BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00430.1
Length=678
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg475566 jgi|Araly1|475566|fgenesh2_kg.2__696__ATCG00430.1 1219 0.0
Ahg925508 jgi|Araly1|925508|scaffold_201069.1 1214 0.0
Ahg475599 jgi|Araly1|475599|fgenesh2_kg.2__729__ATCG00430.1 760 0.0
> Ahg475566 jgi|Araly1|475566|fgenesh2_kg.2__696__ATCG00430.1
Length=678
Score = 1219 bits (660), Expect = 0.0
Identities = 672/678 (99%), Gaps = 0/678 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATTCCATTAAGTTTCCCATACTTGATCGAACAACAAAAAATTCCGTTATTTCAACT 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAATTCCATTAAGTTTCCCGTACTTGATCGAACAACAAAAAATTCCGTTATTTCAACT 60
Query 61 ACGTTAAATGATCTTTCAAATTGGTCAAGACTTTCCAGCCTATGGCCGCTTCTTTATGGT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ACGTTAAATGATCTTTCAAATTGGTCAAGACTTTCCAGCCTATGGCCGCTTCTTTATGGT 120
Query 121 ACCAGTTGTTGTTTCATTGAATTTGCCTCATTAATAGGCTCCCGATTTGACTTTGATCGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 ACCAGTTGTTGTTTCATTGAATTTGCCTCATTAATAGGCTCCCGATTTGACTTTGATCGT 180
Query 181 TATGGGTTAGTACCAAGATCGAGTCCTAGACAGGCGGACCTTATTTTAACAGCAGGTACA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TATGGGTTAGTACCAAGATCGAGTCCTAGACAGGCGGACCTTATTTTAACAGCAGGTACA 240
Query 241 GTAACAATGAAAATGGCTCCTTCTTTAGTGCGATTATATGAACAAATGCCTGAACCGAAG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 241 GTAACAATGAAAATGGCTCCTTCTTTAGTGCGATTATATGAACAAATGCCTGAACCAAAG 300
Query 301 TATGTTATTGCTATGGGAGCCTGTACAATTACAGGGGGGATGTTCAGTACCGATTCTTAT 360
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATGTTATTGCTATGGGAGCGTGTACAATTACGGGGGGGATGTTCAGTACCGATTCTTAT 360
Query 361 AGTACTGTTCGAGGAGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGTACTGTTCGAGGAGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCA 420
Query 421 CCTAAACCAGAGGCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CCTAAACCAGAGGCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAA 480
Query 481 ATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACAGGGTAATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 ATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACAGGGTAATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAG 540
Query 541 TTTTTTGTTGTACGCAGTCCGCATATTGGAAATTATGATCAAGAACTACTCTATCCACCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 541 TTTTTTGTTGTACGCAGTCCGCATATTGGAAATTATGATCAAGAATTACTCTATCCACCA 600
Query 601 TCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAACATTTTTTAAATACAAAAGTCCAGTATCGTCC 660
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAAAATTTTTTAAATACAAAAGTCCAGTATCGTCC 660
Query 661 CACGAATTAGTGAATTAG 678
||||||||||||||||||
Sbjct 661 CACGAATTAGTGAATTAG 678
> Ahg925508 jgi|Araly1|925508|scaffold_201069.1
Length=721
Score = 1214 bits (657), Expect = 0.0
Identities = 671/678 (99%), Gaps = 0/678 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAATTCCATTAAGTTTCCCATACTTGATCGAACAACAAAAAATTCCGTTATTTCAACT 60
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 23 ATGAATTCCATTAAGTTTCCCGTACTTGATCGAACAACAAAAAAATCCGTTATTTCAACT 82
Query 61 ACGTTAAATGATCTTTCAAATTGGTCAAGACTTTCCAGCCTATGGCCGCTTCTTTATGGT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 83 ACGTTAAATGATCTTTCAAATTGGTCAAGACTTTCCAGCCTATGGCCGCTTCTTTATGGT 142
Query 121 ACCAGTTGTTGTTTCATTGAATTTGCCTCATTAATAGGCTCCCGATTTGACTTTGATCGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 ACCAGTTGTTGTTTCATTGAATTTGCCTCATTAATAGGCTCCCGATTTGACTTTGATCGT 202
Query 181 TATGGGTTAGTACCAAGATCGAGTCCTAGACAGGCGGACCTTATTTTAACAGCAGGTACA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 TATGGGTTAGTACCAAGATCGAGTCCTAGACAGGCGGACCTTATTTTAACAGCAGGTACA 262
Query 241 GTAACAATGAAAATGGCTCCTTCTTTAGTGCGATTATATGAACAAATGCCTGAACCGAAG 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 263 GTAACAATGAAAATGGCTCCTTCTTTAGTGCGATTATATGAACAAATGCCTGAACCAAAG 322
Query 301 TATGTTATTGCTATGGGAGCCTGTACAATTACAGGGGGGATGTTCAGTACCGATTCTTAT 360
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 323 TATGTTATTGCTATGGGAGCGTGTACAATTACGGGGGGGATGTTCAGTACCGATTCTTAT 382
Query 361 AGTACTGTTCGAGGAGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 383 AGTACTGTTCGAGGAGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCA 442
Query 421 CCTAAACCAGAGGCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 CCTAAACCAGAGGCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAA 502
Query 481 ATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACAGGGTAATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAG 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 ATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACAGGGTAATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAG 562
Query 541 TTTTTTGTTGTACGCAGTCCGCATATTGGAAATTATGATCAAGAACTACTCTATCCACCA 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 563 TTTTTTGTTGTACGCAGTCCGCATATTGGAAATTATGATCAAGAATTACTCTATCCACCA 622
Query 601 TCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAACATTTTTTAAATACAAAAGTCCAGTATCGTCC 660
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 TCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAAAATTTTTTAAATACAAAAGTCCAGTATCGTCC 682
Query 661 CACGAATTAGTGAATTAG 678
||||||||||||||||||
Sbjct 683 CACGAATTAGTGAATTAG 700
> Ahg475599 jgi|Araly1|475599|fgenesh2_kg.2__729__ATCG00430.1
Length=426
Score = 760 bits (411), Expect = 0.0
Identities = 421/426 (99%), Gaps = 0/426 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 253 ATGGCTCCTTCTTTAGTGCGATTATATGAACAAATGCCTGAACCGAAGTATGTTATTGCT 312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTCCTTCTTTAGTGCGATTATATGAACAAATGCCTGAACCAAAGTATGTTATTGCT 60
Query 313 ATGGGAGCCTGTACAATTACAGGGGGGATGTTCAGTACCGATTCTTATAGTACTGTTCGA 372
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATGGGAGCGTGTACAATTACGGGGGGGATGTTCAGTACCGATTCTTATAGTACTGTTCGA 120
Query 373 GGAGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCACCTAAACCAGAG 432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGTTGATAAGCTAATTCCTGTAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCACCTAAACCAGAG 180
Query 433 GCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAAATCTATAAGGAT 492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCTGTTATAGACGCTATAACAAAGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAAATCTATAAGGAT 240
Query 493 CGAATTAGACCTCAACAGGGTAATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAGTTTTTTGTTGTA 552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGAATTAGACCTCAACAGGGTAATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAGTTTTTTGTTGTA 300
Query 553 CGCAGTCCGCATATTGGAAATTATGATCAAGAACTACTCTATCCACCATCATCTACTTCA 612
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CGCAGTCCGCATATTGGAAATTATGATCAAGAATTACTCTATCCACCATCATCTACTTCA 360
Query 613 GAGATCTCTACTGAAACATTTTTTAAATACAAAAGTCCAGTATCGTCCCACGAATTAGTG 672
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAGATCTCTACTGAAAAATTTTTTAAATACAAAAGTCCAGTATCGTCCCACGAATTAGTG 420
Query 673 AATTAG 678
||||||
Sbjct 421 AATTAG 426
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 24894264801
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5