BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G67320.1
Length=2101
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951489 jgi|Araly1|951489|scaffold_803376.1 3072 0.0
> Ahg951489 jgi|Araly1|951489|scaffold_803376.1
Length=1895
Score = 3072 bits (1663), Expect = 0.0
Identities = 1816/1889 (96%), Gaps = 14/1889 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 97 TAGGATTTGGCTGTGGAGATGTCTTCACTTACCTCCGTCGAATTGAATTTTCTGGTTTTC 156
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3 TAGGAATTGGCTGTGGAGATGTCTTCACTCACCTCCGTCGAATTGAATTTTCTGGTTTTC 62
Query 157 CGATATCTTCAGGAATCAGGGTTTACACACGCTGCATTCACTCTAGGTTATGAGGCAGGG 216
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 CGATATCTTCAGGAATCAGGGTTTACACACTCTGCATTCACTCTAGGTTATGAGGCAGGG 122
Query 217 ATTAATAAATCCAACATTGATGGGAATATGGTTCCACCTGGTGCTCTTATCAAATTTGTT 276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 ATTAATAAATCCAACATTGATGGGAATATGGTTCCACCTGGTGCTCTTATCAAATTTGTT 182
Query 277 CAGAAAGGTCTTCAGTACATGGAGATGGAAGCTAATTTGAGCAATAGTGAAGTGGACATT 336
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 CAGAAAGGACTCCAGTACATGGAGATGGAAGCTAATTTGAGCAATAGTGAAGTGGACATT 242
Query 337 GATGAGGATTTCTCATTCTTTCAACCCTTGGATCTGATTTCAAAGGATGTAAAGGAACTG 396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 243 GATGAGGATTTCTCATTCTTTCAACCCTTGGATCTGATTTCAAAGGATGTTAAGGAACTG 302
Query 397 CAGGATATGCTgagggaaaagaagaggaaagagagggatatggagaaggaaagagacaga 456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 303 CAGGATATGCTGAGGGAAAAGAAGAGGAAAGAGAGGGATAGGGAGAAGGAAAGAGACAGG 362
Query 457 tctaaagaaaacgataaagGGGTTGAACGAGAACATGAAGGAGATCGCAACCGAGCTAAG 516
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 363 TCTAAAGAAAACGATAAAGAGGTTGAACGAGAACATGAAGGTGATCGCAACCGAGCTAAG 422
Query 517 GAAAAGGATAGGCACgagaagcagaaggaacgagagagggaaagggaaaaattggaacgt 576
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 GAAAAGGATAGGCACGAGAAACAGAAGGAACGAGAGAGGGAAAGGGAAAAATTGGAACGT 482
Query 577 gaaaaggagagggaaagagagaagatagaacgagaaaaggaacgggaaagggagaagatg 636
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 483 GAAAAGGAGAGGGAAAGAGAGAAGATAGAACGAGAAAAGGAACGAGAAAGGGAGAAGATG 542
Query 637 gaacgggaaaTATTTgagagggagaaggatagattgaaattagagaaagaaagagaaata 696
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 GAACGGGAAATATTCGAGAGGGAGAAGGAAAGATTGAAATTAGAGAAAGAAAGAGAAATG 602
Query 697 gaacgggagagggaaagagagaagatagagagggaaaagagCCATGAAAAACAGCTTGGA 756
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 603 GAACGGGAGAGGGAAAGAGAGAAGATAGAGAGGGAAAAGGGCCATGAAAAACAGCTTGGA 662
Query 757 GATGCTGATAGGGAAATGGTTATTGACCAAACTGACAAAGAAATTGCT--GG-----G-G 808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |
Sbjct 663 GATGCTGATAGGGAAATGGTTATTGACCAAACTGACAAAGAAAATGCTGGGGATCTTGAG 722
Query 809 -AT--G-GTTCTACAGGCGCAGAACCTATGGATATTGTTATGACTCCCACATCTCAGACA 864
|| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||
Sbjct 723 CATGGGCGTTCTACAGGCGCAGAACCTATGGATATCGTGATGACTCCTACATCTCTGACA 782
Query 865 AGTCACATTCCTAATTCTGATGTGAGGATTTTGGAAGGGCATACTTCTGAGGTTTGTGCT 924
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 783 AGTCACATTCCTAGTTCTGATGTGAGGATTTTGGAAGGGCATACTTCCGAGGTTTGTGCT 842
Query 925 TGCGCATGGAGTCCCTCAGCTTCACTTCTTGCGTCAGGGTCTGGTGATGCAACAGCGCGA 984
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TGCGCATGGAGTCCCTCGGCTTCACTTCTTGCGTCAGGGTCTGGTGATGCAACAGCGCGT 902
Query 985 ATCTGGAGTATTCCGGAAGGATCATTCAAAGCTGTGCATACTGGTCGTAATATCAACGCT 1044
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 903 ATCTGGAGTATTCCGGAAGGATCATTCAAATCTGTGCATACTGGTCGGAATATCAACGCT 962
Query 1045 TTAATCCTGAAGCATGCAAAAGGCAAGTCAAACGAGAAGAGCAAGGATGTGACCACTCTT 1104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TTAATCCTGAAGCATGCAAAAGGCAAGTCAAACGAGAAGAGCAAGGATGTGACCACTCTT 1022
Query 1105 GACTGGAATGGTGAAGGGACTTTACTTGCAACTGGTTCATGTGATGGCCAAGCAAGAATC 1164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 GACTGGAATGGTGAAGGGACTTTACTTGCAACTGGTTCATGTGATGGCCAAGCAAGAATC 1082
Query 1165 TGGACTTTAAATGGTGAACTGATAAGTACTCTTAGCAAACACAAGGGACCTATTTTTTCC 1224
|||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 TGGAATTTAAATGGTGACCTGATAAGTACTCTGAGCAAACACAAGGGACCTATTTTTTCC 1142
Query 1225 CTTAAGTGGAACAAGAAGGGGGACTATCTTCTAACCGGTAGTGTTGATAGAACTGCTGTT 1284
|||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 CTTAAGTGGAACAAGAAGGGTGACTATCTTTTAACTGGCAGTGTTGATAGAACTGCTGTT 1202
Query 1285 GTTTGGGACGTAAAGGCAGAGGAGTGGAAGCAACAATTTGAATTTCATTCAGGTCCAACA 1344
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 GTTTGGGACGTAAAGGCAGAGGAGTGGAAGCAGCAATTTGAATTTCATTCAGGTCCAACA 1262
Query 1345 CTTGATGTTGATTGGCGCAACAATGTATCTTTTGCAACGAGTTCCACGGACAGCATGATC 1404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 CTTGATGTTGATTGGCGCAACAATGTATCTTTTGCAACGAGTTCCACGGACAGCATGATC 1322
Query 1405 TACTTATGTAAGATTGGAGAAACTAGGCCTGCCAAAACCTTTACTGGGCATCAGGGTGAG 1464
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 1323 TACTTATGTAAGATTGGAGAAACTAGGCCGGCCAAAATCTTTGCTGGGCATCAGGGTGAG 1382
Query 1465 GTCAACTGTGTGAAATGGGATCCTACTGGTTCATTATTGGCCTCATGCTCAGATGATAGT 1524
|| || || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1383 GTTAATTGCGTGAAATGGGATCCTACTGGCTCATTATTGGCCTCATGCTCAGATGACAGC 1442
Query 1525 ACTGCTAAGATATGGAATATAAAACA-AAGCACCTTTGTTCATGACCTCCGAGAGCATAC 1583
||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 ACTGCTAAGATATGGAATATAAAGCAGAA-CACCTTTGTTCATGACCTCCGAGAGCATAC 1501
Query 1584 TAAGGAAATTTATACAATCAGATGGAGCCCTACAGGACCAGGAACTAACAATCCTAACAA 1643
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 TAAGGAAATTTATACAATCAGATGGAGCCCGACAGGACCAGGAACTAACAATCCTAACAA 1561
Query 1644 ACAGCTAACTCTTGCAAGTGCATCATTTGACTCAACAGTAAAGCTATGGGATGCAGAACT 1703
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 ACAGCTAACTCTTGCGAGTGCATCATTTGACTCATCAGTAAAGCTATGGGATGCAGAACT 1621
Query 1704 CGGGAAGATGCTCTGTAGTTTCAATGGACACAGGGAACCGGTTTACTCACTGGCGTTTAG 1763
||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1622 CGGAAAGATGCTATGTAGTTTCAACGGACACAGGGAACCGGTATACTCACTGGCATTTAG 1681
Query 1764 TCCAAACGGGGAGTACATAGCGAGTGGGTCTTTGGACAAATCGATACACATATGGTCGAT 1823
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1682 TCCAAACGGGGAGTACATAGCGAGTGGGTCTTTGGACAGATCGATACACATATGGTCGAT 1741
Query 1824 TAAAGAAGGTAAAATCGTAAAGACATACACAGGAAATGGAGGGATATTCGAAGTGTGTTG 1883
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 AAAAGAAGGTAAAATCGTAAAGACATACACAGGAAATGGAGGGATATTCGAAGTGTGTTG 1801
Query 1884 GAACAAAGAAGGTAACAAAATCGCAGCTTGCTTCGCTGATAACTCAGTTTGCGTTCTTGA 1943
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1802 GAATAAAGAAGGTAACAAAATCGCAGCTTGCTTTGCTGATAACTCAGTCTGCGTTCTTGA 1861
Query 1944 TTTCAGAATGTAGTTTTCTTAATTGTAGT 1972
|||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1862 TTTCAGAATGTAGTTTTCTTAACTGTAGT 1890
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79037258375
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5