BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00500.1
Length=1467
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925544 jgi|Araly1|925544|scaffold_201105.1 2505 0.0
Ahg907873 jgi|Araly1|907873|Al_scaffold_0002_954 857 0.0
Ahg925502 jgi|Araly1|925502|scaffold_201063.1 856 0.0
> Ahg925544 jgi|Araly1|925544|scaffold_201105.1
Length=1495
Score = 2505 bits (1356), Expect = 0.0
Identities = 1432/1467 (98%), Gaps = 12/1467 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAAAATCGTGGTTCAATTTTATGTTTTCTAAGGGAGAATTGGAATACAGAGGTGAG 60
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Sbjct 21 ATGGAAAAATCGTGGTTCAATTTTATGTTTTCTAAGGGAGAATTGGAATACAGAGGCGAG 80
Query 61 CTAAGTAAAGCAATGGATAGTTTTGCTCCTGGTGAAAAGACTACTATAAGTCAAGACCGT 120
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Sbjct 81 CTAAGTAAAGCAATGGATAGTTTTGCTCCTGGTGAAAAGACTACTATAAGTCAAGACCAT 140
Query 121 TTTATATATGATATGGATAAAAACTTTTATGGTTGGGATGAGCGTTCTAGTTATTCTTCT 180
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Sbjct 141 TTTATATATGATATGGATAAAAACTTTTATGGTTGGGGTGA--G--C--G------TTCT 188
Query 181 AGTTATTCCAATAATGTTGATCTTTTAGTTAGCTCCAAGGACATTCGCAATTTCATATCG 240
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Sbjct 189 AGTTATTCCAATAATGTTGATCTTTTAGTTAGCTCCAAGGACATTCGCAATTTCATATCG 248
Query 241 GATGACACCTTTTTTGTTAGGGATAGTAATAAGAATAGTTATTCTATATTTTTTGATaaa 300
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Sbjct 249 GATGACACCTTTTTTGTTAGGGATAGTAATAATAATAGTTATTCTATATATTTTGATAAA 308
Query 301 aaaaaaaaaaTTTTTGAGATTGACAATGATTTTAGTGACCTAGAAAAAtttttttATAGT 360
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Sbjct 309 AAAAAAAAATTTTTTGAGATTGACAATGATTTTAGTGACCTAGAAATTTTTTTTTATAGT 368
Query 361 TATTGTAGTTCTAGTTATCTAAATAATAGATCTAAAGGTGACAACGATCTGCACTATGAT 420
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 TATTGTAGTTCTAGTTATTTGAATAATAGATCTAAAGGTGACAACGATCTGCACTATGAT 428
Query 421 CCTTACATTAAGGATACTAAATATAATTGTACTAATCACATTAATAGTTGCATTGATTCT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 429 CCTTACATTAAGGATACTAAATATAATTGTACTAATCACATTAATAGTTGCATTGATTCT 488
Query 481 TATTTTCGTTCTTACATCTGTATTGATAATAACTTTTTAATCGATAGTAATAATTTTAAT 540
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 489 TATTTTCGTTCTTACATCTGTATTGATAGTAACTTTTTAAGCGATAGTAATAATTCCAAT 548
Query 541 GAAAGTTACATTTATAATTTCATTTGTAGTGAAAGCGGAAAGATTCGTGAAAGTAAAAAT 600
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Sbjct 549 GAAAGTTACATTTATAATTTCATTTGTAGTGAAAGTGGAAAGATTCGTGAAAGCAAAAAT 608
Query 601 TACAAGATAAGAACTAATAGGAATCGTAGTAATTTAATAAGTTCTAAGGATTTCGATATA 660
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Sbjct 609 TACAAGATAAGAACTAATAGGAATCGTAGTAATTTAATAAGTTCTAAGGATTTTGATATA 668
Query 661 ACTCAAAACTACAATCAATTGTGGATTCAATGCGACAATTGTTATGGATTAATGTATAAG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 ACTCAAAACTACAATCAATTGTGGATTCAATGCGACAATTGTTATGGATTAATGTATAAG 728
Query 721 AAAGTCAAAATGAATGTTTGTGAACAATGTGGACATTATTTGAAAATGAGTAGTTCAGAA 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 AAAGTCAAAATGAATGTTTGTGAACAATGTGGACATTATTTGAAAATGAGTAGTTCAGAG 788
Query 781 AGAATCGAGCTTTCGATTGATCCGGGTACTTGGAATCCTATGGATGAAGACATGGTCTCT 840
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 AGAATCGAGCTTTCGATTGATCCGAGTACTTGGAATCCTATGGATGAAGACATGGTCTCT 848
Query 841 GCGGATCCCATTAAATTTCATTCGAAGGAGGAACCTTATAAAAACCGTATTGACTCTGCG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 GCGGATCCCATTAAATTTCATTCGAAGGAGGAACCTTATAAAAACCGTATTGACTCTGCT 908
Query 901 CAAAAAACTACAGGATTGACTGACGCTGTTCAAACAGGTACAGGTCAACTAAACGGTATT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 CAAAAAACTACAGGATTGACTGACGCTGTTCAAACAGGTACAGGTCAACTAAACGGTATT 968
Query 961 CCGGTAGCCCTTGGGGTTATGGATTTTCGGTTTATGGGGGGTAGTATGGGATCCGTAGTA 1020
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Sbjct 969 CCGGTAGCCCTTGGGGTTATGGATTTTCGGTTTATGGGGGGTAGTATGGGATCCGTAGTA 1028
Query 1021 GGCGAAAAAATAACTCGTTTGATCGAGTATGCTACCAATCAATGTTTACCTCTTATTTTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 GGCGAAAAAATAACTCGTTTGATCGAGTATGCTACCAATCAATGTTTACCTCTTATTTTA 1088
Query 1081 GTGTGTTCTTCCGGAGGAGCACGAATGCAAGAAGGAAGTTTAAGTTTGATGCAAATGGCT 1140
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Sbjct 1089 GTGTGTTCTTCCGGAGGAGCACGAATGCAAGAAGGAAGTTTAAGTTTGATGCAAATGGCT 1148
Query 1141 AAAATTTCTTCGGTTTTATGTGATTATCAATCAAGTAAAAAGTTATTCTATATATCAATT 1200
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Sbjct 1149 AAAATTTCTTCGGTTTTATGTGATTATCAATCAAGTAAAAAGTTATTCTATATATCAATT 1208
Query 1201 CTTACATCTCCTACTACCGGTGGAGTGACAGCTAGTTTTGGTATGTTGGGGGATATCATT 1260
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Sbjct 1209 CTTACATCTCCTACTACCGGTGGAGTGACAGCTAGTTTGGGTATGTTGGGGGATATCATT 1268
Query 1261 ATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGCATTTGCGGGTAAAAGAGTAATTGAACAAACATTG 1320
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Sbjct 1269 ATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGCATTTGCGGGTAAAAGAGTAATTGAACAAACATTG 1328
Query 1321 AAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACAAGCGGCTGAATCTTTATTACGTAAGGGCTTATTG 1380
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Sbjct 1329 AAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACAAGCGGCTGAATCTTTATTACGTAAGGGCTTATTG 1388
Query 1381 GATGCAATTGTACCACGTAATCTTTTAAAAGGTGTTCTGAGCGAGTTATTTCAGCTCCAT 1440
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Sbjct 1389 GATGCAATTGTACCACGTAATCTTTTAAAAGGTGTTCTGAGCGAGTTATTTCAGCTCCAT 1448
Query 1441 GCtttttttCCTTTGAACACAAATTAA 1467
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Sbjct 1449 GCTTTTTTTCCGTTGAACAAAAATTAA 1475
> Ahg907873 jgi|Araly1|907873|Al_scaffold_0002_954
Length=879
Score = 857 bits (464), Expect = 0.0
Identities = 468/470 (99%), Gaps = 0/470 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 998 GGGGTAGTATGGGATCCGTAGTAGGCGAAAAAATAACTCGTTTGATCGAGTATGCTACCA 1057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 GGGGTAGTATGGGATCCGTAGTAGGCGAAAAAATAACTCGTTTGATCGAGTATGCTACCA 469
Query 1058 ATCAATGTTTACCTCTTATTTTAGTGTGTTCTTCCGGAGGAGCACGAATGCAAGAAGGAA 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 ATCAATGTTTACCTCTTATTTTAGTGTGTTCTTCCGGAGGAGCACGAATGCAAGAAGGAA 529
Query 1118 GTTTAAGTTTGATGCAAATGGCTAAAATTTCTTCGGTTTTATGTGATTATCAATCAAGTA 1177
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Sbjct 530 GTTTAAGTTTGATGCAAATGGCTAAAATTTCTTCGGTTTTATGTGATTATCAATCAAGTA 589
Query 1178 AAAAGTTATTCTATATATCAATTCTTACATCTCCTACTACCGGTGGAGTGACAGCTAGTT 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 AAAAGTTATTCTATATATCAATTCTTACATCTCCTACTACCGGTGGAGTGACAGCTAGTT 649
Query 1238 TTGGTATGTTGGGGGATATCATTATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGCATTTGCGGGTA 1297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 650 TTGGTATGTTGGGGGATATCATTATTGCCGAACCCTATGCCTATATTGCATTTGCGGGTA 709
Query 1298 AAAGAGTAATTGAACAAACATTGAAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACAAGCGGCTGAAT 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 AAAGAGTAATTGAACAAACATTGAAAAAAGCCGTGCCTGAAGGTTCACAAGCGGCTGAAT 769
Query 1358 CTTTATTACGTAAGGGCTTATTGGATGCAATTGTACCACGTAATCTTTTAAAAGGTGTTC 1417
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Sbjct 770 CTTTATTACGTAAGGGCTTATTGGATGCAATTGTACCACGTAATCTTTTAAAAGGTGTTC 829
Query 1418 TGAGCGAGTTATTTCAGCTCCATGCtttttttCCTTTGAACACAAATTAA 1467
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Sbjct 830 TGAGCGAGTTATTTCAGCTCCATGCTTTTTTTCCGTTGAACAAAAATTAA 879
Score = 372 bits (201), Expect = 5e-102
Identities = 239/255 (94%), Gaps = 12/255 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAAAATCGTGGTTCAATTTTATGTTTTCTAAGGGAGAATTGGAATACAGAGGTGAG 60
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Sbjct 1 ATGGAAAAATCGTGGTTCAATTTTATGTTTTCTAAGGGAGAATTGGAATACAGAGGCGAG 60
Query 61 CTAAGTAAAGCAATGGATAGTTTTGCTCCTGGTGAAAAGACTACTATAAGTCAAGACCGT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 61 CTAAGTAAAGCAATGGATAGTTTTGCTCCTGGTGAAAAGACTACTATAAGTCAAGACCAT 120
Query 121 TTTATATATGATATGGATAAAAACTTTTATGGTTGGGATGAGCGTTCTAGTTATTCTTCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 121 TTTATATATGATATGGATAAAAACTTTTATGGTTGGGGTGAGCGTTCTAGTTATTC--C- 177
Query 181 AGTTATTCCAATAATGTTGATCTTTTAGTTAGCTCCAAGGACATTCGCAATTTCATATCG 240
| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 A---AT---AAT---GTTGATCTTTTAGTTAGCTCCAAGGACATTCGCAATTTCATATCG 228
Query 241 GATGACACCTTTTTT 255
||||| |||||||||
Sbjct 229 GATGATACCTTTTTT 243
Score = 303 bits (164), Expect = 2e-81
Identities = 166/167 (99%), Gaps = 0/167 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 721 AAAGTCAAAATGAATGTTTGTGAACAATGTGGACATTATTTGAAAATGAGTAGTTCAGAA 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 AAAGTCAAAATGAATGTTTGTGAACAATGTGGACATTATTTGAAAATGAGTAGTTCAGAG 303
Query 781 AGAATCGAGCTTTCGATTGATCCGGGTACTTGGAATCCTATGGATGAAGACATGGTCTCT 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 304 AGAATCGAGCTTTCGATTGATCCGGGTACTTGGAATCCTATGGATGAAGACATGGTCTCT 363
Query 841 GCGGATCCCATTAAATTTCATTCGAAGGAGGAACCTTATAAAAACCG 887
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Sbjct 364 GCGGATCCCATTAAATTTCATTCGAAGGAGGAACCTTATAAAAACCG 410
> Ahg925502 jgi|Araly1|925502|scaffold_201063.1
Length=946
Score = 856 bits (463), Expect = 0.0
Identities = 483/493 (98%), Gaps = 0/493 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 349 tttttttATAGTTATTGTAGTTCTAGTTATCTAAATAATAGATCTAAAGGTGACAACGAT 408
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TTTTTTTATAGTTATTGTAGTTCTAGTTATCTGAATAATAGATCTAAAGGTGACAACGAT 299
Query 409 CTGCACTATGATCCTTACATTAAGGATACTAAATATAATTGTACTAATCACATTAATAGT 468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CTGCACTATGATCCTTACATTAAGGATACTAAATATAATTGTACTAATCACATTAATAGT 359
Query 469 TGCATTGATTCTTATTTTCGTTCTTACATCTGTATTGATAATAACTTTTTAATCGATAGT 528
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 360 TGCATTGATTCTTATTTTCGTTCTTACATCTGTATTGATAGTAACTTTTTAAGCGATAGT 419
Query 529 AATAATTTTAATGAAAGTTACATTTATAATTTCATTTGTAGTGAAAGCGGAAAGATTCGT 588
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 420 AATAATTCCAATGAAAGTTACATTTATAATTTCATTTGTAGTGAAAGTGGAAAGATTCGT 479
Query 589 GAAAGTAAAAATTACAAGATAAGAACTAATAGGAATCGTAGTAATTTAATAAGTTCTAAG 648
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GAAAGCAAAAATTACAAGATAAGAACTAATAGGAATCGTAGTAATTTAATAAGTTCTAAG 539
Query 649 GATTTCGATATAACTCAAAACTACAATCAATTGTGGATTCAATGCGACAATTGTTATGGA 708
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GATTTTGATATAACTCAAAACTACAATCAATTGTGGATTCAATGCGACAATTGTTATGGA 599
Query 709 TTAATGTATAAGAAAGTCAAAATGAATGTTTGTGAACAATGTGGACATTATTTGAAAATG 768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 600 TTAATGTATAAGAAAGTCAAAATGAATGTTTGTGAACAATGTGGATATTATTTGAAAATG 659
Query 769 AGTAGTTCAGAAAGAATCGAGCTTTCGATTGATCCGGGTACTTGGAATCCTATGGATGAA 828
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AGTAGTTCAGAGAGAATCGAGCTTTCGATTGATCCGGGTACTTGGAATCCTATGGATGAA 719
Query 829 GACATGGTCTCTG 841
|||||||||||||
Sbjct 720 GACATGGTCTCTG 732
Score = 324 bits (175), Expect = 1e-87
Identities = 216/233 (93%), Gaps = 13/233 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAAAAATCGTGGTTCAATTTTATGTTTTCTAAGGGAGAATTGGAATACAGAGGTGAG 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 21 ATGGAAAAATCGTGGTTCAATTTTATGTTTTCTAAGGGAGAATTGGAATACAGAGGCGAG 80
Query 61 CTAAGTAAAGCAATGGATAGTTTTGCTCCTGGTGAAAAGACTACTATAAGTCAAGACCGT 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 81 CTAAGTAAAGCAATGGATAGTTTTGCTCCTGGTGAAAAGACTACTATAAGTCAAGACCAT 140
Query 121 TTTATATATGATATGGATAAAAACTTTTATGGTTGGGATGAGCGTTCTAGTTATTCTTCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
Sbjct 141 TTTATATATGATATGGATAAAAACTTTTATGGTTGGGGTGAGCGTTCTAGTTATTC--C- 197
Query 181 AGTTATTCCAATAATGTTGATCTTTTAGTTAGCTCCAAGGACATTCGCAATTT 233
| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 198 A---AT---AAT---GTTGATCTTTTAGTTAGCTCCAAGGACATTCA-AATTT 240
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 54888043045
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5