BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG01010.1
Length=2241
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg952676 jgi|Araly1|952676|scaffold_900027.1 3984 0.0
Ahg947816 jgi|Araly1|947816|scaffold_704045.1 1325 0.0
Ahg947815 jgi|Araly1|947815|scaffold_704044.1 1229 0.0
> Ahg952676 jgi|Araly1|952676|scaffold_900027.1
Length=10497
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2213/2241 (99%), Gaps = 0/2241 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCATCCCTTTCATTCCACTTCCAGTACCTATT 60
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Sbjct 26 ATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCATCCCTTTCATTCCACTTCCAGTACCTATT 85
Query 61 TTACTAGGAGTTGGACTTCTCCTTTTTCCGACAGCAACAAAAAACCTTCGCCGCATGTGG 120
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Sbjct 86 TTACTAGGAGTTGGACTTCTCCTTTTTCCGACAGCAACAAAAAACCTTCGACGCATGTGG 145
Query 121 ACTTTTCTTAGTAtttttttGTTAAGTATAGTTATGATCTTTTCAATCTATCTATCTATT 180
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Sbjct 146 ACTTTTCTTAGTATTTTTTTGTTAAGTATAGTTATGATCTTTTCACTCTATCTATCTATT 205
Query 181 CAACAAATTTTTCTAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAAATAATGAA 240
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Sbjct 206 CAACAAATTTTTCTAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAAATAATGAA 265
Query 241 TTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATT 300
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Sbjct 266 TTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATT 325
Query 301 ACAACTGTTGGGATTTTGGTTCTGATTTATAGTGACAATTATATGTCGCATGATCAAGGA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 ACAACTGTTGGGATTTTGGTTCTGATTTATAGTGACAATTATATGTCGCATGATCAAGGA 385
Query 361 TACCTGAGATTTTTTGCTTATATGGGtttttttAATACTTCAATGTTAGGATTAGTTACT 420
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Sbjct 386 TATCTGAGATTTTTTGCTTATATGGGTTTTTTTAATACTTCAATGTTAGGATTAGTTACT 445
Query 421 AGTTCTAATTTGATCCAAGTTTAttttttttGGGAATTAGTTGGAATGTGTTCGTATTTA 480
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Sbjct 446 AGTTCTAATTTGATCCAAGTTTATTTTTTTTGGGAATTAGTTGGAATGTGTTCATATTTA 505
Query 481 TTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCTATTGCAGCGAATGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTA 540
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Sbjct 506 TTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCTATTGCAGCGAATGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTA 565
Query 541 ACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTCTTTATTGGATAACT 600
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Sbjct 566 ACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTCTTTATTGGATAACA 625
Query 601 GGCAGTTTTGAATTTCAGGATTTGTTCGAAATATTCAATAATTTAATTTTAAATAATAGA 660
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Sbjct 626 GGCAGTTTTGAATTTCAGGATTTGTTCGAAATATTCAATAATTTAATTTTAAATAATAGA 685
Query 661 GTAAATCTCTTATTCCTTACTTTGTGTGCATTTCTATTATTTGTAGGTCCTATTGCTAAA 720
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Sbjct 686 GTAAATCTCTTATTCCTTACTTTGTGTGCATTTCTATTATTTGTAGGTCCTATTGCTAAA 745
Query 721 TCCGCACAATTTCCTCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGCCCTACTCCCATT 780
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Sbjct 746 TCCGCACAATTTCCTCTTCATGTATGGTTACCTGATGCCATGGAGGGCCCTACTCCCATT 805
Query 781 TCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCGGCGGGTATTTTTCTTGTAGCTCGTCTT 840
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Sbjct 806 TCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGGTAGCGGCGGGGATTTTTCTTGTAGCTCGTCTT 865
Query 841 CTTCCTCTTTTTATCGTTATCCCTTCTATAATGTATATAATATCTTTGATAGGTATAATA 900
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Sbjct 866 CTTCCTCTTTTTATAGTTATCCCTTCTATAATGTATATAATATCTTTGATAGGTATAATA 925
Query 901 ACAGTACTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGCGGGGTTTAGCC 960
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Sbjct 926 ACAGTACTCTTAGGAGCCACTTTAGCTCTTGCTCAAAAAGACATTAAGCGAGGTTTAGCC 985
Query 961 TATTCTACAATGTCTCAACTCGGTTATATGATGTTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGA 1020
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Sbjct 986 TATTCTACAATGTCTCAACTGGGTTATATGATATTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGA 1045
Query 1021 TCTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTGTTGTTTTTAGGATCT 1080
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Sbjct 1046 TCTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATGCTTATTCGAAAGCTTTGTTGTTTTTAGGATCT 1105
Query 1081 GGATCCATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAAT 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GGATCCATTATTCATTCAATGGAAGCTATAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAAT 1165
Query 1141 ATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGTCCCGATTACAAAAACGGCCTTTTTAATA 1200
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Sbjct 1166 ATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAACATGTCCCGATTACAAAAATGGCCTTTTTAATA 1225
Query 1201 GGAACACTCTCTCTTTGTGGTATccccccccTTGCTTGTTTTTGGTCGAAAGATGAAATT 1260
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Sbjct 1226 GGAACACTCTCTCTTTGTGGTATTCCCCCCCTTGCTTGTTTTTGGTCGAAAGATGAAATT 1285
Query 1261 CTTAATGATAGTTTGTTATTTTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCGGGA 1320
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Sbjct 1286 CTTAATGATAGTTTGTTGTTTTCGCCAATTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCGGGA 1345
Query 1321 TTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACT 1380
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Sbjct 1346 TTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTTATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACT 1405
Query 1381 TATTTTCTAAATTACAGTGGaaaaaaaaGTGGCTCCTTCTATTCACTCTCTTTATGGGGT 1440
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Sbjct 1406 TATTTTCTAAATTACAGTGGAAAAAAAAGTAGCTCCTTCTATTCACTCTCTTTATGGGGT 1465
Query 1441 AAAGAAGAAGaaaaaaaaCTTAATAAAAATTTTGGGTTAGTACCATTATTAACAATGAAT 1500
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Sbjct 1466 AAAGAAGAAGAAAAAAAACTTAATAAAAATTTTGGGTTAGTACCATTATTAACAATGAAT 1525
Query 1501 AATACAAAAAGAGCTTCttttttttGCAATAAAACATATAAAATAAGTAATAATGTAAGA 1560
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1526 AATAAAAAAAGAGCTTCTTTTTTTTGCAATAAAACATATAAAATTAGTAATAATGTAAGA 1585
Query 1561 AATCAAATTTTTATTACTGTTGAAAATTTTGGACTTAATACAAGAACTTTCTATTATCCG 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 AATCAAATTTTTATTACTGTTGAAAATTTTGGACTTAATACAAGAACTTTCTATTATCCC 1645
Query 1621 CATGAATCAGACAATACTATTCTATTTCCTATGCTTATTTTGGTTTTATTTACTTTGTTT 1680
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Sbjct 1646 CATGAATCAGACAATACTATTCTATTTCCTATGCTTATTTTGGTTTTATTTACTTTGTTT 1705
Query 1681 ATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTCAATCAAGAAGGAATAGACTTTGATATATTATCAAAA 1740
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Sbjct 1706 ATTGGAGCCATAGGAATTCCTTTCAATCAAGAAGGAATAGACTTTGATATATTATCAAAA 1765
Query 1741 TTTTTCACGCCGTCAATAAACCTTTTGCATAAAAATTCACAAAATTTTGTAGATTGGTAT 1800
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1766 TTATTCACGCCGTCAATAAACCTTTTGCATAAAAATTCACAAAATTTTGTAGATTGGTAT 1825
Query 1801 GAATTTTTGAGAAATGCAACTTTTTCGGTCAGTATAGCCTTTTTTGGAATATTTATAGCA 1860
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 GAATTTTTGAGAAATGCAACTTTTTCAGTGAGTATAGCTTTTTTTGGAATATTTATAGCA 1885
Query 1861 TACTGTTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTATTAAATTTAACCTTACTTAATTCATTT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 TACTGTTTATATAAGCCTTTTTATTCATCTTTATTAAATTTAACCTTACTTAATTCATTT 1945
Query 1921 CAAAAATGGAATTCTAAACGAATTCATTGGGAAAAACTAATAAATTTTGTATATAATTGG 1980
|||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1946 CAAAAATGGAATTCTAAAAGAATTCGTTGGGAAAAACTAATAAATTTTGTATATAATTGG 2005
Query 1981 TCATATAATCGTGGTTACATAGATTCtttttttAAAACATCTTTAATTGAAAGTATAAGA 2040
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006 TCATATAATCGTGGTTACATAGATGCTTTTTTTAAAACATCTTTAATTGAAAGTATAAGA 2065
Query 2041 AGATTAGCAAAACAAACGACtttttttGATAAACGAATCATTGATGGAATTACAAATGGA 2100
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2066 AGATTAGCAAAACAAACGACTTTTTTTGATAAACAAATCATTGATGGAATTACAAATGGA 2125
Query 2101 GTAGGTATTACAAGTTTCTTTGTAGGAGAAGTAACAAAATATATAGGTGGAAGTCGCATC 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2126 GTAGGTATTACAAGTTTCTTTGTAGGAGAAGTAATAAAATATATAGGTGGAAGCCGCATC 2185
Query 2161 TCTTCTTATCTGTTCTTATATTTGTCCTATGTATTGAtttttttAATGATCCTCtttttt 2220
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Sbjct 2186 TCTTCTTATCTGTTCTTATATTTGTCCTATGTATTTATTTTTTTAATGATCCTCTTTTTT 2245
Query 2221 ttttATTTTGAAAAATTCTAA 2241
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Sbjct 2246 TTTTATTTTGAAAAATTCTAA 2266
> Ahg947816 jgi|Araly1|947816|scaffold_704045.1
Length=748
Score = 1325 bits (717), Expect = 0.0
Identities = 738/748 (99%), Gaps = 1/748 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 689 CATTTCTATTATTTGTAGGTCCTATTGCTAAATCCGCACAATTTCCTCTTCATGTATGGT 748
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Sbjct 1 CATTTCTATTATTTGTAGGTCCTATTGCTAAATCCGCACAATTTCCTCTTCATGTATGGT 60
Query 749 TACCTGATGCCATGGAGGGCCCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGG 808
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Sbjct 61 TACCTGATGCCATGGAGGGCCCTACTCCCATTTCGGCTCTTATACATGCTGCTACTATGG 120
Query 809 TAGCGGCGGGTATTTTTCTTGTAGCTCGTCTTCTTCCTCTTTTTATCGTTATCCCTTCTA 868
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Sbjct 121 TAGCGGCGGGGATTTTTCTTGTAGCTCGTCTTCTTCCTCTTTTTATAGTTATCCCTTCTA 180
Query 869 TAATGTATATAATATCTTTGATAGGTATAATAACAGTACTCTTAGGAGCCACTTTAGCTC 928
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Sbjct 181 TAATGTATATAATATCTTTGATAGGTATAATAACAGTACTCTTAGGAGCCACTTTAGCTC 240
Query 929 TTGCTCAAAAAGACATTAAGCGGGGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAACTCGGTTATA 988
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Sbjct 241 TTGCTCAAAAAGACATTAAGCGAGGTTTAGCCTATTCTACAATGTCTCAACTGGGTTATA 300
Query 989 TGATGTTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGATCTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATG 1048
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TGATATTAGCTCTAGGTATGGGGTCTTATCGATCTGCTTTATTTCATTTGATTACTCATG 360
Query 1049 CTTATTCGAAAGCTTTGTTGTTTTTAGGATCTGGATCCATTATTCATTCAATGGAAGCTA 1108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTATTCGAAAGCTTTGTTGTTTTTAGGATCTGGATCCATTATTCATTCAATGGAAGCTA 420
Query 1109 TAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAATATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAAC 1168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TAGTTGGATATTCTCCCGATAAAAGTCAGAATATGATTCTTATGGGTGGTTTGACAAAAC 480
Query 1169 ATGTCCCGATTACAAAAACGGCCTTTTTAATAGGAACACTCTCTCTTTGTGGTATccccc 1228
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Sbjct 481 ATGTCCCGATTACAAAAATGGCCTTTTTAATAGGAACACTCTCTCTTTGTGGTATTCCCC 540
Query 1229 cccTTGCTTGTTTTTGGTCGAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTTGTTATTTTCGCCAA 1288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 541 CCCTTGCTTGTTTTTGGTCGAAAGATGAAATTCTTAATGATAGTTTGTTGTTTTCGCCAA 600
Query 1289 TTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTT 1348
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTTTTGCAATAATAGCTTGTTCAACAGCGGGATTAACCGCATTTTATATGTTTCGGATTT 660
Query 1349 ATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACTTATTTTCTAAATTACAGTGGaaaaaaaa 1408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 ATTTACTTACTTTTGAAGGACATTTAAACACTTATTTTCTAAATTACAGTGGAAAAAAAA 720
Query 1409 -GTGGCTCCTTCTATTCACTCTCTTTAT 1435
|| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGTAGCTCCTTCTATTCACTCTCTTTAT 748
> Ahg947815 jgi|Araly1|947815|scaffold_704044.1
Length=711
Score = 1229 bits (665), Expect = 0.0
Identities = 680/687 (99%), Gaps = 1/687 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCATCCCTTTCATTCCACTTCCAGTACCTATT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 26 ATGGAACATACATATCAATATTCATGGATCATCCCTTTCATTCCACTTCCAGTACCTATT 85
Query 61 TTACTAGGAGTTGGACTTCTCCTTTTTCCGACAGCAACAAAAAACCTTCGCCGCATGTGG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 86 TTACTAGGAGTTGGACTTCTCCTTTTTCCGACAGCAACAAAAAACCTTCGACGCATGTGG 145
Query 121 ACTTTTCTTAGTAtttttttGTTAAGTATAGTTATGATCTTTTCAATCTATCTATCTATT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 146 ACTTTTCTTAGTATTTTTTTGTTAAGTATAGTTATGATCTTTTCACTCTATCTATCTATT 205
Query 181 CAACAAATTTTTCTAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAAATAATGAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 206 CAACAAATTTTTCTAAGTTGCATTCATCAAAATGTATGGTCTTGGACCATAAATAATGAA 265
Query 241 TTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATT 300
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 TTTTCTTTTGAGTTCGGTTACTTTATCGATCCACTTACTTCTATTATGTCAATATTAATA 325
Query 301 ACAACTGTTGGGATTTTGGTTCTGATTTATAGTGACAATTATATGTCGCATGATCAAGGA 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 ACAACTGTTGGGATTTTGGTTCTGATTTATAGTGACAATTATATGTCGCATGATCAAGGA 385
Query 361 TACCTGAGATTTTTTGCTTATATGGGtttttttAATACTTCAATGTTAGGATTAGTTACT 420
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 386 TATCTGAGATTTTTTGCTTATATGGGTTTTTTTAATACTTCAATGTTAGGATTAGTTACT 445
Query 421 AGTTCTAATTTGATCCAAGTTTAttttttttGGGAATTAGTTGGAATGTGTTCGTATTTA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 446 AGTTCTAATTTGATCCAAGTTTATTTTTTTTGGGAATTAGTTGGAATGTGTTCATATTTA 505
Query 481 TTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCTATTGCAGCGAATGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTA 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 TTAATAGGTTTTTGGTTCACACGACCTATTGCAGCGAATGCTTGTCAAAAAGCTTTTGTA 565
Query 541 ACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTCTTTATTGGATAACT 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 566 ACTAATCGTGTAGGGGATTTTGGTTTATTATTAGGAATTTTAGGTCTTTATTGGATAACA 625
Query 601 GGCAGTTTTGAATTTCAGGATTTGTTCGAAATATTCAATAATTTAATTTTAAATAATAGA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 626 GGCAGTTTTGAATTTCAGGATTTGTTCGAAATATTCAATAATTTAATTT-AAATAATAGA 684
Query 661 GTAAATCTCTTATTCCTTACTTTGTGT 687
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 685 GTAAATCTCTTATTCCTTACTTTGTGT 711
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 84369892675
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5