAATTATTTACAGCTACATGGA 362
Query 367 GATGATGTGTACTACACGTTGGAGAATGCTTCTCTTGAAAGTGGGTTTCAGCGAGAGGGA 426
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 363 GATGATGTGTACTACACGTTGGAGAATGCTTCTCTTGAAAGTGGGTTTCAACGAGACGGA 422
Query 427 GGGATTCGCCACAATCCGAGCTTAACCAAGAGCCTATCGAAGCCAAGTTTTACCTCTGGG 486
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 423 GGGATTCGCCACAATCAGAGCTTAACCAAGAGCCTATCAAAGCCAAGTTTTACCTCTGGG 482
Query 487 ACAAGAGGTAGTGAGTCTGATTTTAGTAATCTTTCTCAAAGGTCGAGGTTTGAGGAGTTA 546
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 ACGAGAGGTAGTGAGTCTGATTTTAGTAATCTTTCTCAAAGGTCGAGGTTTGAGGAGTTA 542
Query 547 CCAGACACTTGGTACACTCAGTTTATTTCAAGGTATGGTTTTAAGTATGGAATGTCTGTT 606
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 543 CCGGACACTTGGTACACTCAGTTTATTTCAAGGTATGGTTTTAAGTATGGAATGTCGGTT 602
Query 607 GGAGGACAAGAATCTGATAAACGCACACCTGAAGGGATGTCTACTTACCTTAGAGTTGTA 666
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 GGAGGACAAGAATCTGATAAACGCACACCTGAAGGAATGTCTACTTACCTTAGAGTTGTG 662
Query 667 GATACTCATAAGAGAAAGCGTGCACCTTTTTTAGAAGATCGAAGTTTAGCTCATATGAGT 726
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 GATACTCATAAGAGAAAGCGTGCACCTTTTTTAGAAGATCGAAGTTTAGCTCATATGAGT 722
Query 727 AGATCTAGTACACATCCTAGTTCTGGCTTTGATGGAAGTACTTCAGAAGATGATATACTT 786
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 723 AGATCTAGTACACATCCAAGTTCTGGCTTTGATGGACGTAGTTCAGAAGATGATATACTT 782
Query 787 TTTCTTCCGGAGACAATGTTTAGAATGAACTGTGTACCTGAGACTGCCCTTTCGCCGATT 846
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 783 TTTCTTCCGGAGACAATGTTTAGAATGAACTGTGTACCTGAGACTGCCCTTTCGCCGGTT 842
Query 847 ACCAGAACACAAGACAACTTAAAAACAGAATTCTATGGGGTACTTGATACTTTACCGCAA 906
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 843 ACTAGAACACAAGACAACTTAAAAACAGAGTTCTATGGGGTACTTGATACTTTACCACAA 902
Query 907 GTTACTACCAGGAGTCATATTATGATCGAGAGGCTTGGGCTGATGCCTGAGTACCATAGA 966
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 903 GTTACTACCAGGAGTCATATCATGATCGAGAGGCTTGGGATGATGCCTGAGTACCATAGG 962
Query 967 ATGGAAGAAAGAGGAGTTTTACGCAGTAGAAAAGCTGAAAAAATGGGTTTTAGTGACGAT 1026
|||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 963 ATGGAAGATAGAGGACTTTTACGCCGTAGAAAAGCTGAAAAATTGGGTTTTAGTGACGAT 1022
Query 1027 CAAGCAGCTCTGGTGTCACGGAAAGTTGTTGCACGCATGCTTCTGACGATGGGATTTGAA 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 CAAGCAGCTCTGGTGTCACGGAAAGTTGTTGCACGCATGCTTCTGACGATGGGATTTGAA 1082
Query 1087 GGTGCCACAGAGGTTCCGATTGATGTCTTCTCTCAGTTGGTTAGCCGACATATGAGTAAA 1146
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 GGTGCAACAGAGGTTCCGATTGATGTCTTCTCTCAGTTGGTTAGCCGACATATGAGTAAA 1142
Query 1147 TTAGGCCGTATTTTGAAGCTTCTTACTGACAGCTACAAAAAAGAGTGTTCAGCAATGCAG 1206
||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1143 TTAGGCCATATTTTGAAGCTTCTCAGTGACAGTTACAAAAAGGAGTGTTCAGCAATGCAG 1202
Query 1207 TTGATTAAGATGTTCCTTAATACTACGGGATATAGTAATCTTGGGAGTTTAGCAGAGATT 1266
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1203 TTGATCAAGATGTTCCTTAATACTACAGGATATAGTAATCTTGGGAGTTTAGCAGAGCTT 1262
Query 1267 GTTAAGGATGGTACTAGGAATCATCCTCCCCCAAATCAGAAACAACCACAAGTGCTTCAG 1326
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 GTTAAGGATGGTACGAGGAATCATCCTCCCCCAAATCAGAAACAACCACAAGTGCTTCAG 1322
Query 1327 CAACAGTTACATCTGCAGCAACAAGCTTCTCTCCGGTTACCGCAACAAATTCAGAGGCAA 1386
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 CAACAGTTACATCTACAGCAACCAGCTTCTCTCCGGTTACCGCAACAAATTCAGAGGCAA 1382
Query 1387 ATGCATCCACAGATGCAGCAAATGGTTAATCCCCAAAATTTTCAGCAGCAGCAACAGCTA 1446
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 ATGCATCCACAGATGCAGCAAATGGTTAATCCCCAAAACTTTCAGCAGCAGCAACAGCTA 1442
Query 1447 GAAAGAATGCGTAGGCGTCCAGTTACATCACCGCGACCCAACATGGATATGGAAAAGGAT 1506
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1443 GAAAGAATGCGTAGACGTCCAGTTACATCACCGCGACCCAACATGGATATGGAAAATGAT 1502
Query 1507 CGGCCGCTGGTTCAGGTAAAGCTAGAGAATCCTTCTGAAATGGCAGTAGATGGAAATGCC 1566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 CGGCCGCTGGTTCAGGTAAAGCTAGAGAATCCTTCTGATATGGCAGTAGATGGAAATGCC 1562
Query 1567 TTTAACCCTATGAACCCAAGACACCAGCAACAGCTACAGCAGCAACTCAGACAGCAACAA 1626
|| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 TTCAACCCTATGAACCCAAGACACCAGCAACAGATGCAGCAGCAACTCAGACAGCAACAG 1622
Query 1627 CAAATTGCTGCCATGTCGAATATGCAACAACAGCCGGGCTATAACCAATTCAGACAATTG 1686
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1623 -A--TTGCTGCCATGTCGAATATGCAACAACAGCCGGGCTATAGCCAATTCAGGCAATTG 1679
Query 1687 GCTTCAATGCAAATTCCACAGATGCAAACACCCACACTAGGAACTG-TCAGGGCTCAACC 1745
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| | || |||||||||||||
Sbjct 1680 GCTTCAATGCAAATTCCACAAATGCAAACACCTACACCAGGCA-TGGTCAGGGCTCAACC 1738
Query 1746 CGTTAAGGTTGAAGGATTCGAACAACTAATGGGAGGGGATTCTTCTCTTAAACATGACTC 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1739 CGTTAAGGTTGAAGGATTCGAACAACTAATGGGAGGGGATTCTTCTCTTAAACATGAGTC 1798
Query 1806 GGATGATAAGCTGAGATCTCCACCTACCAAATAGCATTATGTACAGAGACAAACTACCCT 1865
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 1799 GGATGATAAGCTGAGATCTCCACCTACCAAATAATATTTTGTACATAGACAAACTACCCT 1858
Query 1866 GACCAAGGTACTTATTTGTGTTGCACTTGTACACAAAGTCCTGTTAGTTTAACTTTTTGG 1925
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1859 GACCAAGGTACTTATTTGTGTTGCACGTGTACACAAAGCCCTGTTAGTTCAACATTTTGG 1918
Query 1926 GTCAATATATTTATCTGATATT-CATCTGTGTTTAGTTATCCTCATGTGTAAAAGAGAGA 1984
|||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||||| ||||| ||||
Sbjct 1919 GTCAATGTATTTATCTGATATTTCATCTAAGTTTAATTATCATCATGTGCAAAAGGGAGA 1978
Query 1985 ATCGGATTATAGGTTGACATCTTGTGGAATCACCAAGTTTTTG 2027
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1979 GTCGGATTATAGGTTGACATCTTTTGGAATCACCAAGTTTTTG 2021
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77056565635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5