BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G67570.1
Length=2460
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg951457 jgi|Araly1|951457|scaffold_803344.1 3009 0.0
> Ahg951457 jgi|Araly1|951457|scaffold_803344.1
Length=1906
Score = 3009 bits (1629), Expect = 0.0
Identities = 1753/1814 (97%), Gaps = 4/1814 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGCTTCGGTGGTGAGATTTTCCCAATCGCCGGCAAGAGTGCCACCGGAATTTGAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 21 ATGGATGCTTCGGTGGTGAGATTTTCCCAATCGCCGGCAAGAGTGCCGCCGGAATTTGAA 80
Query 61 CCAGATATGGAGAAGATTAAACGGAGGCTGCTCAAGTACGGTGTTGATCCAACCCCCAAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 81 CCAGATATGGAGAAGATTAAACGGAGGCTGCTCAAGTACGGTGTTGATCCCACCCCCAAA 140
Query 121 ATCCTGAACAATCTCCGAAAGAAAGAAATTCAAAAACACAACCGTAGAACCAAGCGCGAA 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 ATCCTGAACAATCTCCGAAAGAAAGAAATTCAAAAACACAACCGTAGAACCAAGCGCGAA 200
Query 181 ACCGAGTCCGAGGCGGAGGTGTATACGGAGGCGCAGAAACAATCAATGGAGGAAGAAGCT 240
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||
Sbjct 201 ACCGAGTCAGAGGCGGAGGTGTATACGGAGGCGCAGAAGCAGTCTATGGAGGAAGAAGCT 260
Query 241 CGTTTTCAAACCCTTAGACGGGAATACAAGCAATTCACGAGGTCAATTTCTGGAAAAAGG 300
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 CGTTTCCAAACCCTAAGACGGGAATACAAGCAATTCACGAGGTCAATTTCTGGAAAAAGT 320
Query 301 GGCGGCGATGTTGGTTTGATGGTTGGGAATCCATGGGAAGGAATCGAGAGAGTGAAGCTG 360
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 GGCGGCGATGTTGGTTTGATGGTGGGGAATCCATGGGAAGGAATCGAGAGAGTGAAGCTG 380
Query 361 AAGGAGCTCGTTAGTGGCGTTC-GGAGAGAAGAGGTTAGTGCTGGTGAATTGAAGAAAGA 419
||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 381 AAGGAGCTCGTTAGTGGTG-TCAGGAGAGAAGAAGTTAGTGGTGGTGAATTGAAGAAAGA 439
Query 420 GAATCTAAAAGAGTTGAAGAAGATACTTGAGAAGGATCTTCGTTGGGTTCTAGACGACGA 479
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 440 GAATCTAAAAGAGCTGAAGAAGATACTTGAGAAGGATCTTCGCTGGGTTCTAGAAGACGA 499
Query 480 CGTTGATGTGGAAGAATTTGATTTGGACAAAGAATTTGATCCTGCGAAACGGTGGCGTAA 539
||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 500 CGTTGATGTGGAAGAGTATGATATGGACAAAGAATTTGATCCTGCGAGACGGTGGCGTAA 559
Query 540 CGAAGGAGAAGCAGTCAGAGTTCTCGTTGACAGATTGAGTGGTAGAGAAATCAATGAGAA 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 560 CGAAGGAGAAGCAGTCAGAGTTCTCGTTGACAGATTGAGTGGTAGAGAAATCACTGAGAA 619
Query 600 GCATTGGAAGTTTGTGAGAATGATGAATCAATCAGGGCTTCAGTTCACTGAAGATCAGAT 659
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 GCATTGGAAGTTTGTGAGGATGATGAATCAATCAGGGCTTCAGTTCACTGAAGATCAGAT 679
Query 660 GCTTAAGATCGTTGATCGATTGGGACGTAAACAGAGCTGGAAACAAGCTTCAGCTGTTGT 719
||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 GCTTAAGATTGTTGATCGATTGGGACGTAAAAACAGCTGGAAACAAGCTTCAGCTGTTGT 739
Query 720 TCATTGGGTGTATTCTGATAAAAAGCGTAAACATC-TTAGGAGCAGATTTGTTTACACCA 778
||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 TCATTGGGTGTATTCTGATAAGAAGCGTAAACA-CAATAGGAGCAGATTTGTTTACACCA 798
Query 779 AGCTTTTGTCCGTTCTTGGGTTTGCGAGGAGGCCACAGGAAGCTCTTCAGATATTCAATC 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 799 AGCTTTTGTCCGTTCTTGGGTTTGCGAGGAGGCCTCAGGAAGCTCTTCAGATATTCAATC 858
Query 839 AGATGCTTGGTGATCGCCAGTTATATCCTGATATGGCGGCGTACCACTGTATTGCTGTAA 898
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 859 AGATGCTTGGTGATCGCCAGTTGTATCCTGATATGGCGGCGTACCACAGTATTGCTGTAA 918
Query 899 CACTTGGGCAAGCGGGTTTATTGAAGGAGTTGCTTAAAGTAATCGAGCGTATGAGGCAGA 958
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 CACTTGGACAAGCGGGCTTATTGAAGGAGTTGCTTAAAGTAATCGAGCGTATGAGGCAGA 978
Query 959 AACCGACTAAACTAACTAAGAATTTGCGGCAAAAGAACTGGGATCCTGTGCTTGAACCTG 1018
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 979 AACCGACTAAACTAATTAAGAATTTGCGGCAAAAGAACTGGGATCCTGTGCTTGAACCCG 1038
Query 1019 ACTTGGTTGTATACAACGCTATTCTTAACGCTTGTGTTCCAACACTCCAATGGAAGGCTG 1078
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 ACTTGGTTGTATACAATGCTATTCTTAACGCTTGTGTTCCAACACTCCAATGGAAGGCTG 1098
Query 1079 TTTCATGGGTATTTGTAGAGTTAAGAAAAAATGGTTTGAGGCCTAATGGAGCTACATATG 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 TTTCATGGGTATTTGTAGAGTTAAGAAAAAATGGTTTGAGGCCTAATGGAGCTACATATG 1158
Query 1139 GGCTTGCGATGGAGGTTATGCTGGAGTCAGGGAAGTTTGATCGTGTTCACGAtttttttA 1198
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 GGCTTGCGATGGAGGTTATGCTGGAGTCAGAGAAGTATGATCGTGTTCACGATTTTTTTA 1218
Query 1199 GGAAGATGAAAAGCAGTGGCGAAGCTCCAAAAGCAATCACATACAAGGTTCTTGTCCGAG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 GGAAGATGAAAAGCAGTGGCGAAGCTCCAAAAGCAATTACATACAAGGTTCTTGTCCGAG 1278
Query 1259 CTCTCTGGAGAGAAGGCAAGATCGAAGAAGCTGTTGAAGCAGTCAGAGATATGGAACAAA 1318
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1279 CTCTTTGGAGAGAAGGCAAAATCGAGGAAGCTGTTGAAGCAGTCAGAGATATGGAACAAA 1338
Query 1319 AGGGAGTTATAGGAACGGGTTCAGTTTACTATGAATTGGCATGCTGTCTGTGCAACAACG 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1339 AGGGAGTTATAGGAACGGGTTCAGTTTACTATGAATTGGCATGCTGTCTGTGCAACAACG 1398
Query 1379 GGCGTTGGTGCGATGCAATGCTCGAAGTGGGGAGGATGAAAAGACTTGAAAATTGCAGGC 1438
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 GGCGTTGGCGCGATGCAATGCTTGAAGTGGGGAGGATGAAAAGACTTGAAAATTGCAGGC 1458
Query 1439 CGCTCGAGATTACCTTCACAGGACTCATAGCCGCTTCATTGAACGGTGGTCATGTTGATG 1498
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 CGCTTGAGATTACCTTCACAGGACTCATAGCGGCTTCATTGAACGGTGGTCATGTTGATG 1518
Query 1499 ATTGCATGGCTATATTCCAATATATGAAAGATAAATGTGATCCGAATATAGGAACTGCGA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1519 ATTGCATGGCTATATTCCAATATATGAAAGATAAATGCGACCCGAATATAGGAACTGCGA 1578
Query 1559 ACATGATGCTTAAAGTTTACGGAAGGAATGATATGTTTTCAGAAGCTAAAGAATTGTTTG 1618
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1579 ACATGATGCTTAGAGTTTACGGAAGGAATGATATGTTTTCGGAAGCTAAAGAATTGTTTG 1638
Query 1619 AAGAGATTGTCAGCAGAAAAGAGACTCATTTAGTTCCAAACGAGTATACATACAGCTTCA 1678
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1639 AAGAGATTGTCAGCAGAAAAGAGACTCATCTAGTTCCAAACGAGTATACATACAACTTCA 1698
Query 1679 TGCTTGAAGCTTCAGCTAGATCACTGCAATGGGAATACTTTGAACATGTGTATCAAACGA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 1699 TGCTTGAAGCTTCAGCTAGATCACTGCAATGGGAATACTTTGAGCATGTTTATCAGACGA 1758
Query 1739 TGGTTCTTTCTGGTTACCAAATGGATCAAACAAAACATGCATCAATGCTGATAGAAGCAT 1798
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1759 TGATTCTTTCTGGTTACCAAATGGATCAAACAAAACATGCATCAATGCTTATAGAAGCAT 1818
Query 1799 CAAGAGCCGGGAAG 1812
| ||||||||||||
Sbjct 1819 CCAGAGCCGGGAAG 1832
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92711656330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5