BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G67570.1 Length=2460 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg951457 jgi|Araly1|951457|scaffold_803344.1 3009 0.0 > Ahg951457 jgi|Araly1|951457|scaffold_803344.1 Length=1906 Score = 3009 bits (1629), Expect = 0.0 Identities = 1753/1814 (97%), Gaps = 4/1814 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGATGCTTCGGTGGTGAGATTTTCCCAATCGCCGGCAAGAGTGCCACCGGAATTTGAA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 21 ATGGATGCTTCGGTGGTGAGATTTTCCCAATCGCCGGCAAGAGTGCCGCCGGAATTTGAA 80 Query 61 CCAGATATGGAGAAGATTAAACGGAGGCTGCTCAAGTACGGTGTTGATCCAACCCCCAAA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 81 CCAGATATGGAGAAGATTAAACGGAGGCTGCTCAAGTACGGTGTTGATCCCACCCCCAAA 140 Query 121 ATCCTGAACAATCTCCGAAAGAAAGAAATTCAAAAACACAACCGTAGAACCAAGCGCGAA 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 141 ATCCTGAACAATCTCCGAAAGAAAGAAATTCAAAAACACAACCGTAGAACCAAGCGCGAA 200 Query 181 ACCGAGTCCGAGGCGGAGGTGTATACGGAGGCGCAGAAACAATCAATGGAGGAAGAAGCT 240 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| Sbjct 201 ACCGAGTCAGAGGCGGAGGTGTATACGGAGGCGCAGAAGCAGTCTATGGAGGAAGAAGCT 260 Query 241 CGTTTTCAAACCCTTAGACGGGAATACAAGCAATTCACGAGGTCAATTTCTGGAAAAAGG 300 ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 261 CGTTTCCAAACCCTAAGACGGGAATACAAGCAATTCACGAGGTCAATTTCTGGAAAAAGT 320 Query 301 GGCGGCGATGTTGGTTTGATGGTTGGGAATCCATGGGAAGGAATCGAGAGAGTGAAGCTG 360 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 321 GGCGGCGATGTTGGTTTGATGGTGGGGAATCCATGGGAAGGAATCGAGAGAGTGAAGCTG 380 Query 361 AAGGAGCTCGTTAGTGGCGTTC-GGAGAGAAGAGGTTAGTGCTGGTGAATTGAAGAAAGA 419 ||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 381 AAGGAGCTCGTTAGTGGTG-TCAGGAGAGAAGAAGTTAGTGGTGGTGAATTGAAGAAAGA 439 Query 420 GAATCTAAAAGAGTTGAAGAAGATACTTGAGAAGGATCTTCGTTGGGTTCTAGACGACGA 479 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| Sbjct 440 GAATCTAAAAGAGCTGAAGAAGATACTTGAGAAGGATCTTCGCTGGGTTCTAGAAGACGA 499 Query 480 CGTTGATGTGGAAGAATTTGATTTGGACAAAGAATTTGATCCTGCGAAACGGTGGCGTAA 539 ||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 500 CGTTGATGTGGAAGAGTATGATATGGACAAAGAATTTGATCCTGCGAGACGGTGGCGTAA 559 Query 540 CGAAGGAGAAGCAGTCAGAGTTCTCGTTGACAGATTGAGTGGTAGAGAAATCAATGAGAA 599 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 560 CGAAGGAGAAGCAGTCAGAGTTCTCGTTGACAGATTGAGTGGTAGAGAAATCACTGAGAA 619 Query 600 GCATTGGAAGTTTGTGAGAATGATGAATCAATCAGGGCTTCAGTTCACTGAAGATCAGAT 659 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 620 GCATTGGAAGTTTGTGAGGATGATGAATCAATCAGGGCTTCAGTTCACTGAAGATCAGAT 679 Query 660 GCTTAAGATCGTTGATCGATTGGGACGTAAACAGAGCTGGAAACAAGCTTCAGCTGTTGT 719 ||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 680 GCTTAAGATTGTTGATCGATTGGGACGTAAAAACAGCTGGAAACAAGCTTCAGCTGTTGT 739 Query 720 TCATTGGGTGTATTCTGATAAAAAGCGTAAACATC-TTAGGAGCAGATTTGTTTACACCA 778 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 740 TCATTGGGTGTATTCTGATAAGAAGCGTAAACA-CAATAGGAGCAGATTTGTTTACACCA 798 Query 779 AGCTTTTGTCCGTTCTTGGGTTTGCGAGGAGGCCACAGGAAGCTCTTCAGATATTCAATC 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 799 AGCTTTTGTCCGTTCTTGGGTTTGCGAGGAGGCCTCAGGAAGCTCTTCAGATATTCAATC 858 Query 839 AGATGCTTGGTGATCGCCAGTTATATCCTGATATGGCGGCGTACCACTGTATTGCTGTAA 898 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 859 AGATGCTTGGTGATCGCCAGTTGTATCCTGATATGGCGGCGTACCACAGTATTGCTGTAA 918 Query 899 CACTTGGGCAAGCGGGTTTATTGAAGGAGTTGCTTAAAGTAATCGAGCGTATGAGGCAGA 958 ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 919 CACTTGGACAAGCGGGCTTATTGAAGGAGTTGCTTAAAGTAATCGAGCGTATGAGGCAGA 978 Query 959 AACCGACTAAACTAACTAAGAATTTGCGGCAAAAGAACTGGGATCCTGTGCTTGAACCTG 1018 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 979 AACCGACTAAACTAATTAAGAATTTGCGGCAAAAGAACTGGGATCCTGTGCTTGAACCCG 1038 Query 1019 ACTTGGTTGTATACAACGCTATTCTTAACGCTTGTGTTCCAACACTCCAATGGAAGGCTG 1078 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1039 ACTTGGTTGTATACAATGCTATTCTTAACGCTTGTGTTCCAACACTCCAATGGAAGGCTG 1098 Query 1079 TTTCATGGGTATTTGTAGAGTTAAGAAAAAATGGTTTGAGGCCTAATGGAGCTACATATG 1138 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1099 TTTCATGGGTATTTGTAGAGTTAAGAAAAAATGGTTTGAGGCCTAATGGAGCTACATATG 1158 Query 1139 GGCTTGCGATGGAGGTTATGCTGGAGTCAGGGAAGTTTGATCGTGTTCACGAtttttttA 1198 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1159 GGCTTGCGATGGAGGTTATGCTGGAGTCAGAGAAGTATGATCGTGTTCACGATTTTTTTA 1218 Query 1199 GGAAGATGAAAAGCAGTGGCGAAGCTCCAAAAGCAATCACATACAAGGTTCTTGTCCGAG 1258 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1219 GGAAGATGAAAAGCAGTGGCGAAGCTCCAAAAGCAATTACATACAAGGTTCTTGTCCGAG 1278 Query 1259 CTCTCTGGAGAGAAGGCAAGATCGAAGAAGCTGTTGAAGCAGTCAGAGATATGGAACAAA 1318 |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1279 CTCTTTGGAGAGAAGGCAAAATCGAGGAAGCTGTTGAAGCAGTCAGAGATATGGAACAAA 1338 Query 1319 AGGGAGTTATAGGAACGGGTTCAGTTTACTATGAATTGGCATGCTGTCTGTGCAACAACG 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1339 AGGGAGTTATAGGAACGGGTTCAGTTTACTATGAATTGGCATGCTGTCTGTGCAACAACG 1398 Query 1379 GGCGTTGGTGCGATGCAATGCTCGAAGTGGGGAGGATGAAAAGACTTGAAAATTGCAGGC 1438 |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1399 GGCGTTGGCGCGATGCAATGCTTGAAGTGGGGAGGATGAAAAGACTTGAAAATTGCAGGC 1458 Query 1439 CGCTCGAGATTACCTTCACAGGACTCATAGCCGCTTCATTGAACGGTGGTCATGTTGATG 1498 |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1459 CGCTTGAGATTACCTTCACAGGACTCATAGCGGCTTCATTGAACGGTGGTCATGTTGATG 1518 Query 1499 ATTGCATGGCTATATTCCAATATATGAAAGATAAATGTGATCCGAATATAGGAACTGCGA 1558 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| Sbjct 1519 ATTGCATGGCTATATTCCAATATATGAAAGATAAATGCGACCCGAATATAGGAACTGCGA 1578 Query 1559 ACATGATGCTTAAAGTTTACGGAAGGAATGATATGTTTTCAGAAGCTAAAGAATTGTTTG 1618 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1579 ACATGATGCTTAGAGTTTACGGAAGGAATGATATGTTTTCGGAAGCTAAAGAATTGTTTG 1638 Query 1619 AAGAGATTGTCAGCAGAAAAGAGACTCATTTAGTTCCAAACGAGTATACATACAGCTTCA 1678 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1639 AAGAGATTGTCAGCAGAAAAGAGACTCATCTAGTTCCAAACGAGTATACATACAACTTCA 1698 Query 1679 TGCTTGAAGCTTCAGCTAGATCACTGCAATGGGAATACTTTGAACATGTGTATCAAACGA 1738 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 1699 TGCTTGAAGCTTCAGCTAGATCACTGCAATGGGAATACTTTGAGCATGTTTATCAGACGA 1758 Query 1739 TGGTTCTTTCTGGTTACCAAATGGATCAAACAAAACATGCATCAATGCTGATAGAAGCAT 1798 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1759 TGATTCTTTCTGGTTACCAAATGGATCAAACAAAACATGCATCAATGCTTATAGAAGCAT 1818 Query 1799 CAAGAGCCGGGAAG 1812 | |||||||||||| Sbjct 1819 CCAGAGCCGGGAAG 1832 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 92711656330 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5