BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG01100.1
Length=1083
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg333071 jgi|Araly1|333071|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000099 1941 0.0
Ahg952683 jgi|Araly1|952683|scaffold_900034.1 752 0.0
> Ahg333071 jgi|Araly1|333071|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000099
Length=1086
Score = 1941 bits (1051), Expect = 0.0
Identities = 1075/1086 (99%), Gaps = 3/1086 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60
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Sbjct 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60
Query 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120
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Sbjct 61 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120
Query 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180
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Sbjct 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180
Query 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240
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Sbjct 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 240
Query 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300
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Sbjct 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300
Query 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360
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Sbjct 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360
Query 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420
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Sbjct 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTATT 420
Query 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480
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Sbjct 421 GCTCCTATTGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGT 480
Query 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540
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Sbjct 481 GGTCTGCGAGCTGCTGCCCAATCGATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTA 540
Query 541 TCAATATCTCTAC--T-ATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 597
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Sbjct 541 TCAATATCTCTAGGATTATCTAACAGTTTAAGTACAGTTGATATAGTTGAGGCACAATCA 600
Query 598 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 657
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Sbjct 601 AAATATGGTTTTTGGGGATGGAATTTGTGGCGTCAACCTATAGGTTTTATCATTTTTCTA 660
Query 658 ATTTCTTCCCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 717
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Sbjct 661 ATTTCTTCTCTAGCAGAATGCGAGAGGTTACCGTTTGATTTACCAGAAGCGGAAGAAGAA 720
Query 718 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATAAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 777
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Sbjct 721 TTAATAGCAGGTTATCAAACTGAATATTCAGGTATCAAATTTGGTTTATTTTACGTTGCT 780
Query 778 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 837
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Sbjct 781 TCTTATCTAAATCTATTAATTTCCTCATTATTTGTAACAGTTCTATACTTAGGCGGTTGG 840
Query 838 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 897
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Sbjct 841 AATATTTCTATTCCGTATATATCTATTCTGGAGCTATTTCAAAGGGATCAAATTTTTGGA 900
Query 898 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTTTTGTTCGTTTCTATC 957
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Sbjct 901 ACAACAATTGGTATCTTTATTACATTAGCTAAAACTTATTTGTTCTTGTTCATTTCTATC 960
Query 958 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1017
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Sbjct 961 GCAACAAGATGGACTTTACCTAGGCTAAGAATGGATCAACTATTAAATCTTGGATGGAAA 1020
Query 1018 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACCACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1077
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Sbjct 1021 TTTCTTTTACCTATTTCCCTTGGTAATCTATTATTAACAACTTCTTTCCAACTCTTTTCA 1080
Query 1078 CTCTAA 1083
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Sbjct 1081 CTCTAA 1086
> Ahg952683 jgi|Araly1|952683|scaffold_900034.1
Length=1647
Score = 752 bits (407), Expect = 0.0
Identities = 411/413 (99%), Gaps = 0/413 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 60
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Sbjct 1235 ATGATAATTTATGCAACAGCAGTCCAAACTATAAATTCTTTTGTTAAATTGGAATCTTTA 1294
Query 61 AAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 120
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Sbjct 1295 AAAGAGGTCTATGAACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATC 1354
Query 121 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 180
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Sbjct 1355 ATAACAGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAA 1414
Query 181 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGATGGGACA 240
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Sbjct 1415 CGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTGGGAATTCTTCAAGCTCTAGCCGACGGGACA 1474
Query 241 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 300
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Sbjct 1475 AAACTACTTTTCAAAGAAAATCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATT 1534
Query 301 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 360
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Sbjct 1535 GGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAAT 1594
Query 361 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTAtttttttATGGATTGCCATCTC 413
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Sbjct 1595 CACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTC 1647
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 40334046186
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5