BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG01000.1
Length=1032
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg952676 jgi|Araly1|952676|scaffold_900027.1 1879 0.0
Ahg330519 jgi|Araly1|330519|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002746 1866 0.0
Ahg333073 jgi|Araly1|333073|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000101 1849 0.0
Ahg936827 jgi|Araly1|936827|scaffold_501018.1 946 0.0
> Ahg952676 jgi|Araly1|952676|scaffold_900027.1
Length=10497
Score = 1879 bits (1017), Expect = 0.0
Identities = 1027/1032 (99%), Gaps = 0/1032 (0%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 GTGATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATA 60
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Sbjct 3259 GTGATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATC 3200
Query 61 AATTCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTTTCCATAGGGCCC 120
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Sbjct 3199 AATTCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCC 3140
Query 121 TCTTATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3139 TCTTATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAG 3080
Query 181 AAAGTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTAT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3079 AAAGTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTAT 3020
Query 241 TATGCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3019 TATGCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCG 2960
Query 301 TATCTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2959 TATCTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 2900
Query 361 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2899 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTT 2840
Query 421 CAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2839 CAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 2780
Query 481 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTGGTTAATT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2779 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTGGTTAATT 2720
Query 541 GGTCACATTTTATTCATGAAATGGGTTGGATTGGTATTAGTCTGGATACAGCAAAATAAT 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2719 GGTCACATTTTATTCATGAAATGGGTTGGATTGGTATTAGTCTGGATACAGCAAAATAAT 2660
Query 601 TCTATTAGGTCTAATGTAGTTATTAGATCTAATAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTG 660
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Sbjct 2659 TCTATTAGGTCTAATGTACTTATTAGATCTAATAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTG 2600
Query 661 AGAAATTCTATGGCTCGAATCTTTAGTATTCTCTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 AGAAATTCTATGGCTCGAATCTTTAGTATTCTCTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTA 2540
Query 721 GGCAGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTTAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 GGCAGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTAAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGG 2480
Query 781 ACTAAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 ACTAAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAA 2420
Query 841 GAAGGGGAAGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCCGAGTGAATGGAAAAGAC 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419 GAAGGGGAAGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCCGAGTGAATGGAAAAGAC 2360
Query 901 AAAATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACTGTTTCT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2359 AAAATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACTGTTTCT 2300
Query 961 gaaaatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaa 1020
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 GAAAATCTAGATGGAAATAAAGAAAATTCGAATTTAGAATTTTTCAAAATAAAAAAAAAA 2240
Query 1021 GAGGATCATTAA 1032
||||||||||||
Sbjct 2239 GAGGATCATTAA 2228
> Ahg330519 jgi|Araly1|330519|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002746
Length=1044
Score = 1866 bits (1010), Expect = 0.0
Identities = 1023/1029 (99%), Gaps = 1/1029 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATAAAT 63
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Sbjct 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
Query 64 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTTTCCATAGGGCCCTCT 123
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Sbjct 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
Query 124 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
Query 184 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
Query 244 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
Query 304 CTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACTACC 363
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACTACC 360
Query 364 AGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTTCAA 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTTCAA 420
Query 424 TTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTATATG 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTATATG 480
Query 484 TTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTGGTTAATTGGT 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTGGTTAATTGGT 540
Query 544 CACATTTTATTCATGAAATGGGTTGGATTGGTATTAGTCTGGATACAGCAAAATAATTCT 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CACATTTTATTCATGAAATGGGTTGGATTGGTATTAGTCTGGATACAGCAAAATAATTCT 600
Query 604 ATTAGGTCTAATGTAGTTATTAGATCTAATAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTGAGA 663
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTAGGTCTAATGTACTTATTAGATCTAATAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTGAGA 660
Query 664 AATTCTATGGCTCGAATCTTTAGTATTCTCTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTAGGC 723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AATTCTATGGCTCGAATCTTTAGTATTCTCTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTAGGC 720
Query 724 AGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTTAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGGACT 783
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTAAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGGACT 780
Query 784 AAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAAGAA 843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAAGAA 840
Query 844 GGGGAAGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCCGAGTGAATGGAAAAGACAAA 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGGGAAGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCCGAGTGAATGGAAAAGACAAA 900
Query 904 ATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACTGTTTCTgaa 963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACTGTTTCTGAA 960
Query 964 aatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaaGAG 1023
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 AATCTAGATGGAAATAAAGAAAATTCGAATTTAGAATTTTTCAAAATAAAAAAAAA-GAG 1019
Query 1024 GATCATTAA 1032
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Sbjct 1020 GATCATTAA 1028
> Ahg333073 jgi|Araly1|333073|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000101
Length=1044
Score = 1849 bits (1001), Expect = 0.0
Identities = 1020/1029 (99%), Gaps = 1/1029 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATAAAT 63
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Sbjct 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
Query 64 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTTTCCATAGGGCCCTCT 123
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Sbjct 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
Query 124 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 183
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Sbjct 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
Query 184 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 243
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Sbjct 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
Query 244 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 303
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GTGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
Query 304 CTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACTACC 363
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Sbjct 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACTACC 360
Query 364 AGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTTCAA 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 AGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTTCAA 420
Query 424 TTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTATATG 483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTATATG 480
Query 484 TTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTGGTTAATTGGT 543
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTGGTTAATTGGT 540
Query 544 CACATTTTATTCATGAAATGGGTTGGATTGGTATTAGTCTGGATACAGCAAAATAATTCT 603
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CACATTTTATTCATGAAATGGGTTGGATTGGTATTAGTCTGGATACAGCAAAATAATTCT 600
Query 604 ATTAGGTCTAATGTAGTTATTAGATCTAATAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTGAGA 663
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATTAGGTCTAATGTACTTATTAGATCTAATAAGTATAAGTTCCTTGTGTCAGAATTGAGA 660
Query 664 AATTCTATGGCTCGAATCTTTAGTATTCTCTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTAGGC 723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 AATTCTATGGCTCGAATCTTTAGTATTCTCTTATTTATTACCTGTGTCTACTATTTAGGC 720
Query 724 AGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTTAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGGACT 783
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTAAAAGGAACCTCAGAAACGGGTGGGACT 780
Query 784 AAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAAGAA 843
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTTTTTTCGGAAGAA 840
Query 844 GGGGAAGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCCGAGTGAATGGAAAAGACAAA 903
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GGGGAAGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCCGAGTGAATGGAAAAGACAAA 900
Query 904 ATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACTGTTTCTgaa 963
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 ATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAAACTGTTTCTGAA 960
Query 964 aatctatatggaaataaagaaaattcgaatttagaatttttcaaaataaaaaaaaaaGAG 1023
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 961 AATCTAGATGGAAATAAAGAAAATTCGAATTTCGAATTTTTCAAAATAATAAAAAA-GAG 1019
Query 1024 GATCATTAA 1032
|||||||||
Sbjct 1020 GATCATTAA 1028
> Ahg936827 jgi|Araly1|936827|scaffold_501018.1
Length=1004
Score = 946 bits (512), Expect = 0.0
Identities = 526/533 (99%), Gaps = 0/533 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 GTGATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATC 444
Query 61 AATTCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTTTCCATAGGGCCC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 445 AATTCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCC 504
Query 121 TCTTATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 505 TCTTATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAG 564
Query 181 AAAGTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTAT 240
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 565 AAAGTATCAGCAACAACTGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTAT 624
Query 241 TATGCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 625 TATGCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCG 684
Query 301 TATCTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 TATCTTTTGTTTCATTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 744
Query 361 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 745 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCCGAATAATCTAATTTTT 804
Query 421 CAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 805 AAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 864
Query 481 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTG 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 865 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGTTTG 917
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 38389777419
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5