BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00170.1
Length=4131
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925485 jgi|Araly1|925485|scaffold_201046.1 7299 0.0
Ahg899464 jgi|Araly1|899464|Al_scaffold_0004_114 329 8e-89
> Ahg925485 jgi|Araly1|925485|scaffold_201046.1
Length=4224
Score = 7299 bits (3952), Expect = 0.0
Identities = 4079/4140 (99%), Gaps = 9/4140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGGAACGGGCCAATCTGGTATTTCACAATAAAGTGATAGATGGAACTGCTATTAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 ATGGCGGAACGGGCCAATCTGGTATTTCACAATAAAGTGATAGATGGAACTGCTATTAAA 122
Query 61 CGACTTATTAGCCGATTAATAGATCACTTCGGGATGGCATATACATCACACATCCTAGAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 123 CGACTTATTAGCCGATTAATAGATCACTTCGGGATGGCATATACATCACACATCCTAGAT 182
Query 121 CAAGTAAAGACTCTGGGTTTCCAGCAAGCCACTGCTACATCCATTTCATTAGGAATTGAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 CAAGTAAAGACTCTGGGTTTCCAGCAAGCCACTGCTACATCCATTTCATTAGGAATTGAT 242
Query 181 GATCTTTTAACGATACCTTCTAAGGGCTGGCTTGTCCAAGATGCTGAACAACAAAGTTGG 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 GATCTTTTAACGATACCTTCTAAGGGCTGGCTTGTCCAAGATGCTGAACAACAAAGTTGG 302
Query 241 ATTTTGGAAAAACACCATCATTATGGGAATGTACATGCGGTAGAAAAATTACGCCAATCT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 303 ATTTTGGAAAAACACCATCATTATGGGAATGTACATGCGGTAGAAAAATTACGCCAATCT 362
Query 301 ATTGAGATATGGTATGCTACAAGTGAATATTTGCGACAAGAAATGAATCCTAATTTTAGG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 ATTGAGATATGGTATGCTACAAGTGAATATTTGCGACAAGAAATGAATCCTAATTTTAGG 422
Query 361 ATGACGGACCCCTTCAATCCAGTCCATATGATGTCTTTTTCGGGAGCTAGGGGAAATGCA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 ATGACGGACCCCTTCAATCCAGTCCATATGATGTCTTTTTCGGGAGCTAGGGGAAATGCA 482
Query 421 TCTCAAGTACATCAATTAGTAGGTATGAGAGGATTAATGTCGGATCCCCAAGGACAAATG 480
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TCTCAAGTACATCAATTAGTGGGTATGAGAGGATTAATGTCGGATCCCCAAGGACAAATG 542
Query 481 ATTGATTTACCTATTCAAAGCAATTTACGCGAAGGACTGTCTTTAACAGAATATATTATT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 ATTGATTTACCTATTCAAAGCAATTTACGCGAAGGACTGTCTTTAACAGAATATATTATT 602
Query 541 TCTTGCTATGGAGCCCGTAAAGGAGTTGTAGATACTGCTGTACGCACATCAGATGCTGGA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TCTTGCTATGGAGCCCGTAAAGGAGTTGTAGATACTGCTGTACGCACATCAGATGCTGGA 662
Query 601 TATCTTACGCGTCGACTTGTTGAAGTAGTTCAACATATTGTTGTACGTAGAACAGATTGT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 TATCTTACGCGTCGACTTGTTGAAGTAGTTCAACATATTGTTGTACGTAGAACAGATTGT 722
Query 661 GGCACTATCCGAGGGATTTCGGTGAGTCCTCGAAATAAAAATCGGATGATGTCAGAAAGA 720
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 GGCACTATCCGAGGGATTTCTGTGAGTCCTCGAAATAAAAATCGGATGATGTCAGAAAGA 782
Query 721 ATTTTTATCCAAACATTAATTGGTCGTGTCTTAGCAGACGATATATATATAGGTTCCCGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 ATTTTTATCCAAACATTAATTGGTCGTGTCTTAGCAGACGATATATATATAGGTTCCCGA 842
Query 781 TGTGTCGCCTTTCGAAATCAAGATCTTGGGATTGGACTTGTCAATCGATTAATAACCTTT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TGTGTCGCCTTTCGAAATCAAGATCTTGGGATTGGACTTGTCAATCGATTAATAACCTTT 902
Query 841 GGAACACAATCAATATCCATTCGAACTCCCTTTACTTGTCGGAGTACATCTTGGATCTGT 900
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GGAACACAATCAATATCTATTCGAACTCCCTTTACTTGTCGGAGTACATCTTGGATCTGT 962
Query 901 CGATTATGTTATGGTCGGAGTCCCACTCATGGTGACCTCGTTGAATTGGGGGAAGCTGTA 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 963 CGATTATGTTATGGTCGGAGTCCCACTCATGGTGACCTAGTTGAATTGGGGGAAGCTGTA 1022
Query 961 GGTATTATCGCGGGTCAATCGATCGGCGAACCGGGGACTCAACTAACATTAAGAACTTTT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 GGTATTATCGCGGGTCAATCGATCGGCGAACCGGGGACTCAACTAACATTAAGAACTTTT 1082
Query 1021 CATACCGGCGGAGTATTTACAGGAGGTACTGCCGAACATGTACGAGCCCCTTATAATGGA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 CATACCGGCGGAGTATTTACAGGAGGTACTGCCGAACATGTACGAGCCCCTTATAATGGA 1142
Query 1081 AAAATCAAATTCAATGAGGATTTGGTTCATCCTACACGTACACGTCACGGGCATCCTGCC 1140
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 AAAATAAAATTCAATGAGGATTTGGTTCATCCTACACGTACACGTCACGGGCATCCTGCC 1202
Query 1141 TTTCTATGTTATATAGACTTGTCTGTAATTATTGAGAGCGAAGATATTATACATAGCGTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 TTTCTATGTTATATAGACTTGTCTGTAATTATTGAGAGCGAAGATATTATACATAGCGTG 1262
Query 1201 ACTATTCCACCAAAAAGTTTTCTTTTAGTTCAAAATGATCAATATGTGGAATCAGAACAA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 ACTATTCCACCAAAAAGTTTTCTTTTAGTTCAAAATGATCAATATGTGGAATCAGAACAA 1322
Query 1261 GTGATTGCTGAGATTCGCGAGGGAACATACACTTTTCATTTTAAAGAGAGGGTTAGAAAA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GTGATTGCTGAGATTCGCGAGGGAACATACACTTTTCATTTTAAAGAGAGGGTTAGAAAA 1382
Query 1321 TATATTTATTCTGACTCAGAGGGCGAAATGCACTGGAGTACTGATGTGTCCCATGCACCC 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 TATATTTATTCTGACTCAGAGGGCGAAATGCACTGGAGTACTGATGTGTCCCATGCACCC 1442
Query 1381 GAATTTACATATAGTAATGTCCACCTCTTACCAAAAACAAGTCATTTATGGATATTATCC 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 GAATTTACATATAGTAATGTCCACCTCTTACCAAAAACAAGTCATTTATGGATATTATCA 1502
Query 1441 GGAGGTTCATGTGGATCTAGTCTAATTCGTTTTTCGATCCATAAAGATCAAGATCAAATG 1500
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 GGAGGTTCATGTGGATCTAGTCTAATTCTTTTTTCGATCCATAAAGATCAAGATCAAATG 1562
Query 1501 AATATACCCTTTCTTTCCGCCGAAAGAAAATCTATTTCTAGCCTCTCAGTGAATAATGAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 AATATACCCTTTCTTTCCGCCGAAAGAAAATCTATTTCTAGCCTCTCAGTGAATAATGAT 1622
Query 1561 CAAGTGAGCCAAAAATTTTTTAGTTCCGATTTTGCCGATCCaaaaaaaTTAGGGATTTAC 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1623 CAAGTGAGCCAAAAATTTTTTAGTTCCGATTTTGCTGATCAAAAAAAATTAGGGATTTCC 1682
Query 1621 GATTATTCAGAATTGAATGGAAACTTAGGTACTAGTCATTATAATTTAATATATTCTGCT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1683 GATTATTCAGAATTGAATGGAAACTTAGGTACTAGTCATTATAATTTCATATATTCTGCT 1742
Query 1681 ATTTTTCATGAGAACTCGGATTTATTAGCAAAAAGACGAAGAAATAGATTTCTCATTCCA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1743 ATTTTTCATGAGAACTCGGATTTATTAGCAAAAAGGCGAAGAAATCGATTTCTCATTCCA 1802
Query 1741 TTCCAATCGATTCAAGAGCAAGAGAAAGAATTCATACCGCAGTCAGGTATCTCGGTTGAA 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1803 TTCCAATCGATTCAAGAGCAAGAGAAAGAATTCATACCACATTCAGGTATCTCGGTTGAA 1862
Query 1801 ATACCCATAAATGGTATTTTCCGTAGAAATAGTAtttttgctttttttGATGATCCTAGA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 ATACCCATAAATGGTATTTTCCGTAGAAATAGTATTTTTGCTTTTTTTGATGATCCTAGA 1922
Query 1861 TACCGAAGAAAGAGTTCCGGAATTCTTAAATATGGGACTCTAAAGGCGGATTCAATCATC 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 TACCGAAGAAAGAGTTCCGGAATTCTTAAATATGGGACTCTAAAGGCGGATTCAATCATC 1982
Query 1921 CAAAAAGAGGATATGATTGAGTATCGAGGAGTCCAAAAAATTAAGACAAAATACGAAATG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 CAAAAAGAGGATATGATTGAGTATCGAGGAGTCCAAAAATTTAAGACAAAATACGAAATG 2042
Query 1981 AAAGTAGATCGCttttttttCATTCCTGAGGAAGTGCATATTTTACCCGAATCCTCTGCC 2040
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 AACGTAGATCGCTTTTTTTTCATTCCTGAGGAAGTGCATATTTTACCCGAATCCTCTGCC 2102
Query 2041 ATAATGGTACAGAACTATAGTATCATTGGAGTGGATACACGACTCACTTTAAATATAAGA 2100
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 ATAATGGTACAGAACTATAGTATCATTGGAGTCGATACACGACTCACTTTAAATATAAGA 2162
Query 2101 AGCCAAGTCGGCGGGTTGATCCGAGTAGAGaaaaaaaaaaaaaGGATTGAACTCAAAATA 2160
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 AGCCAAGTCGGCGGGTTGATCCGAGTAGAGAGAAAAAAAAAAAGGATTGAACTCAAAATA 2222
Query 2161 TTTTCAGGGGATATCCATTTTCCGGACAAGACAGATAAAATATCCCGACACAGTGGCATC 2220
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 TTTTCGGGGGATATCCATTTTCCGGACAAGACAGATAAAATATCCCGACACAGTGGCATC 2282
Query 2221 TTGATACCGCCAGGAAGAGGaaaaaaaaaCTCGAAGGAATCCAAAAAATTTAAAAATTGG 2280
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 TTGATACCGCCAGGAAGAGGAAAAAAAAACTCGAAGGAATCCAAAAAATTTAAAAATTGG 2342
Query 2281 ATTTATGTCCAACGGATTACACCAACCAAGAAAAAGTTTTTTGTTTTGGTGCGGCCCGTA 2340
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 ATTTATGCCCAACGGATCACACCAACCAAGAAAAAGTTTTTTGTTTTGGTGCGGCCCGTA 2402
Query 2341 GCCACCTATGAGATAGCGGACAGTATAAATTTGGCAACACTCTTCCCACAAGATCTCTTT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 GCCACCTATGAGATAGCGGACAGTATAAATTTGGCAACACTCTTCCCACAAGATCTCTTT 2462
Query 2401 CGGGAAAAGGATAATATTCAACTTCGAGTTTTCAACTATATCCTTTATGGAAATGGCAAA 2460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2463 CGGGAAAAGGATAATATTCAACTTCGAGTTTTCAACTATATCCTTTATGGAAATGGCAAA 2522
Query 2461 CCAACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCAATTAGTTCGAACTTGTTTAGTCTTGAAT 2520
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 CCCACTCGAGGAATTTCTGACACAAGTATTCAATTAGTTCGAACTTGTTTAGTCTTGAAT 2582
Query 2521 TGGGAC-AA-A-AA------TTCTTCTCTCGAGGAGGTCCGTGCTTTCTTTGTTGAAGTA 2571
|||||| || | || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2583 TGGGACCAAGACAACAAAAATTCTTCCCTCGAGGAGGTCCGGGCTTTCTTTGTTGAAGTA 2642
Query 2572 AGTACAAAGGGTTTGATTCAAGATTTCATAAGAATTGGCTTAGTGAAATCCCATATTTCA 2631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 AGTACAAAGGGTTTGATTCAAGATTTCATAAGAATTGGCTTAGTGAAATCCCATATTTCA 2702
Query 2632 TATATAAGAAAAAGGAATAATTCGCCAGATTCGGGATTGATCTCTGCAGATCACATGAAT 2691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 TATATAAGAAAAAGGAATAATTCGCCAGATTCGGGATTGATCTCTGCAGATCACATGAAT 2762
Query 2692 CCGTTTTATTCGATTTCGCCCAAGTCTGGCATTCTTCAACAATCACTTAGACAAAATCAC 2751
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 CCGTTTTATTCGATTTCGCCCAAGGCTGGCATTCTTCAACAATCACTTAGACAAAATCAC 2822
Query 2752 GGAACTATTCGCATGTTCTTAAATCGAAATAAGGAGTCCCAATCTTTGTTAATTTTATCA 2811
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 GGAACTATTCGTATGTTCTTAAATCGAAATAAGGAATCCCAATCTTTGTTAATTTTATCA 2882
Query 2812 TCATCTAATTGTTTTAGAATGGGTCCATTTAATCATGTAAAACATCACAATGTGATAAAC 2871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2883 TCATCTAATTGTTTTAGAATGGGTCCATTTAATCATGTAAAATATCACAATGTGATAAAC 2942
Query 2872 CAATCAATaaaaaaaaaTACTCTAATTACAATTAAAAATTCGTCGGGCCCCTTAGGAACA 2931
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2943 AAATCAATAAAAAAAAATACTCTAATTACAATTAAAAATTCGTCGGGCCCCTTAGGAACA 3002
Query 2932 GCTACCCCAATTTCAAATTTTTATTCGTTTTTGCCTTTACTAACTTATAATCAGATCTCT 2991
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3003 GCTACCCAAATTTCAAATTTTTATTCGTTTTTGCCTTTACTAACTTATAATAAGATCTCT 3062
Query 2992 TTAATTAAATATTTTCAACTTGATAACTTAAAATATATTTTTCAAAAAATTAACTCTTAT 3051
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3063 TTAATTAAATATTTGCAACTTGATAACTTAAAATATATTTTTCAAGTAATTAACTCTTAT 3122
Query 3052 TTAATCGATGAAAACGGAATAATTTTAAATCTCGACCCATATAGTAACGTTGTTTTGAAT 3111
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3123 TTAATCGATGAAAACGGAAAAATTTTTAATCTCGACCCATACAGTAACGTTGTTTTGAAT 3182
Query 3112 CCATTCAAATTGAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTATCATCATAATTATTGTGAGGAA 3171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183 CCATTCAAATTGAATTGGTATTTTCTTCATCAAAATTATCATCATAATTATTGTGAGGAA 3242
Query 3172 ACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAAtttttttGTGAAAATGTATGTATAGCTAAAAAA 3231
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 3243 ACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAATTTTTTTGTGAAAATTTATGTATAGCCAAAAAA 3302
Query 3232 GAACCGCACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCCGCAGTAATAAGA 3291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 3303 GAACCGCACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCTGTAGTAATAAGA 3362
Query 3292 TCCGCTAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTACAGCGAAATT 3351
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3363 TCTGCGAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTACAGAGAAATT 3422
Query 3352 CTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCCGGTGATATA 3411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3423 CTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCCGGTGATATA 3482
Query 3412 ACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAAGTTTTAGAAGTCCGCTCGATTGATTCAATATCG 3471
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3483 ACACAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAAGTTTTAGAAGTCCGCTCGATTGATTCAATATCG 3542
Query 3472 TTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAAGTGTATAACAAGAATTCTTGGAATT 3531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3543 CTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAAGTGTATAACAAGAATTCTTGGAATT 3602
Query 3532 CCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGTTAACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTT 3591
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3603 CCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTT 3662
Query 3592 AATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGGCATATCGAA 3651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3663 AATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGGCATATCGAA 3722
Query 3652 ATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCCGAAGAGGGAATGTCTAATGtt 3711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3723 ATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCCGAAGAGGGAATGTCTAATGTT 3782
Query 3712 tttttACCTGGAGAACTTATTGGATTATTACGAGCAGAACGAACGGGGCGTGCTTTAGAA 3771
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3783 TTTTTACCTGGAGAACTTATTGGATTGTTACGAGCAGAACGAACGGGGCGTGCTTTAGAA 3842
Query 3772 GAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAA 3831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3843 GAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAA 3902
Query 3832 AGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCTGCTCTT 3891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3903 AGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCCGCTCTT 3962
Query 3892 CGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTCTAgggggggTGATC 3951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3963 CGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTTTAGGGGGGGTGATC 4022
Query 3952 CCCGCCGGGACCGGATTCAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAACATT 4011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4023 CCCGCCGGGACCGGATTCAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAACATT 4082
Query 4012 ATTTTGGaaaaaaaaaCAAAGAATTTAGCTTTATTCGAGGGAGATATGAGAGATATTTTA 4071
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4083 CTTTTGGAAAAAAAAACAAAGAATTTAGCTTTATTCGAGGGAGATATGAGAGATATTTTA 4142
Query 4072 TTCTACCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTCCAAATCTGACTTTTCTAGGATTTAA 4131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4143 TTCTACCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTCCAAATCTGACTTTTCTAGGATTTAA 4202
> Ahg899464 jgi|Araly1|899464|Al_scaffold_0004_114
Length=201
Score = 329 bits (178), Expect = 8e-89
Identities = 191/197 (97%), Gaps = 1/197 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3849 AAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCTGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTG 3908
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCCGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTG 60
Query 3909 GTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTCTAgggggggTGATCCCCGCCGGGACCGGATT 3968
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTTTA-GGGGGGTGATCCCCGCCGGGACCGGATT 119
Query 3969 CAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAACATTATTTTGGaaaaaaaaaC 4028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 120 CAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAACATTCTTTTGGAAAAAAAAAC 179
Query 4029 AAAGAATTTAGCTTTAT 4045
||| ||||||||| |||
Sbjct 180 AAATAATTTAGCTATAT 196
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 156188279592
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5