BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G66750.1
Length=2598
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg496925 jgi|Araly1|496925|fgenesh2_kg.8__2741__AT5G66750.1 3988 0.0
> Ahg496925 jgi|Araly1|496925|fgenesh2_kg.8__2741__AT5G66750.1
Length=2568
Score = 3988 bits (2159), Expect = 0.0
Identities = 2324/2405 (97%), Gaps = 6/2405 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 TTTTGAATTTGCTCT-CAAAAGCGACGGAGACGACTGTTTGGCTCGGTGATTTCTCCCGC 61
||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1 TTTTGAATTTGCTCTCCAAAAGCGAC-G-GA-GACTGTTCAGCTCGGTGGTTTCTCCCGC 57
Query 62 CGTTTGGGTTTTTCTTACCGGAATTTCCTTCTCCTTCGATGGTTAGTCTGCGCTCCAGAA 121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 58 CGTTTGGGTTTTTCTTACCGGAATTTCCTTCTCCTTCGATGGTTAGTCTGCGCTCCAAAA 117
Query 122 AAGTTATTCCGGCTTCGGAAATGGTCAGCGACGGGAAAACGGAGAAAGATGCGTCTGGTG 181
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 AATTTATTCCGGCTTCGGAAATGGTCAGCGACGGGAAAACGGAGAAAGATGCGTCTGGTG 177
Query 182 ATTCACCCACTTCTGTTCTCAACGAAGAGGAAAACTGTGAGGAGAAAAGTGTTACTGTTG 241
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 ATTCACCCACTTCTGTTCTCAACGAAGAGGAAAACTGTGAGGAGAAAAGTGTTACTGTTG 237
Query 242 TAGAGGAAGAGATACTTCTAGCCAAAAATGGAGATTCTTCTCTTATTTCTGAAGCCATGG 301
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 TAGAGGAAGAGATACTTTTAGCCAAAAATGGAGATTCATCTCTTATTTCTGAAGCCATGG 297
Query 302 CTCAGGAGGAAGAGCAGCTGCTCAAACTTCGGGAAGATGAAGAGAAAGCTAACAATGCTG 361
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 CTCAGGAGGAAGAGAAGCTGCTCAAAATTCGGGAAGATGAAGAGAAAGCTAACAATGCTG 357
Query 362 GATCTGCTGTTGCTCCTAATCTGAATGAAACTCAGTTTACTAAACTTGATGAGCTCTTGA 421
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 358 GATCTGCTGTTGCTCCTGATCTGAATGAAACTCAGTTTACTAAACTCGATGAGCTCTTGA 417
Query 422 CGCAAACTCAGCTCTACTCTGAGTTTCTCCTTGAGAAAATGGAGGATATCACAATTAATG 481
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 418 CGCAAACTCAGCTCTACTCTGAGTTTCTCCTTGAGAAAATGGAGGATATCACCATTAATG 477
Query 482 GGATAGAAAGTGAGAGCCAAAAAGCTGAGCCCGAGAAGACTGGTCGTGGACGCAAAAGAA 541
|||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 478 GGATAGAAGGTGAGAGCCAAAAAGCTGAGCCTGAGAAGACTGGTCGTGGACGCAAACGAA 537
Query 542 AGGCTGCTTCTCAGTACAACAATACTAAGGCTAAGAGAGCGGTTGCTGCTATGATTTCAA 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 AGGCTGCTTCTCAGTACAACAATACTAAGGCTAAGAGAGCGGTTGCTGCTATGATTTCAA 597
Query 602 GATCTAAAGAAGATGGTGAGACCATCAACTCAGATCTGACAGAGGAAGAAACAGTCATCA 661
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 598 GATCTAAAGAAGATGGTGACACCACCAACTCAGATCTGACAGAGGAAGAAAGAGTCATGA 657
Query 662 AACTGCAGAATGAACTTTGTCCTCTTCTCACTGGTGGACAGTTAAAGTCTTATCAGCTTA 721
|| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AAGAGCAGGGTGAACTATGTCCTCTTCTCACTGGTGGACAGTTAAAGTCTTATCAGCTTA 717
Query 722 AAGGTGTCAAATGGCTAATATCATTGTGGCAGAATGGTTTGAATGGAATATTAGCTGATC 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 718 AAGGTGTCAAATGGCTAATATCATTGTGGCAGAATGGTTTGAATGGAATCTTAGCTGATC 777
Query 782 AAATGGGACTTGGAAAGACGATTCAAACGATCGGTTTCTTATCACATCTGAAAGGGAATG 841
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 778 AAATGGGACTTGGAAAGACAATTCAAACGATTGGTTTCTTATCACATCTGAAAGGAAATG 837
Query 842 GGTTGGATGGTCCATATCTAGTCATTGCTCCACTGTCTACACTTTCAAATTGGTTCAATG 901
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GGTTGGACGGTCCATATCTAGTCATAGCTCCACTGTCTACACTTTCAAATTGGTTCAATG 897
Query 902 AGATTGCTAGGTTCACGCCTTCCATCAATGCAATCATCTACCATGGGGATAAAAATCAAA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 898 AGATTGCTAGGTTCACGCCTTCCATCAATGCAATCATCTACCATGGGGATAAAAAACAAA 957
Query 962 GGGATGAGCTCAGGAGGAAGCACATGCCTAAAACTGTTGGTCCCAAGTTCCCTATAGTTA 1021
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 958 GGGATGAGCTCAGGAGGAAGCACATGCCCAAAACTGTTGGTCCGAAGTTCCCTATAGTTA 1017
Query 1022 TTACTTCTTATGAGGTTGCCATGAATGATGCTAAAAGAATTCTGCGGCACTATCCATGGA 1081
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTACTTCATATGAGGTTGCTATGAATGATGCTAAAAGAAATCTGCGGCACTATCCATGGA 1077
Query 1082 AATATGTTGTGATTGATGAGGGCCACAGGTTGAAAAACCACAAGTGTAAATTGTTGAGGG 1141
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 AATATGTTGTTATTGATGAGGGCCACAGGTTGAAAAACCACAAGTGTAAATTGTTGAGGG 1137
Query 1142 AACTAAAACACTTGAAGATGGATAACAAACTTCTGCTGACAGGAACACCTCTGCAAAATA 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AACTAAAACACTTGAAGATGGATAACAAACTTCTGCTGACAGGAACACCTCTGCAAAATA 1197
Query 1202 ATCTT-TCTGAGCTTTGGTCTTTGTTAAATTTTATTCTGCCTGACATCTTTACATCACAT 1260
|| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1198 AT-TTGTCTGAGCTTTGGTCACTGTTGAATTTTATTCTGCCTGACATCTTTACATCGCAT 1256
Query 1261 GATGAATTTGAATCATGGTTTGATTTTTCTgaaaagaacaaaaacgaagcaaccaaggaa 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 GATGAATTTGAATCATGGTTTGATTTTTCTGAAAAGAACAAAAACGAAGCAACCAAGGAA 1316
Query 1321 gaagaagagaaaagaagaGCTCAAGTTGTTTCCAAACTTCATGGTATACTACGACCATTC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1317 GAAGAAGAGAAAAGAAGAGCTCAAGTTGTTTCCAAACTTCATGGTATACTACGACCATTC 1376
Query 1381 ATCCTTCGAAGAATGAAATGTGATGTTGAGCTCTCACTTCCACGGAAAAAGGAGATTATA 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1377 ATCCTTCGAAGAATGAAATGTGATGTTGAGCTCTCGCTTCCGCGGAAAAAGGAGATTATA 1436
Query 1441 ATGTATGCTACAATGACTGATCATCAGAAAAAGTTCCAGGAACATCTGGTGAATAACACG 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1437 ATGTATGCTACAATGACTGATCATCAGAAAAAGTTCCAGGAACATCTCGTGAATCACACG 1496
Query 1501 TTGGAAGCACATCTTGGAGAGAATGCCATCCGAGGTCAAGGCTGGAAGGGAAAGCTTAAC 1560
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TTGGAAGCACATCTTGGAGAGAATGCTATCCGAGGTCAAGGCTGGAAGGGAAAGCTTAAC 1556
Query 1561 AACCTGGTCATTCAACTTCGAAAGAACTGCAACCATCCTGACCTTCTCCAGGGGCAAATA 1620
|||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 AACCTGATGGTTCAACTTCGGAAGAACTGCAACCATCCTGACCTTCTCCAGGGGCAAATA 1616
Query 1621 GATGGTTCATATCTCTACCCTCCTGTTGAAGAGATTGTTGGACAGTGTGGTAAATTCCGC 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GATGGTTCATATCTCTACCCTCCTGTTGAAGAAATTGTTGGACAGTGTGGTAAATTCCGC 1676
Query 1681 TTATTGGAGAGATTACTTGTTCGGTTATTTGCCAATAATCACAAAGTCCTTATCTTCTCC 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1677 TTATTGGAGAGATTACTTGTTCGGTTATTTGCCAATAATCACAAAGTCCTAATCTTCTCC 1736
Query 1741 CAATGGACGAAACTTTTGGACATTATGGATTACTACTTCAGTGAGAAGGGGTTTGAGGTT 1800
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 CAATGGACGAAACTCTTGGACATAATGGATTACTACTTCAGTGAGAAGGGGTTTGAGGTT 1796
Query 1801 TGCAGAATCGATGGCAGTGTGAAGCTGGATGAAAGGAGAAGACAGATTAAAGATTTCAGT 1860
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1797 TGCAGAATCGATGGCAATGTGAAGCTGGATGAAAGGAGAAGACAGATCAAAGATTTCAGT 1856
Query 1861 GATGAGAAGAGCAGCTGTAGTATATTTCTCCTGAGTACCAGAGCTGGAGGACTCGGAATC 1920
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GATGAGAAGAGCAGCTGTAGTATCTTTCTCCTCAGTACCAGAGCTGGAGGACTCGGAATC 1916
Query 1921 AATCTTACTGCTGCTGATACATGCATCCTCTATGACAGCGACTGGAACCCTCAAATGGAC 1980
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 AATCTTACTGCTGCTGATACATGCATCCTCTACGACAGCGACTGGAACCCTCAAATGGAC 1976
Query 1981 TTGCAAGCCATGGACAGATGCCACAGAATCGGGCAGACGAAACCTGTTCATGTTTATAGG 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 TTGCAAGCCATGGACAGATGCCACAGAATCGGGCAGACGAAACCTGTTCATGTTTATAGG 2036
Query 2041 CTTTCCACGGCTCAGTCGATAGAGACCCGGGTTCTGAAACGAGCGTACAGTAAGCTCAAG 2100
||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2037 CTTTCAACGGCTCAGTCGGTAGAGACCCGGGTTCTGAAACGAGCGTACAGCAAGCTCAAG 2096
Query 2101 CTGGAACATGTGGTTATTGGCCAAGGGCAGTTTCATCAAGAACGTGCCAAGTCTTCAACA 2160
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 CTGGAACATGTGGTTATTGGCAAAGGGCAGTTTCATCAAGAACGTGCCAAGTCTTCAACA 2156
Query 2161 CCTTTAGAGGAAGAGGACATACTGGCGTTGCTTAAGGAAGATGAAACTGCTGAAGATAAG 2220
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 CCTCTAGAGGAAGAGGACATATTGGCGTTGCTTAAGGAAGATGAAACTGCTGAAGATAAA 2216
Query 2221 TTGATACAAACCGATATAAGCGATGCGGATCTTGACAGGTTACTTGACCGGAGTGACCTG 2280
|||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CTGATACAAACCGATATAAGCGATGAGGATCTGGACAGGTTGCTTGACCGGAGTGACCTG 2276
Query 2281 ACAATTACTGCACCGGGAGAGACACAAGCTGCTGAAGCTTTTCCAGTGAAGGGTCCAGGT 2340
||| |||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 ACAGTTACTGCAACGGGGGAGACACAAGCTGATGAAGCTTTTCCAGTGAAGGGTCCAGGT 2336
Query 2341 TGGGAAGTGGTCCTGCCTAGTTCGGGAGGAATGCTGTCTTCCCTGAACAGTTAGGACACA 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2337 TGGGAAGTGGTCCTGCCTAGTTCGGGAGGAATGCTGTCTTCCCTGAACAGTTAGGACCCA 2396
Query 2401 TTAAT 2405
|||||
Sbjct 2397 TTAAT 2401
Score = 252 bits (136), Expect = 1e-65
Identities = 158/168 (94%), Gaps = 4/168 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 2435 ttttttttttttttCCGGAACATGA-TCGGTTACTTTTGGCTGGGAGGATTTAATTATTA 2493
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2401 TTTTTTCTTTTTTTCCGGAACATGACTCGGTTACTTTTGGCTGGAAGGATTTGATTATTA 2460
Query 2494 GAGGGCTCGGAAGTTTTTGTAAGTTAAAGAACTCAC-T--TAAAACCCTGAAAACATGAC 2550
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2461 GAGGGATCGGAAGTTTTTGTAAGTTAAAGAACTCACTTAATAAAACCCTGAAAACATGAG 2520
Query 2551 AGTTAATGGTGATTAGCTCTCAATGTGATGAAAACAATTGGCCCTCTG 2598
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2521 AGTTAATGGTGAATAGCTCTCAATGTGATGAAAACAATTGGCCCTCTG 2568
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97968110140
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5