BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00740.1
Length=990
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg925447 jgi|Araly1|925447|scaffold_201008.1 1712 0.0
Ahg925560 jgi|Araly1|925560|scaffold_201121.1 1707 0.0
Ahg930931 jgi|Araly1|930931|scaffold_303388.1 425 2e-118
> Ahg925447 jgi|Araly1|925447|scaffold_201008.1
Length=1039
Score = 1712 bits (927), Expect = 0.0
Identities = 970/990 (98%), Gaps = 6/990 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 60
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Sbjct 32 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 91
Query 61 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 92 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGT 151
Query 121 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 180
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Sbjct 152 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 211
Query 181 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGCAGGTATT 240
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Sbjct 212 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGTAGGTATT 271
Query 241 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 272 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 331
Query 301 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 391
Query 361 ATTATTTTACCGCCCGCTGTGGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACA 420
|| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 ATAATTTTACCGCCCTCTGTAGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACG 451
Query 421 GAACCAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATTGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 480
||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 GAAACAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 511
Query 481 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 571
Query 541 AATGCCAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 600
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 AACGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 631
Query 601 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAAGCCTCCCGG 660
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 632 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGG 691
Query 661 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 720
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Sbjct 692 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 751
Query 721 AACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTAGTTAACCTA 780
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 752 AACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTA 811
Query 781 AGaaaaaaaaaaaaaaCAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 840
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Sbjct 812 AGAAAAAAAA------CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 865
Query 841 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAATCCAATATACATACATTATTGGACCTT 900
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Sbjct 866 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGACCTT 925
Query 901 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 960
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Sbjct 926 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 985
Query 961 AAGATATTAGACATTCTAGaaaaaaaaTAG 990
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Sbjct 986 AAGATATTAGACATTCTAGAAAAAAAATAG 1015
> Ahg925560 jgi|Araly1|925560|scaffold_201121.1
Length=1031
Score = 1707 bits (924), Expect = 0.0
Identities = 969/990 (98%), Gaps = 6/990 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 60
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Sbjct 24 ATGGTTCGAGAGAAAGTCAAAGTATCTACTCGGACACTACAGTGGAAGTGTGTTGAATCA 83
Query 61 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGC 120
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Sbjct 84 AAAAGAGACAGTAAGCGTCTTTATTATGGACGCTTTATTCTGTCTCCACTTATGAAAGGT 143
Query 121 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 180
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Sbjct 144 CAAGCCGACACAATAGGCATTGCGATGCGAAGAGCTTTACTTGGCGAAATAGAAGGAACA 203
Query 181 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGCAGGTATT 240
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Sbjct 204 TGTATTACACGTGCAAAATCTGAGAACATACCACATGACTATTCTAACATAGTAGGTATT 263
Query 241 CAAGAATCAGTACATGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 300
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 264 CAAGAATCAGTACACGAAATTTTAATGAATTTGAACGAGATTGTATTAAGAAGTAATCTA 323
Query 301 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 360
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Sbjct 324 TATGGAACGCGCAACGCGCTTATTTGTGTCCAAGGTCCTGGATATATAACTGCTCGAGAC 383
Query 361 ATTATTTTACCGCCCGCTGTGGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACA 420
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Sbjct 384 ATAATTTTACCGCCCTCTGTAGAAATCATTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACG 443
Query 421 GAACCAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATTGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 480
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Sbjct 444 GAAACAATAGATTTGTGTATTGAATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAA 503
Query 481 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 540
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Sbjct 504 ATGTCAAATAACTTTGAAGACAGAAGTTATCCTATCGATGCTGTATTCATGCCTGTTGAA 563
Query 541 AATGCCAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 600
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 564 AACGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTT 623
Query 601 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAAGCCTCCCGG 660
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Sbjct 624 CTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGG 683
Query 661 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 720
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Sbjct 684 AATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAG 743
Query 721 AACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTAGTTAACCTA 780
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Sbjct 744 AACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTA 803
Query 781 AGaaaaaaaaaaaaaaCAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 840
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Sbjct 804 AGAAAAAAAA------CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAA 857
Query 841 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAATCCAATATACATACATTATTGGACCTT 900
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Sbjct 858 TTGCCTCCCAGAATCTACAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGACCTT 917
Query 901 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 960
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Sbjct 918 TTGAATAACAGTCAAGAAGACCTTATCAAAATTGAACATTTTCACGTAGAAGATGTAAAA 977
Query 961 AAGATATTAGACATTCTAGaaaaaaaaTAG 990
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Sbjct 978 AAGATATTAGACATTCTAGAAAAAAAATAG 1007
> Ahg930931 jgi|Araly1|930931|scaffold_303388.1
Length=281
Score = 425 bits (230), Expect = 2e-118
Identities = 251/260 (97%), Gaps = 5/260 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 592 ATTCTTTTTCTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATCAA 651
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Sbjct 27 ATTCTTTTTCTAGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAA 86
Query 652 GCCTCCCGGAATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTC 711
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Sbjct 87 GCCTCCCGGAATTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTC 146
Query 712 TATTTAGAGAACAATCAACATCAAGTTACTTTACCCTTTTTTCCTTTTCATAATCGATTA 771
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Sbjct 147 TATTTAGAGAACAATCAGCATCAAGTTACTTTACCTTTTTTTCCTTTTCATAATAGATTA 206
Query 772 GTTAACCTAAGaaaaaaaaaaaaaaCAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGAC 831
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Sbjct 207 GTTAACCTAAGAAAAAAAAA-----CAAAAGAACTAGCCTTTCAATATATTTTTATTGAC 261
Query 832 CAATTAGAATTGCCTCCCAG 851
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Sbjct 262 CAATTAGAATTGCCTCCCAG 281
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 36788614905
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5