BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G65930.3
Length=4109
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg497034 jgi|Araly1|497034|fgenesh2_kg.8__2850__AT5G65930.2 6682 0.0
Ahg935476 jgi|Araly1|935476|scaffold_403464.1 206 1e-51
> Ahg497034 jgi|Araly1|497034|fgenesh2_kg.8__2850__AT5G65930.2
Length=4068
Score = 6682 bits (3618), Expect = 0.0
Identities = 3894/4025 (97%), Gaps = 27/4025 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTGGGGCAAATTTGTTC-ATCAGATCTACTACAATCTCTC-TTTTTCTTCGGGTATGGA 58
||| |||||||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 66 TCT-GGGCAAATTTGTGCTTTCAGA--T-CTACAATCTCTCTTTTTTCTTCGGACATGGA 121
Query 59 GGGCCAACGAGGCAGTAATTCTTCGTTGAGCTCTGGCAATGGCACCGAAGTCGCCACCGA 118
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 122 GGGCCAACGAGGCAGTAATTCTTCGTTGAGCTCCGGCAATGGCACCGAAGTCGCCACCGA 181
Query 119 CGTTTCTTCTTGCTTCTATGTTCCCAATCCCTCTGGAACCGATTTCGATGCCGAGTCGTC 178
||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 182 CGTTTCTTCTTGCTTTTATGTTCCCAACCCCACTGGGACCGATTTCGATGCCGAGTCG-- 239
Query 179 TTCTCTTCCTCCTCTTCTCTCGCTCTGTCACAGCTCCCCAGCTCCTCAAGTGGCATTGTC 238
|| | | |||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 240 ---TC-T--T-CTCTTC-CTC-CTC--T-----CTCCCCAGCTCCTCAAGTGGCGTTGTC 283
Query 239 AATTCCTGCGGAGCTTGCCGCCGCCATTCCCCTCATCGATCGCTTCCAGGTTGAAGCTTT 298
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 AATTCCTGCCGAGCTTGCTGCCGCCATTCCCCTCATCGATCGCTTCCAGGTTGAAGCTTT 343
Query 299 TCTGCGGCTAATGCAGAAACAAATCCAGTCTGCTGGGAAGCGTGGCTTCTTCTATTCCAA 358
||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 344 TCTTCGGCTTATGCAGAAGCAAATCCAGTCTGCTGGCAAGCGTGGCTTCTTCTATTCTAA 403
Query 359 AAAGTCCTCTGGCTCCAATGTCCGCGAGCGCTTCACATTTGAGGATATGCTTTGCTTTCA 418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 AAAGTCCTCTGGCTCCAATGTCCGCGAGCGCTTCACATTTGAGGATATGCTTTGCTTTCA 463
Query 419 AAAGGATCCAATCCCCACATCTCTCCTCAAGATTAACAGCGATCTCGTCAGCCGTGCTAC 478
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 GAAGGATCCCATCCCCACATCTCTCCTCAAGATTAACAGCGATCTCGTCAGCCGTGCTAC 523
Query 479 CAAGTTGTTTCATCTCATCTTAAAATATATGGGTGTTGATTCATCTGATCGATCTACGCC 538
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 524 CAAGTTGTTTCACCTCATCTTAAAATATATGGGTGTTGATTCATCTGACCGATCAACGCC 583
Query 539 TCCCAGTTTAGATGAACGCATTGACCTCGTTGGAAAGCTCTTCaaaaaaaCTTTGAAGCG 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 ACCCAGTTTAGATGAACGCATTGACCTCGTTGGAAAGCTCTTCAAAAAAACTTTGAAGCG 643
Query 599 TGTTGAACTCAGGGACGAACTTTTTGCCCAAATCTCCAAACAGACTAGACATAATCCTGA 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 TGTTGAACTCAGGGACGAACTTTTTGCCCAAATCTCCAAACAGACTAGACATAATCCTGA 703
Query 659 CAGGCAATACTTGATCAAAGCTTGGGAATTGATGTACTTATGTGCCTCCTCTATGCCTCC 718
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 704 CAGGCAATACTTGATAAAAGCTTGGGAGTTGATGTACTTATGTGCGTCCTCAATGCCTCC 763
Query 719 TAGCAAAGATATCGGTGGATATCTATCTGAGTATATTCATAATGTCGCACACGATGCAAC 778
|||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 764 TAGCAAAGATATTGGTGGATATCTCTCTGAATATATTCATAATGTGGCACACGATGCAAC 823
Query 779 TATTGAACCGGATGCTCAGGTTCTTGCTGTTAACACTTTGAAAGCTTTAAAGCGCTCTAT 838
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 824 AATTGAACCGGATGCTCAGGTTCTTGCTGTCAACACTTTGAAGGCTTTAAAGCGCTCTAT 883
Query 839 CAAAGCTGGTCCTAGGCACACCACACCTGGTCGTGAAGAAATTGAAGCCCTTTTGACCGG 898
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 CAAAGCTGGTCCTAGGCACACCACTCCTGGTCGTGAAGAAATTGAAGCCCTTTTGACCGG 943
Query 899 TAGAAAGCTCACAACCATTGTCTTCTTTCTCGATGAAACTTTTGAAGAAATTTCATATGA 958
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 944 TAGAAAGCTCACAACCATTGTCTTCTTTCTGGATGAAACTTTTGAAGAAATATCATATGA 1003
Query 959 CATGGCTACCACAGTGTCTGATGCTGTTGAGGAGCTAGCTGGAACAATTAAACTATCAGC 1018
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 CATGGCTACAACAGTGTCTGATGCTGTTGAGGAGCTAGCTGGAACAATTAAACTATCAGC 1063
Query 1019 TTTCTCTAGCTTTAGTTTGTTTGAATGTCGTAAAGTTGTTTCAAGTTCTAAATCATCTGA 1078
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1064 TTTCTCTAGCTTTAGTTTGTTTGAATGTCGTAAAGTTGTTTCAAGTTCAAAATCATCTGA 1123
Query 1079 TCCCGGAAATGAGGAATATATAGGATTGGATGATAACAAGTATATTGGAGATCTCCTCGC 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 TCCCGGAAATGAGGAATATATAGGATTGGATGATAACAAGTATATTGGAGATCTCCTCGC 1183
Query 1139 AGAATTTAAAGCTATTAAAGATCGAAATAAAGGAGAGATACTACACTGCAAACTGGTATT 1198
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 AGAATTTAAAGCTATAAAAGATCGAAATAAAGGAGAGATACTACACTGCAAACTGGTATT 1243
Query 1199 TaaaaaaaaaTTATTCCGAGAGTCTGATGAAGCTGTAACAGATCTGATGTTTGTGCAACT 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 TAAAAAAAAATTATTCCGAGAGTCTGATGAAGCTGTAACAGATCTGATGTTTGTGCAACT 1303
Query 1259 TTCGTATGTTCAACTGCAACATGACTATTTGCTAGGAAACTATCCTGTTGGGAGGGACGA 1318
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1304 TTCCTATGTTCAACTGCAACATGACTATTTGCTAGGAAACTATCCTGTCGGGAGGGACGA 1363
Query 1319 TGCTGCACAGCTTTGTGCCTTGCAAATTCTTGTTGGGATTGGGTTTGTCAATAGTCCAGA 1378
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 TGCTGCACAACTTTGTGCCTTGCAAATTCTAGTTGGGATTGGGTTTGTCAATAGTCCAGA 1423
Query 1379 GTCATGCATTGATTGGACATCACTTCTTGAGCGGTTTTTGCCAAGACAAATAGCAATAAC 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1424 GTCATGCATTGATTGGACATCACTTCTTGAGCGGTTTTTGCCGAGACAAATAGCAATAAC 1483
Query 1439 CCGAGCAAAGCGTGAATGGGAATTGGATATCCTTGCTCGCTACCGTTCAATGGAGAACGT 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 CCGAGCAAAGCGTGAATGGGAATTGGATATCCTTGCTCGCTACCGTTCAATGGAGAACGT 1543
Query 1499 GACCAAAGATGATGCAAGACAACAATTTCTACGGATACTGAAGGCACTGCCATACGGGAA 1558
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 GACCAAAGATGATGCTAGACAACAATTTCTACGGATACTGAAGGCACTGCCATACGGGAA 1603
Query 1559 TTCAGttttttttAGCGTACGCAAGATAGATGATCCGATCGGTCTTTTACCTGGGCGAAT 1618
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 TTCAGTGTTTTTTAGCGTACGCAAGATAGATGATCCGATCGGTCTTTTACCTGGGCGAAT 1663
Query 1619 CATTTTGGGTATCAACAAACGTGGGGTTCACTTTTTTCGACCGGTTCCTAAAGAATATCT 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1664 CATTTTGGGTATCAACAAACGTGGGGTTCACTTTTTTCGGCCGGTTCCGAAAGAATATCT 1723
Query 1679 GCACTCTGCTGAACTACGTGACATCATGCAATTTGGCAGCAGTAACACTGCTGTCTTTTT 1738
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 GCACTCTGCTGAACTACGTGACATAATGCAATTTGGCAGCAGTAACACTGCTGTCTTTTT 1783
Query 1739 CAAAATGAGAGTCGCTGGTGTTCTTCACATATTTCAGTTCGAGACAAAACAGGGAGAAGA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784 CAAAATGAGAGTCGCTGGTGTTCTTCACATATTTCAGTTCGAGACAAAACAGGGAGAAGA 1843
Query 1799 AATTTGTGTTGCTTTGCAAACACATATAAATGATGTCATGTTGCGTCGTTACTCCAAAGC 1858
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 AATATGTGTTGCTTTGCAAACACATATAAATGATGTCATGTTGCGTCGTTACTCCAAAGC 1903
Query 1859 TCGATCTGCTGCCAATAGCTTGGTTAATGGAGATATATCTTGTAGTTCTAAGCCGCAAAA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1904 TCGATCTGCTGCCAATAGCTTGGTTAATGGAGATATATCTTGTAGTTCTAAGCCGCAGAA 1963
Query 1919 TTTTGAAGTGTATGAAAAACGTTTGCAAGATTTGTCTAAGGCTTATGAAGAGTCCCAAAA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1964 TTTTGAAGTGTATGAAAAACGTTTGCAAGATTTGTCTAAGGCTTATGAAGAGTCCCAAAA 2023
Query 1979 GAAGATTGAGAAGTTGATGGATGAACAACAAGAGAAAAATCAGCAAGAAGTTACTCTGCG 2038
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 GAAGATTGACAAGTTGATGGATGAACAACAAGAGAAAAATCAGCAAGAAGTTACTCTGCG 2083
Query 2039 TGAAGAGTTAGAAGCTATACACAATGGTTTGGAGCTTGAAAGGAGAAAATTGTTGGAGGT 2098
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2084 TGAAGAATTAGAAGCTATACACAATGGTTTGGAGCTTGAAAGGAAAAAATTGTTGGAGGT 2143
Query 2099 TACTTTAGACCGAGATAAACTTAGGTCATTGTGTGACGAGAAGGGAACAACTATTCAATC 2158
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2144 TACCTTAGACCGAGATAAACTTAGGTCATTGTGTGACGAGAAGGGAACAACTATTCAAAC 2203
Query 2159 CTTGATGTCTGAACTGCGAGGAATGGAAGCAAGGTTGGCAAAGTCGGGCAACACAAAATC 2218
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 CTTGATGTCTGAACTGCGAGGAATGGAAGCCAGGTTGGCAAAGTCGGGCAACACAAAATC 2263
Query 2219 AAGTAAAGAGACAAAATCAGAATTAGCCGAAATGAATAATCAGATATTATACAAGATCCA 2278
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 AAGTAAAGAGACAAAATCAGAATTAGCTGAAATGAATAATCAGATATTATACAAGATCCA 2323
Query 2279 AAAGGAGTTAGAAGTTCGAAATAAGGAATTGCATGTCGCAGTTGATAATTCAAAGAGGTT 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 AAAGGAGTTAGAAGTTCGAAATAAGGAATTGCATGTTGCAGTTGATAATTCAAAGAGGTT 2383
Query 2339 GTTGAGTGAAAACAAGATATTGGAGCAAA--A-TCTCAATATTgaaaagaagaaaaaaga 2395
||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2384 GTTGAGTGAAAACAAGATATTGGAGCAAAGTATTTTCAATATCGAAAAGAAGAAAAAAGA 2443
Query 2396 ggaggttgaaattcatcaaaagagatatgaacaagaaaaaaagGTGTTAAAGCTTCGAGT 2455
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 GGAGGTTGAAATTCATCAAAAGAGATATGAACAAGAAAGAAAGGTGTTAAAGCTTCGAGT 2503
Query 2456 TTCTGAACTTGAAAATAAGCTTGAAGTACTTGCTCAAGACTTGGATAGTGCTGAGTCTAC 2515
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 TTCTGAACTTGAAAATAAGCTTGAAGTCCTTGCTCAAGACTTGGATAGTGCTGAGTCTAC 2563
Query 2516 GATTGAAAGTAAGAATTCTGACATGCTGCTGTTGCAAAATAACTTGAAAGAACTTGAGGA 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 GATTGAAAGTAAGAATTCTGACATGCTGCTGTTGCAAAATAACTTGAAAGAACTTGAGGA 2623
Query 2576 GTTAAGAGAAATGAAAGAGGACATTGACAGAAAAAATGAGCAAACAGCTGCCATTTTGAA 2635
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 GTTAAGAGAAATGAAAGAGGACATTGACCGAAAGAATGAGCAAACAGCTGCCATTTTGAA 2683
Query 2636 AATGCAAGGAGCCCAACTTGCTGAGCTAGAAATACTTTATAAGGAAGAACAAGTTTTAAG 2695
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 GATGCAGGGAGCCCAACTTGCTGAGCTAGAAATACTTTATAAGGAAGAACAAGTTTTAAG 2743
Query 2696 GAAAAGATACTATAATACCATAGAAGATATGAAAGGGAAGATTAGAGTTTATTGTCGAAT 2755
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2744 GAAAAGATACTATAATACCATAGAAGATATGAAAGGGAAGATTAGAGTTTATTGTCGAAT 2803
Query 2756 AAGACCTCTAAATGAAAAAGAGAGTTCAGAGAGGGAAAAACAAATGCTGACAACTGTGGA 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 AAGACCTCTAAATGAAAAAGAGAGTTCAGAGAGAGAAAAACAAATGCTGACAACTGTGGA 2863
Query 2816 TGAGTTTACTGTTGAACATCCATGGAAAGACGACAAAAGAAAGCAACACATATATGATCG 2875
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2864 TGAGTTTACAGTTGAACATCCATGGAAAGACGACAAAAGAAAGCAACATATATATGATCG 2923
Query 2876 CGTATTTGACATGCGTGCTAGTCAAGATGATATCTTTGAAGACACAAAGTATTTGGTACA 2935
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2924 CGTATTTGATATGCGTGCTAGTCAAGATGATATCTTTGAAGACACAAAGTATTTGGTGCA 2983
Query 2936 GTCGGCTGTAGATGGGTATAACGTTTGCATCTTTGCATATGGTCAAACTGGTTCTGGAAA 2995
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2984 GTCGGCTGTAGATGGGTATAACGTTTGCATCTTCGCATATGGTCAAACTGGTTCTGGAAA 3043
Query 2996 AACTTTCACTATATATGGGCATGAGAGCAATCCTGGACTCACACCTCGAGCTACAAAGGA 3055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3044 AACTTTCACTATATATGGGCATGAGAGCAATCCTGGACTCACACCTCGAGCTACAAAGGA 3103
Query 3056 ACTGTTCAACATATTAAAGCGAGATAGCAAGAGATTTTCATTTTCTCTAAAGGCATATAT 3115
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3104 ACTGTTCAACATATTAAAGAGAGATAGCAAGAGATTTTCATTTTCTCTAAAGGCATATAT 3163
Query 3116 GGTGGAACTTTATCAAGACACACTTGTAGACCTTTTGTTACCAAAAAGTGCAAGACGCTT 3175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 3164 GGTGGAACTTTATCAAGACACACTTGTAGACCTTTTGTTACCAAAGAGTGCAAGACGCCT 3223
Query 3176 GAAACTAGAGATTAAAAAAGATTCAAAGGGAATGGTCTTTGTAGAGAATGTGACAACTAT 3235
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 GAAGCTAGAGATTAAAAAAGATTCAAAGGGAATGGTCTTTGTAGAGAATGTGACAACTAT 3283
Query 3236 TCCTATATCAACTTTGGAGGAACTGCGAATGATTCTTGAACGGGGATCGGAACGACGACA 3295
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3284 TCCTATATCAACTTTGGAGGAATTGCGAATGATTATTGAACGAGGATCAGAACGACGACA 3343
Query 3296 TGTTTCTGGAACAAATATGAATGAAGAAAGCTCAAGATCTCACCTCATATTATCAGTTGT 3355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 3344 TGTTTCTGGAACAAATATGAATGAAGAAAGCTCAAGATCTCACCTCATACTATCGGTTGT 3403
Query 3356 TATTGAAAGTATTGATCTTCAAACCCAGTCTGCTGCGAGGGGCAAGCTGAGTTTTGTGGA 3415
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3404 TATTGAAAGTATTGATCTTCAAACACAGTCTGCTGCGAGGGGCAAGTTGAGTTTTGTGGA 3463
Query 3416 TCTTGCTGGTTCTGAGAGAGTTAAAAAGTCGGGCTCAGCTGGTTGTCAACTCAAAGAAGC 3475
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 TCTTGCTGGTTCTGAGAGAGTAAAAAAGTCGGGCTCTGCTGGTTGTCAACTCAAAGAAGC 3523
Query 3476 TCAAAGTATCAACAAATCACTTTCTGCATTAGGTGATGTTATTGGTGCTTTATCTTCTGG 3535
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3524 TCAAAGTATCAACAAATCACTTTCTGCATTAGGTGATGTTATTGGTGCTTTATCTTCAGG 3583
Query 3536 CAACCAGCATATTCCTTATAGGAATCACAAGCTAACGATGTTGATGAGCGATTCATTGGG 3595
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 CAACCAACATATTCCTTATAGGAATCACAAGCTAACAATGTTGATGAGCGATTCATTGGG 3643
Query 3596 CGGCAATGCCAAGACGTTAATGTTTGTTAATGTGTCTCCAGCCGAATCAAATTTGGACGA 3655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 CGGCAATGCCAAGACGTTAATGTTTGTTAATGTGTCTCCAGCCGAATCAAATTTGGACGA 3703
Query 3656 GACGTACAATTCTCTTCTATATGCATCGAGAGTGAGAACGATCGTGAATGATCCCAGCAA 3715
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3704 GACGTACAATTCTCTTATATATGCATCGAGAGTGAGAACGATCGTGAATGATCCCAGCAA 3763
Query 3716 ACATATATCATCCAAAGAGATGGTGCGATTGAAGAAGTTGGTAGCATACTGGAAAGAGCA 3775
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3764 ACATATATCATCCAAAGAGATGGTGCGATTGAAGAAGTTGGTAGCATACTGGAAAGAGCA 3823
Query 3776 AGCCGGTAAAAAAGGTGAGGAAGAAGACTTGGTGGATATTGAGGAAGATCGTACACGAAA 3835
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3824 AGCCGGTAAAAAAGGTGAAGAAGAAGACTTGGTGGATATTGAGGAAGATCGTACACGAAA 3883
Query 3836 AGATGAGGCAGATAGTTGAAGAAAGCTGACATGAAATTCGTCTAGGTGAAATTGAGACTA 3895
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3884 AGATGAGGCAGATAGTTGAAGAAAGCTGACATGGAATTCGTGTAGGTGAAATTGAGACTA 3943
Query 3896 TAGTATCACTGGTTTTCACCATTCTTTTTGTAGGAAGTTCCTGCTTTATAGTAGAGTTTC 3955
||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||
Sbjct 3944 TAGAAGCACTGATTTTCACCATTCTTTTTGTAGGAAGTTCCTACTCTATAGTAGACTTTC 4003
Query 3956 TATCGAAGAGTAGTCCTATATGTCTCAAACTTTCTCTCTTTTGATGAGATCTTCATTACA 4015
|||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4004 TATCGAAGAGTAATGCTATATGTCTCAAACTTTATCTCTTTTGATGAGATCTTCATTACA 4063
Query 4016 AGAAA 4020
|||||
Sbjct 4064 AGAAA 4068
> Ahg935476 jgi|Araly1|935476|scaffold_403464.1
Length=277
Score = 206 bits (111), Expect = 1e-51
Identities = 173/202 (86%), Gaps = 7/202 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2720 AGATATGAAAGGGAAGATTAGAGTTTATTGTCGAATAAGACCTCTAAATGA-AAAAGAGA 2778
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| | ||
Sbjct 18 AGATATGAAAAGGAAGATTAGAGTTTATTGTCGTATAAGACCTTTTAATGAGAAATG-GA 76
Query 2779 GTTCAGAGAGGGAAAAACAAATGCTGACAACTGTGGATGAGTTTACTGTTGAACATCCAT 2838
||||||||| |||||||||||||| ||| ||| ||||| | ||| |||| || ||
Sbjct 77 CTTCAGAGAGCGAAAAACAAATGCTCACAGTTGTTGATGAATGTACACTTGAGTTTCTAT 136
Query 2839 GGAAAGACGACAAAAGAAAGCAA-CACATATATGATCGCGTATTTGACATGCGTGCTAGT 2897
||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 137 GGAAAGACGAC--AAG-AAG-AAGCACATATATGATCATGTATTTGACATGCGTGCTAGT 192
Query 2898 CAAGATGATATCTTTGAAGACA 2919
|||||||||||||||||| |||
Sbjct 193 CAAGATGATATCTTTGAAAACA 214
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155351012986
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5