BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G66420.2
Length=2579
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496963 jgi|Araly1|496963|fgenesh2_kg.8__2779__AT5G66420.2 3978 0.0
> Ahg496963 jgi|Araly1|496963|fgenesh2_kg.8__2779__AT5G66420.2
Length=2573
Score = 3978 bits (2154), Expect = 0.0
Identities = 2441/2578 (95%), Gaps = 26/2578 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 AAATCCAACAAACAACACCGCATAGAAATCAGACGGCAGTGTTGGATCGGAGGATTTTGA 80
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAATCCAACAAACAACATCGCATAGAAATCAGACGGCAGTGTTGGATCGGAGGATTTTGA 60
Query 81 TCTGTGGAGAC----GAATATGAAAGGTGAAACTTATCGAGTGTTCTGTGTCGGAACCGC 136
||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 TCTGTGGAGACAGAAGAAGATGCAAGGCGAAACTTATCGAGTCTTCTGTGTCGGAACCGT 120
Query 137 CGATACCAAGCTTGATGAGCTACGATTCCTTGCTGGATCAGTGCGATCAAATATCGGCGC 196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 CGATACCAAGCTTGATGAGCTACGATTCCTTGCTGGATCAGTGCGATCAAATATTGGCGC 180
Query 197 ATTCTCCAAAAACTCGTCTTCCAAGGTTGAGGTTGTGATTGTGGATGTTTCGGCGGGTGC 256
||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATTCTCCAAAAACTCATCTTCCAAGGTCGAGGTTGTGATTGTGGATGTTTCGGCGGGTGC 240
Query 257 TGATCAGAAGCAGATCGATAATGTTGCAGACTTTGCGTTTGTAACAAGAGAAGAAGTTCT 316
||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGATCTGAATCAGATCGATATTGTTGCTGACTTTGCGTTTGTAACAAGAGAAGAAGTTCT 300
Query 317 CTCATGCTACATTGGATCGAACCAGGAGGAAAAA-CCGGTTAAACTTCCGGATGATAGAG 375
||| | ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| || ||||| ||||||||||
Sbjct 301 CTCCTTCTATTTTGGATCGAACCAGGA-GAAAAAGCCGGTGAAGCTTCCCGATGATAGAG 359
Query 376 GCGAGGCAGTTGGTGTCATGAGCAAATGTCTTGAGAATTTTCTTAGGCAAGCCTTTGAGG 435
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 360 GCGAGGCAGTTGCTATCATGAGCAAATGTCTTGAGATTTTTCTTAGGCAAGCGTTTGAGG 419
Query 436 ATAATTCTCTTGCTGGGGCTATAGGCCTTGGCGGAAGCGGAGGAACATCGCTCATATCAT 495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||
Sbjct 420 ATAATTCTCTTGCTGGGGCTATAGGCCTTGGCGGAAGCGGAGGAACATCCCTTATAGCAT 479
Query 496 CTGCTTTTAGGTCTCTCCCTATTGGGATTCCTAAGGTCATTGTATCCACTGTGGCCAGTG 555
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 CCGCTTTTAGGTCTCTCCCCATTGGGATTCCTAAGGTCATTGTATCCACTGTGGCCAGTG 539
Query 556 GTCAAACTGAACCTTATGTTGGGACCTCAGATTTGGTTTTGATCCCTTCTTTAGTAGATG 615
||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 540 GTCTAACCGAACCTTATGTTGGGACCTCAGATTTGGTTTTGATTCCTTCTGTAGTAGATG 599
Query 616 TTTGTGGTATCAACAGTGTTAGCAGGGTGGTCTTTTCAAACGCTGGGGCTTCTTTTGCTG 675
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 600 TTTGTGGTATCAACAGTGTTAGCAGGGTGGTCTTTTCAAATGCTGGGGCTTCTTTTGCGG 659
Query 676 GTATGGTAGTCGGGAGGCTTGAGTTGTTTAGAAGCTCCCCAAGCGATAACGGCAAATGTA 735
||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||
Sbjct 660 GTATGGTAGTCGGGAGGCTTGAGGTGTGTAGAAGCTCCTCAAGCGATTACGGGAAATGTA 719
Query 736 CTGTGGGCATAACTATGTTTGGAGTGACAACTCCATGTGTAAATGCAGTCCAGGAGATAT 795
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CTGTGGGCGTAACTATGTTTGGAGTGACAACTCCATGTGTAAATGCAGTCCAGGAGATAT 779
Query 796 TAACAAGAGAAGGTTATGAGACACTAGTGTTTCATGCCACTGGTGTTGGTGGCAGAGCAA 855
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 780 TAACAAGAGAAGGTTATGAGACACTAGTGTTTCATGCCACAGGTGTCGGTGGCAGAGCAA 839
Query 856 TGGAATCTTTGGTTAAAGAAGGATTT-ATACAGGGAGTAATGGATATTACAACAACCGAG 914
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 840 TGGAATCTTTGGTTAAAGAAGG-TTTCATACAGGGAGTAATGGATATTACAACAACTGAA 898
Query 915 GTTGCCGACCATCTCGTTGGAGGGGTGATGGCATGCGATAGTTCCCGTTTTGATATCACC 974
||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 899 GTTGCAGATCATGTCGTTGGAGGGGTGATGGCATGCGATAGTTCCCGTTTTGATATTACC 958
Query 975 ATAGAAAAAGGAATACCGTTGGTTTTAAGTGTAGGTGCCTTAGATATGGTGAACTTTGGT 1034
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 ATAGAAAAAGGAATACCGTTGGTTTTAAGTGTAGGGGCCTTAGATATGGTGAACTTTGGT 1018
Query 1035 GGTAAAGATACAATACCTTCTCATTTCCAAACGAGAAAGATTCACGTCCACAACGAACAG 1094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 1019 GGTAAAGATACAATACCTTCTCATTTCCAAACGAGAAAGATTCATGTTCACAATGAACAG 1078
Query 1095 GTTTCTCTCATCCGAACGACAGCAGAAGAGAATAAGAAA-TTTGCAAGGTTTATAGCAGA 1153
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 GTTTCTCTCATCCGAACAACAGCAGAAGAGAATAA-AAAGTTTGCAAGGTTTATAGCAGA 1137
Query 1154 TAAACTGAACAAATCAACATCAAAAGTAAGGGTTTGCATTCCAGAGAAAGGTTTATCTGC 1213
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1138 TAAACTGAACAAATCAACATCAAAAGTTAGGGTCTGCCTTCCAGAGAAAGGTATATCTGC 1197
Query 1214 ACTGGATGCTCCAGGGAAGCCTTTCTGTGATCCAGAAGCTACTGGTGCTCTCATAAATGA 1273
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1198 ACTGGATGCTCCAGGGAAGCCTTTCTGTGATCCAGAAGCTACCGGTGCTCTCATAAATGA 1257
Query 1274 ATTACAGGGGCTCATTCAAACTAATGATGACAGACAAGTCAATATTTATTCTCACCACAT 1333
||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1258 ATTGCAGACGCTCATTCAAACAAATGAAGACAGACAGGTCAATATTTATTCACACCACAT 1317
Query 1334 CAATGACCCTGAGTTTGCAGAGGCATTGGTTGCTTCATTTCTTGAGATTTGTCCAAAAAC 1393
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1318 CAATGACCCTGAGTTTGCAGAGGCATTGGCTGCTTCATTTCTTGAGATTTGTCCAAATAC 1377
Query 1394 TTACGCACAAATCAAACCCTCTGAAACGACTTCGACTAAACCTAGTACTGGAGAGCATGA 1453
|| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1378 CTATGCACAAATCAAACCCTCTGAAACGGCTTCGACTAAGCCTAGTACTAGAGAGCATGA 1437
Query 1454 TGATGGACATGTG---A-G---A--TCGAGGCTTGAAAGGATTCCATACAGTCCTAAAGA 1504
|||||| |||||| | | | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 TGATGGGCATGTGTCTAAGGTGAGGTCGAGGCCTGAAAGGATTCCATACAGTCCTAAAGA 1497
Query 1505 GTTTCCCAATGCAAAGCCAGAAACCTTGGAACGAACTCAGGCCATTTTGGGACGGTTGAG 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 1498 TTTTCCCAATGCAAAGCCAGAAACCTTGGAACGAACTCAGACCATTCTGGGACGGCTGAG 1557
Query 1565 AGATCAAATAGAGAAGGGAATACCAATAATTGGGGGAGGTGCTGGTACTGGAATATCTGC 1624
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1558 AGATCAAATAGAGAAGGGAATACCAATAATCGGGGGAGGTGCTGGTACGGGAATATCTGC 1617
Query 1625 AAAGTTTGAGGAAGCTGGTGGGATTGATTTGATAGTGATATACAACTCTGGACGTTTTCG 1684
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 AAAGTTTGAGGAAGCTGGTGGGATTGATTTGATAGTGATATACAACTCTGGACGTTTTCG 1677
Query 1685 TATGGCTGGAAGAGGATCCTTAGCAGGCTTACTTCCATTTGCTGATGCCAATGCAGTCGT 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GATGGCTGGAAGAGGATCCTTAGCAGGCTTACTTCCATTTGCTGATGCCAATGCAGTCGT 1737
Query 1745 GCTTGAAATGGCAAATGAAGTTTTACCTGTAGTGAAGGCGGTGCCTGTTCTGGCTGGGGT 1804
|||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 GCTTGAAATGGCAAATGAAGTTTTGCCCGTGGTGAAGGCGGTGCCTGTTCTGGCTGGGGT 1797
Query 1805 GTGCGCAACAGATCCATTTCGTCGTATGGACTATTTCCTGAAGCAGTTGGAGTCCATTGG 1864
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GTGCGCAACAGATCCATTTCGACGTATGGACTATTTCCTGAAGCAGTTGGAGTCCATTGG 1857
Query 1865 GTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACTGTTGGTCTCTTTGATGGTAATTTTAGACAAAA 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 GTTCGTTGGTGTCCAGAACTTTCCAACTGTTGGTCTCTTTGATGGTAATTTTAGACAAAA 1917
Query 1925 TCTTGAGGAGACAGGAATGGGATATGGTCTTGAAGTTAAAATGATCTCAGAAGCGCACAA 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1918 TCTTGAGGAGACAGGAATGGGATATGGTCTTGAAGTTAAAATGATCTCAGAAGCGCATAA 1977
Query 1985 AATGGGGCTGTTGACCACTCCATATGCTTTCAACCCAAAAGAAGGAGAAGAAATGGCAAA 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GATGGGGCTGTTGACCACTCCATATGCTTTCAACCCGAAAGAAGGAGAAGAAATGGCAAA 2037
Query 2045 AGCGGGAGCTGATATCATAGTAGCCCACATGGGTCTAACGACATCCGGAAATATTGGGGC 2104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AGCGGGAGCTGATATCATAGTAGCCCACATGGGTCTAACGACATCCGGAAATATTGGGGC 2097
Query 2105 GAAAACCGCAGTTTCAGTGGAAGAAAGCGTTGTTCGTGTACAAGCTATTGCAGATGCTGC 2164
|||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GAAAACTGCAGTGTCTGTGGAAGAAAGCGTTGTTCGTGTACAAGCTATTGCAGATGCTGC 2157
Query 2165 TCGTAGATTCAACCCAGACATTATCGTCCTCTGCCACGGAGGTCCGATATCGGGTCCAGA 2224
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2158 TCGTAGATTCAACCCAGACATCATCGTCCTCTGCCACGGAGGTCCGATATCGGGTCCTGA 2217
Query 2225 AGAGGCAGAGTTTGTGTTGAAGAGAACACAGGGTTGTGTCCATGGCTTCTACGGAGCATC 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2218 AGAGGCAGAGTTTGTGTTGAAGAGAACACAGGGTTGTGTCCATGGCTTCTATGGAGCATC 2277
Query 2285 AAGCATGGAAAGGCTACCTGTAGAACAAGCAATAACAAACACTGTTCAAAAATACAAGTC 2344
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2278 AAGCATGGAAAGGCTACCTGTAGAACAAGCTATAACAAGCACTGTTCAAAAGTACAAGTC 2337
Query 2345 CATATCGATCAAGTGAAGTCAAAATAATAAGTTCACTTAGAAACCTTTATCTTTGGTGTT 2404
|||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2338 CATAGCGATCAAGTGAAGTCAAAGTAATAAGTTCACTTATAAACCTGTATCTTTGGTGTT 2397
Query 2405 TCTAGTATATTTGCATGTGTTGTGGCCTATGGGTGTGGATGTTTCCTTTTGTTGCATGGt 2464
||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2398 TCTTGTATATG-GCATGTGTTGTGGCCTGTGGGTGTGAATGTTTCCTTTTGTTGAATGGC 2456
Query 2465 tttttttttCTGGTCATCTTTGATTGCCTCTGCAGGATCTTATATGATCTCTAGTTCTGT 2524
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2457 TTTTTTTTTCTGGTCATCTTTGATTGCCTCTGCAGAATCTTATATGATCTCTAGTTCAGT 2516
Query 2525 ATTACACGTTTTTGTATTTT-A---A-TAAAGTTCATAGTGCTCAACTCTTATCATTT 2577
||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2517 ATTACACGTTTTT-TATTTTTATTTAATAAAGTTCATAGTTCTCAACTCTTATCATTT 2573
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97244395485
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5