BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65750.1
Length=3474
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496813 jgi|Araly1|496813|fgenesh2_kg.8__2629__AT5G65750.1 5132 0.0
> Ahg496813 jgi|Araly1|496813|fgenesh2_kg.8__2629__AT5G65750.1
Length=3247
Score = 5132 bits (2779), Expect = 0.0
Identities = 3014/3129 (96%), Gaps = 9/3129 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 136 CTGATAGATTACTTAAGCTATGGTTTGGTTTAGAATC-GGTTCTTCTGTGGCAAAGCTTG 194
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTGATAGATTTCTTAAGCTATGGTTTGGTTTAGAA-CTTGTTCTTCTGTGGCAAAGCTTG 59
Query 195 CCATAAGAAGGACACTGTCTCAGTCTC-GTTGTGGTTCATATGCCACTAGAACAAGGGTT 253
||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 60 CCATAAGAAGGACACTGTCTCAGTCTCAG-TGTTGTTCATTTGCCACTAGAACAAGGGTT 118
Query 254 TTGCCTTGTCAAACCAGATGTTTTCACTCTACAATACTCAAATCAAAGGCAGAGTCTGCT 313
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 119 TTGCCTTCTCAAACCAGATGTTTTCACTCTACAATACTCAAATCAAAGGCAGAGTCTGCT 178
Query 314 GCACCTGTTCCACGTCCTGTCCCACTTTCTAAGCTAACTGATAGCTTCTTAGATGGAACA 373
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 GCTCCTGTTCCACGTCCTGTCCCACTTTCTAAGCTAACTGATAGCTTCTTAGATGGAACA 238
Query 374 AGCAGTGTGTATCTAGAGGAGTTACAAAGAGCTTGGGAGGCTGATCCCAACAGTGTTGAT 433
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 AGCAGTGTGTATCTCGAGGAGCTACAAAGAGCTTGGGAGGCTGATCCCAACAGTGTTGAT 298
Query 434 GAGTCGTGGGATAACTTTTTTAGGAATTTTGTGGGTCAGGCTTCTACATCGCCTGGTATC 493
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 299 GAGTCGTGGGATAACTTTTTTAGGAACTTTGTCGGTCAGGCTGCTACATCTCCTGGTATC 358
Query 494 TCGGGGCAAACCATTCAAGAAAGCATGCGTTTGTTGTTGCTAGTTAGAGCTTACCAGGTT 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 359 TCGGGGCAAACCATTCAAGAAAGCATGCGTTTGTTGTTGCTTGTTAGAGCTTATCAGGTT 418
Query 554 AATGGCCACATGAAGGCCAAGCTTGATCCTTTAGGTCTAGAGAAGAGAGAGATTCCAGAG 613
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 AATGGACACATGAAGGCCAAGCTTGATCCTTTGGGTCTAGAGAAGAGAGAGATTCCAGAG 478
Query 614 GATCTCACGCCAGGTCTTTATGGGTTTACTGAGGCTGATCTTGATCGGGAATTCTTTCTG 673
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GATCTCACACCAGGTCTTTATGGGTTTACTGAGGCTGATCTTGATCGGGAATTCTTTCTG 538
Query 674 GGTGTATGGAGGATGTCGGGTTTTCTCTCTGAGAACCGCCCGGTTCAAACACTGAGGTCG 733
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 539 GGTGTATGGAGGATGTCAGGTTTTCTCTCTGAGAACCGTCCGGTTCAAACACTGAGGGCT 598
Query 734 ATACTGTCGAGGCTTGAGCAAGCTTACTGTGGGACTATAGGGTATGAGTACATGCACATT 793
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 ATACTGTCGAGGCTTGAGCAGGCTTACTGTGGGACTATAGGGTATGAGTACATGCACATT 658
Query 794 GCTGATAGGGATAAATGTAACTGGTTGAGAGACAAGATCGAGACCCCAACTCCTCGACAG 853
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 659 GCTGATAGGGATAAATGTAACTGGTTGAGAGACAAGATCGAGACCCCAACACCTCGACAG 718
Query 854 TACAATAGTGAGCGTCGGATGGTTATTTATGATAGGCTTACCTGGAGCACACAGTTTGAG 913
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TACAATAGTGAGCGTCGGATGGTTATTTATGATAGGCTTACCTGGAGCACACAGTTTGAG 778
Query 914 AATTTCTTGGCTACTAAGTGGACCACGGCTAAAAGGTTTGGACTGGAAGGTGCTGAATCT 973
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 779 AATTTCTTGGCTTCTAAGTGGACCACGGCTAAAAGATTTGGACTCGAAGGTGCTGAGTCT 838
Query 974 TTGATTCCTGGCATGAAGGAGATGTTCGATAGGTCTGCAGATCTCGGGGTAGAGAACATA 1033
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TTGATTCCAGGCATGAAGGAGATGTTCGATAGGTCTGCAGATCTCGGGGTAGAGAACATA 898
Query 1034 GTTATCGGTATGCCCCATAGGGGTCGACTTAATGTTTTGGGTAATGTTGTTAGAAAACCT 1093
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 GTTATCGGAATGCCCCATAGGGGTCGACTTAATGTTTTGGGTAATGTTGTTAGAAAACCT 958
Query 1094 CTACGCCAAATATTCAGCGAGTTTAGCGGTGGTACTAGGCCAGTAGATGAAGTTGGGCTT 1153
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CTACGTCAAATATTCAGCGAGTTTAGTGGTGGTACTAGGCCAGTAGATGAAGTTGGGCTT 1018
Query 1154 TACACCGGAACAGGTGATGTGAAATACCACTTGGGTACATCTTATGATCGTCCAACTAGA 1213
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1019 TACACCGGAACAGGTGATGTAAAATACCATTTGGGTACATCTTATGATCGCCCAACTAGA 1078
Query 1214 GGAGGCAAACATCTCCACTTGTCTTTGGTAGCAAATCCCAGTCACTTGGAAGCAGTAGAT 1273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GGAGGCAAACATCTCCACTTGTCTTTGGTAGCAAATCCCAGTCACTTGGAAGCAGTAGAT 1138
Query 1274 CCTGTTGTGATAGGTAAAACCAGAGCGAAACAATATTACACGAAAGACGAGAACAGAACA 1333
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1139 CCTGTTGTGATTGGTAAAACCAGAGCGAAACAATATTACACAAAAGACAAGAACAGAACA 1198
Query 1334 AAGAACATGGGTATTTTGATCCATGGGGATGGTAGCTTTGCCGGACAAGGAGTGGTGTAT 1393
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1199 AAGAACATGGGTGTTTTGATCCATGGGGATGGTAGCTTTGCCGGACAAGGTGTGGTATAT 1258
Query 1394 GAAACTCTCCATCTTAGTGCACTTCCTAACTACTGTACCGGTGGAACAGTGCACATTGTG 1453
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 GAAACTCTGCATCTTAGTGCACTTCCTAATTACTGTACCGGTGGAACAGTGCACATTGTG 1318
Query 1454 GTGAATAATCAAGTGGCTTTCACAACCGATCCCAGGGAAGGAAGGTCTTCACAGTATTGC 1513
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GTCAATAATCAAGTGGCTTTCACAACCGATCCCAGGGAAGGAAGGTCTTCACAGTATTGC 1378
Query 1514 ACTGATGTTGCAAAGGCTTTGAGCGCCCCAATTTTCCATGTCAATGCAGATGACATTGAA 1573
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 ACTGATGTTGCAAAGGCTTTGAGTGCCCCAATTTTTCATGTCAATGCAGATGACATTGAA 1438
Query 1574 GCAGTAGTGCATGCTTGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGCCAGACGTTCCATTCTGATGTT 1633
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1439 GCAGTAGTGCATGTTTGTGAGCTTGCTGCTGAGTGGCGCCAGACATTCCATTCTGATGTT 1498
Query 1634 GTTGTTGATTTAGTATGCTACCGTCGCTTTGGGCATAACGAGATAGACGAACCGTCATTC 1693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GTTGTTGATTTAGTATGCTACCGTCGCTTTGGGCATAACGAGATAGACGAACCGTCATTC 1558
Query 1694 ACACAACCAAAAATGTACAAGGTGATACGCAGTCATCCCTCGTCACTTCAAATCTACCAG 1753
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1559 ACGCAACCAAAAATGTACAAGGTGATACGCAGTCATCCCTCATCGCTTCAAATCTACCAG 1618
Query 1754 GAGAAGCTCTTGCAATCTGGACAGGTAACCCAAGAAGATATTGATAAGATTCAAAAGAAA 1813
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 GAGAAGCTCTTGCAATCTGGACAGGTAACAGAAGAAGATATTGATAAGATTCAAAAGAAA 1678
Query 1814 GTAAGCTCTATCCTCAATGAAGAATATGA-GGCAAGTAAAGATTATATTCCACAAAAACG 1872
|||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GTAAGCTCTATCCTAAATGAAGAAT-TTAGGGCAAGTAAAGATTATATTCCACAAAAACG 1737
Query 1873 TGACTGGCTGGCAAGTCACTGGACTGGATTCAAGTCTCCGGAGCAGATTTCTAGGATTCG 1932
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1738 TGACTGGCTGGCAAGTCATTGGACTGGATTCAAGTCACCGGAGCAGATTTCTAGGATCCG 1797
Query 1933 AAACACCGGAGTGAAGCCAGAGATTTTGAAGAATGTGGGAAAGGCAATCTCAACCTTCCC 1992
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 AAACACTGGTGTGAAGCCAGAGATTTTGAAGAATGTGGGGAAGGCAATCTCAACCTTCCC 1857
Query 1993 TGAGAACTTTAAGCCACACAGAGGAGTTAAAAGAGTTTATGAACAACGTGCTCAAATGAT 2052
|||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AGAGAACTTCAAGCCACACAGAGGGGTGAAAAGAGTTTATGAACAACGTGCTCAAATGAT 1917
Query 2053 TGAATCGGGAGAAGGCATTGACTGGGGACTTGGAGAAGCACTTGCTTTTGCTACACTGGT 2112
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TGAATCGGGAGAAGGCATTGACTGGGGACTTGGAGAAGCTCTTGCTTTTGCTACACTGGT 1977
Query 2113 TGTGGAAGGGAACCATGTTCGGCTAAGTGGTCAAGATGTTGAAAGAGGAACTTTCAGTCA 2172
||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TGTTGAAGGCAACCACGTTCGGCTAAGTGGTCAAGATGTTGAAAGAGGAACTTTCAGTCA 2037
Query 2173 TAGACACTCAGTGCTTCATGATCAAGAAACCGGGGAGGAATATTGTCCCCTCGATCACCT 2232
||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||| | ||||||||
Sbjct 2038 CAGACACTCAGTGCTTCATGATCAGGAAACTGGCGAGGAGTATTGTCCCTTAGATCACCT 2097
Query 2233 AATCAAAAACCAAGACCCTGAAATGTTCACTGTCAGCAACAGCTCCCTTTCAGAATTTGG 2292
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2098 GACCATGAACCAAGACCCTGAAATGTTCACTGTCAGCAACAGCTCTCTTTCAGAATTTGG 2157
Query 2293 TGTTCTCGGTTTCGAACTGGGTTATTCGATGGAAAATCCCAATTCTCTGGTGATATGGGA 2352
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2158 TGTTCTCGGATTCGAACTGGGTTATTCGATGGAAAATCCCAATTCTCTGGTGTTATGGGA 2217
Query 2353 AGCTCAGTTTGGAGACTTTGCTAATGGCGCACAAGTTATGTTTGATCAGTTCATAAGCAG 2412
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 AGCTCAGTTTGGAGACTTTGCTAACGGCGCACAAGTTATGTTTGATCAGTTCATAAGCAG 2277
Query 2413 TGGGGAAGCCAAATGGCTCCGTCAAACTGGTCTAGTAGTTTTACTTCCTCATGGATATGA 2472
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2278 TGGGGAAGCCAAATGGCTCCGTCAAACTGGTCTAGTAGTTCTACTTCCTCATGGATATGA 2337
Query 2473 TGGTCAGGGTCCTGAACATTCCAGTGGAAGATTGGAACGTTTCCTTCAGATGAGTGATGA 2532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TGGTCAGGGTCCTGAACATTCCAGTGGAAGATTGGAACGTTTCCTTCAGATGAGTGATGA 2397
Query 2533 CAATCCTTACGTTATCCCTGAGATGGACCCAACTCTTCGAAAGCAGATTCAAGAATGTAA 2592
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 CAATCCTTACGTTATCCCTGAGATGGATCCAACTCTTCGAAAGCAGATTCAAGAATGTAA 2457
Query 2593 TTGGCAAGTTGTTAATGTTACTACACCTGCCAACTATTTCCATGTTCTGCGTCGGCAGAT 2652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 TTGGCAAGTTGTTAATGTTACTACACCTGCCAACTATTTCCATGTTCTGCGTCGGCAGAT 2517
Query 2653 ACACAGGGACTTTC-GCAAGCCTCTTATAGTGATGGCCCCCAAAAACTTGCTTCGTCACA 2711
||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 ACACAGGGA-TTTCCGCAAGCCCCTTATAGTGATGTCTCCCAAAAACTTGCTTCGTCACA 2576
Query 2712 AACAGTGTGTATCTAATCTCTCGGAATTCGATGATGTTAAAGGACATCCTGGATTTGACA 2771
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2577 AACAGTGTGTATCTAATCTCTCGGAATTCGATGATGTTAAAGGACATCCTGGTTTTGACA 2636
Query 2772 AGCAAGGAACTCGATTTAAACGGTTGATCAAAGATCAAAGTGGCCACTCTGATCTTGAAG 2831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2637 AGCAAGGAACTCGATTTAAACGGTTGATCAAAGATCAAAGTGGTCACTCTGATCTTGAAG 2696
Query 2832 AAGGTATCAGACGTCTAGTCCTCTGCTCTGGGAAGGTCTACTATGAGCTTGACGAAGAGC 2891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 AAGGTATCAGACGTCTAGTCCTCTGCTCTGGGAAGGTCTACTATGAGCTTGACGAAGAGC 2756
Query 2892 GAAAGAAGTCTGAAACAAAGGATGTAGCCATTTGCAGAGTAGAGCAGCTTTGCCCATTTC 2951
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 2757 GAAAGAAGTCTGAAACAAACGATGTAGCCATTTGCAGAGTAGAGCAGCTTTGTCCATTCC 2816
Query 2952 CATATGATCTCATCCAAAGAGAACTAAAGCGATATCCAAATGCAGAGATCGTGTGGTGTC 3011
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 CTTATGATCTCATTCAAAGAGAACTAAAGCGATATCCAAATGCAGAGATCGTGTGGTGTC 2876
Query 3012 AAGAAGAGCCGATGAACATGGGAGGATACCAATACATAGCCCTAAGGCTTTGCACCGCGA 3071
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2877 AAGAAGAGCCCATGAACATGGGAGGATACCAATACATAGCACTAAGGCTTTGTACCGCGA 2936
Query 3072 TGAAAGCACTGCAAAGAGGAAACTTCAACGACATCAAATACGTTGGTCGTCTTCCCTCAG 3131
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2937 TGAAAGCACTGCAGAGAGGAAACTTCAACGACATAAAATACGTTGGTCGTCTTCCATCAG 2996
Query 3132 CTGCTACAGCCACAGGATTTTACCAGCTTCATGTTAAGGAGCAGACTGATCTTGTGAAGA 3191
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2997 CTGCTACAGCCACAGGATTTTACCAGCTTCATGTTAAGGAGCAGACTGATCTTGTGAAAA 3056
Query 3192 AAGCTCTTCAACCTGACCCCATCACCCCCGTCATCCCTTaaaaaaaCACAGCTTGAGAGG 3251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3057 AAGCTCTTCAACCTGACCCCATCACCCCCGTCATCCCTTAAATTGG-ACAGCTTGAGAGG 3115
Query 3252 CTTGAGCCT 3260
|||||||||
Sbjct 3116 CTTGAGCCT 3124
Score = 178 bits (96), Expect = 3e-43
Identities = 104/108 (96%), Gaps = 0/108 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3307 TTTGGTTACCAAAGAGTGTCACTGGAAAATAAACAGATGTTTGCTAGACTTACAAATTTA 3366
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3140 TTTGGTTACCAAATAGTGTCACTGGAAAATAAACAGATGTTTGCTAGACTTACAAATTTA 3199
Query 3367 AGTTTATTCGATTTGTTTGGTTTGTTATAGGATTTAATCGAGATAAAA 3414
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 3200 AGTTTATTCGGTTTGTTTGGTTTGTTATAGGATTTAATCAAGATTAAA 3247
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131184454131
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5