BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATCG01250.1
Length=1170
Score E
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> Ahg493597 jgi|Araly1|493597|fgenesh2_kg.7__3030__ATCG01250.1
Length=1170
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Strand=Plus/Plus
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Query 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
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Sbjct 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
Query 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
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Query 541 ATTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
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Sbjct 541 ATTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
Query 601 CTTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGAC 660
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Query 721 GGAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGAT 780
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Sbjct 721 GGAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGAT 780
Query 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
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Sbjct 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
Query 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
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Sbjct 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
Query 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
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Sbjct 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
Query 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
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Sbjct 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
Query 1021 CCTCACATGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
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Sbjct 1021 CCTCACGTGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
Query 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
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Sbjct 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
Query 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
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Sbjct 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
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Strand=Plus/Plus
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Sbjct 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
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Sbjct 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
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Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
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Sbjct 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
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Sbjct 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
Query 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGATCTCCCACTCCA 420
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Sbjct 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGATCTCCCACTCCA 420
Query 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
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Sbjct 421 GTCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATT 480
Query 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
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Sbjct 481 TTCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCT 540
Query 541 ATTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATG 600
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Query 601 CTTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGAC 660
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Query 661 TCAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTA 720
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Sbjct 781 TATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTA 840
Query 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
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Sbjct 841 TCCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGT 900
Query 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
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Sbjct 901 GGATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCT 960
Query 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
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Sbjct 961 ATCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACC 1020
Query 1021 CCTCACATGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
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Sbjct 1021 CCTCACGTGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGT 1080
Query 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
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Sbjct 1081 ATGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCG 1140
Query 1141 ATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
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Strand=Plus/Plus
Query 422 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 481
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Sbjct 550 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 609
Query 482 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 541
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Sbjct 610 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 669
Query 542 TTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 601
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Sbjct 670 TTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 729
Query 602 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 661
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Sbjct 730 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 789
Query 662 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 721
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Sbjct 790 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 849
Query 722 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 909
Query 782 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 910 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 969
Query 842 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 970 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 1029
Query 902 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCTA 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTGGTTTCAATAGGACTCCTTACGAGCGTTCTTTCTA 1089
Query 962 TCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCC 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1090 TCTACTATTATCTAAAAATAATCAAGTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCC 1149
Query 1022 CTCACATGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTA 1081
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1150 CTCACGTGCGAAATTATAGAATATCCCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAATA 1209
Query 1082 TGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCGA 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 TGATTGTATGTGTGATAGCATCTACTATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCGA 1269
Query 1142 TTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1170
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Sbjct 1270 TTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTTCTAG 1298
Score = 737 bits (399), Expect = 0.0
Identities = 406/409 (99%), Gaps = 2/409 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 80
Query 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 140
Query 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 141 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 200
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 260
Query 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAA-GAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAAT 299
||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAAGAA-TAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAAT 319
Query 300 GTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 GTATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAA 379
Query 360 GCTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 GCTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 428
> Ahg497141 jgi|Araly1|497141|fgenesh2_kg.9__106__ATCG01250.1
Length=1323
Score = 929 bits (503), Expect = 0.0
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Strand=Plus/Plus
Query 422 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 635 TCGTTGCTTTTCTTTCTGTTACTTCGAAAGTAGCTGCTTCAGCTTCAGCCACTCGAATTT 694
Query 482 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 695 TCGATATTCCTTTTTATTTCTCATCAAATGAATGGCATCTTCTTCTGGAAATCCTAGCTA 754
Query 542 TTCTTAGCATGATATTCGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 601
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 TTCTTAGCATGATATTGGGGAATCTCATTGCTATTACTCAAACAAGCATGAAACGTATGC 814
Query 602 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 TTGCATATTCGTCCATAGGTCAAATCGGATATGTAATTATTGGAATAATTGTTGGAGACT 874
Query 662 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 875 CAAATGGTGGATATGCGAGCATGATAACTTATATGCTGTTCTATATCGCCATGAATCTAG 934
Query 722 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 935 GAACTTTTGCTTGCATTATATTATTTGGTCTACGTACCGGAACTGATAACATTCGAGATT 994
Query 782 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 995 ATGCAGGATTATACACAAAAGATCCTTTTTTGGCTCTCTCTTTAGCTCTATGTCTCTTAT 1054
Query 842 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGtttttttGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1055 CCCTAGGAGGTCTTCCTCCACTAGCAGGTTTTTTTGGAAAACTCCATTTATTCTGGTGTG 1114
Query 902 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTG 927
||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1115 GATGGCAGGCAGGCCTATATTTCTTG 1140
Score = 749 bits (405), Expect = 0.0
Identities = 407/408 (99%), Gaps = 0/408 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTATAACAGAGTTTCTGTTATTCATATTAACAGCTACTCTAGGAGGAATGTTTTTA 60
Query 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGTGGTGCTAACGATTTAATAACTATCTTTGTAGCTCCAGAATGTTTCAGTTTATGCTCC 120
Query 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATATACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TACCTATTATCTGGATATACCAAGAAAGATGTACGATCTAATGAGGCTACTATGAAATAT 180
Query 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TTACTCATGGGTGGGGCAAGCTCTTCTATTCTGGTTCATGGTTTCTCTTGGCTATATGGT 240
Query 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCATCCGGGGGAGAGATTGAGCTTCAAGAAATAGTGAATGGTCTTATCAATACACAAATG 300
Query 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TATAACTCCCCAGGAATTTCAATTGCGCTTATATTCATCACTGTAGGAATTGGGTTCAAG 360
Query 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTTTCCCTAGCCCCTTCTCATCAATGGACTCCTGACGTATACGAAGGA 408
Score = 318 bits (172), Expect = 5e-86
Identities = 180/184 (98%), Gaps = 0/184 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 987 GTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCCCTCACATGCGAAATTATAGAATATC 1046
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GTTATTAATGACTGGACGAAACCAAGAAATAACCCCTCACGTGCGAAATTATAGAATATC 1199
Query 1047 CCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTATGATTGTATGTGTGATAGCATCTAC 1106
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CCCTTTAAGATCAAACAATTCCATCGAATTGAGTATGATTGTATGTGTGATAGCATCTAC 1259
Query 1107 TATACCAGGAATATCAATGAACCCGATTATTGCGATTGCTCAGGATACCCTTTTTAGCTT 1166
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1260 TATACCATTAATATCAATGAACCCGATTATTGCGATTGCTCAGGATACCCTTTTTACCTT 1319
Query 1167 CTAG 1170
||||
Sbjct 1320 CTAG 1323
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 43650739965
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5