BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= ATCG01110.1

Length=1182
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg952683 jgi|Araly1|952683|scaffold_900034.1                       2145    0.0  


> Ahg952683 jgi|Araly1|952683|scaffold_900034.1
Length=1647

 Score = 2145 bits (1161),  Expect = 0.0
 Identities = 1175/1182 (99%), Gaps = 0/1182 (0%)
 Strand=Plus/Plus

Query  1     ATGAAGAGACCAGTTACAGGAAAAGATCTTATGATAGTCAATATGGGACCTCACCACCCA  60
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  52    ATGAAGAGACCAGTTACAGGAAAAGATCTTATGATAGTCAATATGGGACCTCACCACCCA  111

Query  61    TCCATGCATGGTGTTCTTCGCTTAATTGTTACTCTAGATGGTGAGGATGTTGTTGACTGT  120
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  112   TCCATGCATGGTGTTCTTCGCTTAATTGTTACTCTAGATGGTGAGGATGTTGTTGACTGT  171

Query  121   GAACCCATATTAGGTTATTTACACAGAGGAATGGAAAAAATTGCAGAAAACCGAGCAATT  180
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  172   GAACCCATATTAGGTTATTTACACAGAGGAATGGAAAAAATTGCAGAAAACCGAGCAATT  231

Query  181   ATACAATATTTACCGTATGTAACGCGATGGGATTATTTAGCTACTATGTTTACAGAAGCA  240
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  232   ATACAATATTTACCTTATGTAACGCGATGGGATTATTTAGCTACTATGTTTACAGAAGCA  291

Query  241   ATAACAGTAAATGGACCAGAACAATTGGGAAATATTCAAGTTCCTAAAAGGGCCAGCTAT  300
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  292   ATAACAGTAAATGGACCAGAACAATTGGGAAATATTCAAGTTCCTAAAAGGGCCAGCTAT  351

Query  301   ATCAGAGTAATTATGCTGGAATTGAGTCGTATAGCTTCTCATCTGTTATGGCTCGGCCCT  360
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  352   ATCAGAGTAATTATGCTGGAATTGAGTCGTATAGCTTCTCATCTGTTATGGCTCGGCCCT  411

Query  361   TTTATGGCAGATATTGGTGCACAGACTCCCTTTTTCTATATTTTCAGAGAACGAGAATTT  420
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  412   TTTATGGCAGATATTGGTGCACAGACTCCCTTTTTCTATATTTTCAGAGAACGAGAATTT  471

Query  421   GTATATGATCTATTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAAtttttttCGTATT  480
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  472   GTATATGATCTATTCGAAGCTGCCACCGGTATGAGAATGATGCATAATTTTTTTCGTATT  531

Query  481   GGAGGAATAGCGGCTGATTTACCTTATGGTTGGATAGATAAATGCTTGGATTTTTGTGAT  540
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532   GGAGGAATAGCGGCTGATTTACCTTATGGTTGGATAGATAAATGCTTGGATTTTTGTGAT  591

Query  541   TATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTCATTACACGAAATCCTAtttttttA  600
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592   TATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTCATTACACGAAATCCTATTTTTTTA  651

Query  601   GAACGGGTTGAAGGAGTTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGTTTATCC  660
             ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  652   GAACGGGTTGAAGGAATTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGTTTATCC  711

Query  661   GGACCAATGCTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAATTGATCGTTATGAG  720
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  712   GGACCAATGCTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAGTTGATCGTTATGAG  771

Query  721   TCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAATGGCAAAAACAAGGAGATTCATTAGCTCGT  780
             ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772   TCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAGTGGCAAAAACAAGGAGATTCATTAGCTCGT  831

Query  781   TATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATAAAAATTATTCAACAGGCTCTGGAA  840
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  832   TATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATAAAAATTATTCAACAGGCTCTGGAA  891

Query  841   GGACTTCCAGGGGGTCCCTATGAGAATTTAGAAAGCAGGGGCTTTGATAGAAAAAGGAAT  900
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  892   GGACTTCCAGGGGGTCCCTATGAGAATTTAGAAAGCAGGGGCTTTGATAGAAAAAGGAAT  951

Query  901   CCAGAATGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCTCCTACTTTTGAA  960
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  952   CCAGAATGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCTCCTACTTTTGAA  1011

Query  961   TTATCAAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCAAAAGGGGAGTTGGGAATTTTT  1020
             ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  1012  TTATCGAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCCAAAGGGGAGTTGGGAATTTTT  1071

Query  1021  CTCATAGGAGATCAAAGCGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATACGACCACCGGGTTTTATT  1080
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  1072  CTCATAGGAGATCAAAGCGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATCCGACCACCGGGTTTTATT  1131

Query  1081  AATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATA  1140
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1132  AATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATA  1191

Query  1141  CTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAA  1182
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1192  CTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAA  1233



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 44108214969


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5