BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= ATMG00370.1
Length=600
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg936827 jgi|Araly1|936827|scaffold_501018.1 1066 0.0
Ahg952676 jgi|Araly1|952676|scaffold_900027.1 926 0.0
Ahg330519 jgi|Araly1|330519|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002746 926 0.0
Ahg333073 jgi|Araly1|333073|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000101 920 0.0
> Ahg936827 jgi|Araly1|936827|scaffold_501018.1
Length=1004
Score = 1066 bits (577), Expect = 0.0
Identities = 593/600 (99%), Gaps = 3/600 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATACTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
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Sbjct 388 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAAT 447
Query 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
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Sbjct 448 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 507
Query 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
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Sbjct 508 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 567
Query 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
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Sbjct 568 GTATCAGCAACAACTGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 627
Query 241 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
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Sbjct 628 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 687
Query 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 360
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Sbjct 688 CTTTTGTTTCA--T-TTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 744
Query 361 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCCGAATAATCTAATTTTT 420
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Sbjct 745 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCCGAATAATCTAATTTTT 804
Query 421 AAATTATTCAACCATTTAATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTAAACATTTAT 480
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Sbjct 805 AAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 864
Query 481 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGTTTGTGTCCGT 540
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Sbjct 865 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGTTTGTGTCCGT 924
Query 541 ATGTTACTAGTTGAGTGGGCTTTCCCTTTGTTCCAGTTATTTCTGGTCATGAAGGTGTAG 600
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Sbjct 925 ATGTTACTAGTTGAGTGGGCTTTCCCTTTGTTCCAGTTATTTCTGGTCATGAAGGTGTAG 984
> Ahg952676 jgi|Araly1|952676|scaffold_900027.1
Length=10497
Score = 926 bits (501), Expect = 0.0
Identities = 523/533 (98%), Gaps = 3/533 (1%)
Strand=Plus/Minus
Query 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATACTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
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Sbjct 3256 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAAT 3197
Query 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
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Sbjct 3196 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 3137
Query 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
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Sbjct 3136 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 3077
Query 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
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Sbjct 3076 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 3017
Query 241 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
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Sbjct 3016 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 2957
Query 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 360
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Sbjct 2956 CTTTTGTTTCATTTCTTCT---GGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 2900
Query 361 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCCGAATAATCTAATTTTT 420
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Sbjct 2899 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTT 2840
Query 421 AAATTATTCAACCATTTAATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTAAACATTTAT 480
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Sbjct 2839 CAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 2780
Query 481 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGTTTG 533
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Sbjct 2779 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTG 2727
> Ahg330519 jgi|Araly1|330519|fgenesh1_pm.C_scaffold_7002746
Length=1044
Score = 926 bits (501), Expect = 0.0
Identities = 523/533 (98%), Gaps = 3/533 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATACTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
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Sbjct 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
Query 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
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Sbjct 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
Query 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
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Sbjct 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
Query 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
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Sbjct 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
Query 241 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
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Sbjct 241 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
Query 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 360
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Sbjct 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCT---GGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 357
Query 361 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCCGAATAATCTAATTTTT 420
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Sbjct 358 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTT 417
Query 421 AAATTATTCAACCATTTAATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTAAACATTTAT 480
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Sbjct 418 CAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 477
Query 481 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGTTTG 533
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Sbjct 478 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTG 530
> Ahg333073 jgi|Araly1|333073|fgenesh1_pm.C_scaffold_9000101
Length=1044
Score = 920 bits (498), Expect = 0.0
Identities = 522/533 (98%), Gaps = 3/533 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATACTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
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Sbjct 1 ATGGTTTTTCAATCTTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCAAT 60
Query 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
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Sbjct 61 TCGGTCGTTGTGGTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGGGCCCTCT 120
Query 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
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Sbjct 121 TATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTATGGACGAAGGAGAAGAAGGAACCGAGAAGAAA 180
Query 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
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Sbjct 181 GTATCAGCAACAACAGGTTTTATTGCGGGACAGCTCATGATGTTCATATCGATCTATTAT 240
Query 241 GCGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
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Sbjct 241 GTGCCTCTGCATTTAGCATTGGGTAGACCTCATACAATAACTGTCCTAGCTCTACCGTAT 300
Query 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCTTCTGGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 360
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Sbjct 301 CTTTTGTTTCATTTCTTCT---GGAACAATCACAAACACTTTTTTGATTATGGATCTACT 357
Query 361 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCCGAATAATCTAATTTTT 420
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Sbjct 358 ACCAGAAATGAAATGCGTAATCTTCGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTT 417
Query 421 AAATTATTCAACCATTTAATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTAAACATTTAT 480
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Sbjct 418 CAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGCCAGATTAGTCAACATTTAT 477
Query 481 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGTTTG 533
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Sbjct 478 ATGTTTCGATGCAACAACAAGATGTTATTTGTAACAAGTAGTTTTGTTGGTTG 530
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 21977619264
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5