BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00190.1
Length=3219
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925484 jgi|Araly1|925484|scaffold_201045.1 5725 0.0
Ahg914090 jgi|Araly1|914090|Al_scaffold_0001_4344 82.4 2e-14
> Ahg925484 jgi|Araly1|925484|scaffold_201045.1
Length=5564
Score = 5725 bits (3100), Expect = 0.0
Identities = 3136/3154 (99%), Gaps = 0/3154 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTGCAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 60
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Sbjct 155 ATGCTTGGGGATGAAAAAGAGGGAACATCTACAATACCCGGATTTAATCAGATACAATTT 214
Query 61 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTGCTAAGTTTCCAAAA 120
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Sbjct 215 GAAGGGTTTTATCGGTTTATTGATCAGGGTTTAATAGAAGAACTTTCTAAGTTTCCAAAA 274
Query 121 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 180
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Sbjct 275 ATTGAAGATATAGATCACGAAATTGAATTTCAATTATTTGTGGAAACATATCAATTGGTA 334
Query 181 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 240
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Sbjct 335 GAACCTCTGATAAAAGAACGAGATGCTGTCTATGAATCACTTACATATTCTTCTGAATTA 394
Query 241 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 300
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Sbjct 395 TATGTATCCGCGGGATTAATTTGGAAAACCAGTAGGAATATGCAAGAACAAAGAATTTTT 454
Query 301 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACCGA 360
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Sbjct 455 ATTGGAAACATTCCTTTAATGAATTCCCTTGGAACTTCTATAGTAAACGGAATTTACAGA 514
Query 361 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 420
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Sbjct 515 ATTGTGATCAATCAAATATTGCAAAGTCCCGGTATCTATTACCAGTCAGAATTGGATCAT 574
Query 421 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 480
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Sbjct 575 AATGGGATTTCGGTCTATACCGGCACCATAATATCAGATTGGGGAGGCAGGTTAGAATTA 634
Query 481 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 540
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Sbjct 635 GAGATTGATAAAAAAGCAAGAATATGGGCTCGGGTGAGTAGGAAACAAAAAATATCTATT 694
Query 541 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 600
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Sbjct 695 CTAGTTCTATCATCAGCTATGGGTTTGAATCTACGAGAAATTCTAGAGAATGTTTGCTAC 754
Query 601 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGaaaaaaaaaaTAGGATCAAAAGAA 660
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Sbjct 755 CCTGAAATTTTCTTATCTTTCTTGACCGATAAGGAGAAAAAAAAAATAGGGTCAAAAGAA 814
Query 661 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCTATATTTTCT 720
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Sbjct 815 AATGCTATTTTGGAGTTTTATCAACAATTTTCTTGTGTAGGTGGGGATCCAATATTTTCT 874
Query 721 GAATCCTTATGTAAGGAATTACaaaaaaaaTTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 780
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Sbjct 875 GAATCCTTATGTAAGGAATTACAAAAAAAATTCTTTCACCAAAGGTGTGAATTAGGAAGG 934
Query 781 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 840
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Sbjct 935 ATTGGTCGCCGAAATATTAATTGGAGACTGAATCTTAATATACCTCAGAACAATATATTT 994
Query 841 TTGTTACCACGAGATGTGTTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 900
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Sbjct 995 TTGTTACCACGAGATATATTAGCAGCTGCCGATCATTTGATTGGGATGAAATTTGGAATG 1054
Query 901 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 960
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Sbjct 1055 GGTACACTTGATGATATGAATCATTTGAAAAATAAACGTATTCGCTCTGTAGCGGATCTT 1114
Query 961 TTACAAGACCAGCTCGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1020
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Sbjct 1115 TTACAAGACCAGCTTGGGTTGGCTCTGGCTCGTTTAGAAAATGTAGTTAAGGGAACTATC 1174
Query 1021 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1080
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Sbjct 1175 TCCGGAGCAATTAGGCATAAATTGATACCTACTCCTCAGAATTTGGTAACTTCAACTCCG 1234
Query 1081 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1140
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Sbjct 1235 TTAACAACTACTTATGAATCCTTTTTCGGATTACACCCATTATCTCAAGTTTTGGATCGA 1294
Query 1141 ACAAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1200
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Sbjct 1295 ACTAATCCATTGACACAAATCGTTCATGGGAGAAAATTGAGTTATTTGGGCCCTGGCGGA 1354
Query 1201 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1260
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Sbjct 1355 TTAACAGGGCGAACTGCTAATTTTCGGATACGAGATATCCATCCTAGTCACTATGGGCGT 1414
Query 1261 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1320
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Sbjct 1415 ATTTGTCCCATTGACACGTCTGAAGGAATCAATGTTGGACTTATTGGATCTTTATCAATT 1474
Query 1321 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1380
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Sbjct 1475 CATGCCAGGATTGGTGATTGGGGGTCGTTAGAAAGTCCATTTTATGAACTCTTTGAGAAA 1534
Query 1381 TCaaaaaaaGCACGGATACGGATGCtttttttATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1440
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Sbjct 1535 TCAAAAAAAGCACGGATACGGATGCTTTTTTTATCACCAAGTCAAGATGAATATTATATG 1594
Query 1441 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1500
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Sbjct 1595 ATAGCGGCAGGAAATTCTTTGGCTCTTAATCGGGGCATTCAAGAAGAACAGGCTGTTCCA 1654
Query 1501 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1560
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Sbjct 1655 GCTCGATACCGCCAAGAATTTTTGACTATCGCATGGGAAGAGGTTCATCTTCGAAGCATT 1714
Query 1561 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1620
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Sbjct 1715 TTCCCTTTCCAATATTTTTCCATTGGAGCTTCTCTAATTCCTTTTATCGAACATAATGAT 1774
Query 1621 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1680
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Sbjct 1775 GCGAATCGAGCTTTAATGAGTTCTAATATGCAACGTCAAGCAGTTCCACTTTCTCGGTCC 1834
Query 1681 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1740
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Sbjct 1835 GAAAAGTGCATTGTTGGAACTGGGTTGGAACGCCAAGTGGCTTTAGATTCAGGGGTTCCC 1894
Query 1741 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1800
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Sbjct 1895 GCTATAGCCGAACACGAGGGAAAAATCCTTTATACTGACACTGAGAAGATCGTTTTTTCG 1954
Query 1801 GGCAATGGTGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 1860
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Sbjct 1955 GGCAATGGGGATACTCTAAGCATTCCATTAATTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACT 2014
Query 1861 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGTCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 1920
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Sbjct 2015 TGTATGCATCAAAAACCTCAGGTTCGGCGGGGTAAATGCATTAAAAAGGGACAAATTTTA 2074
Query 1921 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 1980
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Sbjct 2075 GCGGATGGTGCTGCTACAGTTGGTGGGGAACTCGCTTTGGGGAAAAATATATTAGTGGCT 2134
Query 1981 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2040
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Sbjct 2135 TATATGCCATGGGAAGGATACAATTTTGAAGATGCGGTACTCATTAGTGAGTGTCTAGTA 2194
Query 2041 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2100
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Sbjct 2195 TATGGTGATATTTATACTTCTTTCCACATACGGAAATATGAAATTCAGACGCATGTGACA 2254
Query 2101 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGTCGTTTACTCCGA 2160
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Sbjct 2255 ACCCAAGGTCCTGAAAGGATCACTAAAGAAATACCGCATCTAGAAGGCCGTTTACTCCGA 2314
Query 2161 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2220
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Sbjct 2315 AATTTAGACAAAAATGGAATTGTGATGCTAGGATCGTGGGTTGAAACAGGTGATATTTTA 2374
Query 2221 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2280
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Sbjct 2375 GTAGGTAAATTAACACCTCAAGTGGCGAAAGAATCCTCCTATGCTCCGGAAGATAGGTTA 2434
Query 2281 TTACGAGCTATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2340
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Sbjct 2435 TTACGAGCCATACTTGGCATTCAGGTATCGACTTCAAAAGAAACTTGTTTAAAATTGCCT 2494
Query 2341 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGTGGTTCAAGT 2400
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Sbjct 2495 ATAGGTGGTAGAGGTCGAGTTATTGATGTGAGGTGGGTTCAGAAAAAGGGGGGTTCAAGT 2554
Query 2401 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATAAAAGTAGGTGAT 2460
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Sbjct 2555 TATAACCCAGAAATAATTCGTGTATATATTTCACAGAAACGTGAAATCAAAGTAGGTGAT 2614
Query 2461 AAAGTAGCTGGAAGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2520
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Sbjct 2615 AAAGTAGCTGGACGACATGGAAATAAAGGTATCATTTCAAAAATTTTGCCTAGACAGGAT 2674
Query 2521 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2580
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Sbjct 2675 ATGCCTTATTTGCAAGACGGGAGACCCGTGGATATGGTCTTCAACCCATTAGGAGTACCC 2734
Query 2581 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2640
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Sbjct 2735 TCACGCATGAATGTAGGACAGATATTTGAATGCTCGCTTGGGTTAGCGGGAAGTCTGCTA 2794
Query 2641 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 GATAGACATTATCGAATAGCCCCTTTTGATGAGAGATATGAACAAGAGGCTTCGAGAAAA 2854
Query 2701 CTGGTGTTTTCAGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2760
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Sbjct 2855 CTGGTGTTTTCTGAATTATATGAAGCCAGTAAGCAAACAGCGAATCCATGGGTATTTGAA 2914
Query 2761 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2820
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Sbjct 2915 CCCGAGTATCCAGGAAAAAGCCGCATTTTTGATGGAAGAACAGGAGATCCTTTTGAACAG 2974
Query 2821 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 2880
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Sbjct 2975 CCTGTGATAATAGGAAAGCCCTATATCTTGAAATTAATTCATCAGGTTGATGATAAAATA 3034
Query 2881 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 2940
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Sbjct 3035 CACGGACGTTCTAGTGGACATTATGCACTTGTTACACAACAACCCCTTAGAGGCCGTTCC 3094
Query 2941 AAGCAgggggggCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3000
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Sbjct 3095 AAGCAGGGGGGGCAGCGGGTAGGCGAAATGGAGGTTTGGGCTCTGGAGGGGTTTGGTGTT 3154
Query 3001 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3060
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Sbjct 3155 GCTCATATTTTACAAGAGATGCTTACTTATAAATCTGATCATATTAGAGCTCGCCAAGAA 3214
Query 3061 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCGGAATCT 3120
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Sbjct 3215 GTACTTGGTACCACTATCATTGGAGGAACAATACCTAAACCAGAAGATGCTCCAGAATCT 3274
Query 3121 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3154
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3275 TTTCGATTACTTGTTCGAGAACTACGATCTTTGG 3308
> Ahg914090 jgi|Araly1|914090|Al_scaffold_0001_4344
Length=654
Score = 82.4 bits (44), Expect = 2e-14
Identities = 44/44 (100%), Gaps = 0/44 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1832 TTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACTTGTATGCATCAAAAA 1875
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Sbjct 654 TTATGTATCAACGCTCAAACAAAAATACTTGTATGCATCAAAAA 611
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121622152285
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5