BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00040.1
Length=1581
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925496 jgi|Araly1|925496|scaffold_201057.1 2782 0.0
> Ahg925496 jgi|Araly1|925496|scaffold_201057.1
Length=1951
Score = 2782 bits (1506), Expect = 0.0
Identities = 1556/1581 (98%), Gaps = 0/1581 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTGTCATTTCAGAACTCAAGAAAATAAAGACTTTACCTTCAGTTCAAATCGAATTTCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 22 ATGTGTCATTTCAGAACTCAAGAAAATAAAGACTTTACCTTCAGTTCAAATCGAATTTCA 81
Query 61 ATCCAAATGGATAAATTTCAAGGATATTTAGAGTTCGATGGGGCTCGGCAACAGAGTTTT 120
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 82 ATCCAAATGGAGAAATTTCAAGGATATTTAGAGTTCGATGGGGCTCGGCAACAGAGTTTT 141
Query 121 CTATATCCACttttttttCGGGAGTATATTTATGTACTTGCTTATGATCATGGTTTAAAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 142 CTATATCCACTTTTTTTTCGGGAGTATATTTATGTACTTGCTTATGATCATGGTTTAAAT 201
Query 181 AGATTAAATAGAAATCGCTATATTTTCTTGGAAAATGCGGATTATGACAAAAAATATAGT 240
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 202 AGATTAAATAGAAATCGCTCTATTTTCTTGGAAAATACGGATTATGACAAAAAATATAGT 261
Query 241 TCACTAATTACGAAACGCTTAATTTTGCGAATGTATGAACAGAATCGTTTGATTATTCCC 300
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 262 TCACTAATTGTGAAACGCTTAATTTTGCGAATGTATGAACAGAATCGTTTGATTATTCCC 321
Query 301 ACTAAGGATGTGAACCAAAATTCCTTTTTGGGGCATACCAGTCTTTTCTATTATCAAATG 360
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 ACTAAGGATTTGAACCAAAATTCCTTTTTGGGGCATACCAGTCTTTTCTATTATCAAATG 381
Query 361 ATATCTGTTTTATTTGCAGTGATTGTCGAAATTCCATTTTCCCTAAGATTAGGATCCTCT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 ATATCTGTTTTATTTGCAGTGATTGTCGAAATTCCATTTTCCCTAAGATTAGGATCCTCT 441
Query 421 TTTCAAGGAAAACAATTaaaaaaaTCTTATAATTTACAATCAATTCATTCAATATTTCCC 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 TTTCAAGGAAAACAATTAAAAAAATCTTATAATTTACAATCAATTCATTCAATATTTCCC 501
Query 481 TTTTTAGAAGACAAATTAGGACATTTTAATTATGTGTTAGATGTACTAATACCTTACCCC 540
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 TTTTTAGAAGACAAATTAGCACATTTTAATTATGTGTTAGATGTACTAATACCTTACCCC 561
Query 541 ATCCATCTAGAAATCTTGGTTCAAACCCTACGTTACCGGGTAAAAGATGCCTCTTCTTTG 600
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 ATCCATCTAGAAATCTTGGTTCAAATCCTACGTTACTGGGTAAAAGATGCCTCTTCTTTG 621
Query 601 CAtttttttCGGTTCTGTTTATACGAGTATTGTAATTGGAAGAATTTTTATATTaaaaaa 660
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 622 CATTTTTTTCGGTTCTGTTTATACGAGTATTGCAATTGTAAGAATTTTTATATTAAAAAA 681
Query 661 aaaTCAATTTTGAATCCAAGATTTTTCTTGTTCTTATATAATTCTCATGTATGTGAATAC 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 AAATCAATTTTGAATCCAAGATTTTTCTTGTTCTTATATAATTCTCATGTATGTGAATAC 741
Query 721 GAATCCATCtttttttttCTACGCAAGCGGTCTTCGCATTTACGATCGACATCTTATGAA 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 742 GAATCCATCTTTTTTTTTCTACGCAAGCGGTCTTCGCATTTACGATCGCCATCTTATGAA 801
Query 781 GTCCTTTTTGAGCGAATTGTATTCTATGGAAAAATACACCATTTTTTCAAAGTTTTTGTT 840
|||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 802 GTCCTTTTTGAGCGAATTTTTTTCTATGGAAAAATACAACATTTTTTCAAAGTTTTTATT 861
Query 841 AATAATTTTCCGGCAATCCTAGGGTTGCTCAAGGATCCTTTCATACATTATGTTAGATAT 900
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 AATAATTTTCCGGCGATCCTAGGGTTGCTCAAGGATCCTTTCATACATTATGTTAGATAT 921
Query 901 CACGGAAGATGCATTCTGGCAACAAAGGATACGCCGCTTCTGATGAATAAATGGAAATAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 CACGGAAGATGCATTCTGGCAACAAAGGATACGCCGCTTCTGATGAATAAATGGAAATAT 981
Query 961 TATTTTGTTAATTTATGGCAATGTTATTTTTCGGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTCAAT 1020
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 982 TTTTTTGTTAATTTATGGCAATGTTATTTTTCCGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTCAAT 1041
Query 1021 ATAAATCAATTATCTAAAGATAATTTAGAGTTTCTGGGTTATCTGTCAAGTTTGCGATTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 ATAAATCAATTATCTAAAGATAATTTAGAGTTTCTGGGTTATCTGTCAAGTTTGCGATTA 1101
Query 1081 AACCCTTTAGTGGTACGTAGTCAAATGCTAGAAAACTCATTTCTAATAGATAATGTTAGA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 AACCCTTTAGTGGTACGTAGTCAAATGCTAGAAAACTCATTTCTAATAGATAATGTTAGA 1161
Query 1141 ATCAAATTGGATAGCAAAATTCCAATTTCTTCTATTATTGGATCGTTGGCTAAAGATAAA 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1162 ATCAAATTGGATAGCAAAATTCCAATTTCTTCTATTATTGGATCATTGGCTAAAGATAAA 1221
Query 1201 TTTTGTAATGTATTAGGGCATCCCATTAGTAAAGCAACCTGGACGGATTCATCAGATTCT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1222 TTTTGTAATGTATTAGGGCATCCCATTAGTAAAGCGACCTGGACGGATTCATCAGATTCT 1281
Query 1261 GATATTCTCAACCGATTTGTGCGGATATGCAGAAATATTTCTCATTATTACAGCGGATCT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 GATATTCTCAACCGATTTGTGCGGATATGCAGAAATATTTCTCATTATTACAGCGGATCT 1341
Query 1321 TCaaaaaaaaaGAATTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGTCTTTGTTGTGTTAAAACT 1380
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 TCAAAAAAAAAAAATTTGTATCGAATAAAATATATACTTCGTCTTTGTTGTGTTAAAACT 1401
Query 1381 TTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTACGCACTTTTTTAAAAAGGTTGGGCTCTGGTTTA 1440
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1402 TTGGCTCGTAAACACAAAAGTACTGTACGCGCTTTTTTAAAAAGGTTGGGCTCGGGTTTA 1461
Query 1441 TTGGAAGAATTCCTTACGGGGGAAGACCAAGTTCTTTCTTTAATCTTCCCAAGAAGTTAT 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462 TTGGAAGAATTCCTTACGGGGGAAGACCAAGTTCTTTCTTTAATCTTCCCAAGAAGTTAT 1521
Query 1501 TATGCTTCTAAAAGATTATATCGAGTGCGAATTTGGTATTTGGATATTCTTTATCTTAAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 TATGCTTCTAAAAGATTATATCGAGTGCGAATTTGGTATTTGGATATTCTTTATCTTAAT 1581
Query 1561 GATTTGGTCAATCATGAATAA 1581
||||| |||||||||||||||
Sbjct 1582 GATTTAGTCAATCATGAATAA 1602
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59230330975
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5