BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00350.1
Length=2253
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg315547 jgi|Araly1|315547|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000580 4106 0.0
Ahg475570 jgi|Araly1|475570|fgenesh2_kg.2__700__ATCG00350.1 2483 0.0
Ahg931003 jgi|Araly1|931003|scaffold_303460.1 425 5e-118
Ahg475595 jgi|Araly1|475595|fgenesh2_kg.2__725__ATCG00340.1 134 4e-30
Ahg315521 jgi|Araly1|315521|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000554 134 4e-30
Ahg952437 jgi|Araly1|952437|scaffold_7100007.1 95.3 2e-18
> Ahg315547 jgi|Araly1|315547|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000580
Length=2253
Score = 4106 bits (2223), Expect = 0.0
Identities = 2243/2253 (99%), Gaps = 0/2253 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
Query 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
Query 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCACGATTTTGATAGTCATACC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCATGATTTTGATAGTCATACC 180
Query 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
Query 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
Query 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
Query 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
Query 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
Query 481 ATTGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATAGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
Query 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
Query 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
Query 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
Query 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCC 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCT 780
Query 781 TTTTTTACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTTTTACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
Query 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
Query 901 CTTTTTCTAATCGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTTTTCCTAATAGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
Query 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
Query 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
Query 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATGCCCCCTTATCCATATCTAGCTACTGAC 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATACCCCCTTATCCATATCTCGCTACTGAC 1140
Query 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
Query 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
Query 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
Query 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTGTATATTCATAATGATACCATGAGT 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTGTATATTCATAATGATACCATGAGT 1380
Query 1381 GCTTTAGGGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GCTTTAGGGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTT 1440
Query 1441 GCTCAATGGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTGGTGTAACAGCCCCTGGTGAAACA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCTCAATGGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTGGTGTAACAGCCCCTGGTGAAACA 1500
Query 1501 GCGAGCACCAGTTTGACTTgggggggCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCGAGCACCAGTTTGACTTGGGGGGGCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCT 1560
Query 1561 TTGTTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTGTTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACA 1620
Query 1621 ATTCATGTGACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCGCGTTTA 1680
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1621 ATTCATGTAACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCCCGTTTA 1680
Query 1681 ATACCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 ATACCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGA 1740
Query 1741 ACATGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 ACATGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCT 1800
Query 1801 ATTTCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 ATTTCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATA 1860
Query 1861 AGTGATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AGTGATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACT 1920
Query 1921 ATTAATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTAT 1980
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 ATTAATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTAT 1980
Query 1981 GGTTCTTCGTTATCTGCATATGGTCtttttttCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTC 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GGTTCTTCGTTATCTGCATATGGTCTTTTTTTCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTC 2040
Query 2041 AGTTTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 AGTTTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTT 2100
Query 2101 TGGGCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTATA 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2101 TGGGCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTGTA 2160
Query 2161 CAAGGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CAAGGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCG 2220
Query 2221 TTCTTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2253
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TTCTTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2253
> Ahg475570 jgi|Araly1|475570|fgenesh2_kg.2__700__ATCG00350.1
Length=2187
Score = 2483 bits (1344), Expect = 0.0
Identities = 1352/1356 (99%), Gaps = 0/1356 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGATTATTCGTTCGCCGGAACCAGAAGTCAAAATTTTGGTAGATAGGGATCCCATAAAA 60
Query 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACTTCTTTCGAGGAATGGGCTAAACCCGGTCATTTCTCAAGAACAATAGCTAAGGGACCT 120
Query 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCACGATTTTGATAGTCATACC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GATACTACCACTTGGATCTGGAACCTACATGCTGATGCTCACGATTTTGATAGTCATACC 180
Query 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AGTGATTTGGAGGAAATCTCTCGAAAAGTATTTAGTGCCCATTTCGGCCAACTCTCTATC 240
Query 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATCTTTCTTTGGCTGAGTGGCATGTATTTCCATGGTGCTCGTTTTTCCAATTATGAAGCA 300
Query 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGGCTGAGTGATCCTACTCACATTGGACCTAGTGCTCAGGTGGTTTGGCCAATAGTGGGC 360
Query 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CAAGAAATCCTGAATGGAGATGTGGGCGGAGGCTTCCGAGGAATACAAATAACCTCAGGC 420
Query 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTTTTTCAGATTTGGCGAGCATCCGGAATAACTAGTGAATTACAACTTTATTGTACCGCA 480
Query 481 ATTGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATAGGCGCATTGGTCTTCGCAGCCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAA 540
Query 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GCAGCTCCAAAATTGGCTTGGTTCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCA 600
Query 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GGGCTACTAGGACTTGGGTCCCTTTCTTGGGCAGGACATCAAGTACATGTATCTTTACCG 660
Query 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTAACCAATTTCTAAACGCTGGAGTAGATCCTAAAGAAATACCGCTTCCTCATGAATTT 720
Query 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCC 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 ATCTTGAATCGGGATCTTTTGGCTCAACTTTATCCAAGTTTTGCTGAAGGAGCAACTCCT 780
Query 781 TTTTTTACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTTTTTACCTTAAATTGGTCAAAATACTCGGAATTTCTTACTTTTCGTGGCGGATTAGAT 840
Query 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CCAGTGACTGGGGGTCTATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATT 900
Query 901 CTTTTTCTAATCGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTTTTCCTAATAGCGGGTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAA 960
Query 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GATATTTTAGAGGCTCATAAAGGTCCATTTACAGGCCAAGGCCATAAAGGCCTATATGAA 1020
Query 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ATTCTAACAACATCATGGCATGCTCAATTATCTCTTAACCTAGCTATGTTAGGCTCTTTA 1080
Query 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATGCCCCCTTATCCATATCTAGCTACTGAC 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 ACCATTATTGTAGCTCACCATATGTATTCCATGCCCCCTTATCCATATCTAGCTACTGAC 1140
Query 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TATGCTACACAACTGTCATTGTTCACACATCACATGTGGATTGGTGGATTTCTCATAGTT 1200
Query 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGTGCTGCTGCGCATGCAGCCATTTTTATGGTAAGAGACTATGATCCAACTAATCGATAT 1260
Query 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AACGATTTATTAGATCGTGTCCTGAGGCATCGCGATGCAATCATATCACATCTCAACTGG 1320
Query 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTG 1356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 GTATGTATATTTCTAGGCTTCCACAGTTTTGGTTTG 1356
Score = 1363 bits (738), Expect = 0.0
Identities = 746/750 (99%), Gaps = 0/750 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1504 AGCACCAGTTTGACTTgggggggCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCTTTG 1563
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 AGCACCTGTTTGACTTGGGGGGGCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGCTTTG 1497
Query 1564 TTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACAATT 1623
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TTACCTATTCCATTAGGAACGGCAGATTTTTTGGTACATCATATTCATGCATTTACAATT 1557
Query 1624 CATGTGACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCGCGTTTAATA 1683
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1558 CATGTAACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTCTATTTGCTCGTAGCTCCCGTTTAATA 1617
Query 1684 CCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGAACA 1743
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 CCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCGGGAAGAGGAGGAACA 1677
Query 1744 TGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCTATT 1803
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGATGTACAATGCTATT 1737
Query 1804 TCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATAAGT 1863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TCCGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTTGGGGTAGTATAAGT 1797
Query 1864 GATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACTATT 1923
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAACTTTGCACAGAGTTCCATTACTATT 1857
Query 1924 AATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTATGGT 1983
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 AATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGCATCTCAGGTAATTCAGTCTTATGGT 1917
Query 1984 TCTTCGTTATCTGCATATGGTCtttttttCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTCAGT 2043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TCTTCGTTATCTGCATATGGTCTTTTTTTCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTCAGT 1977
Query 2044 TTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTTTGG 2103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 TTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTTATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTTTGG 2037
Query 2104 GCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTATACAA 2163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2038 GCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTGCTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTGTACAA 2097
Query 2164 GGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCGTTC 2223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACCTTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCGTTC 2157
Query 2224 TTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2253
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2158 TTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGATAA 2187
Score = 167 bits (90), Expect = 4e-40
Identities = 90/90 (100%), Gaps = 0/90 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1388 GGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTTGCTCAAT 1447
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 GGCGTCCACAAGATATGTTTTCAGATACTGCTATACAATTACAACCAGTCTTTGCTCAAT 1415
Query 1448 GGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTG 1477
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 GGATACAAAATACCCATGCTTTAGCACCTG 1445
> Ahg931003 jgi|Araly1|931003|scaffold_303460.1
Length=444
Score = 425 bits (230), Expect = 5e-118
Identities = 238/242 (98%), Gaps = 0/242 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2012 TCCTAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTCAGTTTAATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTT 2071
||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 159 TCCCAGGTGCTCATTTTGTATGGGCTTTCAGTTTCATGTTTCTATTCAGCGGGCGTGGTT 218
Query 2072 ATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTTTGGGCTCATAATAAATTAAAAGTTGCTCCTG 2131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 219 ATTGGCAAGAACTTATTGAATCCATTGTTTGGGCTCATAATAAATGAAAAGTTGCTCCTG 278
Query 2132 CTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTATACAAGGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACC 2191
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 279 CTACTCAGCCTAGAGCCTTGAGCATTGTACAAGGACGTGCTGTAGGAGTAACCCATTACC 338
Query 2192 TTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCGTTCTTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGAT 2251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 339 TTCTGGGTGGAATTGCCACAACATGGGCGTTCTTCTTAGCAAGAATTATTGCAGTAGGAT 398
Query 2252 AA 2253
||
Sbjct 399 AA 400
Score = 209 bits (113), Expect = 6e-53
Identities = 124/129 (96%), Gaps = 1/129 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1839 GTCAGATGTTTGGGGTAGTATAAGTGATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAA 1898
||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 39 GTCAG-TGTGAGGGGTAGTATAAGTGATCAAGGGGTGGTAACTCATATTACTGGAGGAAA 97
Query 1899 CTTTGCACAGAGTTCCATTACTATTAATGGGTGGCTCCGCGATTTCTTATGGGCACAAGC 1958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 98 CTTTGCACAGAGTTCCATTACTATTAATGGGTGGCTCTGCGATTTCTTATGGGCACAAGC 157
Query 1959 ATCTCAGGT 1967
||| |||||
Sbjct 158 ATCCCAGGT 166
> Ahg475595 jgi|Araly1|475595|fgenesh2_kg.2__725__ATCG00340.1
Length=2067
Score = 134 bits (72), Expect = 4e-30
Identities = 106/123 (86%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTTCTAATCGCGG 916
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
Query 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
Query 977 ATA 979
|||
Sbjct 923 ATA 925
> Ahg315521 jgi|Araly1|315521|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000554
Length=2205
Score = 134 bits (72), Expect = 4e-30
Identities = 106/123 (86%), Gaps = 0/123 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 857 TATGGTTAACCGATATAGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTTCTAATCGCGG 916
||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 803 TATGGCTAACCGATATGGCACATCATCATTTAGCTATCGCAATTCTTTTCCTCATTGCGG 862
Query 917 GTCATATGTATAGGACCAACTGGGGTATTGGTCATGGTATAAAAGATATTTTAGAGGCTC 976
||||||||||||| || |||| || || || || ||||||||||| ||||||| || |
Sbjct 863 GTCATATGTATAGAACGAACTTTGGAATCGGACACAGTATAAAAGATCTTTTAGAAGCAC 922
Query 977 ATA 979
|||
Sbjct 923 ATA 925
> Ahg952437 jgi|Araly1|952437|scaffold_7100007.1
Length=361
Score = 95.3 bits (51), Expect = 2e-18
Identities = 53/54 (98%), Gaps = 0/54 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1506 CACCAGTTTGACTTgggggggCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGC 1559
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 CACCAGTTTGACTTGGGGAGGCGGTGAGTTAGTAGCAGTGGGTGGCAAAGTAGC 279
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84826975615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5