BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65560.1
Length=3588
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951404 jgi|Araly1|951404|scaffold_803291.1 4372 0.0
Ahg951425 jgi|Araly1|951425|scaffold_803312.1 525 8e-148
> Ahg951404 jgi|Araly1|951404|scaffold_803291.1
Length=2790
Score = 4372 bits (2367), Expect = 0.0
Identities = 2643/2778 (95%), Gaps = 11/2778 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 18 CGATGATCCGTCGAATACAACCACGGTGC-AATTCGGGTTTGACTGGTTCAGTATCCGCC 76
|||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 20 CGATGATCCGTCGAATACAATCACGGTGCGAA-TCGGGTTTGACTGGTTCAATCTCCGCC 78
Query 77 TTCGAAGTCCTGAAGAAGAAATTCTCGACGGATGTTACGGTTCCTTCTCCGGTCACTCGC 136
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||||||
Sbjct 79 GTCGAAGTCGTGAAGAAGAAATTCTCGGCGGATGTTAAGATTCCTTCTCCGTTCACTCGC 138
Query 137 CGGCAGTTTTGCTCCGTGTCTCCGCT-ACTTCGCAATCTTCCGGAGGAAGAATCTGATTC 195
|||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| |
Sbjct 139 CGGCAGTTTTGCTCGGTGTCTCCGCTGA-TTCGCAATCTTCCAGAGGACGAATCTGATCC 197
Query 196 AATGAGTGTTCCACACCGTCTGCTATCAATTCTTTCTAAACCTAATTGGCATAAATCTCC 255
|| |||||||||||||||| | || |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 198 AACGAGTGTTCCACACCGTATACTCTCAATTCTCTCTAAACCCAATTGGCATAAATGTCC 257
Query 256 GTCCTTGAAATCTATGGTTTCTGCGATAAGCCCTTCTCACGTCTCTTCACTATTCTCACT 315
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 258 GTCCTTGAAATCAATGGTTCCTGCGATAAGCCCTTCTCACGTCTCTTCGCTGTTCTCACT 317
Query 316 CGATCTAGATCCGAAAACAGCTCTTAATTTTTCTCACTGGATCTCACAGAATCCGAGATA 375
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 318 CGATCTAGATCCCAAAACAGCTCTTAATTTCTCTCATTGGATCTCACAGAATCCGAGATA 377
Query 376 CAAGCACAGTGTATATTCCTATGCATCCCTTCTTACTCTTCTCATCAACAATGGATATGT 435
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 378 CAAGCACAGTGTATATTCCTATGCGTCCCTTCTTACTCTTCTCATCAACAATGGATATGT 437
Query 436 GGGTGTTGTGTTTAAGATCAGGTTATTGATGATTAAGAGCTGTGATTCAGTGGGAGACGC 495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 438 GGGTGTTGTGTTTAAGATCAGGTTATTGATGATTAAGAGCTGTGATTCAGTGGCAGACAC 497
Query 496 TTTGTATGTTTTAGATTTGTGTAGGAAGATGAATAAAGACGAAAGATTTGAGCTTAAGTA 555
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 498 TTTGTTTGTTTTGGATTTGTGTAGGAAGATGAATAAAGACGAAAGCTTTGAGCTTAAGTA 557
Query 556 TAAGCTTATTATTGGGTGTTACAACACATTGTTGAATTCGTTGGCTAGATTTGGATTGGT 615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 558 TAAGCTTATTATTGGGTGTTACAACACATTGTTGAATTCGTTGGCTAGATTTGGATTGGT 617
Query 616 CGATGAAATGAAGCAGGTTTATATGGAAATGTTGGAGGATAAGGTTTGTCCCAACATTTA 675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 618 CGATGAAATGAAGCAGGTTTATATGGAAATGTTGGAGGATAAGGTTTGTCCCAACATTTA 677
Query 676 CACATATAATAAAATGGTTAATGGGTATTGCAAGCTGGGTAATGTGGAAGAGGCGAATCA 735
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 678 CACATATAATAAAATGGTTAATGGTTATTGCAAGGTGGGTGATGTGGAAGAGGCGAATCA 737
Query 736 GTATGTGAGTAAGATAGTTGAGGCTGGGTTGGATCCTGATTTTTTCACATATACGTCTTT 795
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 738 GTATGTGAGTAAGATATTTGAGGCTGGGTTGGATCCTGATTTTTTCACATATACGTCTTT 797
Query 796 GATTATGGGTTATTGTCAAAGGAAAGATTTAGATTCGGCTTTTAAGGTCTTCAATGAGAT 855
||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||
Sbjct 798 GATTATGGGCTATTGTCAAAGGAAGGATTTAGATTCTGCTTTTAAGGTCTTTAAGGAGAT 857
Query 856 GCCTTTGAAGGGTTGCCGTAGAAATGAGGTTGCGTACACTCACCTTATACACGGTCTTTG 915
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 858 GCCTTTGAAGGGTTGCCGTAGAAATGAGGTTGCTTACACTCACCTTATACATGGTCTTTG 917
Query 916 TGTAGCGAGAAGGATTGATGAAGCGATGGACTTGTTTGTAAAAATGAAGGATGACGAATG 975
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 918 TGTAGAGAGAAGGATCGATGAAGCGATGGACTTGTTTGTGAAAATGAAGGATGACGACTG 977
Query 976 TTTTCCAACAGTTCGTACTTATACAGTGCTCATAAAGTCTTTGTGTGGATCAGAACGGAA 1035
|| |||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 978 TTATCCAACAGTTCGTACTTATACAGTTCTTATAAAGGCTCTGTGTGGATCAGAACGGAA 1037
Query 1036 GTCTGAAGCTCTTAACTTGGTTAAGGAGATGGAAGAGACAGGCATTAAGCCGAATATTCA 1095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1038 GTCTGAAGCTCTTAACTTGGTTAAGGAGATGGAAGAGAAAGGCATTAAGCCGAATATTCA 1097
Query 1096 CACTTATACGGTGCTAATTGATAGTTTATGCAGCCAATGTAAGTTCGAGAAAGCTAGAGA 1155
||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1098 CACTTATACCGTGTTAATTGATAGTTTATGCAGTCAATGTAAGCTCGAGAAAGCAAGAGA 1157
Query 1156 GTTGCTAGGTCAGATGCTAGAGAAAGGGTTGATGCCAAATGTAATCACTTACAATGCATT 1215
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1158 GTTGCTAGGTCAGATGCTAGAGAAAGGGTTGATGCCAAATGTAATCACTTACAATGCATT 1217
Query 1216 GATTAATGGGTATTGTAAGCGGGGGATGATTGAAGATGCTG-TAGACGTTGTGGAGTTGA 1274
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1218 GATTAACGGGTATTGTAAGCGGGGGATGATTGAAGATGC-GCTAGACGTTGTGGAGTTGA 1276
Query 1275 TGGAATCACGTAAACTCAGCCCGAATACACGCACATACAATGAATTGATAAAGGGGTATT 1334
|||| |||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1277 TGGAGTCACGTAACCTCCGGCCGAATACACGCACGTACAATGAGTTGATAAAGGGGTATT 1336
Query 1335 GTAAAAGTAATGTTCACAAAGCAATGGGAGTGCTTAATAAAATGCTGGAGCGTAAAGTGC 1394
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1337 GTAAAAGGAATGTGCACAAAGCAATGGGAGTGCTTAATAAAATGCTGGAGCGTAAAGTGC 1396
Query 1395 TTCCAGATGTGGTCACTTACAATTCATTAATCGATGGGCAGTGTAGATCTGGTAATTTTG 1454
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 TTCCAGATGTGGTCACCTACAATTCATTAATCGATGGGCAGTGTAGATCTGGTAATTTTG 1456
Query 1455 ATAGTGCATATAGATTACTTAGTTTGATGAATGATAGAGGATTAGTTCCAGACCAGTGGA 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 ATAGTGCATATAGATTACTTAGTTTGATGAATGATAGAGGATTAGTTCCAGACCAGTGGA 1516
Query 1515 CATATACTAGTATGATAGATTCTTTGTGTAAAAGCAAAAGAGTGGAAGAAGCCTGCGACC 1574
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 CATATACTAGTATGATAGATTCTTTGTGTAAAAGCAAACGAGTGGAAGAAGCCTGCGACC 1576
Query 1575 TGTTTGATTCTCTCGAGCAGAAAGGTGTAAATCCAAATGTGGTGATGTACACTGCATTGA 1634
|||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577 TGTTTGATTCTCTCGAGCAGAAAGATGTAATTCCAAATGTGGTGATGTACACTGCATTGA 1636
Query 1635 TTGATGGATACTGCAAGGCGGGTAAAGTAGACGAAGCTCATCTTATGCTTGAGAAAATGT 1694
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1637 TTGATGGATACTGCAAGGCGGGTAAAGTAAACGAAGCTCATCTTATGCTTGAGAAAATGT 1696
Query 1695 TGAGTAAGAATTGCTTGCCAAATTCGTTGACTTTTAATGCCCTGATTCACGGGTTATGTG 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1697 TGAGTAAGAATTGCTTGCCAAATTCGTTGACTTTTAATGCCCTGATTCATGGGTTATGTA 1756
Query 1755 CCGATGGAAAATTGAAAGAAGCGACGTTGTTGGAGGAAAAAATGGTTAAGATTGGTCTAC 1814
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1757 CCGATGGAAAATTGAAAGAAGCAACGTTGTTGGAGGAAAAAATGGTGAAGATTGGTCTAC 1816
Query 1815 AGCCTACAGTTAGTACGGATACAATATTGATTCATAGATTGCTAAAAGACGGGGATTTTG 1874
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1817 AGCCTACAGTTAGTACGGATACAATATTGATTCATAGATTGCTAAAGGACGGGGATTTTG 1876
Query 1875 ATCATGCTTATAGT-CGTTTTCAGCAAATGTTGTCCTCTGGAACAAAGCCCGATGCACAT 1933
|| | ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 ATAACGCTTATA-TACGTTTTCAGCAAATGTTGTCCTCCGGAACAAAGCCCGATGCACAT 1935
Query 1934 ACTTACACAACATTTATTCAAACCTATTGTAGGGAAGGGAGACTACTAGACGCTGAGGAT 1993
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1936 ACTTACACAACATTTATTCAAACCTATTGTAGGGAAGGGAGACTGCAAGACGCTGAGGAT 1995
Query 1994 ATGATGGCAAAGATGAGGGAAAATGGTGTTTCCCCAGATTTGTTCACTTATTCTTCTCTG 2053
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 ATGATGGCAAAGATGAAGGAAAATGGTGTTTCCCCAGATTTGTTCACTTATTCTTCTCTG 2055
Query 2054 ATTAAAGGTTATGGGGATCTAGGGCAGACAAATTTTGCATTTGATGTCCTCAAGCGCATG 2113
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2056 ATTAAAGGTTATGGGGATCTAGGGCAGACCAATTCCGCATTTGTTGTCCTCAAGCGCATG 2115
Query 2114 CGTGATACTGGTTGTGAACCTTCTCAACATACGTTTTTGTCTCTGATCAAACATCTGTTA 2173
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 2116 CGTGATACTGGTTGTGAACCTTCTCAACATACGTTTTTGTCTCTTATCAAACATCTGCTA 2175
Query 2174 GAAATGAAATATGGAAAACAGAAAGGCAGTGAACCAGAACTCTGTGCAATGTCTAATATG 2233
|| |||| |||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||
Sbjct 2176 GAGATGAGATATGGAAAAGTGAAAGGCGGTGAACCAGGAGTCTGTGTGATGTCTAATATG 2235
Query 2234 ATGGAGTTTGATACTGTTGTTGAGCTTCTTGAGAAAATGGTTGAACACAGTGTAACTCCC 2293
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2236 ATGGAGTTTGATATTGTTGTTGAGCTTCTTGAGAAGATGGTTGAACACTGTGTAACTCCC 2295
Query 2294 AACGCCAAATCCTATGAAAAACTGATACTAGGGATCTGTGAAGTTGGGAATCTCAGAGTT 2353
|||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2296 AACGCCAAATCCTACGAGAAACTGATGCTAGGGATTTGTGAAATTGGAAATCTCAGAGTT 2355
Query 2354 GCGGAAAAGGTGTTTGATCACATGCAACGAAACGAAGGAATATCTCCTAGTGAGTTGGTT 2413
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2356 GCGGAAAAGGTGTTTGACCACATGCAACAAAACGAAGGAATATCTCCTAGTGAGTTGGTT 2415
Query 2414 TTCAATGCGCTTCTTAGCTGTTGCTGCAAGCTGAAAAAGCATAACGAAGCAGCAAAGGTT 2473
|||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2416 TTCAATACGCTTCTCAGCTGTTGCCGCAAGCTGGAAAAGCATAACGAAGCAGCAAAGGTT 2475
Query 2474 GTAGATGATATGATTTGTGTTGGTCACTTACCGCAACTAGAGTCTTGCAAAGTCTTGATT 2533
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2476 GTAGATGATGTGATTTGTGTTGGTCACTTACCGCAACTAGAGTCTTGCAAAATCTTGATT 2535
Query 2534 TGCGGGCTGTATAAAAAAGGAGAAAAAGAGAGAGGTACTTCGGTTTTCCAGAATTTGCTT 2593
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2536 TGCGGGCTATATAAAAAAGGAGAAAAAGAGAGAGGGACTTCGGTTTTCCAGAATTTGCTT 2595
Query 2594 CAATGTGGTTATTATGAGGATGAATTAGCTTGGAAGATCATCATTGATGGTGTGGGGAAG 2653
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2596 CAATGTGGTTATTATGACGATGAATTGGCTTGGAAGATCATCATTGATGGCGTGGGGAAG 2655
Query 2654 CAGGGACTTGTAGAGGCATTTTATGAACTATTCAACGTTATGGAGAAAAATGGCTGCAAG 2713
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2656 CAGGGACTTGTAGAGGCATTTTATGAACTATTCAACGTTATGGAGAAAGATGGCTGCAAG 2715
Query 2714 TTTAGCTCTCAGACATATTCACTGCTAATCGAAGGACCTCCTGATAGCACATAAAGGGGT 2773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2716 TTTAGCTCTCAGACATATTCACTGCTAATCGAAGGACCTCCTGCTAGCACATAAAGGGC- 2774
Query 2774 TTCTATATTATATCAATT 2791
||||||||||||||||
Sbjct 2775 --CTATATTATATCAATT 2790
> Ahg951425 jgi|Araly1|951425|scaffold_803312.1
Length=458
Score = 525 bits (284), Expect = 8e-148
Identities = 424/485 (87%), Gaps = 36/485 (7%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAAACGCCACGGATCATCGATGATCCGTCGAATACAACCACGGTGCAATTCGGGTTTGAC 60
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 4 AAAACGCCACGGATCATCGATGGTCCGTCGAATACAACCACGGTGTAACTCCGGTTTGAC 63
Query 61 TGGTTCAGTATCCGCCTTCGAAGTCCTGAAGAAGAAATTCTCGACGGATGTTACGGTTCC 120
||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 64 TGGTTCAATCTCCGCCGTCGAATTCCTGAAGAAGAAATTTTCGACGGATGTTACGGTTCC 123
Query 121 TTCTCCGGTCACTCGCCGGCAGTTTTGCTCCGTGTCTCCGCTACTTCGCAATCTTCCGGA 180
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 124 TTCTCCGTTCACTCGCCGGCAGTTTTGCTCCGTGTCTCCGCTAATTCTCAATCTTCCGGA 183
Query 181 GGAAGAATCTGATTCAATGAGTGTTCCACACCGTCTGCTATCAATTCTTTCTAAACCTAA 240
||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||| || | ||
Sbjct 184 GGAAGAATCTGAT-C----------C-ACACCGTCTGCTCTCAATTCT--CT---C-TA- 224
Query 241 TTGGCATAAATCTCCGTCCTTGAAATCTATGGTTTCTGCGATAAGCCCTTCTCACGTCTC 300
| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 225 T----AT----CTCCGTCCTTGAAATCTATGGTTCCTGCGATAAGCCCTTCCCACGTCTC 276
Query 301 TTCACTATTCTCACTCGATCTAGATCCGAAAACAGCTCTTAATTTTT-CTCACTGGATCT 359
||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 277 CTCACTGTTCTCGCTCGATCTAGATCCCAAAACAGCTCCTAATTTTTTCTCACTGGATCT 336
Query 360 CACAGAATCCGAGATACAAGCACAGTGTATATTCCTATGCATCCCTTCTTACTCTTCTCA 419
||| ||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 337 CACCGAATCCGAGATTCAATCACAGTGTA----C----GCATCCCTTCTTACTCTTCTCG 388
Query 420 TCAACAATGGATATGTGGGTGTTGTGTTTAAGATCAGGTTATTGATGATTAAGAGCTGTG 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 389 TCAACAATGGATATGTGGGTGTTGTGTTTAAGATCAGGTTATGGATGATTAAGAGCTGTG 448
Query 480 ATTCA 484
|||||
Sbjct 449 ATTCA 453
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135523017453
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5