BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65720.1
Length=1820
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951429 jgi|Araly1|951429|scaffold_803316.1 2239 0.0
> Ahg951429 jgi|Araly1|951429|scaffold_803316.1
Length=1406
Score = 2239 bits (1212), Expect = 0.0
Identities = 1344/1408 (95%), Gaps = 7/1408 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 78 AAA-CCGAGGTTTTAGAAAC-ATGGCGTCTAAGGTAATCTCTGCCACAATCCGCAGAACC 135
||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1 AAATCCGAGGTTTT-GAATCTATGGCGTCTAAGGTAATCTCTGCCACAATCCGCCGAACC 59
Query 136 CTAACCAAACCACACGGCACTTTTTCCCGGTGTCGCT-ACTTATCAACCGCCGCTGCTGC 194
|||||||| ||||||||| |||||||||||||||| | || |||| ||||||||||||||
Sbjct 60 CTAACCAATCCACACGGCGCTTTTTCCCGGTGTCG-TCACCTATCGACCGCCGCTGCTGC 118
Query 195 GACGGAGGTGAATTACGAGGATGAATCGATTATGATGAAAGGAGTTCGAATTTCAGGTAG 254
||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 GACGGCGGTGAATTACGAGGATGAATCGATTTTGATGAAAGGAGTTCGAATTTCAGGTAG 178
Query 255 ACCTCTTTACTTAGATATGCAAGCGACGACTCCGATTGATCCTAGAGTATTCGATGCGAT 314
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 179 ACCTCTTTATTTAGATATGCAAGCGACGACTCCGATTGATCCTAGGGTATTCGATGCGAT 238
Query 315 GAATGCTT-CACAGATCCATGAGTATGGGAATCCTCACTCGCGAACGCATCTCTACGGCT 373
||||| || ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||
Sbjct 239 GAATGATTCCAC-GATCCATGAGTACGGTAATCCTCACTCGCGAACTCATATGTACGGCT 297
Query 374 GGGAAGCTGAGAACGCCGTCGAGAACGCACGAAACCAGGTCGCGAAACTGATCGAAGCTT 433
||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 GGGAAGCTGAGAACGCCGTCGAGGTTGCTCGAATCCAGGTCGCGAAACTGATCGAAGCTT 357
Query 434 CACCGAAGGAGATCGTATTCGTGTCCGGTGCAACGGAGGCGAACAATATGGCGGTGAAAG 493
| |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 358 CTCCGAAGGAGATCATATTCATGTCCGGTGCGACGGAGGCGAACAATACGGCGGTGAAAG 417
Query 494 GAGTGATGCACTTTTACAAGGACACGAAGAAACATGTGATAACTACACAGACTGAGCATA 553
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |
Sbjct 418 GAGTGATGCACTTTTACAGGGACACGAAGAAACACGTTATCACTACACAGACTGAGCACA 477
Query 554 AGTGTGTGCTTGATTCGTGTAGGCATTTGCAGCAAGAAGGATTTGAGGTAACTTATTTAC 613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 478 AGTGTGTGCTTGATTCGTGTAGGCATTTGCAGCAAGAAGGATTTGAGGTAACTTACTTGC 537
Query 614 CTGTGAAAACTGATGGATTGGTTGATTTAGAGATGTTGAGAGAAGCTATTAGGCCAGACA 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
Sbjct 538 CTGTGAAAACTGATGGATTGGTTGATTTAGAGATGTTGAAAGAAGCTATTAGACCAGATA 597
Query 674 CAGGGCTAGTTTCTATTATGGCTGTGAACAATGAGATTGGTGTGGTTCAACCTATGGAGG 733
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 598 CAGGGCTAGTTTCGATTATGGCTGTGAACAATGAGATTGGTGTGGTTCAGCCTATGGAGG 657
Query 734 AGATTGGTATGATTTGCAAAGAGCATAATGTTCCGTTTCATACTGATGCTGCTCAAGCTA 793
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AGATTGGTAGGATTTGCAAAGAGCATAATGTTCCGTTTCATACTGATGCTGCTCAAGCTA 717
Query 794 TTGGGAAGATACCTGTTGATGTTAAGAAGTGGAATGTTGCTTTGATGTCTATGAGTGCTC 853
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 718 TTGGGAAGATACCTGTTGATGTTAAGAAGTGGAATGTTGCTTTGATGTCAATGAGTGCTC 777
Query 854 ACAAGATCTATGGACCGAAAGGTGTTGGTGCTTTGTATGTGAGGAGGAGGCCGAGAATCA 913
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 ACAAGATCTATGGACCAAAAGGTGTTGGTGCTTTGTATGTGAGGAGGAGGCCGAGAATCA 837
Query 914 GGCTTGAGCCGTTGATGAATGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGATTGCGTAGTGGTACGGGGG 973
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 838 GGCTTGAGCCGTTGATGAATGGTGGAGGTCAGGAGAGGGGGTTGCGTAGTGGCACGGGGG 897
Query 974 CTACGCAGCAGATTGTTGGGTTCGGGGCTGCTTGTGAGTTGGCTATGAAGGAGATGGAGT 1033
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 898 CTACGCAGCAGATTGTTGGGTTTGGGGCTGCTTGTGAATTGGCGATGAAGGAGATGGAGT 957
Query 1034 ATGATGAGAAGTGGATTAAGGGGTTACAGGAGAGGTTGCTGAATGGGGTTAGAGAGAAGC 1093
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 958 ATGATGAGAAGTGGATTAAGGGACTGCAGGAGAGGTTGCTGAATGGGATTAGAGAGAAGC 1017
Query 1094 TTGATGGTGTTGTGGTGAATGGTTCAATGGATAGTCGATATGTAGGGAATTTGAATTTGT 1153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1018 TTGATGGTGTTGTGGTGAATGGTTCAATGGATAGTCGATATGTAGGGAATCTGAATTTGT 1077
Query 1154 CGTTTGCTTATGTTGAAGGAGAGAGTTTGTTGATGGGATTGAAGGAAGTTGCAGTGTCTA 1213
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CGTTTGCTTATGTTGAAGGAGAGAGTCTGTTGATGGGGTTGAAGGAAGTTGCAGTGTCTA 1137
Query 1214 GTGGAAGTGCTTGTACTAGTGCGAGTTTGGAGCCTTCTTATGTGTTGAGAGCTTTGGGTG 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 GTGGAAGTGCTTGTACTAGTGCGAGTTTGGAGCCTTCTTATGTGTTGAGAGCTTTGGGTG 1197
Query 1274 TGGATGAAGACATGGCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGGTAGGTTTACCACGAAGG 1333
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1198 TGGATGAGGACATGGCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGGTAGGTTTACCACAAAGG 1257
Query 1334 AAGAGATTGATAAAGCGGTCGAGCTTACGGTTAAACAAGTTGAGAAGTTGAGGGAAATGA 1393
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 AAGAGATCGATAAAGCGGTCGAGCTTACGGTTAAACAAGTTGAGAAGTTGAGGGAAATGA 1317
Query 1394 GCCCGCTTTATGAAATGGTTAAAGAAGGTATCGATATCAAGAACATTCAATGGTCTCAAC 1453
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1318 GCCCGCTTTATGAAATGGTTAAAGAAGGTATCGATATCAAGAACATACAATGGTCTCAAC 1377
Query 1454 ACTGATTCAACAGTTCCACTCAAACTGT 1481
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 ACTGATTCAACAGTTCCACTCAAACTGT 1405
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 68333899530
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5