BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00340.1
Length=2205
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg315521 jgi|Araly1|315521|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000554 4017 0.0
Ahg475595 jgi|Araly1|475595|fgenesh2_kg.2__725__ATCG00340.1 3670 0.0
Ahg475570 jgi|Araly1|475570|fgenesh2_kg.2__700__ATCG00350.1 139 8e-32
Ahg315547 jgi|Araly1|315547|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000580 139 8e-32
Ahg940114 jgi|Araly1|940114|scaffold_600658.1 124 2e-27
Ahg916018 jgi|Araly1|916018|Al_scaffold_0008_769 89.8 8e-17
Ahg905744 jgi|Araly1|905744|Al_scaffold_0003_2872 89.8 8e-17
> Ahg315521 jgi|Araly1|315521|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000554
Length=2205
Score = 4017 bits (2175), Expect = 0.0
Identities = 2195/2205 (99%), Gaps = 0/2205 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
Query 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAA 120
Query 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
Query 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGAAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGCAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
Query 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
Query 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTT 360
Query 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
Query 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
Query 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
Query 541 GGACTATTCGGGGTAAGCTCATTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGATTATTCGGGGTAAGCTCCTTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
Query 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
Query 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAACCCCGACTCGAGT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAACCCCGACTCAAGT 720
Query 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
Query 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
Query 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
Query 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
Query 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
Query 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
Query 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
Query 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
Query 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
Query 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAC 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAT 1320
Query 1321 GACGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCTATATTTGCC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 GACGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCCATATTTGCC 1380
Query 1381 CAATGGATACAATCTGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CAATGGATACAATCCGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
Query 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGCAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGAAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
Query 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGGTCCTGGAGATTTCTTGGTTCAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGGTCCTGGAGATTTCTTGGTTCAT 1560
Query 1561 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1620
Query 1621 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1680
Query 1681 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1740
Query 1741 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1800
Query 1801 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGATGGTTA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGATGGTTA 1860
Query 1861 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCGTTTGGTATG 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1861 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCTTTTGGTATG 1920
Query 1921 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1980
Query 1981 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCGTGG 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1981 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCATGG 2040
Query 2041 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCTGGAAAGATAAACCAGTAGCTCTT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCTGGAAAGATAAACCAGTAGCTCTT 2100
Query 2101 TCAATCGTGCAAGCAAGATTGGTTGGATTAGCTCACTTTTCTGTAGGTTATATATTCACT 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 TCAATCGTGCAAGCAAGATTGGTTGGATTAGCTCACTTTTCTGTAGGTTATATATTCACT 2160
Query 2161 TATGCGGCTTTCTTGATTGCCTCCACATCGGGCAAATTCGGTTAA 2205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 TATGCGGCTTTCTTGATTGCCTCCACATCGGGCAAATTCGGTTAA 2205
> Ahg475595 jgi|Araly1|475595|fgenesh2_kg.2__725__ATCG00340.1
Length=2067
Score = 3670 bits (1987), Expect = 0.0
Identities = 2049/2077 (99%), Gaps = 12/2077 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGT 60
Query 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 61 ATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACATGACTTCGAGAGTCATGATGATACTACTGAAGAA 120
Query 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGG 180
Query 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGAAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGCAATTTTGAGACATGGGTACAAGAC 240
Query 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATACTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCT 300
Query 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 GTGGAAGCGTTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGTGAATATAGCTTACTCTGGTGTT 360
Query 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGAAGATCTTTATACTGGAGCTCTT 420
Query 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACCAAAA 480
Query 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TGGAAACCAAGAGTTTCGTGGTTCAAAAATGCTGAATCTCGTCTGAATCATCATTTGTCA 540
Query 541 GGACTATTCGGGGTAAGCTCATTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGATTATTCGGGGTAAGCTCCTTGGCTTGGACAGGTCATTTAGTCCATGTCGCTATTCCT 600
Query 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCATCCAGGGGGGAATATGTTCGATGGAATAATTTCTTAAATGTATTACCGCATCCCCAA 660
Query 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAACCCCGACTCGAGT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 661 GGGTTAGGCCCACTTTTTACGGGTCAGTGGAATCTTTATGCTCAAAATCCCGACTCAAGT 720
Query 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTCATTTATTTGGTACCTCCCAAGGATCCGGAACTGCCATTCTAACCCTTCTTGGGGGA 780
Query 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTCCATCCACAAACGCAAAGTTTATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATC 840
Query 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GCAATTCTTTTCCTCATTGCGGGTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGT 900
Query 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATAAAAGATCTTTTAGAAGCACATATTCCTCCGGGAGGACGATTGGGGCGTGGGCATAAG 960
Query 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GGTCTTTATGACACAATCAATAATTCGATTCATTTTCAATTAGGCCTTGCTCTAGCCTCC 1020
Query 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 TTAGGAGTTATTACTTCCTTGGTAGCTCAACACATGTACTCTTTACCTGCTTATGCGTTC 1080
Query 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ATAGCGCAAGATTTTACGACTCAAGCTGCGTTATATACCCATCACCAATATATTGCAGGA 1140
Query 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTCATCATGACAGGAGCTTTTGCTCATGGAGCTATCTTTTTTATTAGAGATTACAATCCA 1200
Query 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GAACAGAATGAGGATAACGTATTAGCAAGAATGTTAGACCATAAAGAAGCTATCATATCC 1260
Query 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAC 1320
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CATTTAAGTTGGGCCAGCCTCTTTCTAGGGTTCCATACTTTGGGACTTTATGTTCATAAT 1320
Query 1321 GACGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCTATATTTGCC 1380
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 GATGTCATGCTTGCTTTTGGTACTCCCGAAAAACAAATCTTGATCGAACCCATATTTGCC 1380
Query 1381 CAATGGATACAATCTGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CAATGGATACAATCCGCTCATGGGAAAACTTCATATGGATTTGATGTACTTTTATCTTCG 1440
Query 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGCAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ACAAGTGGCCCAGCATTTAATGCGGGTCGAAGCATATGGTTGCCTGGCTGGTTAAATGCT 1500
Query 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGGTCCTGGAGATTTCTTGGTTCAT 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||
Sbjct 1501 ATTAATGAGAATAGTAATTCATTATTCTTAACAATAGG-C-T-----T-----GGTTCAT 1548
Query 1561 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 CATGCTATTGCTTTAGGTTTACATACAACTACATTGATCTTAGTAAAAGGTGCTTTAGAT 1608
Query 1621 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GCACGTGGTTCCAAGTTAATGCCAGATAAAAAGGATTTCGGGTATAGTTTTCCTTGCGAT 1668
Query 1681 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 GGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGGACGCATTTTATTTGGCAGTT 1728
Query 1741 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 TTCTGGATGTTAAATACTATTGGATGGGTTACTTTTTATTGGCATTGGAAACACATCACA 1788
Query 1801 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGATGGTTA 1860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1789 TTATGGCAGGGTAACGTTTCACAGTTTAATGAATCTTCCACTTATTTGATGGGACGGTTA 1848
Query 1861 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCGTTTGGTATG 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1849 AGAGATTATCTATGGTTAAACTCTTCACAACTTATCAATGGATATAACCCTTTTGGTATG 1908
Query 1921 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 AATAGTTTATCAGTCTGGGCATGGATGTTCTTATTTGGGCATCTTGTTTGGGCTACAGGA 1968
Query 1981 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCGTGG 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1969 TTTATGTTCTTAATTTCCTGGCGTGGTTATTGGCAGGAATTGATTGAAACTTTAGCATGG 2028
Query 2041 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCT 2077
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 GCTCATGAACGCACACCTTTGGCAAATTTGATTCGCT 2065
> Ahg475570 jgi|Araly1|475570|fgenesh2_kg.2__700__ATCG00350.1
Length=2187
Score = 139 bits (75), Expect = 8e-32
Identities = 107/123 (87%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTAATAGCGG 916
Query 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
Query 923 ATA 925
|||
Sbjct 977 ATA 979
> Ahg315547 jgi|Araly1|315547|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000580
Length=2253
Score = 139 bits (75), Expect = 8e-32
Identities = 107/123 (87%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTAATAGCGG 916
Query 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
Query 923 ATA 925
|||
Sbjct 977 ATA 979
> Ahg940114 jgi|Araly1|940114|scaffold_600658.1
Length=413
Score = 124 bits (67), Expect = 2e-27
Identities = 73/76 (96%), Gaps = 0/76 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 232 GTACAAGACCCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTCATTTTGGT 291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 246 GTACAAGACCCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGATCCTTATTTTGGT 305
Query 292 CAACCGGCTGTGGAAG 307
|||| | |||||||||
Sbjct 306 CAACTGCCTGTGGAAG 321
> Ahg916018 jgi|Araly1|916018|Al_scaffold_0008_769
Length=1020
Score = 89.8 bits (48), Expect = 8e-17
Identities = 48/48 (100%), Gaps = 0/48 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1666 AGTTTTCCTTGCGATGGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCG 1713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 520 AGTTTTCCTTGCGATGGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCG 567
> Ahg905744 jgi|Araly1|905744|Al_scaffold_0003_2872
Length=1011
Score = 89.8 bits (48), Expect = 8e-17
Identities = 53/55 (96%), Gaps = 1/55 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1666 AGTTTTCCTTGCGATGGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGGCTTGGG 1720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 778 AGTTTTCCTTGCGATGGTCCGGGACGAGGTGGTACTTGTGATATTTCGA-TTGGG 831
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 82998643855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5