BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG00810.1
Length=483
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg315497 jgi|Araly1|315497|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000530 837 0.0
Ahg315563 jgi|Araly1|315563|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000596 826 0.0
Ahg473321 jgi|Araly1|473321|fgenesh2_kg.1__3275__ATCG00810.1 793 0.0
> Ahg315497 jgi|Araly1|315497|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000530
Length=483
Score = 837 bits (453), Expect = 0.0
Identities = 473/483 (98%), Gaps = 0/483 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAAAGAAGAGAAAAAAGAAATCATATACGGAAGTATATGCTTTAGGGCAATATATA 60
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Sbjct 1 ATGATAAAGAAGAGAAAGAAGAAATCATATACTTCCGTATATGCTTTAGGGCAATATATA 60
Query 61 TCTATGTCTGCCCATAAAGCACGGAGAGTAATTGATCAAATACGTGGACGTTCCTATGAA 120
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Sbjct 61 TCTATGTCTGCCCATAAAGCACGGAGAGTTATTGATCAAATACGTGGACGTTCCTACGAA 120
Query 121 GAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCTTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTG 180
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Sbjct 121 GAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCTTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTG 180
Query 181 GTTTATTCTGCTGCAGCGAACGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTC 240
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Sbjct 181 GTTTATTCTGCCGCAGCGAACGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTC 240
Query 241 ATTAGTAAAGCTGAGGTGAACCAAGGGAATACTGTGAAAAAATTAAAACCTCGTGCCCGA 300
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Sbjct 241 ATTAGTAAAGCTGAGGTGAACCAAGGAAATACTGTGAAAAAATTAAAACCTCGTGCCCGA 300
Query 301 GGACGAAGTTACCCAATAAAACGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA 360
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Sbjct 301 GGACGAAGTTACCCAATAAAACGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA 360
Query 361 TCCTTCTATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTaaaaaaaCCTGGATGCAGCAAT 420
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Sbjct 361 TCCTTCTATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTAAAAAAACCTGGATGCAGCAAT 420
Query 421 GAAAACAGAAATCTAACATGTTATGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAA 480
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Sbjct 421 GAAAACAGAAATCTAACATGTTATGATAGATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAA 480
Query 481 TAA 483
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Sbjct 481 TAA 483
> Ahg315563 jgi|Araly1|315563|fgenesh1_pm.C_scaffold_2000596
Length=483
Score = 826 bits (447), Expect = 0.0
Identities = 471/483 (98%), Gaps = 0/483 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAAAGAAGAGAAAAAAGAAATCATATACGGAAGTATATGCTTTAGGGCAATATATA 60
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Sbjct 1 ATGATAAAGAAGAGAAAGAAGAAATCATATACTTCCGTATATGCTTTAGGGCAATATATA 60
Query 61 TCTATGTCTGCCCATAAAGCACGGAGAGTAATTGATCAAATACGTGGACGTTCCTATGAA 120
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Sbjct 61 TCTATGTCTGCCCATAAAGCACGGAGAGTTATTGATCAAATACGTGGACGTTCCTACGAA 120
Query 121 GAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCTTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTG 180
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Sbjct 121 GAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCTTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTG 180
Query 181 GTTTATTCTGCTGCAGCGAACGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTC 240
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Sbjct 181 GTTTATTCTGCCGCAGCGAACGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTC 240
Query 241 ATTAGTAAAGCTGAGGTGAACCAAGGGAATACTGTGAAAAAATTAAAACCTCGTGCCCGA 300
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Sbjct 241 ATTAGTAAAGCTGAGGTGAACCAAGGAAATACTGTAAAAAAATTAAAACCTCGTGCCCGA 300
Query 301 GGACGAAGTTACCCAATAAAACGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA 360
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Sbjct 301 GGACGAAGTTACCCAATAAAACGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA 360
Query 361 TCCTTCTATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTaaaaaaaCCTGGATGCAGCAAT 420
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Sbjct 361 TCCTTCTATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTAAAAAAAACTGGATGCAGCAAT 420
Query 421 GAAAACAGAAATCTAACATGTTATGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAA 480
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Sbjct 421 GAAAACAGAAATCTAACATGTTATGATAGATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGACAAAAAA 480
Query 481 TAA 483
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Sbjct 481 TAA 483
> Ahg473321 jgi|Araly1|473321|fgenesh2_kg.1__3275__ATCG00810.1
Length=474
Score = 793 bits (429), Expect = 0.0
Identities = 459/474 (97%), Gaps = 0/474 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAAAGAAGAGAAAAAAGAAATCATATACGGAAGTATATGCTTTAGGGCAATATATA 60
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Sbjct 1 ATGATAAAGAAGAGAAAGAAGAAATCATATACTTCCGTATATGCTTTAGGGCAATATATA 60
Query 61 TCTATGTCTGCCCATAAAGCACGGAGAGTAATTGATCAAATACGTGGACGTTCCTATGAA 120
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Sbjct 61 TCTATTTCTGCCCATAAAGCACGGAGAGTTATTGATCAAATACATGGACGTTCCTACGAA 120
Query 121 GAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCTTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTG 180
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Sbjct 121 GAAGCACTTATGATATTAGAACTTATGCCTTATCGAGGATGTTATCCCATTTTTAAATTG 180
Query 181 GTTTATTCTGCTGCAGCGAACGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTC 240
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Sbjct 181 GTTTATTCTGCCGCAGCGAACGCTAGTCACAATAAGGGTTTCAAAGAAACCAATTTAGTC 240
Query 241 ATTAGTAAAGCTGAGGTGAACCAAGGGAATACTGTGAAAAAATTAAAACCTCGTGCCCGA 300
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Sbjct 241 ATTAGTAAAGCTGAGGTGAACCAAAGAAATACTGTGAAAAAATTAAAACCTCGTGCCCGA 300
Query 301 GGACGAAGTTACCCAATAAAACGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA 360
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Sbjct 301 GGACGAAGTTACCCAATAAAACGATCCACTTGTCATATAACTATCGTATTGGAAGATATA 360
Query 361 TCCTTCTATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTaaaaaaaCCTGGATGCAGCAAT 420
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Sbjct 361 TCCTTCTATCAACAATATGAAGAATATTTAATGTATTTAGAAAAACCTGGATGCAGCAAT 420
Query 421 GAAAACAGAAATCTAACATGTTATGATACATATAGTAGTGGAGGCCTATGGGAC 474
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Sbjct 421 GAAAACAGAAATCTAACATGTTATGATAGATATAGTAGTGGAGACCTATGGGAC 474
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 17513415351
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5