BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G66420.2 Length=2579 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg496963 jgi|Araly1|496963|fgenesh2_kg.8__2779__AT5G66420.2 3978 0.0 > Ahg496963 jgi|Araly1|496963|fgenesh2_kg.8__2779__AT5G66420.2 Length=2573 Score = 3978 bits (2154), Expect = 0.0 Identities = 2441/2578 (95%), Gaps = 26/2578 (1%) Strand=Plus/Plus Query 21 AAATCCAACAAACAACACCGCATAGAAATCAGACGGCAGTGTTGGATCGGAGGATTTTGA 80 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 AAATCCAACAAACAACATCGCATAGAAATCAGACGGCAGTGTTGGATCGGAGGATTTTGA 60 Query 81 TCTGTGGAGAC----GAATATGAAAGGTGAAACTTATCGAGTGTTCTGTGTCGGAACCGC 136 ||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 61 TCTGTGGAGACAGAAGAAGATGCAAGGCGAAACTTATCGAGTCTTCTGTGTCGGAACCGT 120 Query 137 CGATACCAAGCTTGATGAGCTACGATTCCTTGCTGGATCAGTGCGATCAAATATCGGCGC 196 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 121 CGATACCAAGCTTGATGAGCTACGATTCCTTGCTGGATCAGTGCGATCAAATATTGGCGC 180 Query 197 ATTCTCCAAAAACTCGTCTTCCAAGGTTGAGGTTGTGATTGTGGATGTTTCGGCGGGTGC 256 ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 ATTCTCCAAAAACTCATCTTCCAAGGTCGAGGTTGTGATTGTGGATGTTTCGGCGGGTGC 240 Query 257 TGATCAGAAGCAGATCGATAATGTTGCAGACTTTGCGTTTGTAACAAGAGAAGAAGTTCT 316 ||||| ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TGATCTGAATCAGATCGATATTGTTGCTGACTTTGCGTTTGTAACAAGAGAAGAAGTTCT 300 Query 317 CTCATGCTACATTGGATCGAACCAGGAGGAAAAA-CCGGTTAAACTTCCGGATGATAGAG 375 ||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||| |||||||||| Sbjct 301 CTCCTTCTATTTTGGATCGAACCAGGA-GAAAAAGCCGGTGAAGCTTCCCGATGATAGAG 359 Query 376 GCGAGGCAGTTGGTGTCATGAGCAAATGTCTTGAGAATTTTCTTAGGCAAGCCTTTGAGG 435 |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 360 GCGAGGCAGTTGCTATCATGAGCAAATGTCTTGAGATTTTTCTTAGGCAAGCGTTTGAGG 419 Query 436 ATAATTCTCTTGCTGGGGCTATAGGCCTTGGCGGAAGCGGAGGAACATCGCTCATATCAT 495 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| Sbjct 420 ATAATTCTCTTGCTGGGGCTATAGGCCTTGGCGGAAGCGGAGGAACATCCCTTATAGCAT 479 Query 496 CTGCTTTTAGGTCTCTCCCTATTGGGATTCCTAAGGTCATTGTATCCACTGTGGCCAGTG 555 | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 CCGCTTTTAGGTCTCTCCCCATTGGGATTCCTAAGGTCATTGTATCCACTGTGGCCAGTG 539 Query 556 GTCAAACTGAACCTTATGTTGGGACCTCAGATTTGGTTTTGATCCCTTCTTTAGTAGATG 615 ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| Sbjct 540 GTCTAACCGAACCTTATGTTGGGACCTCAGATTTGGTTTTGATTCCTTCTGTAGTAGATG 599 Query 616 TTTGTGGTATCAACAGTGTTAGCAGGGTGGTCTTTTCAAACGCTGGGGCTTCTTTTGCTG 675 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | Sbjct 600 TTTGTGGTATCAACAGTGTTAGCAGGGTGGTCTTTTCAAATGCTGGGGCTTCTTTTGCGG 659 Query 676 GTATGGTAGTCGGGAGGCTTGAGTTGTTTAGAAGCTCCCCAAGCGATAACGGCAAATGTA 735 ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| Sbjct 660 GTATGGTAGTCGGGAGGCTTGAGGTGTGTAGAAGCTCCTCAAGCGATTACGGGAAATGTA 719 Query 736 CTGTGGGCATAACTATGTTTGGAGTGACAACTCCATGTGTAAATGCAGTCCAGGAGATAT 795 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 CTGTGGGCGTAACTATGTTTGGAGTGACAACTCCATGTGTAAATGCAGTCCAGGAGATAT 779 Query 796 TAACAAGAGAAGGTTATGAGACACTAGTGTTTCATGCCACTGGTGTTGGTGGCAGAGCAA 855 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 780 TAACAAGAGAAGGTTATGAGACACTAGTGTTTCATGCCACAGGTGTCGGTGGCAGAGCAA 839 Query 856 TGGAATCTTTGGTTAAAGAAGGATTT-ATACAGGGAGTAATGGATATTACAACAACCGAG 914 |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 840 TGGAATCTTTGGTTAAAGAAGG-TTTCATACAGGGAGTAATGGATATTACAACAACTGAA 898 Query 915 GTTGCCGACCATCTCGTTGGAGGGGTGATGGCATGCGATAGTTCCCGTTTTGATATCACC 974 ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 899 GTTGCAGATCATGTCGTTGGAGGGGTGATGGCATGCGATAGTTCCCGTTTTGATATTACC 958 Query 975 ATAGAAAAAGGAATACCGTTGGTTTTAAGTGTAGGTGCCTTAGATATGGTGAACTTTGGT 1034 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 ATAGAAAAAGGAATACCGTTGGTTTTAAGTGTAGGGGCCTTAGATATGGTGAACTTTGGT 1018 Query 1035 GGTAAAGATACAATACCTTCTCATTTCCAAACGAGAAAGATTCACGTCCACAACGAACAG 1094 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| Sbjct 1019 GGTAAAGATACAATACCTTCTCATTTCCAAACGAGAAAGATTCATGTTCACAATGAACAG 1078 Query 1095 GTTTCTCTCATCCGAACGACAGCAGAAGAGAATAAGAAA-TTTGCAAGGTTTATAGCAGA 1153 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1079 GTTTCTCTCATCCGAACAACAGCAGAAGAGAATAA-AAAGTTTGCAAGGTTTATAGCAGA 1137 Query 1154 TAAACTGAACAAATCAACATCAAAAGTAAGGGTTTGCATTCCAGAGAAAGGTTTATCTGC 1213 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| Sbjct 1138 TAAACTGAACAAATCAACATCAAAAGTTAGGGTCTGCCTTCCAGAGAAAGGTATATCTGC 1197 Query 1214 ACTGGATGCTCCAGGGAAGCCTTTCTGTGATCCAGAAGCTACTGGTGCTCTCATAAATGA 1273 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1198 ACTGGATGCTCCAGGGAAGCCTTTCTGTGATCCAGAAGCTACCGGTGCTCTCATAAATGA 1257 Query 1274 ATTACAGGGGCTCATTCAAACTAATGATGACAGACAAGTCAATATTTATTCTCACCACAT 1333 ||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| Sbjct 1258 ATTGCAGACGCTCATTCAAACAAATGAAGACAGACAGGTCAATATTTATTCACACCACAT 1317 Query 1334 CAATGACCCTGAGTTTGCAGAGGCATTGGTTGCTTCATTTCTTGAGATTTGTCCAAAAAC 1393 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1318 CAATGACCCTGAGTTTGCAGAGGCATTGGCTGCTTCATTTCTTGAGATTTGTCCAAATAC 1377 Query 1394 TTACGCACAAATCAAACCCTCTGAAACGACTTCGACTAAACCTAGTACTGGAGAGCATGA 1453 || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| Sbjct 1378 CTATGCACAAATCAAACCCTCTGAAACGGCTTCGACTAAGCCTAGTACTAGAGAGCATGA 1437 Query 1454 TGATGGACATGTG---A-G---A--TCGAGGCTTGAAAGGATTCCATACAGTCCTAAAGA 1504 |||||| |||||| | | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 TGATGGGCATGTGTCTAAGGTGAGGTCGAGGCCTGAAAGGATTCCATACAGTCCTAAAGA 1497 Query 1505 GTTTCCCAATGCAAAGCCAGAAACCTTGGAACGAACTCAGGCCATTTTGGGACGGTTGAG 1564 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| Sbjct 1498 TTTTCCCAATGCAAAGCCAGAAACCTTGGAACGAACTCAGACCATTCTGGGACGGCTGAG 1557 Query 1565 AGATCAAATAGAGAAGGGAATACCAATAATTGGGGGAGGTGCTGGTACTGGAATATCTGC 1624 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1558 AGATCAAATAGAGAAGGGAATACCAATAATCGGGGGAGGTGCTGGTACGGGAATATCTGC 1617 Query 1625 AAAGTTTGAGGAAGCTGGTGGGATTGATTTGATAGTGATATACAACTCTGGACGTTTTCG 1684 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1618 AAAGTTTGAGGAAGCTGGTGGGATTGATTTGATAGTGATATACAACTCTGGACGTTTTCG 1677 Query 1685 TATGGCTGGAAGAGGATCCTTAGCAGGCTTACTTCCATTTGCTGATGCCAATGCAGTCGT 1744 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 GATGGCTGGAAGAGGATCCTTAGCAGGCTTACTTCCATTTGCTGATGCCAATGCAGTCGT 1737 Query 1745 GCTTGAAATGGCAAATGAAGTTTTACCTGTAGTGAAGGCGGTGCCTGTTCTGGCTGGGGT 1804 |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 GCTTGAAATGGCAAATGAAGTTTTGCCCGTGGTGAAGGCGGTGCCTGTTCTGGCTGGGGT 1797 Query 1805 GTGCGCAACAGATCCATTTCGTCGTATGGACTATTTCCTGAAGCAGTTGGAGTCCATTGG 1864 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 GTGCGCAACAGATCCATTTCGACGTATGGACTATTTCCTGAAGCAGTTGGAGTCCATTGG 1857 Query 1865 GTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACTGTTGGTCTCTTTGATGGTAATTTTAGACAAAA 1924 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 GTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACTGTTGGTCTCTTTGATGGTAATTTTAGACAAAA 1917 Query 1925 TCTTGAGGAGACAGGAATGGGATATGGTCTTGAAGTTAAAATGATCTCAGAAGCGCACAA 1984 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1918 TCTTGAGGAGACAGGAATGGGATATGGTCTTGAAGTTAAAATGATCTCAGAAGCGCATAA 1977 Query 1985 AATGGGGCTGTTGACCACTCCATATGCTTTCAACCCAAAAGAAGGAGAAGAAATGGCAAA 2044 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1978 GATGGGGCTGTTGACCACTCCATATGCTTTCAACCCGAAAGAAGGAGAAGAAATGGCAAA 2037 Query 2045 AGCGGGAGCTGATATCATAGTAGCCCACATGGGTCTAACGACATCCGGAAATATTGGGGC 2104 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2038 AGCGGGAGCTGATATCATAGTAGCCCACATGGGTCTAACGACATCCGGAAATATTGGGGC 2097 Query 2105 GAAAACCGCAGTTTCAGTGGAAGAAAGCGTTGTTCGTGTACAAGCTATTGCAGATGCTGC 2164 |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2098 GAAAACTGCAGTGTCTGTGGAAGAAAGCGTTGTTCGTGTACAAGCTATTGCAGATGCTGC 2157 Query 2165 TCGTAGATTCAACCCAGACATTATCGTCCTCTGCCACGGAGGTCCGATATCGGGTCCAGA 2224 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2158 TCGTAGATTCAACCCAGACATCATCGTCCTCTGCCACGGAGGTCCGATATCGGGTCCTGA 2217 Query 2225 AGAGGCAGAGTTTGTGTTGAAGAGAACACAGGGTTGTGTCCATGGCTTCTACGGAGCATC 2284 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2218 AGAGGCAGAGTTTGTGTTGAAGAGAACACAGGGTTGTGTCCATGGCTTCTATGGAGCATC 2277 Query 2285 AAGCATGGAAAGGCTACCTGTAGAACAAGCAATAACAAACACTGTTCAAAAATACAAGTC 2344 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 2278 AAGCATGGAAAGGCTACCTGTAGAACAAGCTATAACAAGCACTGTTCAAAAGTACAAGTC 2337 Query 2345 CATATCGATCAAGTGAAGTCAAAATAATAAGTTCACTTAGAAACCTTTATCTTTGGTGTT 2404 |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 2338 CATAGCGATCAAGTGAAGTCAAAGTAATAAGTTCACTTATAAACCTGTATCTTTGGTGTT 2397 Query 2405 TCTAGTATATTTGCATGTGTTGTGGCCTATGGGTGTGGATGTTTCCTTTTGTTGCATGGt 2464 ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| Sbjct 2398 TCTTGTATATG-GCATGTGTTGTGGCCTGTGGGTGTGAATGTTTCCTTTTGTTGAATGGC 2456 Query 2465 tttttttttCTGGTCATCTTTGATTGCCTCTGCAGGATCTTATATGATCTCTAGTTCTGT 2524 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || Sbjct 2457 TTTTTTTTTCTGGTCATCTTTGATTGCCTCTGCAGAATCTTATATGATCTCTAGTTCAGT 2516 Query 2525 ATTACACGTTTTTGTATTTT-A---A-TAAAGTTCATAGTGCTCAACTCTTATCATTT 2577 ||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2517 ATTACACGTTTTT-TATTTTTATTTAATAAAGTTCATAGTTCTCAACTCTTATCATTT 2573 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 97244395485 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5