BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= ATCG01040.1

Length=987
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg952678 jgi|Araly1|952678|scaffold_900029.1                       1768    0.0  


> Ahg952678 jgi|Araly1|952678|scaffold_900029.1
Length=2043

 Score = 1768 bits (957),  Expect = 0.0
 Identities = 977/987 (99%), Gaps = 0/987 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1     ATGATTTTTTCAATTTTAGAGCATATATTAACTCATATATCTTTTTCGGTCGTTTCAATT  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  21    ATGATTTTTTCAATTTTAGAGCATATATTAACTCATATATCTTTTTCGGTCGTTTCAATT  80

Query  61    GTGCTGACAATTTATTTTTTAACTTTATTAGTTAATTTAGATGAAATCATAGGATTTTTT  120
             || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  81    GTACTGACAATTTATTTTGTAACTTTATTAGTTAATTTAGATGAAATCATAGGATTTTTT  140

Query  121   GATTCATCAGATAAAGGAATCATAATTACGTTTTTTGGTATAACAGGATTATTATTAACT  180
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  141   GATTCATCAGATAAAGGAATCATAATTACGTTTTTTGGTATAACAGGATTATTATTCACT  200

Query  181   CGTTGGATTTATTCAGGACATTTTCCATTAAGTAATTTATATGAATCATTAATTTTTCTT  240
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  201   CGTTGGATTTATTCAGGACATTTTCCATTAAGTAATTTATATGAATCATTAATTTTTCTT  260

Query  241   TCGTGGGCTTTTTCAATTATTCATATGGTTTCCTATTTTAATAAAAAACAACAAAATAAG  300
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  261   TCGTGGGCTTTTTCAATTATTCATATGGTTTCCTATTTTAATAAAAAACAACAAAATAAC  320

Query  301   TTAAACACAATAACTGCGCCAAGTGTTATTTTTATTCAGGGTTTTGCTACTTCAGGTCTT  360
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  321   TTAAACGCAATAACTGCGCCAAGTGTTATTTTTATTCAGGGTTTTGCTACTTCAGGTCTT  380

Query  361   TTAAACAAAATGCCTCAGTCTGCAATATTAGTACCAGCTCTCCAGTCCCAGTGGTTAATG  420
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  381   TTAAACAAAATGCCTCAGTCTGCAATATTAGTACCAGCTCTCCAGTCCCAGTGGTTAATG  440

Query  421   ATGCACGTAAGTATGATGATATTAGGCTATGGCGCTCTGTTATGCGGATCATTATTATCA  480
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  441   ATGCACGTAAGTATGATGATATTAGGCTATGGCGCTCTGTTATGCGGATCATTATTATCA  500

Query  481   ATAGCTCTTCTAGTGATTACATTTCGCAAAGTCGGACCTACTTTTTGGAAAAAGAATATa  540
             |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct  501   ATAGCTCTTCTAGTGATTACATTTCGCAAAGTTGGACCTACTTTTTGGAAAAAGAAAAAA  560

Query  541   aaaaaaaaTTTTTTATTAAATGAATTATTTTCTTTTGATGTACTTTACTACATAAATGAA  600
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  561   AAAAAAAATTTTTTATTAAATGAATTATTTTCTTTTGATGTACTTTACTACATAAATGAA  620

Query  601   AGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACATTAATTTTAGTTTTTCTAGAAATTATTATAGG  660
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  621   AGAAATTCTATTTTACTACAACAAAACATTAATTTTAGTTTTTCTAGAAATTATTATAGG  680

Query  661   TATCAACTGATTCAACAATTAGATTTTTGGAGTTTTCGTATTATTAGTCTTGGATTTATC  720
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  681   TATCAACTGATTCAACAATTAGATTTTTGGAGTTTTCGTATTATTAGTCTTGGATTTATC  740

Query  721   TTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAGGAGCTGTCTGGGCTAATGAGACATGGGGTTCATAT  780
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741   TTTTTAACCGTCGGCATTCTTTCAGGAGCTGTCTGGGCTAATGAGACATGGGGTTCATAT  800

Query  781   TGGAACTGGGACCCAAAAGAAACTTGGGCATTTATTACTTGGACTATATTCGCAATTTAT  840
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  801   TGGAACTGGGACCCAAAAGAAACTTGGGCATTTATTACTTGGACTATATTCGCAATTTAT  860

Query  841   TTACATATTAAAACAAATAGGAATGTTAGGGGTATAAATTCTGCAATTGTGGCTTTGATC  900
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  861   TTACATATTAAAACAAATAGGAATGTTAGGGGTATAAATTCTGCAATTGTGGCTTCGATC  920

Query  901   GGTTTTATTTTAATTTGGATATGCTATTTTGGCGTCAATCTTTTAGGAATAGGTTTACAT  960
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  921   GGTTTTCTTTTAATTTGGATATGCTATTTTGGCGTCAATCTTTTAGGAATAGGTTTACAT  980

Query  961   AGTTATGGTTCATTTACATCGAATTAA  987
             |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  981   AGTTATGGTTCATTTACATCGAATTAA  1007



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 36674246154


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5